genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   

This is table  204  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63113665--63113750	3	28.7	3	92	0	145	0	31	1	67	0.98
63123136--63123173	18	2.1	19	90	5	60	42	0	7	50	1.31
63123740--63123824	19	4.4	19	73	14	66	65	2	2	29	1.17
63123753--63123849	10	9.7	10	72	16	51	67	3	1	28	1.13
63123748--63123783	18	1.9	19	88	5	56	66	2	2	27	1.19
63123740--63123859	20	6.1	20	69	18	72	63	2	1	32	1.18
63123752--63123855	41	2.6	40	76	16	101	66	2	1	28	1.17
63123790--63123866	21	3.6	21	82	8	75	63	2	0	33	1.08
63123777--63123900	52	2.4	51	78	12	121	62	3	0	33	1.16
63129353--63129394	6	7.0	6	100	0	84	50	50	0	0	1.00
63136944--63136990	24	2.0	24	100	0	94	21	8	6	63	1.44
63138040--63138102	30	2.1	30	82	2	74	31	15	14	38	1.88
63138266--63138341	40	1.9	40	100	0	152	38	23	5	32	1.77
63140693--63140862	42	4.0	42	86	1	234	30	28	15	25	1.96
63143296--63143353	31	2.0	28	83	10	71	44	13	6	34	1.71
63146367--63146483	42	2.8	42	80	8	114	54	1	0	42	1.16
63148453--63148485	15	2.1	16	88	11	50	33	6	3	57	1.38
63153952--63154011	24	2.6	23	89	2	84	53	3	16	26	1.59
63153956--63154011	23	2.4	24	87	3	78	51	3	16	28	1.60
63157299--63157333	16	2.1	16	89	10	52	62	0	5	31	1.18
63158683--63158715	17	1.9	17	88	11	50	24	0	3	72	0.98
63163265--63163328	23	2.8	23	81	9	85	31	7	3	57	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63165764--63166367	229	2.7	219	86	4	809	28	17	22	31	1.97
63166759--63166936	14	12.3	14	70	13	62	20	1	39	38	1.63
63166828--63166883	21	2.6	21	78	18	62	25	0	33	41	1.56
63166844--63166893	21	2.4	21	83	6	57	26	0	36	38	1.57
63166809--63166894	35	2.5	34	79	9	93	23	0	38	38	1.55
63174089--63174258	66	2.6	66	86	1	216	37	16	30	15	1.90
63174249--63174311	21	3.0	21	70	6	58	41	14	39	4	1.67
63174633--63174700	31	2.2	31	86	5	93	33	16	25	25	1.95
63174675--63174775	43	2.3	43	93	0	175	25	17	30	25	1.97
63179508--63179601	21	4.8	20	72	16	63	61	1	2	35	1.15
63179517--63179601	19	4.3	19	76	15	75	60	0	2	37	1.10
63179518--63179602	29	2.9	29	74	11	82	60	0	2	37	1.10
63179526--63179581	27	2.0	28	83	10	71	58	0	1	39	1.08
63179591--63179625	18	1.9	18	94	0	61	71	2	0	25	1.00
63180055--63180112	21	2.9	19	78	16	57	31	6	0	62	1.22
63186263--63186323	26	2.3	26	86	5	79	40	21	22	14	1.90
63200170--63200230	28	2.2	28	88	2	88	34	4	21	39	1.75
63203527--63203942	229	1.8	229	84	0	571	36	21	13	28	1.91
63203882--63204107	120	1.9	121	82	11	288	39	17	11	31	1.86
63208615--63208769	75	2.1	74	81	3	177	34	7	4	53	1.49
63210176--63210704	216	2.4	216	87	3	720	29	12	14	42	1.83
63217056--63217088	15	2.2	15	100	0	66	51	6	12	30	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63220069--63220096	14	2.0	14	100	0	56	28	0	28	42	1.56
63220555--63220630	27	2.7	28	75	18	77	42	2	6	48	1.43
63233625--63233825	30	7.2	29	73	15	165	37	7	0	54	1.34
63233699--63233734	18	2.0	18	100	0	72	33	0	0	66	0.92
63233637--63233793	77	2.0	77	96	2	289	36	7	0	56	1.26
63233625--63233823	106	1.9	106	93	3	346	37	7	0	54	1.33
63233717--63233826	30	3.7	30	93	1	186	35	9	0	55	1.32
63233894--63233966	30	2.4	31	90	4	112	8	54	4	32	1.49
63234689--63234732	17	2.5	18	85	14	65	63	0	0	36	0.95
63235106--63235376	55	4.8	54	79	10	269	10	10	22	56	1.63
63242449--63242755	151	2.0	151	93	0	524	33	13	22	30	1.93
63245509--63245566	28	2.1	28	100	0	116	24	18	12	44	1.84
63245294--63245784	246	2.0	245	91	1	786	37	20	15	27	1.92
63246814--63247017	104	1.9	103	95	2	345	41	14	17	27	1.88
63251895--63251929	15	2.2	16	90	5	54	65	11	5	17	1.43
63252109--63252144	3	12.0	3	93	0	63	69	0	30	0	0.89
63253458--63253515	21	2.6	23	76	15	68	58	0	3	37	1.15
