genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.106.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  106  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33032545--33032707	36	4.4	36	72	6	119	32	23	20	23	1.98
33032505--33032707	112	1.8	113	84	5	286	33	23	19	23	1.97
33033438--33033472	17	2.1	17	100	0	70	28	20	11	40	1.87
33041859--33042016	51	3.1	51	97	0	289	31	14	23	30	1.94
33064470--33064578	40	2.7	40	81	2	121	17	24	26	31	1.97
33064482--33064600	40	3.0	40	82	7	134	18	22	27	31	1.97
33066721--33066817	49	1.9	52	87	10	148	42	0	2	55	1.11
33067200--33067276	35	2.2	37	79	11	90	45	1	2	50	1.23
33067361--33067458	44	2.2	45	85	5	128	33	27	5	33	1.79
33069088--33069125	17	2.1	18	90	9	60	39	10	18	31	1.85
33071157--33071209	19	2.8	18	73	21	54	41	0	3	54	1.18
33072676--33072853	92	1.9	92	81	13	215	44	6	7	40	1.60
33072968--33072997	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
33078387--33078472	34	2.5	34	83	3	102	17	11	34	36	1.86
33080874--33081052	50	3.5	50	81	6	178	22	27	21	27	1.99
33086733--33086979	50	4.8	50	79	3	226	23	26	21	28	1.99
33088951--33088993	16	2.8	16	80	19	56	37	0	20	41	1.53
33089367--33089392	9	2.9	9	100	0	52	23	0	30	46	1.53
33093223--33093354	13	10.2	13	68	14	76	43	2	17	36	1.62
33093232--33093323	40	2.4	39	85	3	114	46	3	17	32	1.64
33095054--33095120	8	8.4	8	91	4	109	53	8	0	37	1.32
33101512--33101558	16	2.9	16	81	6	51	68	4	8	19	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33102727--33102755	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
33105658--33105690	17	1.9	17	100	0	66	57	6	0	36	1.23
33105688--33105743	21	2.7	21	74	0	58	10	1	23	64	1.35
33106136--33106203	34	2.0	35	91	2	111	45	20	11	22	1.83
33106094--33106326	94	2.5	94	90	4	353	50	16	9	23	1.74
33106256--33106389	55	2.4	55	88	0	205	49	15	9	25	1.75
33107812--33107870	3	18.7	3	79	10	64	28	1	6	62	1.30
33108164--33108215	27	1.9	27	84	0	68	28	0	0	71	0.87
33117747--33117796	16	3.3	15	76	13	50	46	4	0	50	1.20
33130386--33130425	19	2.2	18	86	4	53	40	5	35	20	1.74
33157063--33157101	4	9.8	4	94	0	69	0	2	23	74	0.94
33160409--33160456	15	3.3	14	85	5	60	75	0	20	4	0.97
33160398--33160459	21	3.0	21	85	4	72	70	0	22	6	1.09
33161406--33161512	33	3.2	33	90	5	171	32	20	11	35	1.88
33167549--33167615	21	3.2	21	87	8	100	28	34	7	29	1.85
33171882--33171971	40	2.2	41	82	11	114	35	42	7	14	1.75
33171910--33171955	7	6.9	7	80	7	51	34	39	10	15	1.82
33171899--33171981	20	4.2	20	80	11	89	39	38	6	15	1.72
33171919--33171994	7	11.6	7	79	12	65	42	39	3	14	1.64
33171953--33171993	6	6.5	6	83	10	55	48	36	0	14	1.44
33173914--33174145	29	8.2	29	79	5	242	35	19	17	27	1.95
33173915--33174143	57	4.1	57	80	5	232	35	20	17	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33173930--33174145	86	2.5	87	81	5	237	35	20	17	26	1.94
33173914--33174171	29	9.2	28	77	9	208	34	19	18	27	1.95
33179336--33179433	50	2.0	50	89	0	151	28	26	15	29	1.96
33181636--33181671	18	1.9	19	88	5	56	25	0	11	63	1.27
33185808--33185900	42	2.2	43	86	7	127	18	26	33	21	1.96
33198359--33198511	29	5.2	29	78	6	139	24	18	21	35	1.95
33201768--33201796	14	2.1	14	100	0	58	20	0	0	79	0.74
33202125--33202171	24	2.0	24	83	8	60	57	4	0	38	1.18
33206532--33206614	27	3.0	27	79	6	87	28	21	13	36	1.91
33209572--33209633	29	2.1	29	84	0	79	48	20	11	19	1.79
33211757--33211797	21	2.0	21	100	0	82	43	19	4	31	1.72
33216530--33216590	28	2.1	29	81	3	70	39	9	3	47	1.53
33216972--33217000	5	5.8	5	100	0	58	62	0	0	37	0.96
33222587--33222637	26	1.9	27	92	4	86	25	11	15	47	1.80
33224079--33224129	24	2.1	24	85	7	68	17	41	3	37	1.68
33235606--33235639	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
