genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1274445--1274539	23	4.1	23	72	5	75	23	12	22	42	1.87
1274404--1274578	24	7.5	22	67	8	71	25	10	20	44	1.83
1274548--1274635	23	3.7	22	74	8	68	30	10	19	39	1.85
1288968--1288998	15	2.1	15	93	0	53	48	3	6	41	1.45
1288963--1289029	28	2.4	28	81	13	84	38	2	4	53	1.36
1288964--1289004	13	3.0	13	80	13	55	41	2	7	48	1.44
1290546--1290585	20	2.1	19	90	4	62	52	2	5	40	1.37
1290551--1290594	20	2.2	20	91	0	70	54	0	4	40	1.21
1290560--1290636	26	3.0	26	90	3	120	58	0	3	37	1.17
1293331--1293384	23	2.3	23	81	12	56	61	3	9	25	1.43
1298488--1298531	20	2.2	21	88	8	65	63	4	0	31	1.14
1300197--1300223	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
1300497--1300531	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
1300384--1300697	157	2.0	158	91	1	515	45	3	4	46	1.40
1300655--1300810	18	8.0	18	67	24	77	53	1	1	42	1.19
1300625--1301165	120	4.5	120	94	2	917	52	3	1	42	1.25
1300721--1300763	22	1.9	23	85	4	61	60	2	0	37	1.10
1300625--1301165	241	2.3	239	93	2	915	52	3	1	42	1.25
1300923--1301151	64	3.7	64	69	19	187	52	3	1	42	1.26
1301013--1301065	18	3.0	18	86	8	65	54	0	1	43	1.11
1304912--1304937	4	6.5	4	100	0	52	50	23	0	26	1.50
1311609--1311673	31	2.1	32	82	8	80	21	7	15	55	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1311816--1311857	22	1.9	22	85	0	57	64	11	2	21	1.38
1311841--1311907	31	2.2	31	81	10	75	56	16	0	26	1.40
1319127--1319161	17	2.1	17	94	0	61	68	0	5	25	1.11
1322633--1322670	17	2.3	17	90	4	60	39	7	10	42	1.69
1333748--1333778	16	2.0	15	93	6	53	35	6	12	45	1.68
1351543--1351568	13	2.0	13	100	0	52	38	23	23	15	1.92
1357808--1357847	19	2.2	18	86	13	55	65	15	10	10	1.48
1358123--1358195	36	2.0	36	97	0	137	38	15	10	35	1.82
1360119--1360192	29	2.5	31	84	4	89	52	14	12	20	1.73
1360646--1361324	350	1.9	350	93	0	1180	25	10	18	44	1.82
1380414--1380500	43	2.0	43	88	4	131	24	1	11	63	1.35
1385182--1385219	16	2.4	16	86	8	51	47	2	0	50	1.15
1385426--1385603	20	8.9	20	66	11	80	55	2	5	37	1.37
1385438--1385476	18	2.2	18	86	4	53	66	2	2	28	1.18
1385504--1385601	10	9.7	10	70	16	69	54	2	4	39	1.31
1385491--1385602	40	2.7	39	84	10	127	51	1	5	41	1.35
1385804--1385881	10	7.7	10	73	7	59	43	2	2	51	1.29
1385805--1385913	21	5.3	20	70	11	69	44	2	1	50	1.26
1393638--1393672	18	1.9	18	88	0	52	54	0	5	40	1.24
1399130--1399184	3	18.3	3	100	0	110	0	34	0	65	0.93
1403902--1403968	29	2.4	28	80	12	66	25	8	13	52	1.69
1405057--1405111	27	2.0	27	86	6	76	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1405190--1405251	5	12.4	5	100	0	124	61	0	0	38	0.96
1421899--1421932	6	5.8	6	86	6	52	35	0	0	64	0.94
1427690--1427714	7	3.6	7	100	0	50	36	0	0	64	0.94
1430096--1430156	31	1.9	32	83	3	79	42	1	1	54	1.20
1430933--1430978	24	1.9	24	100	0	92	41	13	30	15	1.85
1433059--1433217	33	4.8	32	69	9	104	29	14	26	29	1.95
1432992--1433217	101	2.2	101	89	0	344	30	14	24	30	1.95
1433225--1433275	24	2.1	24	85	7	68	47	3	23	25	1.69
1435770--1435819	22	2.3	22	79	6	57	62	4	8	26	1.41
1437372--1437414	15	2.8	15	80	16	52	41	6	0	51	1.29
1439588--1439616	13	2.2	13	100	0	58	62	20	0	17	1.33
1441032--1441072	3	13.7	3	94	0	73	68	2	0	29	1.03
1444246--1444284	18	2.1	19	86	13	55	51	2	0	46	1.14
1444253--1444294	18	2.3	19	83	8	59	59	0	2	38	1.10
1452033--1452063	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
1453633--1453663	4	7.8	4	100	0	62	77	0	0	22	0.77
1457445--1457475	15	2.0	16	93	6	55	70	6	0	22	1.09
