genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8535633--8535689	23	2.5	23	79	0	60	28	8	1	61	1.36
8542261--8542316	26	2.2	26	90	6	87	17	21	21	39	1.93
8542438--8542509	25	2.9	25	82	0	81	20	23	20	34	1.96
8544028--8544138	21	5.3	21	80	4	125	18	26	12	42	1.86
8544021--8544173	42	3.6	42	84	1	173	17	22	15	45	1.85
8549088--8549215	43	3.0	43	78	17	149	23	18	28	29	1.98
8550051--8550450	47	8.6	47	89	1	608	28	19	14	38	1.90
8550051--8550427	93	4.0	93	95	0	664	28	19	14	38	1.90
8550057--8550473	186	2.2	186	90	0	647	29	18	14	37	1.90
8552232--8552333	49	2.2	48	80	7	120	29	16	6	47	1.73
8552785--8552826	17	2.6	16	85	10	59	50	2	0	47	1.14
8560149--8560196	9	5.3	9	92	0	78	37	27	10	25	1.88
8560130--8560196	18	3.7	18	85	0	80	37	25	11	25	1.90
8560130--8560201	27	2.6	27	84	2	99	37	25	12	25	1.91
8568007--8568058	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
8568091--8568127	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
8568113--8568148	18	1.9	18	88	5	54	58	0	0	41	0.98
8568122--8568196	16	4.4	17	71	25	52	53	0	0	46	1.00
8568112--8568198	34	2.4	36	78	19	94	52	0	0	47	1.00
8571077--8571291	108	2.0	107	96	0	394	29	4	24	41	1.75
8577581--8577615	3	11.7	3	93	0	52	65	5	0	28	1.15
8591613--8591644	17	1.9	16	93	6	55	75	0	6	18	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8591613--8591654	5	8.4	5	85	15	52	78	0	4	16	0.91
8600810--8600849	19	2.1	19	90	0	62	57	5	2	35	1.34
8601379--8601465	27	3.3	26	69	13	63	42	2	4	50	1.35
8601468--8601505	14	2.8	13	88	7	58	44	5	13	36	1.66
8601469--8601543	29	2.6	27	76	12	69	46	5	10	37	1.61
8601762--8602025	35	7.8	34	84	6	315	19	23	17	40	1.91
8601762--8602025	67	3.9	65	85	8	305	19	23	17	40	1.91
8601762--8602025	102	2.6	102	90	1	399	19	23	17	40	1.91
8601802--8602035	67	3.5	67	88	3	321	19	23	16	41	1.90
8604835--8604878	20	2.1	22	84	16	58	13	9	9	68	1.40
8609172--8609209	14	2.8	13	88	7	58	44	5	13	36	1.66
8609427--8609471	21	2.1	22	84	12	58	66	8	11	13	1.44
8610233--8610265	13	2.5	13	100	0	66	39	36	6	18	1.75
8612382--8612422	21	2.0	21	85	0	55	34	29	12	24	1.91
8612396--8612469	29	2.6	28	81	10	87	37	21	10	29	1.88
8612525--8612582	7	8.4	7	77	9	57	31	12	29	27	1.92
8623531--8623573	11	3.9	11	87	0	68	58	6	13	20	1.59
8623528--8623574	22	2.1	22	96	0	85	59	6	12	21	1.55
8623766--8623792	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8634063--8634159	49	2.0	49	83	4	124	22	17	27	31	1.97
8636165--8636244	27	2.9	26	75	15	81	58	1	6	33	1.31
8636899--8636956	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8636912--8636990	21	3.8	19	80	12	77	39	16	7	36	1.77
8636946--8636989	21	2.1	21	100	0	88	38	13	9	38	1.77
8637550--8637662	44	2.6	43	77	13	113	32	21	16	29	1.95
8637541--8637673	44	3.0	43	69	14	101	32	21	15	31	1.94
8637679--8637966	88	3.3	87	68	9	269	25	25	21	28	1.99
8637768--8638991	44	28.5	44	72	13	168	28	25	18	27	1.98
8637669--8638052	176	2.2	176	91	3	641	25	25	19	29	1.99
8637766--8638991	88	14.3	88	71	14	454	28	25	18	27	1.98
8638025--8638089	34	1.9	34	100	0	130	27	23	24	24	2.00
8637823--8638394	254	2.2	257	90	4	895	27	25	19	27	1.99
8638025--8638902	386	2.3	379	80	8	978	29	26	17	26	1.98
8637977--8638744	342	2.2	342	95	0	1367	28	26	18	27	1.98
8638367--8638431	34	1.9	34	96	0	121	29	24	24	21	1.99
8638279--8638895	122	4.9	122	73	15	421	29	26	17	26	1.98
8638753--8638817	34	1.9	34	90	0	103	29	24	21	24	1.99
8638577--8638990	210	2.0	210	89	2	645	30	26	17	25	1.97
