genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  46  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13670920--13671005	41	2.1	41	84	4	111	36	20	26	16	1.94
13673577--13673621	19	2.4	19	92	0	72	37	26	17	17	1.93
13683203--13683381	34	5.3	33	72	6	137	30	11	13	43	1.80
13683139--13683368	68	3.4	66	82	3	248	30	11	14	43	1.80
13684357--13684402	24	2.0	24	87	12	69	36	6	17	39	1.76
13692765--13692899	35	3.9	35	83	2	155	38	30	13	17	1.88
13692755--13692900	70	2.1	69	84	2	193	39	30	12	17	1.86
13698383--13698707	162	2.0	162	94	0	569	34	11	24	30	1.90
13700465--13700513	15	3.4	14	83	11	55	44	0	4	51	1.20
13709945--13710036	47	2.0	47	100	0	184	21	13	34	30	1.91
13712199--13712322	35	3.5	35	78	5	117	40	31	12	16	1.85
13713252--13713276	10	2.5	10	100	0	50	24	0	8	68	1.16
13714577--13714618	16	2.7	16	81	3	50	45	16	4	33	1.69
13716548--13716585	15	2.7	14	88	11	60	68	5	0	26	1.11
13719703--13719748	21	2.2	21	84	0	56	15	32	23	28	1.95
13720763--13720800	20	1.9	20	88	0	58	18	15	18	47	1.83
13726032--13726119	27	3.3	26	71	7	70	19	15	19	45	1.86
13726044--13726130	27	3.2	27	81	0	102	20	16	22	40	1.91
13726086--13726145	27	2.2	27	88	5	86	23	20	15	41	1.89
13734823--13734901	41	1.9	41	92	0	131	24	20	29	26	1.99
13734759--13735350	113	5.2	112	87	2	817	26	21	25	26	2.00
13734775--13735347	227	2.5	227	88	2	857	26	21	25	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13735280--13735369	41	2.2	41	87	0	135	21	18	31	28	1.97
13735588--13735669	21	3.8	20	79	7	65	26	1	28	43	1.62
13735588--13735712	7	17.6	7	69	17	53	24	0	30	44	1.59
13735607--13735677	21	3.3	20	76	9	70	26	1	30	40	1.65
13735673--13735712	20	2.0	21	95	5	73	17	0	32	50	1.47
13735670--13735713	7	6.3	7	82	10	54	18	0	36	45	1.49
13735985--13736052	22	3.1	21	77	6	64	27	1	35	35	1.66
13740184--13740425	43	5.6	43	89	1	153	24	19	26	30	1.98
13740184--13740425	86	2.8	86	85	1	333	24	19	26	30	1.98
13740519--13740562	22	2.0	22	86	0	61	47	27	15	9	1.76
13743719--13743768	18	2.8	18	78	0	55	42	4	16	38	1.66
13748151--13748195	22	2.0	22	95	0	81	35	13	26	24	1.92
13750620--13750667	18	2.7	18	78	9	62	41	2	16	39	1.60
13753366--13753414	25	1.9	26	84	12	66	36	18	0	44	1.50
13754386--13754438	27	1.9	28	92	3	90	43	3	1	50	1.30
13754386--13754438	28	1.9	27	92	3	88	43	3	1	50	1.30
13755975--13756020	19	2.3	20	92	7	85	30	10	10	47	1.73
13756001--13756084	36	2.2	36	85	6	105	30	4	15	48	1.65
13758012--13758064	27	2.0	27	96	0	97	33	16	11	37	1.85
13759366--13759411	24	2.0	23	83	8	58	39	8	4	47	1.54
13762169--13762198	5	6.0	5	96	0	51	0	0	23	76	0.78
13765816--13766225	209	2.0	206	85	5	549	25	12	17	45	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13766200--13766323	49	2.5	49	85	6	153	33	8	25	32	1.85
13773659--13773816	78	2.0	78	93	0	271	22	20	15	40	1.91
13773858--13774184	162	2.0	163	93	1	559	26	15	17	40	1.89
13783911--13783942	16	2.0	16	100	0	64	43	6	0	50	1.27
13784592--13784633	20	2.1	20	95	0	75	52	0	2	45	1.13
13787939--13787984	23	2.0	23	100	0	92	34	17	8	39	1.80
13792513--13792545	11	3.1	11	82	8	50	42	0	21	36	1.53
13792890--13792937	25	2.0	24	83	4	60	18	18	18	43	1.88
13793150--13793207	25	2.3	25	78	0	62	24	31	17	27	1.97
13801362--13801409	17	2.6	18	80	16	53	41	16	0	41	1.48
13805462--13805517	26	2.2	26	83	6	69	60	1	0	37	1.07
13805496--13805529	18	1.9	18	88	5	52	70	0	2	26	1.01
13805496--13805545	17	2.9	17	82	11	57	66	2	4	28	1.21
13806039--13806085	16	3.0	16	71	6	51	34	0	2	63	1.06
13806271--13806313	14	3.5	12	82	14	52	32	0	0	67	0.91
13806270--13806312	13	3.3	13	84	12	61	32	0	0	67	0.91
13815266--13815304	17	2.3	17	90	0	60	30	10	10	48	1.70
