genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  68  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20895323--20895381	29	2.0	30	81	15	70	57	3	1	37	1.25
20897591--20897625	17	2.0	18	88	5	54	48	11	11	28	1.74
20903960--20903993	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
20903943--20904002	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
20921002--20921098	38	2.6	38	86	0	140	29	18	20	30	1.97
20922853--20923072	31	7.3	31	67	9	107	27	11	30	30	1.91
20922902--20922961	28	2.1	28	87	0	84	28	11	33	26	1.91
20922850--20923101	88	2.8	88	80	6	249	29	11	29	28	1.92
20923063--20923152	29	3.1	28	69	15	85	30	20	25	24	1.99
20928796--20928834	3	13.3	3	84	15	55	66	0	0	33	0.92
20928796--20928834	11	3.4	11	89	7	51	66	0	0	33	0.92
20929056--20929096	20	2.0	22	85	9	59	70	4	9	14	1.30
20929257--20929315	22	2.7	22	84	7	75	42	16	3	37	1.66
20929271--20929368	19	4.8	19	83	9	97	38	16	7	37	1.76
20929305--20929367	21	3.1	21	88	9	103	38	14	7	39	1.75
20930502--20930530	5	5.8	5	100	0	58	0	0	20	79	0.74
20933363--20933423	31	2.0	31	100	0	122	21	9	19	49	1.77
20941441--20941482	22	1.9	22	85	0	57	54	9	14	21	1.68
20942204--20942256	21	2.5	20	76	11	54	15	18	18	47	1.83
20942237--20942347	42	2.6	42	73	8	100	17	23	18	41	1.90
20942263--20942325	21	3.0	21	69	0	54	14	23	20	41	1.89
20945225--20945442	45	4.9	45	84	3	262	26	16	24	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20948750--20948808	29	2.1	28	81	15	68	45	1	16	35	1.58
20950068--20950237	45	3.8	45	74	2	155	30	13	21	34	1.92
20958098--20958145	21	2.2	22	81	3	62	27	25	16	31	1.97
20958114--20958235	45	2.7	45	80	0	127	27	18	14	40	1.89
20969869--20969897	12	2.4	12	100	0	58	44	17	6	31	1.75
20989101--20989141	22	2.0	19	86	13	55	63	7	0	29	1.21
20993664--20993702	17	2.3	17	100	0	78	48	10	5	35	1.59
21002060--21002402	50	6.8	50	91	0	524	20	30	23	25	1.98
21003426--21003466	17	2.4	17	95	0	73	19	24	4	51	1.66
21009138--21009309	50	3.4	51	79	9	176	41	11	15	31	1.83
21011861--21011888	11	2.5	11	100	0	56	21	0	7	71	1.09
21019619--21019670	22	2.4	21	78	6	59	50	13	17	19	1.78
21025570--21025605	16	2.2	16	95	0	63	38	8	25	27	1.84
21025587--21025679	44	2.1	46	85	4	127	29	5	26	38	1.78
21025818--21026171	122	2.9	120	96	1	654	51	4	0	43	1.28
21025809--21026174	120	3.0	120	95	2	660	51	4	0	43	1.28
21028345--21028864	260	2.0	260	98	0	1013	28	18	12	40	1.87
21033102--21033137	18	2.0	18	94	0	63	25	27	8	38	1.84
21033570--21033622	25	2.1	26	96	3	99	43	0	11	45	1.40
21033663--21034218	23	25.1	22	76	15	444	48	25	0	25	1.54
21033705--21034209	136	3.6	137	84	9	561	48	26	0	24	1.54
21033660--21034184	91	5.7	92	85	6	567	48	25	0	25	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21034115--21034161	15	3.2	15	93	3	78	53	23	0	23	1.47
21034070--21034210	76	1.9	76	92	0	237	50	23	0	25	1.54
21037458--21037833	125	3.0	125	90	1	578	32	22	14	29	1.94
21038240--21038273	16	2.1	17	89	10	54	32	2	0	64	1.08
21048366--21048409	11	3.7	11	82	14	52	75	2	18	4	1.09
21048368--21048407	18	2.2	19	90	4	64	77	2	15	5	1.04
21048366--21048407	13	3.5	12	81	12	50	76	2	16	4	1.07
21048392--21048482	25	3.5	24	68	20	60	64	5	21	7	1.40
21050353--21050417	33	2.0	33	93	0	112	29	29	7	33	1.85
21056446--21056494	24	2.2	21	77	19	62	34	14	12	38	1.83
21065993--21066032	6	6.5	6	94	5	71	82	0	15	2	0.77
21065982--21066034	18	2.9	18	89	8	81	77	1	16	3	1.01
21066077--21066118	18	2.5	17	88	7	59	69	0	23	7	1.13
21073257--21073454	50	4.0	49	78	4	207	26	18	26	28	1.98
21073257--21073438	101	1.8	101	83	0	247	26	18	26	28	1.98
21077254--21077286	14	2.4	14	94	0	57	48	6	6	39	1.53
21080826--21080880	22	2.5	22	82	5	67	45	12	21	20	1.84
