genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  87  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27035687--27035760	14	5.1	14	73	20	62	59	12	6	21	1.56
27035685--27035781	45	2.2	43	92	3	158	56	15	7	20	1.62
27041345--27041382	18	2.1	19	90	5	60	7	23	0	68	1.16
27042035--27042069	18	1.9	18	88	11	54	68	5	8	17	1.35
27044638--27044687	24	2.1	24	81	7	57	50	12	18	20	1.78
27047147--27047211	33	1.9	34	90	3	105	44	15	7	32	1.75
27048905--27048937	12	2.5	14	80	19	52	12	21	0	66	1.23
27048972--27049010	18	2.2	17	82	13	51	5	17	2	74	1.12
27051867--27051947	20	4.2	19	80	10	85	35	16	23	24	1.94
27051889--27051947	10	6.0	10	73	9	50	30	18	25	25	1.98
27077038--27077091	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
27077038--27077111	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
27077038--27077102	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
27079606--27079880	49	5.7	49	98	1	527	31	8	28	30	1.87
27079602--27080181	96	6.2	96	90	7	915	32	8	28	30	1.87
27079844--27079914	34	2.1	34	100	0	142	28	11	28	32	1.91
27079746--27080008	132	2.0	128	96	2	481	31	9	28	30	1.88
27079883--27080181	47	6.3	47	92	1	481	32	8	29	29	1.87
27079795--27079961	83	2.0	82	96	2	309	31	9	28	31	1.89
27079878--27080170	143	2.0	143	94	0	505	32	8	29	29	1.88
27080299--27080377	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
27081585--27081896	40	7.8	40	91	0	498	24	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27084754--27086536	47	37.4	47	95	2	3090	32	8	29	30	1.86
27086654--27086728	37	2.0	37	84	0	96	24	20	30	25	1.98
27093172--27093207	18	2.1	18	89	5	56	41	0	11	47	1.39
27094947--27094991	20	2.2	20	92	7	74	33	4	8	53	1.52
27099470--27099523	6	9.0	6	79	0	63	74	1	18	5	1.11
27099472--27099529	18	3.2	18	90	0	89	70	3	18	6	1.24
27099561--27099595	18	1.9	18	88	11	54	57	0	14	28	1.38
27101234--27101266	13	2.5	14	85	14	52	12	24	0	63	1.28
27101290--27101339	18	2.6	19	87	9	66	4	20	2	74	1.08
27101296--27101339	19	2.4	17	82	14	52	4	18	2	75	1.09
27102707--27102756	18	2.5	20	87	9	68	72	2	20	6	1.16
27114550--27114660	19	5.8	19	86	0	168	38	9	14	37	1.78
27114557--27114660	38	2.7	38	96	0	190	39	8	13	38	1.75
27114550--27114686	19	6.9	21	84	4	105	37	8	15	38	1.77
27121485--27121665	44	4.1	44	69	13	129	28	17	23	30	1.97
27121403--27121883	132	3.7	132	90	2	770	29	18	23	28	1.98
27124830--27124927	51	1.9	51	83	8	128	12	25	1	61	1.37
27125892--27125938	11	4.3	11	86	10	69	23	8	2	65	1.31
27127902--27128083	44	4.1	44	65	10	111	27	21	23	27	1.99
27127603--27128418	132	6.2	132	91	0	1267	29	18	23	28	1.98
27128744--27128835	19	4.8	19	91	0	157	39	9	14	36	1.79
27128744--27128858	19	5.7	22	80	15	94	38	8	14	38	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27134147--27134856	47	15.1	47	93	3	1169	31	8	30	29	1.87
27134147--27134802	96	6.9	96	94	3	1188	31	8	29	30	1.87
27134975--27135053	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
27136964--27137074	43	2.6	43	98	0	213	22	16	36	25	1.94
27137056--27137136	29	2.8	29	86	5	110	25	14	32	27	1.95
27137438--27137535	40	2.5	40	77	11	103	24	23	28	23	2.00
27141150--27141864	47	15.1	47	92	1	1169	31	8	30	29	1.88
27141150--27141809	96	6.9	96	95	2	1215	32	8	29	29	1.87
27141983--27142061	37	2.1	37	83	4	106	24	18	31	25	1.98
27153832--27154810	499	2.0	488	90	3	1541	24	18	19	37	1.93
27156764--27156808	20	2.2	20	84	7	56	53	8	6	31	1.58
27157032--27157091	30	2.0	30	83	6	77	26	13	23	36	1.92
27162609--27162833	79	2.8	80	81	10	246	24	22	27	25	2.00
27162609--27162833	119	1.9	120	82	8	289	24	22	27	25	2.00
27162609--27162833	40	5.7	40	86	5	262	24	22	27	25	2.00