13817224--13817727	168	3.0	167	91	2	796	29	8	21	40	1.83
13818124--13818156	15	2.1	16	94	5	59	12	12	24	51	1.73
13829909--13830104	97	2.0	97	93	0	338	34	14	9	40	1.79
13833700--13833983	140	2.0	141	93	2	491	32	11	18	37	1.88
13838806--13839169	185	2.0	186	86	1	516	28	15	21	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13845339--13845454	51	2.3	51	75	0	124	33	28	14	23	1.94
13845359--13845525	88	1.9	88	90	2	264	34	28	14	23	1.94
13846604--13846649	24	1.9	24	82	8	58	32	15	10	41	1.82
13846923--13847062	71	2.0	72	88	4	212	31	13	19	35	1.90
13855021--13855068	23	2.1	23	100	0	96	20	4	16	58	1.55
13863482--13863528	23	2.0	23	100	0	94	34	8	17	40	1.79
13884455--13884734	50	5.5	50	82	3	294	26	21	29	22	1.99
13889415--13889465	26	2.0	26	84	7	68	68	9	13	7	1.38
13894574--13894614	21	2.0	21	95	0	73	17	14	17	51	1.77
13896184--13896213	12	2.4	13	94	5	53	56	0	26	16	1.40
13898707--13898764	26	2.3	26	84	3	73	27	18	15	37	1.92
13900858--13900931	38	1.9	38	81	10	89	66	5	1	27	1.22
13900853--13900945	39	2.4	37	74	20	84	68	4	1	25	1.14
13903194--13903274	11	7.6	11	70	21	66	61	0	1	37	1.04
13903194--13903289	30	3.0	31	83	11	124	60	1	1	37	1.11
13903227--13903262	19	1.9	18	94	5	63	63	0	2	33	1.08
13909256--13909414	45	3.6	44	82	4	167	37	27	13	21	1.91
13909296--13909466	45	3.8	45	82	3	139	38	24	11	25	1.88
13914113--13914249	49	2.8	50	83	6	172	29	21	25	23	1.99
13916717--13916799	40	2.1	40	88	0	121	49	4	3	42	1.41
13917673--13917744	24	3.0	24	78	9	76	25	0	6	68	1.15
13919986--13920017	16	2.0	16	93	0	55	43	9	31	15	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13922248--13922296	23	2.0	24	88	7	73	38	24	2	34	1.67
13922440--13922623	51	3.6	50	81	3	217	30	25	17	26	1.97
13922438--13922622	101	1.8	101	87	3	273	31	24	17	25	1.97
13925111--13925157	20	2.5	18	83	12	67	76	12	0	10	1.02
13936641--13936698	27	2.3	25	73	23	59	46	0	1	51	1.11
13942368--13942413	25	1.9	24	86	8	67	60	8	0	30	1.26
13947727--13947771	21	2.1	21	92	8	74	48	17	8	24	1.75
13948501--13948617	41	2.9	41	82	0	135	32	24	23	18	1.97
13961954--13961994	17	2.6	16	81	11	50	26	19	9	43	1.82
13967265--13967306	19	2.2	19	100	0	84	19	4	4	71	1.22
13970771--13970839	25	2.8	25	90	0	111	24	21	24	28	1.99
13971668--13971697	10	3.0	10	95	0	51	23	0	26	50	1.50
13982937--13982961	11	2.3	11	100	0	50	28	12	16	44	1.83
13983254--13983600	43	8.2	43	80	6	354	24	16	31	28	1.96
13983470--13983587	38	3.0	38	82	10	139	25	18	33	22	1.96
13984196--13984250	21	2.7	21	91	5	87	36	18	10	34	1.86
13984594--13984874	44	6.4	45	77	13	253	29	25	14	30	1.95
13984596--13984874	131	2.1	132	93	1	479	29	25	14	30	1.95
13984624--13984877	44	5.8	44	83	6	318	30	24	14	29	1.95
13984596--13984950	131	2.7	131	87	3	421	28	25	16	29	1.97
13984838--13985754	88	10.4	88	90	0	1350	24	26	22	25	2.00
13992667--13992721	21	2.7	21	88	5	78	34	18	12	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13993259--13993406	49	2.9	50	83	9	156	22	31	19	27	1.98
13997769--13997801	18	1.9	17	88	11	50	27	15	12	45	1.81
13998669--13998808	32	4.4	32	87	0	192	37	19	20	22	1.94
13998986--13999131	24	6.1	24	81	0	148	43	22	8	25	1.80
13999183--13999261	27	2.9	27	81	3	97	20	24	18	36	1.95
14012034--14012065	14	2.3	14	100	0	64	31	18	25	25	1.98
14020502--14020610	41	2.5	44	79	10	118	33	25	14	26	1.95
14026580--14026959	27	14.2	27	77	6	355	43	20	17	18	1.88
14027113--14027175	26	2.4	26	83	0	81	17	22	23	36	1.95
14027297--14027366	28	2.5	28	80	0	77	25	24	24	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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