genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16387676--16387889	64	3.3	64	85	0	302	32	9	16	41	1.81
16387716--16387923	32	6.5	32	82	0	110	33	9	14	42	1.78
16387751--16387926	96	1.8	96	83	0	226	32	9	13	44	1.76
16388069--16388187	43	2.8	43	81	6	136	26	17	28	27	1.98
16388701--16388788	41	2.1	41	80	0	113	29	15	25	29	1.96
16393313--16393403	43	2.1	43	87	2	130	34	10	10	43	1.75
16393746--16393876	43	3.1	42	81	5	149	25	16	25	31	1.97
16396137--16396298	86	1.9	86	92	0	270	30	20	20	27	1.98
16397411--16397445	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
16403816--16403873	5	11.4	5	83	10	73	15	0	1	82	0.74
16403821--16403877	8	7.0	8	80	9	62	15	0	1	82	0.75
16403814--16403876	26	2.4	26	84	10	76	17	0	1	80	0.78
16403816--16403877	23	2.7	24	80	11	76	16	0	1	82	0.75
16404035--16404098	22	2.8	23	81	11	69	25	50	9	15	1.74
16405782--16405816	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
16412188--16412238	27	1.9	26	88	4	75	62	0	0	37	0.95
16412646--16412717	19	3.9	18	73	20	60	33	0	1	65	1.02
16412656--16412717	28	2.3	27	81	8	72	32	0	1	66	1.02
16412647--16412717	18	3.9	18	76	12	65	32	0	1	66	1.01
16423611--16423717	40	2.7	40	81	5	119	24	25	27	23	2.00
16423770--16423813	16	2.8	16	85	0	52	20	0	18	61	1.35
16423756--16423814	24	2.5	24	81	13	68	18	0	25	55	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16423840--16424127	97	3.0	97	90	4	435	41	2	16	39	1.62
16424696--16424740	11	4.5	11	73	21	53	42	0	0	57	0.98
16424706--16424741	18	2.0	18	88	0	54	44	0	0	55	0.99
16426290--16426329	21	1.9	21	85	10	55	5	20	5	70	1.26
16431198--16431235	18	2.1	18	95	0	67	5	7	0	86	0.69
16431566--16431595	14	2.1	14	93	0	51	0	23	0	76	0.78
16436804--16436838	14	2.5	14	90	0	52	71	0	14	14	1.15
16438067--16438169	44	2.3	44	81	6	111	33	22	17	27	1.96
16438109--16438409	44	6.7	44	71	14	186	33	18	19	27	1.96
16438183--16438364	98	1.9	97	81	9	226	31	18	20	29	1.96
16438429--16441255	50	56.1	50	66	5	1057	32	22	20	23	1.98
16438429--16441255	101	28.1	101	82	4	3011	32	22	20	23	1.98
16438429--16441255	302	9.4	302	84	4	3256	32	22	20	23	1.98
16449269--16449319	19	2.6	19	81	3	57	56	5	3	33	1.42
16449390--16449424	13	2.8	13	91	4	54	60	5	0	34	1.21
16450213--16450313	19	5.2	18	70	25	57	31	0	4	62	1.23
16450223--16450298	29	2.6	30	78	15	88	30	1	6	61	1.29
16450213--16450305	29	3.2	28	74	18	84	31	1	5	62	1.25
16450343--16450415	32	2.3	32	88	2	103	34	2	4	58	1.31
16454206--16454248	21	2.0	21	86	8	61	34	0	2	62	1.08
16454358--16454385	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
16454493--16454585	45	2.1	45	88	6	136	36	22	4	36	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16454567--16454638	16	4.5	16	92	0	117	27	26	6	38	1.82
16455581--16455616	19	1.9	18	88	5	54	41	2	0	55	1.14
16455851--16455890	17	2.3	18	86	4	55	42	0	2	55	1.13
16455915--16455983	33	2.1	34	84	7	90	60	13	2	23	1.46
16455976--16456015	20	2.0	20	90	0	62	52	15	2	30	1.55
16456291--16456351	30	2.0	31	81	12	74	52	0	0	47	1.00
16456371--16456395	9	2.8	9	100	0	50	32	0	0	68	0.90
16458871--16459361	98	5.0	98	89	1	730	35	16	16	31	1.91
16459374--16459435	29	2.1	29	90	0	97	40	16	17	25	1.90
16462140--16462183	19	2.3	18	81	11	52	54	0	9	36	1.32
16467236--16467282	23	2.0	23	100	0	94	17	17	36	29	1.92
16479345--16479384	16	2.5	16	87	0	53	42	5	2	50	1.37
16479358--16479419	22	2.7	23	85	5	81	46	0	1	51	1.10
16480355--16480418	30	2.3	29	79	12	73	70	1	12	15	1.24
16480390--16480470	39	2.1	39	97	0	153	69	0	13	17	1.20
16480361--16480473	39	2.7	43	78	14	137	68	0	13	17	1.27
16483504--16483591	41	2.1	41	93	0	149	29	22	20	27	1.99
