genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  78  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24248299--24248339	21	2.0	21	85	9	57	43	2	0	53	1.13
24251258--24251326	31	2.3	31	76	11	72	34	7	1	56	1.36
24263745--24263793	17	2.8	18	78	6	55	73	4	6	16	1.19
24269424--24269450	14	1.9	14	100	0	54	29	7	14	48	1.71
24275714--24275751	17	2.2	17	86	9	51	39	2	13	44	1.57
24280162--24280914	255	3.0	254	95	0	1348	28	19	9	42	1.82
24282029--24282293	27	9.8	28	80	7	167	27	24	13	34	1.93
24282029--24282292	54	4.9	54	76	7	189	27	25	13	34	1.93
24282052--24282293	81	3.0	82	81	4	267	27	23	13	35	1.92
24285446--24285477	16	2.0	16	93	0	55	46	0	21	31	1.52
24291677--24291738	24	2.6	24	74	5	63	14	43	4	37	1.67
24293709--24293755	18	2.6	18	100	0	94	40	0	4	55	1.19
24297179--24297225	23	2.2	21	82	17	53	53	0	2	44	1.12
24297285--24297345	29	2.1	30	84	9	81	49	9	8	32	1.66
24304039--24304075	18	2.0	19	89	5	58	51	0	43	5	1.24
24306992--24307021	16	1.9	16	93	6	53	80	0	0	20	0.72
24307678--24307715	20	2.0	18	90	10	58	47	5	5	42	1.48
24311600--24311626	11	2.5	11	100	0	54	62	0	0	37	0.95
24319392--24319507	58	2.0	58	96	0	214	31	17	15	35	1.91
24323105--24323342	50	4.6	50	85	6	298	23	29	20	26	1.99
24323918--24323974	28	2.0	28	100	0	114	31	14	7	47	1.70
24330158--24330405	50	4.8	50	79	5	237	22	28	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24332415--24332461	22	2.3	19	85	14	58	44	2	0	53	1.12
24332417--24332458	16	2.7	15	79	20	50	45	2	0	52	1.13
24343185--24343232	12	4.0	12	94	0	78	75	8	0	16	1.04
24343273--24343328	15	3.6	15	81	9	76	57	5	12	25	1.56
24343275--24343330	17	3.4	17	90	9	98	60	5	10	23	1.50
24352789--24352882	46	2.0	46	91	4	154	35	21	19	24	1.96
24355574--24355613	18	2.2	18	86	4	53	12	27	0	60	1.33
24356670--24356720	14	3.9	14	82	17	74	23	11	0	64	1.26
24356670--24356720	12	4.0	13	85	12	70	23	11	0	64	1.26
24356758--24356807	13	3.9	13	89	2	75	10	8	8	74	1.24
24357122--24357214	46	2.0	46	93	4	161	35	21	18	24	1.95
24361415--24361467	9	6.1	9	78	6	56	47	1	1	49	1.23
24361421--24361465	13	3.5	13	79	8	56	46	2	2	48	1.26
24363154--24363192	20	1.9	21	94	5	71	35	15	7	41	1.76
24363567--24363601	18	1.9	18	94	0	61	40	0	2	57	1.14
24364656--24364696	15	2.7	16	77	11	50	48	0	7	43	1.30
24366516--24366855	44	7.8	42	70	14	156	27	24	20	28	1.99
24366563--24367247	44	15.8	44	69	15	263	27	23	20	28	1.99
24366563--24367028	89	5.3	89	71	12	419	27	23	20	28	1.99
24366655--24367109	84	5.3	84	68	14	345	28	22	20	27	1.99
24366558--24367114	173	3.2	173	93	0	925	27	22	20	28	1.99
24366825--24367326	217	2.3	216	85	5	577	28	22	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24366558--24367192	346	1.8	346	87	4	942	27	23	20	28	1.99
24367127--24367243	45	2.6	45	75	14	116	27	24	18	29	1.98
24366561--24367286	346	2.1	345	82	6	819	28	23	20	28	1.98
24366904--24367333	217	2.0	217	91	0	700	28	22	19	29	1.98
24375598--24375623	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
24381166--24381218	27	2.0	27	92	0	88	15	28	30	26	1.96
24381421--24381446	11	2.4	11	100	0	52	38	0	0	61	0.96
24381429--24381468	20	2.0	20	90	0	62	35	0	0	65	0.93
24384948--24385035	44	2.0	42	86	4	122	36	11	2	50	1.51
24400866--24400920	25	2.2	25	83	6	67	36	16	21	25	1.94
24403462--24403500	19	2.1	19	90	0	60	38	2	30	28	1.70
24403595--24403661	33	2.0	33	88	0	98	37	7	22	32	1.82
24403815--24403868	19	2.8	18	78	10	54	40	9	9	40	1.69
24410676--24410718	22	2.0	22	90	0	68	25	9	27	37	1.87
24410672--24410730	22	2.7	22	79	10	66	28	10	25	35	1.89
24412984--24413185	72	2.8	72	85	3	255	25	16	23	33	1.96
24414143--24414192	19	2.5	21	81	12	61	32	16	18	34	1.92