27162616--27162866	79	3.2	78	78	12	244	26	21	26	25	1.99
27170556--27170768	71	2.8	77	78	15	208	25	22	27	25	2.00
27170552--27170768	40	5.6	39	82	10	227	24	22	27	25	2.00
27170666--27170787	40	3.1	40	84	6	117	24	22	29	23	1.99
27170641--27170801	80	2.1	74	79	11	164	26	21	27	24	1.99
27181190--27181283	37	2.5	36	81	14	102	18	6	7	68	1.36
27185871--27186093	40	5.7	40	86	7	271	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27185871--27186093	77	2.8	79	83	9	267	24	21	27	26	1.99
27185871--27186126	80	3.3	79	80	9	222	25	21	27	25	1.99
27193774--27193945	79	2.2	80	84	7	217	26	22	26	25	2.00
27193721--27193945	119	1.9	120	81	8	280	25	22	26	25	2.00
27193721--27193945	40	5.7	40	83	7	237	25	22	26	25	2.00
27193813--27193978	79	2.1	79	81	8	196	27	21	26	24	1.99
27196261--27196297	18	2.2	18	85	9	51	59	2	8	29	1.40
27199209--27199264	24	2.3	24	84	9	69	73	5	16	5	1.21
27200127--27200169	14	3.2	14	81	18	56	67	0	18	13	1.23
27200127--27200165	13	2.9	13	85	14	53	71	0	17	10	1.12
27200130--27200195	29	2.4	28	82	10	82	68	0	18	13	1.22
27200153--27200186	18	1.9	18	88	5	52	55	0	20	23	1.43
27200150--27200213	29	2.2	30	83	8	78	60	0	20	18	1.36
27206108--27206143	18	1.9	18	88	5	54	25	22	0	52	1.47
27206178--27206220	18	2.6	17	82	10	54	13	20	0	65	1.27
27206182--27206226	24	1.9	24	86	4	65	11	20	0	68	1.19
27206190--27206234	24	1.9	23	86	13	65	8	17	2	71	1.23
27207277--27207315	12	3.3	12	92	7	71	15	0	7	76	0.99
27207277--27207325	10	4.6	10	89	5	53	18	2	6	73	1.14
27207277--27207315	11	3.5	11	96	3	69	15	0	7	76	0.99
27207277--27207325	21	2.2	22	85	7	64	18	2	6	73	1.14
27212231--27212435	27	7.6	27	86	3	259	30	27	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27221262--27221331	6	12.0	6	77	6	72	75	0	20	4	0.96
27221249--27221337	17	5.3	17	80	12	96	76	0	17	5	0.98
27221262--27221331	23	3.0	23	78	2	68	75	0	20	4	0.96
27221370--27221404	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
27221392--27221430	18	2.3	18	86	8	55	69	0	17	12	1.19
27222895--27222921	14	1.9	14	100	0	54	33	22	14	29	1.94
27230251--27230436	40	4.7	40	87	2	266	26	28	22	22	1.99
27231648--27231726	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
27231845--27232842	47	20.9	47	94	2	1708	29	28	8	32	1.87
27231845--27232842	96	10.5	96	95	1	1760	29	28	8	32	1.87
27231845--27232842	286	3.5	285	95	1	1766	29	28	8	32	1.87
27234809--27234834	13	2.0	13	100	0	52	15	7	23	53	1.67
27236348--27236390	11	3.9	11	90	0	68	72	11	2	13	1.22
27236432--27236474	16	2.7	16	100	0	86	67	4	11	16	1.38
27245991--27246024	15	2.3	15	89	0	50	5	29	0	64	1.17
27245972--27246047	12	6.3	12	67	17	50	13	26	0	60	1.33
27246090--27246131	12	3.7	12	81	18	54	11	16	2	69	1.29
27247269--27247343	12	5.8	12	71	13	51	22	6	4	66	1.32
27247271--27247343	26	2.8	27	75	19	73	23	6	4	65	1.34
27250292--27250329	19	2.0	20	94	5	69	18	34	10	36	1.85
27250294--27250339	20	2.3	19	85	7	56	23	34	10	30	1.89
27252997--27253046	26	1.9	26	100	0	100	36	18	12	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27256205--27256265	24	2.7	23	82	7	72	34	18	9	37	1.83
27256368--27256405	9	4.0	9	90	10	58	55	21	2	21	1.56
27256368--27256414	10	4.8	10	84	10	53	53	21	2	23	1.57
27256509--27256601	19	5.1	19	72	12	86	46	13	10	29	1.78
27256499--27256624	54	2.3	54	91	0	207	43	15	9	31	1.78
27267354--27267705	174	2.0	173	93	0	605	30	14	24	31	1.94
27270836--27270875	12	3.3	12	82	0	53	15	22	2	60	1.47
27270969--27270997	15	1.9	15	100	0	58	3	13	0	82	0.79
27270946--27271015	20	3.5	20	75	7	70	5	20	0	74	1.02
27270988--27271021	17	2.0	17	88	11	52	5	23	0	70	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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