8638621--8638943	166	1.9	166	91	1	522	29	26	17	25	1.98
8638274--8638990	132	5.6	124	76	13	645	29	26	17	26	1.98
8638231--8638990	386	2.0	385	84	4	1003	29	26	17	26	1.97
8641418--8641471	25	2.5	20	73	23	54	59	3	14	22	1.51
8641428--8641493	25	2.6	25	83	9	71	56	4	19	19	1.59
8645907--8646004	38	2.6	38	88	0	160	33	25	21	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8657494--8657519	13	2.0	13	100	0	52	23	7	38	30	1.83
8658824--8658879	20	2.8	20	83	0	76	35	7	14	42	1.73
8659544--8659588	19	2.4	19	100	0	90	15	0	17	66	1.25
8662185--8662234	20	2.5	20	96	0	91	22	22	4	52	1.64
8663180--8663396	45	4.8	45	82	3	222	23	20	18	38	1.93
8663195--8663398	90	2.3	90	85	3	259	23	20	18	38	1.93
8668524--8668552	14	2.0	15	93	6	51	24	13	0	62	1.32
8668846--8668976	64	2.0	64	94	2	228	51	13	0	33	1.47
8668868--8668973	32	3.3	33	67	20	89	49	13	0	36	1.48
8673172--8673256	35	2.4	36	82	3	102	17	15	29	37	1.91
8682436--8682467	7	4.6	7	92	0	55	46	0	25	28	1.53
8687248--8687369	43	2.8	43	78	11	133	31	28	18	21	1.97
8690955--8691027	25	3.0	26	78	9	82	38	20	19	21	1.94
8691069--8691136	26	2.7	25	86	8	86	35	17	19	27	1.94
8691083--8691154	26	2.8	26	85	2	83	36	16	23	23	1.94
8699424--8699602	68	2.9	59	84	13	259	45	9	5	40	1.59
8699513--8699540	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
8699454--8699624	68	2.5	68	98	1	328	47	8	4	39	1.53
8699617--8699654	16	2.4	16	90	0	58	42	7	2	47	1.46
8734449--8734744	147	2.0	147	97	0	556	26	11	24	37	1.89
8737830--8737932	10	10.7	9	74	14	64	66	2	1	28	1.16
8737833--8737933	19	5.3	18	69	15	62	66	2	1	28	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8737803--8737876	30	2.6	29	83	8	89	66	1	0	32	1.00
8737812--8737886	30	2.5	31	79	14	93	64	1	0	34	1.02
8737911--8738000	39	2.3	39	84	5	101	63	3	5	27	1.33
8737935--8737999	19	3.4	19	80	4	85	61	3	6	29	1.35
8737830--8737980	10	15.6	10	66	19	56	64	3	3	28	1.25
8737935--8738002	20	3.5	20	84	6	95	60	2	5	30	1.35
8738184--8738263	10	8.0	10	77	10	65	35	1	2	61	1.18
8738184--8738263	19	4.1	19	73	9	79	35	1	2	61	1.18
8738185--8738261	41	1.9	39	84	5	100	36	1	2	59	1.19
8738183--8738288	29	3.6	28	75	16	83	36	1	1	59	1.19
8754309--8754404	27	3.6	27	77	7	88	25	25	17	32	1.97
8754331--8754419	27	3.3	27	74	3	81	28	25	14	31	1.95
8754565--8754650	37	2.3	37	91	0	136	39	22	15	23	1.91
8754581--8754670	37	2.4	37	83	0	108	44	22	10	23	1.82
8764929--8765015	27	3.2	27	76	12	88	19	18	20	41	1.91
8765131--8765294	81	2.0	81	91	0	265	23	13	26	37	1.91
8768918--8768974	27	2.2	25	90	9	89	61	15	8	14	1.56
8780201--8780354	31	5.1	30	74	4	114	29	11	17	42	1.84
8780201--8780361	60	2.7	60	81	3	162	29	11	18	40	1.85
8782659--8782729	20	3.3	21	76	11	65	35	0	5	59	1.21
8784275--8784351	8	9.4	8	73	16	59	48	2	1	48	1.23
8789589--8789789	41	4.9	41	87	1	271	34	25	22	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8794909--8794984	17	4.7	16	72	18	59	40	1	3	53	1.27
8794962--8795096	61	2.3	60	83	11	163	42	4	3	48	1.40
8814420--8814473	20	2.7	20	83	8	74	42	24	25	7	1.80
8818592--8818796	102	2.0	103	82	6	247	35	29	13	21	1.92
8822628--8822665	4	9.5	4	94	0	67	0	21	0	78	0.74
8826293--8826440	31	5.0	31	75	17	143	62	0	2	34	1.09
8826375--8826408	17	2.0	17	88	0	50	70	0	0	29	0.87
8826406--8826431	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
8828664--8828738	9	8.2	9	79	8	53	26	10	21	41	1.86
8828656--8828695	20	2.0	20	90	0	62	22	10	27	40	1.86

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