genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  60  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18313519--18313560	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
18313528--18313569	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
18313635--18313680	16	2.9	16	78	12	51	52	2	0	45	1.13
18313635--18313689	15	3.7	15	79	13	53	52	1	0	45	1.11
18313517--18313793	120	2.3	121	94	1	477	49	4	2	43	1.35
18313567--18313754	61	3.1	61	68	14	181	48	6	2	42	1.42
18317033--18317066	16	2.1	16	88	0	50	47	0	0	52	1.00
18317020--18317069	21	2.4	21	75	0	55	40	0	2	58	1.10
18325390--18325548	42	3.8	42	85	5	171	22	21	22	34	1.97
18325388--18325548	84	1.9	85	83	3	209	21	21	22	34	1.97
18325930--18325987	21	2.8	21	94	0	98	3	37	18	39	1.68
18331508--18331776	9	30.9	9	77	8	270	33	3	18	44	1.67
18331543--18331775	61	3.9	61	82	3	258	32	3	18	45	1.65
18331766--18331798	12	2.8	12	90	0	57	39	3	18	39	1.66
18334447--18334659	103	2.1	103	91	1	356	38	30	4	26	1.76
18334447--18334688	103	2.3	103	87	4	319	41	29	3	25	1.72
18334655--18334687	7	4.7	7	96	0	57	66	18	0	15	1.25
18334738--18334884	7	20.9	7	71	12	68	44	32	4	17	1.70
18334738--18334869	21	6.3	20	76	9	95	44	33	4	17	1.69
18334812--18334898	7	11.9	7	80	7	75	44	34	1	19	1.58
18334737--18334875	14	9.9	14	71	12	88	44	32	4	18	1.69
18334822--18334933	21	4.9	23	77	14	76	45	28	1	24	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18334935--18334983	22	2.2	21	82	10	62	34	42	6	16	1.73
18335189--18335639	114	4.0	114	87	0	609	26	25	22	25	2.00
18335189--18335610	228	1.9	228	90	0	673	26	24	22	26	2.00
18335706--18335731	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
18341908--18341946	18	2.1	19	85	9	53	41	0	15	43	1.46
18349848--18349873	13	2.0	13	100	0	52	15	15	0	69	1.20
18349857--18349960	50	2.0	52	88	3	158	29	17	7	45	1.76
18351683--18351717	18	2.0	18	88	5	54	40	28	2	28	1.71
18357639--18358192	9	63.2	9	76	11	508	33	0	19	46	1.55
18357734--18358210	167	2.8	173	85	5	616	34	0	17	46	1.54
18358183--18358246	16	4.1	16	76	11	62	32	3	14	50	1.58
18358195--18358257	14	4.5	14	72	18	51	34	0	14	50	1.43
18358195--18358264	33	2.3	30	80	9	79	35	0	12	51	1.40
18361336--18361368	14	2.4	14	89	0	57	51	27	0	21	1.48
18361311--18361395	39	2.2	40	78	6	93	52	20	2	24	1.58
18373616--18373646	11	2.7	12	90	10	55	25	0	0	74	0.82
18376246--18376637	50	7.9	50	87	2	504	27	21	29	21	1.99
18376246--18376627	148	2.6	149	86	3	493	28	21	29	20	1.99
18378630--18378660	11	2.7	12	90	10	55	25	0	0	74	0.82
18382690--18382782	41	2.3	41	85	7	118	30	23	20	25	1.99
18382719--18382804	41	2.1	41	84	0	109	32	20	17	29	1.96
18388546--18388784	50	4.7	50	77	3	192	24	26	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18391658--18391715	24	2.5	24	88	2	82	46	8	12	32	1.71
18403381--18403463	25	3.3	25	83	3	96	22	25	19	32	1.97
18405540--18405587	10	4.6	10	80	10	51	60	2	2	35	1.20
18409690--18409800	19	5.8	19	86	0	168	39	9	13	36	1.78
18409697--18409800	38	2.7	38	95	0	190	40	9	12	37	1.76
18409779--18409823	23	2.0	22	82	4	54	40	4	17	37	1.70
18409928--18410021	46	2.0	47	91	2	154	57	3	24	14	1.52
18410456--18410503	24	2.0	25	91	4	80	31	8	4	56	1.48
18416655--18417302	132	4.9	132	95	0	1091	28	19	23	28	1.98
18417655--18417765	19	5.8	19	89	4	179	39	9	14	36	1.78
18417655--18417791	19	6.9	21	85	7	107	38	8	15	37	1.77
18422402--18422586	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
18422403--18422586	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
18422455--18422619	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
18430454--18430638	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
18430455--18430638	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
