genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  53  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16011798--16012350	290	1.9	291	87	1	815	35	16	9	38	1.81
16017413--16017466	24	2.4	23	82	14	69	59	16	14	9	1.60
16027483--16027608	64	2.0	64	96	0	234	37	20	12	29	1.90
16033760--16033800	21	1.9	22	85	5	57	68	4	9	17	1.35
16045829--16045870	4	10.5	4	100	0	84	73	0	0	26	0.83
16050752--16050945	24	8.2	23	68	12	74	35	7	6	50	1.56
16055943--16055975	15	2.2	15	94	0	57	75	0	15	9	1.03
16055937--16055977	15	2.9	14	82	7	55	68	2	17	12	1.31
16057398--16057869	128	3.7	128	89	1	680	30	18	25	25	1.98
16058046--16058423	100	3.8	100	87	1	524	33	21	19	25	1.97
16058050--16058420	50	7.4	50	67	8	198	33	21	19	25	1.97
16059851--16060044	24	8.2	23	70	12	76	35	7	6	51	1.55
16062714--16062747	18	1.9	18	94	5	61	2	14	0	82	0.79
16063145--16063170	12	2.2	12	100	0	52	53	7	0	38	1.30
16068570--16068614	21	2.1	22	83	4	56	57	0	4	37	1.19
16069745--16069989	128	1.9	128	83	5	316	28	20	19	31	1.97
16069801--16070081	44	6.5	43	69	14	157	27	20	20	31	1.98
16070102--16070420	88	3.6	88	88	2	455	20	24	26	28	1.99
16070219--16070356	44	3.2	43	67	6	116	19	23	31	26	1.98
16070356--16070474	57	2.1	57	91	0	193	20	27	23	28	1.99
16077097--16077361	80	3.3	80	82	10	319	25	26	20	27	1.99
16077097--16077362	40	6.7	40	83	7	287	25	26	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16077097--16077362	120	2.2	121	81	14	320	25	26	20	27	1.99
16085660--16085709	20	2.5	19	81	9	64	72	8	2	18	1.19
16085660--16085715	20	2.8	20	81	5	60	73	7	3	16	1.20
16086046--16086091	23	2.1	22	92	8	76	58	4	6	30	1.43
16090156--16090199	20	2.3	19	84	4	52	45	47	4	2	1.35
16090579--16090620	17	2.4	17	84	11	50	76	0	2	21	0.90
16096776--16096809	16	2.2	16	89	5	52	23	8	2	64	1.36
16103399--16103431	17	1.9	17	93	0	57	24	24	9	42	1.83
16106950--16106982	17	1.9	17	100	0	66	24	27	6	42	1.78
16111192--16111270	38	2.1	38	97	0	149	29	24	10	36	1.88
16115863--16115903	17	2.4	17	95	4	73	31	36	0	31	1.58
16119639--16119700	30	2.1	30	100	0	124	30	22	9	37	1.86
16121350--16121571	50	4.3	50	84	3	237	27	21	28	22	1.99
16121350--16121535	100	1.8	103	84	6	261	25	21	29	23	1.99
16125144--16125273	50	2.6	50	81	2	145	27	22	27	22	1.99
16133722--16133795	29	2.6	29	79	12	80	25	16	32	25	1.96
16138929--16139459	138	3.9	138	87	2	737	40	8	6	44	1.60
16147354--16147692	51	6.7	50	72	10	201	28	14	26	30	1.95
16147350--16147691	102	3.4	102	81	6	360	28	15	26	29	1.96
16154907--16155243	102	3.3	102	78	8	316	29	15	24	30	1.95
16154907--16155243	51	6.7	50	74	8	254	29	15	24	30	1.95
16165148--16165511	138	2.6	135	90	2	557	39	7	6	46	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16165391--16165635	119	2.1	118	88	3	366	38	9	6	45	1.62
16184704--16184755	26	2.0	26	96	0	95	40	21	23	15	1.91
16196127--16196406	43	6.7	42	85	5	336	33	26	17	22	1.96
16196129--16196366	84	2.8	84	93	2	397	35	26	17	21	1.95
16200387--16200570	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
16200387--16200567	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
16200468--16200617	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
16202522--16202547	9	2.9	9	100	0	52	23	23	0	53	1.46
16207140--16207183	22	2.0	22	90	0	70	43	25	4	27	1.74
16226616--16226812	98	2.0	98	92	0	331	38	23	9	28	1.86
16229013--16229343	45	7.5	45	68	14	136	26	22	19	31	1.98
16228889--16229303	173	2.4	174	83	6	502	27	21	20	30	1.98
16228884--16229344	44	10.5	45	67	15	164	27	21	19	30	1.98
16240859--16241055	98	2.0	98	91	0	322	37	23	9	29	1.87
16247761--16247935	86	2.0	86	98	0	341	52	6	9	32	1.58
16248076--16248114	16	2.3	18	86	8	55	53	2	2	41	1.28
16248356--16248403	24	2.0	24	87	0	69	27	22	12	37	1.90
