genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  8  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2776673--2776704	11	2.8	12	86	13	50	25	0	0	75	0.81
2776673--2776705	10	3.0	11	91	8	50	27	0	0	72	0.85
2776812--2776874	30	2.1	30	96	0	117	57	15	3	23	1.53
2782088--2783773	855	2.0	855	96	0	3077	30	18	20	31	1.96
2783712--2783838	39	3.4	39	72	18	142	32	14	20	33	1.92
2788858--2788898	21	2.0	21	90	0	64	39	2	14	43	1.59
2791644--2791682	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
2791801--2791826	8	3.2	8	100	0	52	26	15	23	34	1.94
2791916--2791991	23	3.3	23	88	0	125	23	21	25	30	1.99
2796024--2796071	18	2.7	18	96	0	87	35	12	12	39	1.81
2796496--2796667	72	2.4	72	86	4	260	25	6	13	53	1.65
2801596--2801654	25	2.3	26	94	5	102	42	11	0	45	1.41
2801794--2802018	22	10.1	22	70	21	123	66	0	33	0	0.92
2801847--2802071	10	22.5	10	64	20	78	70	0	29	0	0.88
2801836--2802098	80	3.4	79	92	5	396	68	0	31	0	0.90
2801875--2802072	24	7.5	25	68	23	95	69	0	30	0	0.88
2805963--2805989	11	2.5	11	100	0	54	37	7	14	40	1.74
2806817--2806860	11	3.9	11	79	5	52	36	0	4	59	1.18
2811507--2811545	3	13.0	3	94	0	69	66	30	0	2	1.05
2811678--2811719	11	3.9	11	87	6	68	0	30	0	69	0.89
2811680--2811719	21	1.9	21	94	0	71	0	30	0	70	0.88
2811806--2811879	27	2.7	27	77	8	71	17	31	25	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2811952--2812014	26	2.4	27	94	2	110	46	1	9	42	1.46
2821189--2821255	33	2.0	33	100	0	134	28	5	5	59	1.45
2821268--2821294	14	1.9	14	100	0	54	48	7	0	44	1.31
2827453--2827488	17	2.1	17	94	0	63	30	11	25	33	1.90
2831049--2831128	39	2.1	39	97	0	151	21	15	37	26	1.92
2834135--2834167	13	2.6	13	90	4	50	6	18	0	75	1.00
2836023--2836091	35	2.0	35	94	0	120	28	23	11	36	1.90
2839943--2839980	19	2.0	20	94	5	69	47	26	7	18	1.76
2843911--2843970	31	1.9	31	93	0	102	48	13	6	31	1.68
2847386--2847436	24	2.1	24	81	0	57	52	13	13	19	1.73
2851733--2851788	11	5.2	11	80	4	69	50	0	1	48	1.11
2851782--2851806	9	2.8	9	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2852983--2853177	98	2.0	98	94	0	345	37	24	10	28	1.88
2853491--2853548	19	3.2	18	72	20	50	65	10	0	24	1.23
2854030--2854079	22	2.2	22	89	3	73	62	6	2	30	1.31
2854594--2854638	23	2.0	23	86	4	65	37	17	6	37	1.76
2854617--2854670	19	2.8	19	88	0	81	35	16	9	38	1.81
2858031--2858064	15	2.3	15	89	0	50	52	8	0	38	1.33
2860265--2860325	32	1.9	32	93	0	104	36	19	22	21	1.95
2860517--2860561	23	2.0	23	86	0	63	51	0	0	48	1.00
2860576--2860628	19	2.7	19	82	8	63	66	1	3	28	1.20
2860576--2860639	20	3.2	21	73	22	57	62	1	6	29	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2860730--2860784	18	3.2	18	78	12	53	30	1	1	65	1.13
2862496--2862523	9	3.1	9	100	0	56	10	35	21	32	1.88
2874996--2875059	29	2.2	30	85	2	85	29	14	9	46	1.75
2884051--2884076	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
2885468--2885493	4	6.5	4	100	0	52	23	0	26	50	1.50
2887001--2887027	13	2.1	13	100	0	54	29	29	25	14	1.95
2890255--2890283	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
2890760--2890817	20	2.9	18	80	16	62	37	3	5	53	1.40
2890963--2891054	45	2.0	45	100	0	184	31	15	11	41	1.83
2898280--2898365	28	3.0	27	80	11	84	37	4	1	56	1.27
2902995--2903051	29	2.0	29	86	6	80	22	19	29	28	1.98
2904060--2904084	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2904958--2904993	16	2.2	17	90	5	56	63	0	0	36	0.94
2905394--2905471	25	3.0	26	85	9	97	55	0	3	41	1.18
2911900--2912005	36	2.9	35	73	14	99	29	18	23	28	1.98
2921104--2921159	29	1.9	29	92	0	94	37	10	10	41	1.75
2922084--2922126	22	1.9	23	85	4	61	25	9	9	55	1.61
