genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  7  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2473778--2473830	22	2.4	23	71	6	56	49	3	1	45	1.31
2473848--2473915	20	3.3	20	64	11	57	54	2	2	39	1.31
2473837--2473926	41	2.2	41	97	2	171	58	2	3	35	1.27
2480074--2480100	7	3.9	7	100	0	54	70	0	14	14	1.17
2483643--2483695	24	2.2	23	83	10	61	35	0	0	64	0.94
2483654--2483726	24	2.9	25	73	16	62	34	4	1	60	1.24
2485022--2485250	121	1.9	121	90	0	368	26	11	23	38	1.88
2496295--2496341	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
2499521--2499565	20	2.2	21	84	11	58	57	8	2	31	1.41
2499779--2499880	10	10.5	10	74	12	61	31	4	0	62	1.23
2499801--2499869	9	7.3	9	80	8	66	34	1	1	62	1.13
2499809--2499869	28	2.2	28	87	0	86	32	1	1	63	1.13
2499944--2500143	90	2.2	90	87	7	289	33	9	20	37	1.84
2500260--2500289	6	5.0	6	95	0	51	36	33	0	30	1.58
2501467--2501524	12	5.0	12	74	14	50	56	1	5	36	1.32
2507640--2507680	19	2.0	22	86	13	61	56	4	4	34	1.42
2514094--2514132	20	2.0	20	90	10	62	12	10	20	56	1.65
2514109--2514170	27	2.4	27	83	5	74	11	12	16	59	1.61
2517768--2517821	25	2.4	21	77	17	54	27	5	7	59	1.47
2521144--2521211	24	2.8	24	80	6	84	41	1	0	57	1.08
2534365--2534425	30	2.0	30	96	0	113	47	9	4	37	1.58
2541012--2541036	9	2.8	9	100	0	50	92	0	0	8	0.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2541388--2541452	22	2.8	23	83	6	78	47	4	10	36	1.59
2541402--2541461	22	2.7	24	82	10	74	43	6	16	33	1.74
2544115--2544166	24	2.2	24	85	0	68	38	3	7	50	1.50
2546093--2546146	27	2.0	27	92	0	90	31	12	20	35	1.90
2546095--2546153	27	2.2	27	87	0	82	32	13	18	35	1.90
2547112--2547157	19	2.3	20	88	7	67	32	0	2	65	1.05
2547084--2547145	27	2.3	26	80	2	70	32	1	4	61	1.27
2548143--2548263	60	2.0	60	100	0	242	31	14	22	31	1.94
2556835--2556897	31	2.0	31	90	0	99	50	9	4	34	1.56
2561271--2561474	75	2.7	76	89	0	311	33	25	17	23	1.96
2561421--2561572	33	4.5	33	68	22	100	32	26	18	22	1.97
2561374--2561704	102	3.2	102	90	0	509	31	26	19	22	1.97
2561549--2561603	27	2.1	27	93	3	94	27	29	20	23	1.99
2562651--2562803	21	7.3	21	70	5	112	45	18	20	16	1.86
2562652--2562808	42	3.7	42	82	5	165	45	17	21	15	1.85
2562652--2562808	84	1.9	84	81	2	190	45	17	21	15	1.85
2577373--2577404	3	10.7	3	93	0	55	34	3	0	62	1.11
2579145--2579216	24	3.2	23	69	15	69	48	0	1	50	1.09
2579148--2579224	24	3.4	23	67	15	61	49	0	1	49	1.09
2582931--2582974	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
2583152--2583214	23	2.7	23	78	7	65	44	3	3	49	1.34
2585022--2585062	21	1.9	22	85	5	57	56	2	4	36	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2586217--2586400	102	1.8	103	83	4	250	52	4	4	38	1.43
2588118--2588149	16	1.9	17	93	6	57	43	12	0	43	1.42
2588886--2588914	15	1.9	15	100	0	58	41	0	3	55	1.17
2593057--2593114	30	1.9	30	89	0	89	34	20	20	24	1.97
2594525--2594574	21	2.6	18	80	17	57	56	0	2	42	1.11
2595167--2595308	71	2.0	71	95	0	257	47	12	10	29	1.75
2595810--2595864	21	2.5	22	76	5	58	36	0	1	61	1.06
2596521--2596563	22	2.0	22	85	0	59	69	13	9	6	1.35
2604325--2604362	18	2.2	18	86	9	53	68	0	7	23	1.16
2605251--2605304	23	2.3	23	70	0	54	27	20	12	38	1.89
2614166--2614230	23	2.8	23	81	4	78	41	20	10	27	1.85
2614834--2614873	20	2.0	20	95	0	71	22	20	22	35	1.96
2615156--2615188	15	2.1	16	88	5	50	39	36	0	24	1.56
2616947--2616975	9	3.2	9	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2617021--2617103	29	3.1	26	77	17	73	43	0	1	55	1.07
2617428--2617472	23	2.0	23	82	4	56	46	4	11	37	1.60
2627371--2627418	20	2.6	18	81	12	53	47	4	2	45	1.33
