genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19867805--19867857	24	2.2	24	86	0	70	58	5	1	33	1.32
19867799--19867876	36	2.3	33	80	10	93	62	3	2	30	1.26
19867894--19867943	18	2.7	19	74	20	52	62	0	6	32	1.20
19869077--19869139	33	1.9	32	83	3	81	12	9	31	46	1.74
19871804--19871948	50	2.9	50	87	3	211	26	16	27	29	1.97
19874038--19874094	15	3.8	15	72	6	53	26	3	7	63	1.36
19877595--19878266	100	6.8	99	81	6	603	30	22	22	23	1.99
19877595--19877803	50	4.2	50	84	4	278	30	20	22	26	1.99
19877583--19877874	150	1.9	150	81	4	347	30	21	21	26	1.98
19877645--19878166	99	5.3	99	84	4	565	31	22	22	23	1.98
19877695--19878166	50	9.5	50	69	4	256	31	23	22	22	1.98
19877583--19878269	50	13.8	49	69	7	195	31	22	21	24	1.98
19877645--19878166	198	2.6	198	83	4	622	31	22	22	23	1.98
19877645--19878266	198	3.1	199	82	4	607	31	22	22	23	1.99
19878183--19878366	100	1.8	100	82	4	237	31	23	22	22	1.98
19892432--19892640	50	4.2	50	82	4	251	32	20	21	26	1.97
19892632--19893003	50	7.5	50	69	11	190	32	22	22	22	1.98
19892423--19892711	150	1.9	150	79	4	323	32	20	20	26	1.97
19892681--19892954	49	5.6	49	73	4	228	33	22	21	21	1.97
19892482--19893209	100	7.3	98	81	6	607	31	22	21	23	1.98
19892482--19893060	198	2.9	198	83	3	603	31	22	21	24	1.98
19894542--19894603	12	4.9	12	76	9	61	22	1	9	66	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19894542--19894606	15	4.1	15	74	7	58	21	1	10	66	1.31
19900403--19900537	50	2.7	50	82	5	166	26	15	26	31	1.96
19903897--19904062	75	2.2	75	83	0	206	34	19	22	22	1.97
19904012--19904080	35	1.9	35	91	2	111	37	23	23	15	1.93
19906923--19906968	24	1.9	24	86	0	65	17	13	26	43	1.85
19910013--19910039	14	1.9	14	100	0	54	51	7	0	40	1.30
19927961--19928189	50	4.6	50	79	3	219	29	20	28	20	1.98
19928009--19928236	99	2.3	100	81	5	239	30	19	27	21	1.98
19928009--19928280	50	5.5	50	75	8	225	31	20	26	21	1.98
19927961--19928287	149	2.2	149	91	0	519	30	20	27	22	1.98
19939578--19939636	29	2.2	26	82	11	73	77	6	10	5	1.10
19939645--19939689	14	3.3	13	81	9	54	75	0	20	4	0.97
19939650--19939689	13	2.9	14	85	7	55	75	0	22	2	0.93
19941712--19941835	44	2.8	43	80	6	108	32	20	20	25	1.98
19941730--19942119	44	8.4	44	68	17	146	33	17	21	27	1.96
19941739--19942735	142	7.0	142	91	1	1604	33	17	20	27	1.96
19942039--19942718	44	14.5	45	66	17	158	33	18	20	28	1.96
19942811--19943575	50	15.3	50	69	5	499	32	23	19	24	1.97
19942803--19943590	100	7.9	100	86	2	1026	32	23	19	24	1.97
19944300--19944349	22	2.3	21	83	13	57	8	22	12	58	1.59
19961964--19962097	50	2.6	50	84	4	151	23	23	31	21	1.98
19962008--19962146	50	2.8	50	82	2	154	26	23	29	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19962405--19962443	20	2.0	20	90	10	62	56	2	25	15	1.52
19968007--19968326	110	2.9	110	91	2	497	33	18	17	30	1.94
19968797--19968875	26	2.7	30	73	15	76	49	3	10	36	1.55
19968857--19968886	14	2.1	14	93	0	51	43	0	10	46	1.37
19970703--19970924	44	5.2	44	74	11	201	26	22	19	31	1.97
19970723--19970804	40	2.0	40	97	0	155	28	23	15	32	1.95
19970608--19970921	169	1.9	169	90	0	502	27	21	19	31	1.97
19970862--19971058	98	2.0	98	88	2	288	28	20	18	32	1.96
19971023--19971560	44	12.5	44	70	13	129	28	22	18	30	1.97
19971440--19971603	43	3.7	43	79	8	170	26	23	21	28	1.99
19970958--19971776	211	3.8	217	87	4	1111	28	22	18	30	1.97
19971261--19971776	44	11.8	44	71	8	259	27	23	20	29	1.99
19973201--19973236	6	5.7	6	90	9	54	13	16	0	69	1.19
19973191--19973237	7	7.0	7	81	13	55	14	17	0	68	1.22
19973201--19973236	13	2.8	12	88	12	54	13	16	0	69	1.19
19974060--19974123	28	2.3	28	81	5	76	12	6	9	71	1.29