18430507--18430671	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
18432077--18432107	16	1.9	16	100	0	62	38	9	0	51	1.35
18441558--18441591	15	2.3	15	89	0	50	29	14	11	44	1.81
18443536--18443641	51	2.1	51	96	0	194	34	11	16	36	1.85
18456547--18456622	27	2.8	27	82	4	82	38	14	21	26	1.91
18456547--18456660	54	2.1	54	81	3	131	37	13	23	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18456582--18456649	27	2.5	28	81	11	79	41	13	22	23	1.89
18461802--18461887	38	2.2	39	83	6	104	27	8	27	36	1.85
18464909--18464989	29	2.7	28	73	17	74	56	2	6	34	1.37
18467962--18467998	19	1.9	19	88	0	56	27	0	0	72	0.84
18469830--18469882	18	2.9	18	74	15	56	24	1	5	67	1.22
18478359--18478436	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
18478389--18478715	173	1.9	174	94	0	575	30	14	24	31	1.94
18486519--18486596	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
18486549--18486875	173	1.9	174	94	0	575	30	14	24	31	1.94
18497066--18497117	26	2.0	26	88	7	79	34	25	26	13	1.93
18497587--18497625	5	7.6	5	82	5	51	41	17	0	41	1.50
18505991--18506065	26	2.9	26	80	5	82	32	22	26	18	1.97
18506138--18506184	24	2.0	24	83	8	60	38	17	27	17	1.91
18521411--18521444	17	1.9	18	88	5	52	52	8	0	38	1.33
18523922--18523975	19	2.8	19	94	0	99	37	9	16	37	1.81
18523911--18523982	38	2.0	36	84	10	94	37	9	16	36	1.82
18523922--18523998	38	1.9	40	87	10	113	36	7	16	38	1.78
18524181--18524225	23	2.0	23	86	0	63	24	0	13	62	1.31
18524452--18524487	13	2.8	13	91	4	56	25	0	0	75	0.81
18530977--18531682	88	8.0	88	89	1	1038	28	26	23	21	1.99
18531158--18531652	44	11.2	44	61	7	162	27	28	22	20	1.99
18531622--18531737	57	2.0	57	91	0	187	32	22	24	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18531787--18531908	44	2.8	44	88	5	176	27	18	26	27	1.98
18531976--18532079	50	2.1	50	83	0	127	25	24	25	25	2.00
18532489--18532600	44	2.5	44	82	2	127	31	16	19	32	1.95
18532618--18532723	45	2.4	45	91	0	167	31	23	20	24	1.98
18533292--18533345	19	2.8	19	94	0	99	37	9	16	37	1.81
18533281--18533352	38	2.0	36	84	10	94	37	9	16	36	1.82
18533292--18533368	38	1.9	40	87	10	113	36	7	16	38	1.78
18533551--18533595	23	2.0	23	86	0	63	24	0	13	62	1.31
18533822--18533853	10	3.4	10	87	12	50	25	0	0	75	0.81
18535790--18535824	18	1.9	18	88	11	54	8	17	11	62	1.52
18536162--18536302	42	3.3	42	87	3	194	21	23	39	15	1.92
18536326--18536415	42	2.1	42	85	4	119	26	30	30	13	1.94
18536336--18536436	42	2.4	42	84	0	130	26	22	35	14	1.93
18537401--18537466	30	2.2	30	83	5	80	7	24	15	53	1.68
18537414--18537475	30	2.1	30	84	6	81	9	25	12	51	1.70
18541229--18541460	38	6.1	38	83	6	310	12	17	28	41	1.86
18549310--18549361	26	2.0	26	100	0	104	42	19	11	26	1.85
18550579--18550660	43	1.9	43	82	9	105	32	28	17	21	1.96
18551590--18551617	8	3.5	8	100	0	56	25	0	0	75	0.81
18556868--18557070	107	1.9	105	81	10	243	29	20	10	39	1.85
18573824--18573872	25	2.0	25	91	0	80	24	18	16	40	1.90
18575803--18575831	6	5.0	6	91	8	51	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18580391--18580686	147	2.0	147	92	1	486	27	25	15	31	1.96
18589871--18589938	26	2.6	25	75	9	66	30	22	23	23	1.99
18594482--18594562	31	2.6	31	100	0	162	41	17	8	32	1.79
18595360--18595425	20	3.2	20	64	16	53	33	36	12	18	1.88
18599524--18599577	25	2.2	24	93	6	99	0	12	11	75	1.04
18600091--18600183	31	3.0	31	95	0	168	41	16	9	32	1.80
18605228--18605252	12	2.1	12	100	0	50	16	24	0	60	1.36
18611930--18612068	40	3.5	40	83	0	170	41	16	26	15	1.89
18611928--18611995	20	3.4	20	81	0	91	39	16	29	14	1.88
18611957--18612068	20	5.6	20	76	13	79	41	16	25	16	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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