genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  93  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29145403--29145577	75	2.4	72	86	5	226	57	13	4	25	1.55
29146013--29146060	18	2.7	18	96	0	87	39	12	14	33	1.84
29146805--29146863	24	2.5	24	91	2	93	59	8	3	28	1.43
29149936--29150024	21	4.1	21	64	18	56	39	20	33	6	1.79
29162491--29162605	20	5.7	20	75	13	110	60	4	0	35	1.17
29165476--29165515	18	2.2	18	86	4	53	20	17	25	37	1.94
29167675--29167829	41	3.8	41	89	0	220	27	27	20	25	1.99
29175318--29175463	41	3.6	41	91	0	220	25	27	21	26	1.99
29184883--29185123	30	7.9	30	89	2	329	32	7	17	42	1.76
29186285--29186379	37	2.6	37	77	1	93	35	17	17	28	1.93
29188805--29188872	22	3.0	23	67	16	70	32	11	13	42	1.80
29190201--29190259	29	2.0	29	93	0	100	42	28	5	23	1.75
29190288--29190343	28	2.0	28	96	0	103	37	7	16	39	1.76
29190648--29190676	5	5.8	5	100	0	58	79	0	0	20	0.74
29193119--29193153	14	2.5	14	100	0	70	37	0	11	51	1.38
29203956--29203991	18	2.1	16	90	10	54	61	0	5	33	1.19
29204927--29204971	5	9.6	5	81	13	51	82	13	4	0	0.82
29204933--29204973	9	4.6	9	87	0	64	80	17	2	0	0.82
29204924--29204971	23	2.1	23	92	7	80	83	12	4	0	0.79
29204927--29204967	18	2.2	19	91	4	66	82	12	4	0	0.81
29205392--29205496	44	2.4	44	81	0	129	25	22	20	31	1.98
29205405--29205511	44	2.4	44	82	3	117	28	19	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29205625--29205729	44	2.4	44	85	0	138	28	21	17	32	1.96
29205299--29205935	233	2.7	233	92	0	1044	28	20	18	32	1.97
29205625--29205747	44	2.8	44	82	2	122	30	20	18	30	1.96
29205825--29206109	87	3.3	87	72	11	285	28	20	18	32	1.96
29205858--29206154	44	6.8	44	74	10	191	27	21	19	31	1.97
29206172--29206308	46	3.0	45	90	2	202	29	20	17	32	1.95
29206278--29206557	85	3.2	85	72	10	305	28	20	18	32	1.96
29206314--29206610	88	3.4	88	71	11	277	28	20	17	32	1.96
29206237--29206632	175	2.3	175	90	0	632	28	20	18	32	1.96
29220555--29220598	8	5.6	8	81	5	54	15	0	2	81	0.78
29220555--29220598	15	2.9	15	86	6	61	15	0	2	81	0.78
29220906--29220935	12	2.5	12	94	0	51	36	10	0	53	1.35
29222983--29223043	24	2.5	24	91	0	95	29	11	14	44	1.81
29230202--29230286	27	3.1	27	80	12	77	45	15	16	22	1.84
29230225--29230311	27	3.2	27	81	3	86	42	18	17	21	1.89
29236411--29236451	16	2.6	16	92	0	64	26	12	31	29	1.92
29238103--29238149	23	2.0	23	100	0	94	48	17	12	21	1.79
29242809--29242865	28	2.0	28	96	0	105	31	10	14	43	1.79
29253057--29253093	19	1.9	19	94	0	65	62	2	0	35	1.10
29253121--29253187	4	16.8	4	78	6	55	73	4	0	22	1.01
29253586--29253626	19	2.0	21	86	9	59	68	4	9	17	1.35
29253820--29253894	19	3.8	19	89	6	114	37	14	9	38	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29253823--29253904	19	4.3	18	85	8	58	37	14	10	36	1.82
29254245--29254715	217	2.2	219	86	3	646	27	22	20	29	1.98
29254368--29255213	217	3.9	216	81	7	809	27	23	19	29	1.98
29254281--29255103	390	2.1	390	87	2	1172	27	22	20	29	1.98
29254518--29254886	173	2.1	173	91	2	598	29	22	19	28	1.98
29254249--29255182	44	21.6	44	70	16	410	27	22	20	29	1.99
29254518--29255012	173	2.9	172	84	6	529	28	22	20	29	1.98
29254677--29255246	217	2.6	217	88	2	842	27	22	21	28	1.99
29255215--29255625	132	3.1	132	92	0	669	24	24	20	30	1.99
29257739--29257835	28	3.5	28	90	2	133	31	27	13	26	1.94
29258282--29258308	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
29266132--29266201	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
29266132--29266229	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
29266676--29266702	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
29274338--29274383	18	2.4	21	79	17	55	67	4	10	17	1.37
29274338--29274376	19	2.0	21	85	10	55	69	5	10	15	1.34
29274541--29274598	22	2.7	21	79	10	62	41	17	5	36	1.72