1485077--1485113	19	2.0	18	89	5	56	62	2	2	32	1.23
1485884--1485950	34	1.9	35	87	3	100	49	11	7	31	1.67
1494229--1494282	23	2.3	23	87	0	72	25	18	11	44	1.83
1494409--1494447	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
1496317--1496362	22	2.0	24	87	8	69	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1508406--1508448	17	2.3	18	80	19	52	34	4	4	55	1.41
1508520--1508545	5	5.2	5	100	0	52	42	0	0	57	0.98
1514250--1514311	27	2.2	28	80	8	65	20	8	27	43	1.80
1515936--1516015	35	2.3	34	87	10	126	17	8	10	63	1.49
1524417--1524473	28	2.0	28	100	0	114	54	17	10	17	1.70
1527157--1527203	20	2.3	20	83	16	62	38	2	0	59	1.09
1527261--1527307	23	2.0	25	87	8	71	40	0	6	53	1.27
1532276--1532330	27	2.0	27	96	0	101	23	18	34	23	1.96
1534558--1534668	56	2.0	54	83	13	136	59	2	1	36	1.22
1534682--1534786	11	9.5	11	69	13	54	61	2	3	31	1.28
1534682--1534710	12	2.5	12	94	5	51	68	0	0	31	0.89
1534681--1534716	17	2.1	17	90	10	56	66	0	0	33	0.92
1534748--1534791	22	2.0	21	82	4	52	61	2	6	29	1.34
1538059--1538139	39	2.1	39	100	0	162	34	14	27	23	1.94
1544044--1544083	15	2.6	15	88	4	53	60	2	0	37	1.11
1544878--1544925	16	3.3	15	86	11	64	6	10	4	79	1.05
1549510--1549541	16	2.0	16	100	0	64	18	12	25	43	1.85
1551067--1551118	19	2.6	19	79	11	59	73	3	0	23	1.00
1551067--1551117	11	4.9	11	83	9	63	74	3	0	21	0.98
1551067--1551118	20	2.5	20	78	12	61	73	3	0	23	1.00
1551227--1551730	157	3.3	154	87	3	723	30	8	7	52	1.60
1553411--1553444	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1561175--1561230	27	2.1	27	100	0	112	39	16	10	33	1.83
1566870--1567045	86	2.1	85	88	5	257	36	10	11	41	1.76
1568536--1568875	167	2.0	167	87	3	488	32	16	27	23	1.96
1568736--1569010	141	1.9	142	92	2	464	32	16	27	23	1.96
1572028--1572062	16	2.2	16	94	0	61	42	37	0	20	1.52
1572699--1572743	11	4.2	11	88	2	65	64	8	6	20	1.44
1583337--1583367	5	6.0	5	92	7	53	58	0	0	41	0.98
1583791--1583835	18	2.6	18	82	3	56	42	8	15	33	1.78
1586026--1586393	123	3.0	123	91	2	576	29	14	22	33	1.94
1589405--1589644	116	2.1	116	92	1	392	43	6	9	40	1.63
1589638--1589771	23	5.9	23	76	10	114	26	0	24	48	1.51
1589647--1589771	46	2.8	44	78	11	137	25	0	26	48	1.52
1589782--1589867	30	3.0	29	91	5	138	70	1	1	26	1.01
1589769--1589877	30	3.7	29	81	8	112	64	0	0	33	1.06
1589821--1589908	38	2.3	39	80	11	101	62	0	2	35	1.08
1590223--1590266	22	1.9	22	86	9	61	65	0	0	34	0.93
1590223--1590266	12	3.8	12	79	11	56	65	0	0	34	0.93
1590272--1590313	11	3.8	11	93	0	75	52	7	21	19	1.69
1590317--1590356	11	3.6	11	93	6	64	42	0	35	22	1.54
1591140--1591167	14	2.0	14	100	0	56	14	0	14	71	1.15
1592720--1592750	14	2.2	14	94	0	53	38	35	3	22	1.71
1600740--1600829	39	2.3	40	84	7	121	17	25	28	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1605931--1605967	18	2.1	18	89	0	56	21	27	16	35	1.94
1610577--1610797	109	2.0	109	92	3	365	37	5	20	36	1.76
1620955--1621008	27	2.0	27	100	0	108	29	14	22	33	1.94
1627044--1627297	44	5.6	44	78	6	222	35	16	18	29	1.93
1627044--1627240	89	2.2	88	83	8	247	35	16	19	29	1.93
1628943--1628982	12	3.2	12	85	3	53	25	7	0	67	1.16
1633456--1633484	6	4.8	6	100	0	58	34	0	0	65	0.93
1640250--1640508	113	2.3	114	89	2	387	29	8	18	42	1.80
1648185--1648213	4	7.2	4	100	0	58	51	0	0	48	1.00
1651366--1651449	27	3.2	27	64	16	77	34	28	17	19	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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