21081471--21081593	63	2.0	63	88	3	185	25	22	21	30	1.99
21083499--21083528	15	2.1	14	93	6	51	20	30	0	50	1.49
21087351--21087398	25	1.9	25	95	0	87	22	6	16	54	1.65
21092805--21093174	40	9.3	40	85	4	462	23	19	28	28	1.99
21092805--21093170	120	3.1	120	94	0	626	23	19	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21100984--21101226	40	6.3	39	83	8	286	23	20	28	27	1.99
21100985--21101216	111	2.0	117	89	5	359	23	19	29	27	1.98
21106823--21106968	72	2.0	72	100	0	292	30	21	15	32	1.94
21114118--21114157	14	2.9	14	80	0	53	40	7	20	32	1.80
21114595--21114638	23	1.9	23	90	0	70	45	6	0	47	1.29
21115035--21115065	16	1.9	16	93	0	53	48	0	0	51	1.00
21117087--21117120	9	3.8	9	92	0	59	52	2	0	44	1.16
21120537--21120566	12	2.5	12	100	0	60	26	26	20	26	1.99
21137732--21137872	25	5.8	25	67	12	87	27	24	17	29	1.97
21137742--21137822	24	3.3	24	70	14	67	28	24	17	29	1.97
21137722--21137892	49	3.5	47	83	5	180	26	23	19	29	1.98
21137767--21137917	25	6.2	24	69	13	85	27	23	19	29	1.99
21149902--21149930	13	2.3	13	94	5	51	20	10	6	62	1.50
21152406--21152459	28	2.0	27	85	3	72	31	27	24	16	1.96
21152821--21152871	25	2.0	25	84	0	66	23	13	23	39	1.91
21152837--21152892	27	2.2	25	83	6	67	17	17	19	44	1.87
21157643--21157691	20	2.5	20	80	16	57	44	20	22	12	1.84
21159389--21159567	50	3.6	49	78	5	182	28	22	26	22	1.99
21163178--21163206	15	2.0	15	93	6	51	37	27	6	27	1.82
21164986--21165146	59	2.7	60	79	11	172	26	23	14	34	1.94
21165044--21165159	30	4.0	29	80	5	101	27	23	13	35	1.93
21165052--21165230	29	6.1	29	79	5	184	24	25	12	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21166197--21166221	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
21183973--21184002	14	2.1	15	93	6	53	6	33	0	60	1.23
21189883--21189914	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
21190132--21190332	51	4.0	51	80	7	221	31	29	15	22	1.95
21190140--21190324	101	1.8	102	83	5	250	32	28	16	22	1.95
21202178--21202320	50	2.9	50	82	0	178	25	20	30	23	1.99
21211194--21211241	24	2.0	24	95	0	87	52	4	4	39	1.40
21211196--21211248	24	2.2	24	89	0	79	54	5	1	37	1.35
21212288--21212328	2	20.5	2	100	0	82	48	0	51	0	1.00
21217678--21217761	42	2.0	42	100	0	168	47	14	9	28	1.75
21217680--21217772	42	2.2	42	94	0	159	51	12	6	29	1.65
21223104--21223202	38	2.6	38	78	9	112	47	10	5	37	1.59
21224929--21225296	103	3.6	104	92	3	609	30	30	20	18	1.96
21225169--21225220	27	1.9	27	96	0	95	28	32	25	13	1.93
21225624--21225687	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
21225631--21225687	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
21230192--21230375	40	4.6	40	81	6	187	23	21	27	27	1.99
21230272--21230422	40	3.8	39	80	6	117	24	22	28	24	1.99
21238051--21238233	40	4.6	40	81	8	187	24	20	27	27	1.99
21238051--21238230	79	2.3	81	83	8	219	23	21	27	27	1.99
21238131--21238280	39	3.8	39	81	7	117	24	22	28	24	1.99
21238104--21238270	79	2.1	79	82	4	194	24	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21243703--21243753	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
21243463--21243831	104	3.6	103	95	1	623	30	30	20	18	1.96
21244159--21244222	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
21244166--21244222	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
21246346--21246416	27	2.6	27	86	0	97	30	18	35	15	1.92
21246379--21246438	27	2.2	27	82	5	68	36	18	26	18	1.94
21247858--21247884	14	1.9	14	100	0	54	25	14	37	22	1.93
21252614--21252704	43	2.1	43	82	6	105	32	10	9	46	1.72
21254119--21254280	43	3.8	43	86	0	216	23	19	28	28	1.98
21259198--21259276	37	2.1	37	90	0	122	26	30	17	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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