2643521--2643547	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
2643975--2644062	41	2.1	42	79	6	99	34	5	5	54	1.48
2651516--2651644	62	2.1	59	80	11	136	48	4	11	34	1.60
2652309--2652341	17	1.9	17	100	0	66	18	3	6	72	1.18
2652457--2652491	18	1.9	18	100	0	70	34	2	0	62	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2652451--2652510	27	2.3	25	86	13	77	33	1	0	65	1.03
2652462--2652518	27	2.0	29	86	6	82	38	1	0	59	1.08
2652465--2652525	27	2.2	29	79	8	72	42	1	0	55	1.09
2657154--2657191	15	2.6	15	91	4	60	50	21	15	13	1.78
2659333--2659369	20	1.9	19	89	10	58	40	0	27	32	1.57
2661178--2661219	21	2.0	21	86	9	59	33	0	0	66	0.92
2662804--2662833	11	2.7	11	100	0	60	56	6	0	36	1.26
2663058--2663121	25	2.5	25	77	7	67	31	1	6	60	1.30
2667011--2667122	33	3.2	37	83	9	123	33	26	10	28	1.90
2667315--2667477	82	2.0	82	98	0	317	23	26	19	30	1.98
2667315--2667484	41	4.1	41	90	0	259	24	27	18	30	1.98
2667698--2667741	17	2.7	17	89	6	65	43	18	2	36	1.63
2671961--2672038	3	26.3	3	70	17	56	29	5	5	60	1.40
2676795--2677043	50	4.8	50	84	4	275	20	29	23	26	1.99
2676794--2677043	100	2.4	104	85	6	330	21	29	23	26	1.99
2677138--2677169	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
2677381--2677438	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
2678404--2678444	21	1.9	22	85	5	57	48	2	31	17	1.60
2686287--2686506	108	2.0	108	83	0	278	25	15	8	50	1.71
2687318--2687999	44	15.7	44	74	4	526	30	20	23	25	1.99
2687409--2687873	87	5.3	87	75	5	357	30	20	24	25	1.98
2687299--2687962	131	5.1	131	97	0	1256	30	20	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2689623--2689691	18	3.9	17	76	14	61	28	5	5	59	1.44
2694207--2694252	23	2.0	23	95	0	83	34	6	0	58	1.24
2694313--2694377	27	2.4	27	89	5	96	27	29	26	16	1.97
2694504--2694542	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
2694588--2694640	3	17.3	3	92	3	88	32	0	3	64	1.12
2694639--2694682	3	14.7	3	95	0	79	2	0	29	68	1.02
2695454--2695498	18	2.5	18	96	0	81	28	4	51	15	1.63
2702369--2702419	24	2.2	22	83	12	75	27	17	0	54	1.43
2703634--2703674	15	2.6	16	85	11	50	24	0	7	68	1.15
2707349--2707601	33	7.4	33	67	25	109	32	26	19	21	1.97
2707419--2707527	27	3.8	27	83	10	121	32	29	20	18	1.96
2707375--2707626	130	1.9	130	90	1	398	32	25	20	21	1.98
2713789--2713833	24	2.0	21	87	12	63	68	2	0	28	1.01
2713789--2713833	7	6.0	7	85	14	63	68	2	0	28	1.01
2739085--2739124	20	2.0	20	85	0	53	50	10	10	30	1.69
2739073--2739139	34	1.9	35	84	3	91	46	7	8	37	1.64
2739204--2739249	21	2.1	22	88	4	67	39	30	10	19	1.86
2746802--2746920	48	2.5	48	91	2	186	30	10	25	34	1.89
2749892--2749934	22	2.0	21	86	13	61	39	9	9	41	1.69
2758045--2758090	21	2.1	22	96	4	85	19	28	4	47	1.68
2759782--2759821	10	3.7	10	90	10	53	42	0	0	57	0.98
2759832--2759927	40	2.3	40	89	3	147	63	8	28	0	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2763724--2763759	18	2.0	18	88	0	54	30	0	8	61	1.26
2763775--2763851	20	3.8	20	75	13	77	58	2	3	35	1.30
2763922--2763998	14	5.0	15	72	20	61	41	16	9	32	1.80
2763938--2763977	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
2764727--2764791	15	4.2	15	76	18	53	76	1	6	15	1.05
2764741--2764791	15	3.2	16	80	17	54	78	1	7	11	1.04
2764981--2765019	21	1.9	20	89	5	60	74	2	5	17	1.12
2765001--2765030	12	2.4	13	94	5	53	76	3	0	20	0.92
2770157--2770186	13	2.3	13	94	0	51	73	3	0	23	0.98
2775480--2775516	16	2.2	17	86	13	51	8	5	8	78	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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