24420382--24420599	62	3.5	61	79	5	233	24	22	29	22	1.99
24426733--24426803	34	2.1	34	94	0	124	42	15	7	35	1.74
24428288--24428318	16	1.9	16	93	0	53	19	12	3	64	1.41
24430839--24430865	14	1.9	14	100	0	54	85	7	0	7	0.75
24431472--24431514	19	2.3	19	80	4	52	39	9	34	16	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24434558--24434940	43	8.9	43	86	2	475	30	25	20	23	1.99
24434558--24434940	128	3.0	128	84	2	491	30	25	20	23	1.99
24435252--24435305	21	2.6	21	78	0	63	7	38	16	37	1.77
24435286--24435469	87	2.1	87	87	4	264	11	29	18	40	1.85
24440969--24441333	9	42.8	9	68	15	222	32	3	18	45	1.65
24440996--24441270	59	4.8	58	85	8	316	33	3	18	44	1.66
24440975--24441332	16	21.1	17	68	15	129	32	3	18	45	1.65
24441028--24441267	118	2.0	117	89	4	365	32	2	18	45	1.64
24441195--24441233	19	2.1	19	85	9	53	30	0	17	51	1.46
24440958--24441333	25	14.7	25	69	15	191	32	2	18	46	1.64
24441385--24441425	13	2.8	15	85	14	59	34	0	19	46	1.50
24441384--24441462	16	5.0	16	75	13	74	34	1	17	46	1.56
24441514--24441560	20	2.3	20	82	10	60	55	2	2	40	1.24
24441510--24441562	21	2.5	22	84	9	74	56	1	1	39	1.21
24443483--24443509	11	2.5	11	100	0	54	55	0	18	25	1.43
24444388--24444439	27	1.9	27	84	0	68	48	9	0	42	1.36
24446297--24446364	15	4.9	14	71	16	52	41	35	0	23	1.55
24446300--24446337	15	2.5	15	86	0	58	36	42	0	21	1.53
24446811--24447131	41	7.8	40	75	7	252	36	22	25	15	1.94
24446811--24447130	82	3.9	82	81	4	342	36	22	25	15	1.94
24446910--24447131	123	1.8	123	84	0	309	36	23	24	15	1.93
24454054--24454219	85	2.0	86	84	2	219	27	18	22	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24454727--24454787	27	2.2	27	91	2	95	52	1	19	26	1.55
24454727--24455008	28	10.1	28	73	13	145	50	4	17	26	1.66
24455036--24455669	319	2.0	319	92	0	1052	30	17	24	27	1.97
24456645--24456820	94	1.9	94	85	4	248	39	6	17	36	1.77
24456930--24456971	22	2.0	22	95	4	77	40	2	14	42	1.58
24456953--24457123	69	2.5	68	85	6	220	44	5	15	34	1.69
24457419--24457460	22	1.9	22	85	0	57	57	0	0	42	0.99
24460184--24460254	17	3.9	19	74	10	58	61	0	1	36	1.05
24469165--24469194	15	2.0	15	100	0	60	33	0	33	33	1.58
24469245--24469291	20	2.4	21	82	10	55	55	6	4	34	1.45
24474504--24474528	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
24479182--24479314	31	4.1	33	70	14	125	46	2	10	40	1.51
24479732--24479766	16	2.2	16	94	0	61	40	5	31	22	1.78
24479999--24480033	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
24480925--24481033	41	2.6	41	95	1	191	22	29	21	26	1.99
24483032--24483066	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
24483058--24483087	15	1.9	16	93	6	53	50	6	0	43	1.28
24482988--24483186	59	3.3	59	71	12	208	50	2	3	43	1.30
24483150--24483186	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
24482980--24483196	120	1.8	120	94	2	391	51	2	2	42	1.30
24483228--24483281	15	3.9	15	72	16	53	51	1	0	46	1.11
24483250--24483391	44	3.2	44	68	21	116	47	3	2	45	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24483194--24483405	88	2.4	90	90	4	331	45	3	3	47	1.39
24483929--24484027	43	2.3	43	80	3	119	41	15	14	29	1.86
24487908--24487950	22	2.0	22	81	9	52	20	4	4	69	1.25
24493207--24493434	119	1.9	120	81	2	280	38	16	7	38	1.76
24494818--24494842	13	1.9	13	100	0	50	44	24	0	32	1.54
24495526--24495577	17	3.1	17	74	0	59	36	32	5	25	1.80
24496689--24496720	13	2.4	14	85	15	50	43	12	15	28	1.83
24496698--24496840	45	3.3	43	77	17	147	39	20	18	20	1.92
24496748--24496867	37	3.2	37	85	8	136	36	22	20	20	1.95
24497044--24497128	40	2.2	40	82	6	102	41	20	5	32	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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