16253873--16253921	25	2.0	24	84	15	64	44	0	4	51	1.20
16254316--16254410	41	2.3	40	87	1	127	40	11	23	25	1.88
16257380--16257481	44	2.3	43	79	1	123	38	11	12	37	1.80
16257696--16257765	26	2.8	25	86	6	88	30	21	22	25	1.99
16259369--16259409	18	2.3	18	82	0	55	29	19	9	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16264364--16264418	26	2.1	26	100	0	110	14	14	21	49	1.79
16267635--16267677	23	1.9	23	90	4	70	37	4	16	41	1.69
16267643--16267687	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
16272774--16272816	23	1.9	23	90	4	70	37	4	16	41	1.69
16278119--16278147	15	1.9	15	100	0	58	6	6	24	62	1.45
16279239--16279307	29	2.4	29	90	2	113	31	13	18	36	1.89
16279618--16279661	21	2.1	21	95	4	81	27	4	13	54	1.58
16279791--16279815	13	1.9	13	100	0	50	56	8	16	20	1.65
16279720--16279822	51	2.0	51	86	3	145	50	5	9	33	1.59
16280488--16280523	15	2.4	15	100	0	72	36	8	11	44	1.70
16283563--16283770	91	2.3	91	93	0	344	46	3	4	46	1.39
16283685--16283745	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
16283603--16283745	44	3.2	43	69	20	121	46	2	3	48	1.31
16283907--16283941	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
16283786--16284082	119	2.5	120	95	1	524	43	2	5	49	1.38
16284039--16284080	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
16284030--16284071	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
16284225--16284314	45	2.0	44	89	6	137	33	28	5	32	1.80
16284294--16284326	16	2.1	16	100	0	66	21	36	6	36	1.78
16287188--16287234	21	2.2	21	84	0	58	21	14	36	27	1.93
16287209--16287287	27	2.9	27	84	3	97	25	15	30	29	1.96
16288983--16289039	30	1.9	30	85	7	80	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16288974--16289036	32	1.9	33	84	9	85	63	0	0	36	0.95
16292709--16292768	17	3.5	17	74	14	61	28	1	1	68	1.09
16297790--16297886	39	2.5	40	86	8	153	44	23	4	27	1.72
16302581--16302613	15	2.1	17	88	11	52	51	15	0	33	1.43
16302570--16302788	39	5.6	39	87	2	296	46	20	2	31	1.65
16304882--16305036	30	5.2	30	75	8	138	38	14	23	23	1.92
16304851--16305036	89	2.1	90	85	3	250	37	15	24	23	1.93
16304882--16305036	60	2.6	59	75	9	170	38	14	23	23	1.92
16313974--16314019	21	2.2	21	92	0	74	13	30	26	30	1.93
16317596--16317623	8	3.5	8	100	0	56	78	10	0	10	0.96
16322489--16322513	7	3.6	7	100	0	50	76	0	24	0	0.80
16324010--16324053	23	2.0	22	86	4	61	18	11	4	65	1.40
16327418--16327457	21	1.9	21	84	0	53	35	7	15	42	1.75
16328886--16328967	32	2.6	32	82	0	101	28	3	17	51	1.62
16330378--16330422	19	2.3	20	92	7	76	46	20	11	22	1.81
16330413--16330443	14	2.2	14	94	0	53	35	12	6	45	1.68
16330651--16330689	11	3.5	11	80	19	53	61	5	0	33	1.18
16334032--16334203	46	3.8	46	79	3	186	36	20	16	27	1.94
16350888--16351022	45	3.0	45	86	2	193	36	24	13	25	1.92
16352608--16352637	14	2.1	15	93	6	53	76	0	6	16	0.99
16353873--16353952	40	2.0	40	100	0	160	22	5	20	52	1.65
16359245--16359277	6	5.5	6	92	0	57	15	27	0	57	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16359556--16359604	22	2.2	23	88	3	73	44	22	8	24	1.79
16365010--16365246	50	4.7	50	84	5	289	27	22	29	21	1.99
16370772--16370878	40	2.7	40	84	5	119	25	27	20	27	1.99
16370778--16370998	80	2.8	80	79	7	193	27	27	20	25	1.99
16370818--16370998	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
16370815--16370998	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
16380087--16380121	15	2.2	16	95	5	63	22	0	0	77	0.78
16381024--16381060	8	4.6	8	93	0	65	62	0	0	37	0.96
16382511--16382601	43	2.1	43	81	0	101	26	21	17	34	1.96
16387676--16387900	32	7.0	32	83	0	261	32	10	16	41	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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