genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  44  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12940835--12940874	19	2.1	19	85	4	53	15	7	12	65	1.47
12945537--12945590	27	2.0	28	85	3	74	51	12	7	27	1.66
12952365--12952417	27	1.9	28	88	3	81	52	0	13	33	1.40
12955952--12955991	21	1.9	21	89	0	62	50	2	12	35	1.54
12957420--12957626	49	4.3	47	75	13	154	36	15	20	27	1.93
12957446--12957676	49	4.7	49	76	12	176	35	14	22	27	1.93
12957593--12957695	48	2.1	49	81	12	115	32	17	26	24	1.97
12968908--12968944	16	2.3	16	100	0	74	37	5	35	21	1.77
12970670--12970737	5	13.8	5	71	20	54	60	20	2	16	1.48
12970657--12970719	21	2.9	21	83	9	74	58	20	6	14	1.57
12970651--12970737	30	2.9	29	83	14	113	58	20	5	14	1.57
12972032--12972076	23	2.0	22	95	4	81	57	4	24	13	1.54
12978543--12978583	21	2.0	21	90	0	64	12	2	2	82	0.86
12978702--12978743	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66
12983572--12983628	12	4.7	12	70	12	53	52	10	19	17	1.73
12988816--12988876	9	6.7	9	81	3	68	21	8	29	40	1.82
12990291--12991192	44	20.8	44	69	14	376	28	20	22	27	1.99
12990277--12991184	217	4.2	217	90	1	1372	28	20	22	27	1.99
12993112--12993165	13	3.8	13	81	13	54	16	1	3	77	1.00
12993258--12993304	19	2.4	20	78	3	51	31	8	10	48	1.68
12994284--12994361	29	2.7	29	85	2	102	38	6	19	35	1.77
12994619--12994651	12	2.8	12	100	0	66	48	0	24	27	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12995193--12995250	25	2.4	24	85	5	73	37	1	0	60	1.07
12999306--12999351	24	1.9	24	90	0	74	32	32	13	21	1.92
13002544--13002573	13	2.3	13	94	0	51	0	16	0	83	0.65
13002891--13002941	17	2.9	17	72	13	50	56	1	0	41	1.10
13005124--13005492	126	2.9	125	88	1	524	27	17	17	37	1.92
13005569--13005698	34	3.8	34	82	5	154	43	16	0	40	1.53
13007284--13007333	20	2.6	19	75	18	50	54	0	2	44	1.11
13015131--13015193	25	2.5	25	84	2	90	11	7	15	65	1.47
13017330--13017552	69	3.2	69	74	9	206	31	26	21	20	1.98
13023325--13023418	9	10.0	9	71	11	64	60	6	2	30	1.33
13023327--13023422	19	5.2	18	69	13	61	62	6	2	29	1.31
13023699--13023756	22	2.5	23	83	5	64	50	1	5	43	1.35
13023759--13023878	59	2.1	59	88	1	188	41	5	9	43	1.60
13023944--13023992	24	2.0	26	88	8	75	59	2	0	38	1.09
13026970--13027119	59	2.6	58	85	3	212	21	18	22	37	1.94
13027161--13027216	26	2.2	26	83	6	69	23	12	8	55	1.65
13027605--13027828	120	1.9	120	99	0	439	44	1	4	49	1.32
13027605--13027793	61	3.1	60	72	11	206	43	1	5	49	1.34
13028042--13028106	16	4.1	16	87	0	94	21	32	4	41	1.74
13031402--13031560	80	2.0	80	100	0	318	51	7	23	17	1.70
13034887--13035015	30	4.0	30	79	14	159	34	3	20	41	1.71
13034885--13035013	68	1.9	68	95	0	231	33	3	21	41	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13041027--13041136	48	2.3	48	91	0	184	27	15	15	41	1.87
13049983--13050103	30	3.9	30	74	19	106	38	3	17	40	1.66
13053190--13053229	15	2.9	15	75	24	52	47	7	0	45	1.31
13059821--13059872	26	2.0	26	100	0	104	53	11	3	30	1.54
13062612--13062866	57	4.5	57	84	4	297	43	16	9	30	1.79
13062613--13062861	113	2.2	112	85	4	324	44	16	9	30	1.78
13063543--13063673	66	2.0	67	98	1	255	38	25	5	30	1.78
13064113--13064151	19	2.1	19	95	0	69	71	0	25	2	0.98
13064761--13064834	33	2.4	30	84	8	94	37	2	1	58	1.21
13068249--13068320	25	2.9	24	75	6	72	16	29	20	33	1.95
13069477--13069560	43	2.0	43	95	0	150	21	33	25	20	1.97
13069974--13070002	12	2.4	12	100	0	58	27	0	0	72	0.85
13070867--13070910	22	2.0	23	86	13	65	2	15	0	81	0.78
13070869--13070914	14	3.6	13	86	11	60	2	17	0	80	0.81
13071556--13071692	57	2.4	57	85	6	186	48	5	18	27	1.70
13071591--13071750	29	5.5	30	77	8	145	46	4	18	30	1.69