2924020--2924068	21	2.3	21	82	6	64	67	0	0	32	0.91
2941239--2941285	16	3.0	16	81	6	51	31	19	0	48	1.49
2951629--2951657	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
2953638--2953667	9	3.2	9	95	4	51	56	10	23	10	1.62
2954303--2954377	23	3.3	23	90	0	123	21	21	24	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2958897--2958938	5	8.4	5	100	0	84	59	0	0	40	0.97
2962981--2963018	18	2.1	19	95	5	69	21	15	15	47	1.82
2965085--2965118	17	2.0	17	88	11	52	35	5	0	58	1.22
2966375--2966432	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
2966643--2966674	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
2966769--2967010	50	4.7	50	85	4	288	26	23	29	20	1.99
2966769--2967018	100	2.4	103	87	6	355	26	23	29	21	1.99
2968742--2968869	64	2.0	64	90	3	204	34	9	20	35	1.85
2973847--2974028	90	2.0	90	95	2	330	34	15	34	14	1.89
2974720--2974769	18	3.0	17	85	8	59	42	0	2	56	1.11
2974726--2974774	18	3.1	16	85	11	57	44	0	0	55	0.99
2974249--2974801	91	6.1	91	98	0	998	45	3	3	47	1.37
2974818--2974852	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
2974816--2975234	120	3.5	120	95	1	723	43	1	5	49	1.35
2974931--2974971	17	2.3	18	87	4	57	53	0	0	46	1.00
2974975--2975164	66	3.1	65	67	22	190	43	2	7	47	1.43
2975062--2975103	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
2975191--2975232	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
2975182--2975223	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
2975377--2975466	45	2.0	45	85	6	121	34	27	5	32	1.80
2975446--2975478	16	2.1	16	94	0	57	24	33	6	36	1.80
2975560--2975599	16	2.5	16	87	0	53	27	2	25	45	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2980363--2980409	24	2.0	24	83	8	60	42	12	4	40	1.63
2986902--2986946	22	2.0	24	82	8	58	37	2	17	42	1.62
2996520--2996556	2	19.0	2	94	5	67	0	48	0	51	1.00
3001601--3001625	13	1.9	13	100	0	50	24	4	32	40	1.73
3012573--3012625	24	2.2	25	83	6	65	75	9	7	7	1.19
3015073--3015101	6	4.8	6	100	0	58	34	0	13	51	1.42
3016711--3016748	14	2.8	14	84	4	51	76	0	7	15	1.01
3024800--3024852	23	2.3	23	83	6	63	79	9	5	5	1.06
3036595--3036647	24	2.2	25	83	6	65	75	9	7	7	1.19
3039098--3039126	6	4.8	6	100	0	58	34	0	13	51	1.42
3053580--3053612	13	2.4	14	90	5	50	57	3	0	39	1.14
3053864--3053912	18	2.6	18	87	6	71	24	16	0	59	1.37
3054392--3054440	8	6.1	8	90	0	62	30	0	0	69	0.89
3056431--3056519	32	2.9	30	78	6	74	64	3	1	31	1.17
3056482--3056562	39	2.0	42	88	9	123	56	0	2	40	1.12
3060737--3060801	26	2.4	28	76	7	71	44	9	9	36	1.68
3068985--3069039	11	5.0	11	78	8	58	36	1	0	61	1.06
3071041--3071091	20	2.3	23	81	18	65	7	7	9	74	1.22
3071680--3071741	27	2.3	27	80	2	63	37	11	6	45	1.66
3071782--3071819	16	2.4	16	86	8	51	18	7	0	73	1.06
3073270--3073315	23	2.1	22	84	8	58	32	10	2	54	1.47
3078583--3078648	14	4.8	13	71	12	51	22	18	4	54	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3078598--3078665	28	2.5	28	82	2	84	23	19	2	54	1.57
3078772--3078876	52	2.0	52	92	0	174	39	1	10	48	1.49
3082989--3083019	6	5.2	6	92	0	53	51	12	3	32	1.56
3085268--3085294	12	2.2	12	100	0	54	37	0	0	62	0.95
3085664--3085739	28	2.7	28	74	13	75	27	9	1	61	1.34
3092287--3092461	72	2.4	73	83	6	239	54	13	6	26	1.62
3092879--3092926	18	2.7	18	93	0	78	41	12	10	35	1.77
3096619--3096659	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
3100764--3100834	25	2.8	25	84	0	88	50	22	19	7	1.71
3101253--3101341	44	2.0	45	91	2	144	51	6	1	40	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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