16494052--16494111	29	2.1	29	93	0	102	31	8	16	43	1.78
16500924--16500954	6	5.3	6	92	7	55	32	0	0	67	0.91
16506740--16506870	45	2.9	45	84	0	163	22	22	16	37	1.94
16506754--16506954	45	4.5	45	76	7	160	21	20	17	39	1.92
16508837--16508922	42	2.0	42	97	0	163	30	9	17	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16508844--16508913	21	3.2	23	62	15	58	32	8	18	40	1.81
16509152--16509331	46	3.9	46	75	2	146	29	18	20	31	1.96
16511504--16511534	15	2.1	15	93	0	53	41	29	12	16	1.85
16516683--16516912	50	4.5	50	84	5	255	23	28	20	27	1.99
16525273--16525322	16	3.1	16	75	11	57	8	2	14	76	1.10
16527100--16527237	39	3.5	39	82	6	154	32	5	18	43	1.73
16536209--16536252	22	2.1	22	83	8	56	47	4	0	47	1.22
16536219--16536262	22	2.0	23	86	4	63	43	6	0	50	1.29
16537565--16537596	15	2.0	17	88	11	50	62	9	0	28	1.26
16537758--16537797	19	2.0	20	85	4	55	47	0	15	37	1.45
16539713--16539995	85	3.3	85	70	12	259	29	21	17	31	1.96
16539681--16540003	175	1.8	175	91	0	529	29	20	18	31	1.97
16539771--16539995	44	5.1	44	67	17	135	29	20	17	32	1.96
16541591--16541668	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
16541621--16541947	173	1.9	174	93	0	566	29	14	24	31	1.94
16549730--16549807	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
16549760--16550086	173	1.9	174	93	0	566	29	14	24	31	1.94
16551569--16551851	85	3.3	85	74	10	320	28	21	18	31	1.97
16551513--16551895	44	8.8	43	71	12	210	27	21	18	31	1.97
16551504--16551900	175	2.3	175	94	0	695	27	21	18	31	1.97
16551836--16551925	44	2.0	44	86	2	126	24	25	20	30	1.99
16564191--16564222	15	2.0	17	88	11	50	62	9	0	28	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16564276--16564325	23	2.0	24	81	11	57	46	8	2	44	1.44
16564496--16564520	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
16567276--16567418	71	2.0	71	97	0	268	34	16	23	25	1.96
16570402--16570457	25	2.2	25	87	0	76	25	28	16	30	1.96
16570343--16570439	50	2.0	50	81	2	115	22	31	15	29	1.95
16571582--16571687	56	1.9	56	88	0	158	23	26	25	24	2.00
16572576--16572644	36	1.9	36	96	0	129	28	15	15	39	1.89
16590731--16591502	43	18.0	43	78	2	625	41	21	13	23	1.89
16590746--16591503	129	5.9	129	82	3	718	41	20	13	23	1.89
16600644--16600931	146	2.0	143	88	2	432	45	11	10	31	1.75
16601083--16601251	90	1.9	90	83	6	225	34	20	13	31	1.91
16601362--16601402	18	2.3	17	84	12	55	65	0	2	31	1.05
16601524--16601568	21	2.1	21	84	8	56	60	8	0	31	1.28
16601544--16601589	20	2.2	22	84	7	60	60	13	0	26	1.32
16601565--16601622	26	2.2	26	84	6	71	63	5	0	31	1.16
16601577--16601632	26	2.1	27	83	3	69	64	1	1	32	1.14
16601413--16601821	9	43.0	9	65	21	94	60	4	1	33	1.29
16601678--16601794	29	4.1	28	70	16	73	58	3	1	36	1.25
16602448--16602511	20	3.2	20	79	16	62	31	0	6	62	1.20
16602447--16602541	29	3.2	28	76	13	84	32	0	6	61	1.21
16602448--16602689	9	25.8	9	65	24	67	34	2	4	59	1.30
16619440--16619700	132	2.0	129	80	3	290	23	15	15	45	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16626910--16626975	34	1.9	34	87	6	98	45	13	7	33	1.72
16629946--16630212	39	7.0	39	84	5	321	31	13	21	34	1.91
16629946--16630212	117	2.4	111	86	3	363	31	13	21	34	1.91
16636887--16636942	19	2.9	19	80	15	53	41	12	5	41	1.66
16653047--16653079	16	2.1	16	100	0	66	42	0	12	45	1.41
16655996--16656039	14	3.0	14	83	6	52	40	0	6	52	1.28
16662149--16662296	69	2.1	69	86	2	199	18	14	29	37	1.91
16667260--16667295	18	2.1	18	89	5	56	16	27	11	44	1.82
16667437--16667477	20	2.0	20	85	4	55	51	14	2	31	1.56
16668098--16668187	30	3.1	28	92	6	144	25	23	25	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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