13071648--13071751	30	3.5	31	85	6	110	47	2	16	33	1.61
13071912--13072246	77	4.4	76	79	7	361	35	17	18	29	1.93
13084798--13084854	21	2.8	20	78	7	62	0	22	1	75	0.90
13084794--13084854	12	5.1	11	78	18	52	0	21	1	77	0.86
13084794--13084834	18	2.3	18	83	4	57	0	19	0	80	0.71
13084936--13084979	17	2.6	16	82	13	52	0	29	2	68	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13085539--13085610	31	2.4	30	83	6	83	52	4	13	29	1.59
13098850--13098952	52	2.0	52	100	0	206	34	13	13	37	1.84
13098866--13098974	52	2.1	51	83	10	132	36	14	14	33	1.87
13105927--13105957	15	2.1	15	93	0	53	35	0	3	61	1.12
13106488--13106684	98	2.0	98	95	0	358	28	10	23	37	1.88
13107602--13107640	18	2.1	19	85	4	53	30	2	0	66	1.05
13107884--13107916	12	2.8	12	82	17	50	36	33	15	15	1.88
13110790--13110846	29	2.0	29	100	0	114	49	8	14	28	1.72
13111483--13111510	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
13112256--13112305	3	16.7	3	100	0	100	34	0	34	32	1.58
13112450--13112483	16	2.1	16	100	0	68	44	29	20	5	1.75
13120982--13121015	16	2.1	16	88	5	50	8	0	14	76	1.01
13134164--13134191	5	5.6	5	100	0	56	21	17	17	42	1.89
13134597--13134662	27	2.4	27	84	0	78	30	18	31	19	1.96
13140642--13140669	12	2.3	12	100	0	56	67	7	0	25	1.15
13145587--13145890	47	6.4	47	90	3	416	32	9	30	27	1.88
13145741--13145862	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
13148446--13148544	39	2.5	40	95	3	175	23	23	29	24	1.99
13150574--13150784	40	5.3	40	85	5	250	23	19	27	28	1.99
13152144--13152410	40	6.7	40	89	0	381	24	22	27	25	2.00
13168618--13168667	20	2.4	22	77	19	61	26	0	4	70	1.05
13168627--13168678	20	2.6	19	82	8	68	25	0	1	73	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13174388--13174461	28	2.7	28	78	14	75	45	1	2	50	1.24
13174757--13174811	16	3.4	16	80	7	67	32	27	1	38	1.67
13175709--13175740	16	2.1	16	94	5	57	0	0	12	87	0.54
13175699--13175747	21	2.3	21	79	10	55	8	0	10	81	0.87
13178469--13178523	27	2.0	27	82	6	67	49	3	0	47	1.19
13187271--13187429	43	3.7	42	79	7	151	25	16	27	31	1.96
13206061--13206098	19	2.0	19	94	0	67	34	10	23	31	1.89
13224028--13224086	30	1.9	31	86	3	84	37	15	10	37	1.81
13238164--13238212	14	3.4	14	77	2	53	36	6	12	44	1.67
13238165--13238225	21	2.9	21	80	2	68	34	4	16	44	1.69
13241643--13241695	2	26.5	2	96	0	97	1	50	0	47	1.12
13246980--13247022	18	2.3	18	88	11	61	20	0	27	51	1.48
13252346--13252457	42	2.7	42	80	1	127	49	16	17	16	1.81
13258147--13258206	30	2.0	29	96	3	111	30	25	11	33	1.91
13264787--13264823	9	4.1	9	85	0	56	45	10	10	32	1.74
13264882--13264944	30	2.1	30	82	11	76	20	50	0	28	1.48
13265042--13265101	30	2.0	31	83	9	79	21	38	0	40	1.54
13267772--13267812	22	2.0	22	85	9	59	60	2	19	17	1.46
13268683--13268722	20	2.0	21	90	5	64	27	20	20	32	1.97
13277422--13277494	26	2.8	26	89	4	103	30	13	9	46	1.75
13278142--13278313	89	1.9	89	93	0	299	28	17	14	39	1.89
13281123--13281184	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13281123--13281185	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
13282257--13282307	26	2.0	26	84	0	66	9	33	31	25	1.88
13282433--13282464	16	2.0	16	100	0	64	43	18	0	37	1.51
13287756--13287942	40	4.7	40	94	2	281	26	26	20	26	1.99
13293533--13293583	19	2.7	20	75	22	56	60	1	1	35	1.19
13293596--13293634	11	3.6	11	86	13	55	64	0	2	33	1.08
13294345--13294413	13	5.3	13	87	0	93	36	27	5	30	1.80
13298979--13299046	25	2.7	25	83	0	73	30	11	20	36	1.89
13299004--13299093	22	4.0	22	77	12	78	27	13	21	37	1.91
13299465--13299542	16	4.6	16	67	22	52	24	25	17	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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