29274577--29274651	19	3.8	19	91	6	123	36	16	9	38	1.80
29278625--29279119	47	10.4	47	85	7	633	29	28	9	32	1.88
29278684--29279119	240	1.8	240	92	6	740	30	28	8	32	1.87
29283255--29283492	91	2.6	94	86	7	317	31	8	30	28	1.87
29283261--29283492	47	4.9	47	87	6	301	32	8	30	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29284875--29285198	40	8.2	40	88	6	437	25	19	27	27	1.99
29285375--29285426	25	2.1	25	85	7	70	28	7	32	30	1.85
29288878--29289160	47	5.9	47	91	2	431	32	8	30	29	1.87
29288878--29289160	96	3.0	96	92	1	453	32	8	30	29	1.87
29299506--29300064	138	4.1	138	91	0	870	46	5	8	39	1.58
29300082--29300253	76	2.3	75	84	8	222	34	13	6	44	1.71
29300390--29300687	150	2.0	150	96	1	553	26	20	18	34	1.96
29306731--29307156	140	3.1	138	87	2	629	45	5	7	41	1.55
29310332--29310393	15	3.9	15	76	12	52	59	3	27	9	1.44
29311060--29311203	45	3.2	45	86	5	159	22	16	13	47	1.81
29311093--29311162	21	3.2	21	64	18	52	21	17	12	48	1.80
29314231--29314411	75	2.4	75	89	0	272	46	9	14	29	1.77
29314429--29315126	138	5.1	138	94	0	1207	40	8	6	44	1.59
29316158--29316204	20	2.3	20	81	0	58	29	34	12	23	1.92
29317747--29317782	10	3.8	9	89	10	54	86	2	8	2	0.77
29319871--29320055	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
29319872--29320055	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
29319924--29320088	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
29327805--29327989	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
29327806--29327989	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
29327858--29328022	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
29345753--29345803	26	2.0	26	92	0	84	35	11	11	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29345753--29345809	26	2.2	26	87	0	78	35	12	14	38	1.83
29354587--29354631	22	2.0	22	87	8	65	28	0	17	53	1.44
29355661--29355826	82	2.0	82	94	0	287	36	26	9	28	1.87
29357080--29357270	50	3.7	50	86	4	247	27	19	29	24	1.98
29357497--29357537	12	3.4	12	86	0	55	48	7	24	19	1.74
29364527--29364715	50	3.7	50	80	7	191	26	20	30	22	1.98
29364964--29365002	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
29373108--29373257	27	5.4	28	89	3	196	24	12	29	34	1.91
29373133--29373257	55	2.3	55	91	0	205	24	12	29	33	1.91
29381424--29381573	27	5.4	28	91	3	214	26	12	28	33	1.92
29381449--29381573	55	2.3	55	95	0	223	26	12	28	32	1.92
29389764--29389913	27	5.4	28	89	3	196	24	12	29	34	1.91
29389789--29389913	55	2.3	55	92	0	205	24	12	29	33	1.91
29390549--29390951	201	2.0	201	99	0	788	25	9	24	39	1.86
29399865--29399995	51	2.6	51	90	1	192	25	19	25	28	1.99
29399810--29399993	101	1.8	101	83	0	242	26	19	26	28	1.98
29413241--29413417	39	4.5	39	86	0	210	29	7	21	41	1.80
29418222--29418283	31	2.0	31	96	0	115	43	8	12	35	1.73
29426159--29426343	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
29426140--29426343	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
29434099--29434283	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
29434080--29434283	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29436720--29436796	35	2.2	36	90	4	129	51	16	3	27	1.62
29439368--29439393	10	2.6	10	100	0	52	57	23	0	19	1.40
29441683--29441708	8	3.2	8	100	0	52	50	0	38	11	1.39
29443332--29443395	28	2.3	28	86	2	85	31	25	25	18	1.98
29443734--29444013	27	10.4	27	85	0	265	17	18	20	43	1.88
29443735--29444013	54	5.2	54	85	2	337	17	18	19	43	1.88
29443734--29444012	81	3.4	81	82	2	328	17	18	20	43	1.88
29444669--29444710	14	3.1	14	86	10	52	69	0	28	2	1.01
29444677--29444710	12	2.8	12	90	4	50	67	0	32	0	0.91
29448350--29448380	16	1.9	16	100	0	62	32	9	19	38	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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