19977541--19977860	110	3.0	107	88	4	464	33	18	17	30	1.94
19978332--19978410	26	2.7	29	70	16	74	48	3	10	37	1.55
19978519--19978548	11	2.6	12	94	5	53	60	3	0	36	1.14
19978519--19978572	23	2.4	23	81	9	58	59	1	0	38	1.08
19984072--19984159	44	2.0	44	100	0	176	34	22	6	36	1.81
19988909--19988983	19	4.0	18	75	17	66	42	13	6	37	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19989035--19989083	20	2.5	19	77	6	53	26	4	24	44	1.71
19989022--19989089	19	3.5	19	74	7	66	27	4	22	45	1.71
19989575--19989631	17	3.4	16	80	9	69	54	1	5	38	1.33
19994046--19994108	29	2.2	28	83	5	81	36	9	3	50	1.51
20007149--20007178	5	6.0	5	100	0	60	40	0	0	60	0.97
20013650--20013700	25	2.0	26	88	3	77	39	9	9	41	1.71
20014334--20014373	19	2.1	19	86	9	55	32	2	5	60	1.32
20015855--20015952	33	3.0	33	79	5	83	46	13	21	18	1.82
20019772--20019865	17	5.5	17	69	14	59	39	2	4	54	1.32
20019814--20019865	20	2.8	18	83	11	70	42	0	3	53	1.19
20019840--20019957	62	2.0	61	86	5	168	41	1	4	52	1.31
20029672--20029825	40	3.8	40	82	6	179	22	20	27	29	1.98
20029672--20029825	80	1.9	80	83	10	199	22	20	27	29	1.98
20049807--20050007	40	5.2	40	87	7	272	22	20	28	27	1.99
20049754--20050007	80	3.3	78	84	8	315	22	21	28	27	1.99
20049835--20050057	40	5.8	39	82	12	124	23	21	28	25	1.99
20059114--20059179	30	2.2	30	81	8	71	59	4	9	27	1.48
20063862--20064127	115	2.3	113	78	7	286	32	18	21	27	1.96
20065561--20065585	13	1.9	13	100	0	50	40	24	12	24	1.88
20067875--20068123	85	2.9	84	80	8	254	22	18	24	33	1.97
20067921--20068123	45	4.8	43	75	7	164	20	20	25	34	1.96
20067921--20068123	40	4.8	40	77	10	167	20	20	25	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20068617--20068664	23	2.1	23	88	0	69	27	10	18	43	1.82
20069311--20069367	20	3.2	20	64	35	58	24	17	8	49	1.75
20074232--20074324	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
20074595--20074634	12	3.4	12	86	6	55	57	5	0	37	1.21
20075356--20075392	19	1.9	19	89	10	58	16	13	0	70	1.17
20075546--20075600	5	11.2	5	74	18	53	58	1	0	40	1.09
20075544--20075596	27	2.0	25	89	7	79	54	1	0	43	1.11
20081153--20081189	19	1.9	19	89	10	58	40	0	8	51	1.32
20082031--20082057	14	1.9	14	100	0	54	33	0	22	44	1.53
20083610--20083710	41	2.5	41	93	0	166	30	21	20	26	1.98
20086646--20086677	14	2.3	14	100	0	64	28	6	18	46	1.73
20090554--20090581	14	2.0	14	100	0	56	21	21	7	50	1.72
20096382--20096435	3	17.3	3	78	14	56	62	1	5	29	1.28
20096374--20096436	9	6.7	10	77	15	55	63	1	4	30	1.24
20098047--20098199	44	3.7	40	73	17	100	30	23	17	28	1.97
20098233--20098510	86	3.2	86	92	1	477	25	23	22	29	1.99
20099555--20099601	21	2.2	21	84	0	58	23	36	12	27	1.91
20099684--20099726	7	6.1	7	82	15	54	13	13	0	72	1.13
20099693--20099732	7	5.2	8	85	14	50	12	12	0	75	1.06
20099684--20099732	22	2.2	22	86	13	66	14	14	0	71	1.15
20099684--20099732	15	3.4	14	83	8	62	14	14	0	71	1.15
20100563--20100605	12	3.6	12	84	9	52	0	18	0	81	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20100563--20100605	15	2.9	16	80	16	56	0	18	0	81	0.69
20100559--20100626	21	3.0	21	73	16	57	4	16	1	77	0.99
20100621--20100678	9	6.7	9	92	5	93	12	0	8	79	0.94
20100616--20100668	17	3.2	16	87	10	72	13	0	7	79	0.93
20105196--20105243	15	3.3	15	85	8	55	72	2	4	20	1.11
20105583--20105667	3	27.7	3	73	13	66	61	4	4	29	1.37
20105613--20105669	14	4.2	13	77	16	62	63	1	5	29	1.27
20107504--20107539	16	2.2	16	95	0	63	27	0	33	38	1.57
20107774--20107808	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
20107845--20107879	16	2.2	16	100	0	70	31	0	11	57	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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