33240015--33240053	19	2.1	19	95	0	69	28	10	12	48	1.74
33239982--33240118	54	2.5	54	89	0	202	32	12	13	42	1.81
33244407--33244495	19	4.8	19	68	18	71	26	15	12	44	1.82
33244389--33244545	54	2.9	54	86	1	208	31	13	13	42	1.83
33261884--33261917	18	1.9	18	94	5	61	29	14	8	47	1.75
33263445--33263590	73	2.0	73	100	0	292	28	28	12	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33267043--33267203	45	3.6	44	85	5	214	35	27	15	21	1.94
33276534--33276569	18	2.0	18	94	0	63	44	16	13	25	1.85
33282308--33282493	50	3.7	50	82	3	198	27	23	27	21	1.99
33294189--33294292	26	4.0	26	86	5	120	38	26	17	17	1.92
33294458--33294704	27	9.1	27	81	6	259	18	16	22	42	1.89
33294458--33294704	54	4.6	54	89	1	334	18	16	22	42	1.89
33294482--33294704	81	2.8	81	90	0	347	18	16	22	42	1.89
33295884--33295939	24	2.3	24	81	6	69	16	39	3	41	1.65
33299904--33299933	16	1.9	16	93	6	53	60	0	16	23	1.36
33301464--33301696	38	6.1	38	80	1	241	16	23	28	31	1.96
33301657--33301752	41	2.3	41	80	0	111	23	17	20	37	1.94
33314872--33314901	15	2.0	15	93	0	51	46	10	0	43	1.37
33325421--33325500	24	3.3	24	77	6	74	21	31	16	31	1.95
33325564--33325621	26	2.2	26	84	0	71	18	22	22	36	1.95
33325712--33325759	24	2.0	23	88	4	69	20	22	18	37	1.94
33325720--33325818	25	4.0	25	74	1	92	27	28	14	30	1.95
33331795--33331927	29	4.6	29	81	3	124	24	27	12	36	1.91
33334378--33334431	20	2.8	20	78	13	67	68	5	1	24	1.21
33334581--33334622	13	3.2	13	80	6	50	71	2	2	23	1.10
33338572--33338625	24	2.2	24	80	3	63	70	1	3	24	1.13
33338578--33338617	19	2.2	18	86	4	53	75	2	0	22	0.93
33340326--33340359	15	2.2	16	89	5	52	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33341432--33341466	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
33343918--33343962	22	2.1	21	84	15	58	55	2	0	42	1.12
33344385--33344440	19	3.0	19	79	7	62	62	5	1	30	1.28
33346212--33346237	7	3.7	7	100	0	52	57	11	0	30	1.34
33346923--33347054	70	1.9	67	81	7	158	31	13	13	41	1.83
33348968--33349102	37	3.4	40	70	7	123	32	23	17	25	1.97
33353585--33353615	4	7.5	4	92	7	53	48	3	0	48	1.17
33355276--33355310	16	2.2	16	94	0	61	45	8	22	22	1.79
33355489--33355644	60	2.7	60	81	11	182	55	2	1	40	1.25
33362537--33362583	21	2.3	21	85	10	62	12	34	4	48	1.61
33367361--33367545	101	1.8	102	84	5	259	24	16	27	31	1.96
33367355--33367543	51	3.7	51	75	8	165	24	16	27	31	1.96
33367361--33367553	102	1.9	101	84	5	255	24	17	27	31	1.97
33370068--33370164	49	2.0	50	87	2	142	25	15	27	30	1.96
33372829--33373162	51	6.6	50	76	6	246	22	18	28	30	1.97
33372931--33373015	28	3.2	27	71	21	90	21	15	29	34	1.94
33372821--33373162	101	3.4	102	77	10	299	22	18	28	30	1.97
33372821--33373162	152	2.3	152	97	0	641	22	18	28	30	1.97
33373086--33373166	26	3.2	25	69	22	69	22	14	28	34	1.94
33377414--33377444	12	2.6	12	94	0	53	38	0	6	54	1.26
33377520--33377760	30	8.1	30	72	13	158	40	13	22	23	1.89
33377635--33377779	30	4.8	30	81	3	112	35	14	22	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33377606--33377779	90	1.9	90	84	0	231	36	14	23	25	1.93
33385171--33385221	18	2.7	19	87	6	77	21	31	0	47	1.51
33396551--33396577	6	4.5	6	100	0	54	33	51	0	14	1.43
33403426--33403476	23	2.2	23	96	0	93	39	21	9	29	1.85
33406111--33406148	19	2.0	19	94	0	67	39	15	7	36	1.77
33408474--33408785	94	3.3	94	79	4	310	37	20	15	26	1.92
33409357--33409410	26	2.1	26	85	0	72	31	25	11	31	1.91
33409713--33409749	9	4.1	9	85	0	56	48	13	8	29	1.71
33409808--33409870	30	2.1	30	85	5	83	20	46	0	33	1.51
33410986--33411020	14	2.5	14	90	0	52	17	37	2	42	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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