63260856--63260898	22	2.0	21	81	4	50	23	37	30	9	1.86
63261370--63261400	14	2.3	13	94	5	53	9	0	0	90	0.46
63261824--63261861	15	2.5	16	87	8	53	28	0	5	65	1.14
63267901--63267957	30	1.9	30	89	3	89	40	3	24	31	1.72
63268168--63268198	13	2.4	13	94	0	53	32	0	12	54	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63268290--63268537	50	4.8	50	84	4	300	26	23	29	20	1.99
63268294--63268538	99	2.4	104	87	6	365	26	23	28	21	1.99
63275474--63275531	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
63275742--63275772	13	2.4	13	94	0	53	32	0	12	54	1.38
63275867--63276108	50	4.7	50	86	3	295	26	24	28	19	1.99
63275867--63276116	100	2.4	103	89	5	380	26	24	28	20	1.99
63284143--63284319	92	2.0	91	90	3	286	32	20	23	24	1.98
63284141--63284276	45	3.0	46	73	12	147	32	21	23	22	1.98
63284539--63284631	44	2.1	45	85	2	125	33	18	24	23	1.97
63285218--63285260	22	2.0	21	81	4	50	23	37	30	9	1.86
63286208--63286251	16	2.8	16	78	0	52	34	2	2	61	1.21
63287693--63287725	16	2.0	17	88	5	50	39	0	0	60	0.97
63290373--63290749	206	1.8	208	83	6	505	45	15	12	27	1.81
63290578--63290948	197	1.9	198	82	6	466	45	15	11	27	1.81
63292106--63292161	23	2.4	24	82	11	71	62	3	0	33	1.12
63294828--63294872	23	1.9	24	90	4	74	53	0	2	44	1.13
63295473--63295529	25	2.2	25	81	3	60	52	3	1	42	1.28
63299662--63299706	20	2.3	19	88	3	63	44	0	0	55	0.99
63303857--63303924	34	2.0	34	100	0	136	44	5	23	26	1.76
63304551--63304635	36	2.3	36	84	6	109	7	23	11	57	1.58
63307739--63307946	91	2.3	91	88	0	308	46	3	4	46	1.39
63307777--63307921	44	3.2	43	69	19	116	46	2	3	48	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63307774--63307914	47	3.1	46	67	20	114	45	2	3	48	1.31
63307861--63307921	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
63308096--63308137	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
63308087--63308128	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
63308353--63308404	16	3.2	16	94	0	95	38	34	0	26	1.57
63326286--63326326	16	2.7	15	85	7	55	48	12	7	31	1.68
63326293--63326328	16	2.2	16	95	0	63	50	11	8	30	1.67
63331281--63331323	23	1.9	23	85	4	61	58	4	6	30	1.45
63333478--63333504	9	3.0	9	100	0	54	66	0	0	33	0.92
63334446--63334483	13	2.8	14	84	15	53	31	0	2	65	1.06
63336587--63336666	29	2.7	30	78	9	83	52	12	1	33	1.47
63337715--63337747	15	2.1	17	88	11	52	18	15	12	54	1.71
63342771--63342807	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
63347084--63347298	112	1.9	112	100	0	430	48	13	7	29	1.71
63349739--63349779	20	2.0	20	86	9	57	73	4	7	14	1.22
63356394--63356424	14	2.2	14	94	0	53	58	6	6	29	1.48
63372044--63372109	26	2.6	25	81	11	71	39	1	6	53	1.35
63373262--63373301	21	1.9	21	85	10	55	42	27	7	22	1.80
63374916--63374967	24	2.2	24	85	0	68	38	3	7	50	1.50
63380088--63380269	50	3.6	50	79	3	197	27	21	28	22	1.99
63383337--63383420	44	1.9	44	82	4	107	41	0	4	53	1.22
63397860--63397891	3	10.7	3	100	0	64	68	31	0	0	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63416178--63416335	79	2.0	79	98	0	307	30	18	18	32	1.95
63428762--63428844	38	2.2	38	97	0	157	48	4	2	44	1.37
63431962--63432412	232	1.9	231	92	1	751	38	20	13	27	1.90
63437537--63437570	16	2.1	16	88	0	50	64	2	2	29	1.22
63437790--63437846	23	2.6	21	75	17	62	45	0	1	52	1.11
63437833--63437869	10	3.7	10	88	0	56	40	2	0	56	1.13
63439872--63439918	6	7.8	6	80	0	58	21	0	2	76	0.89
63441884--63441913	15	1.9	16	93	6	53	46	46	0	6	1.29
63443200--63443274	28	2.6	28	71	17	64	36	5	1	57	1.30
63450096--63450134	18	2.2	17	90	4	60	58	7	33	0	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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