genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8252692--8252966	35	8.1	34	82	7	310	41	17	22	18	1.90
8252692--8252966	67	4.0	66	86	4	311	41	17	22	18	1.90
8252702--8252966	102	2.6	102	90	2	401	40	17	23	18	1.91
8253253--8253308	5	11.2	5	100	0	112	41	0	0	58	0.98
8254264--8254364	22	4.3	25	79	10	81	16	24	18	39	1.91
8258137--8258175	18	2.0	21	85	14	57	30	5	2	61	1.31
8258949--8259146	99	2.1	97	91	8	325	26	8	8	56	1.57
8261988--8262089	50	2.0	51	98	1	197	40	9	21	28	1.85
8263120--8263165	24	1.9	24	86	0	65	45	17	26	10	1.81
8271114--8271445	44	7.6	45	69	15	158	28	19	23	28	1.98
8271574--8271847	128	2.1	128	91	0	431	27	18	21	33	1.96
8271626--8271806	44	4.2	44	65	13	133	26	17	23	33	1.96
8272105--8272129	10	2.5	10	100	0	50	72	0	0	28	0.86
8272547--8272585	18	2.2	18	85	0	51	25	5	2	66	1.25
8276084--8276196	56	2.0	56	96	0	208	35	15	14	34	1.88
8276475--8276561	39	2.2	39	81	6	95	36	19	5	37	1.76
8283825--8283850	5	5.2	5	100	0	52	38	19	19	23	1.93
8292087--8292125	18	2.1	19	85	4	53	43	15	12	28	1.83
8295024--8295057	17	2.0	17	88	0	50	38	2	0	58	1.13
8300419--8300513	25	3.8	24	75	10	84	38	23	22	15	1.92
8302195--8302225	14	2.3	13	94	5	53	35	12	22	29	1.91
8302725--8302749	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8304539--8304606	29	2.3	29	82	5	75	23	16	17	42	1.88
8304750--8304797	22	2.2	22	100	0	96	25	33	0	41	1.55
8304775--8304863	40	2.2	40	93	0	151	33	23	1	41	1.62
8305987--8306020	7	4.9	7	89	10	52	29	0	11	58	1.33
8307166--8307247	29	2.8	29	92	0	137	47	24	0	28	1.52
8307224--8307391	43	3.6	43	69	21	138	47	18	0	33	1.49
8307265--8307637	29	13.9	28	69	19	178	46	22	0	31	1.55
8307133--8307449	101	3.1	101	95	0	571	46	21	0	32	1.52
8307168--8308381	130	9.6	130	78	12	1042	46	21	0	31	1.55
8307428--8308323	101	8.8	100	76	11	494	46	21	0	31	1.55
8307673--8307790	29	4.1	29	92	0	200	45	24	0	28	1.59
8307543--8307784	29	8.0	32	72	14	153	46	23	0	29	1.55
8307810--8307890	29	2.8	29	86	1	119	45	25	1	27	1.61
8307908--8308389	29	18.2	28	68	19	204	46	21	0	31	1.54
8308098--8308265	43	3.6	43	72	21	156	48	17	0	33	1.48
8307269--8308383	159	7.2	159	73	18	787	46	22	0	31	1.55
8308378--8308530	56	2.8	56	91	3	247	37	13	5	43	1.68
8308508--8308612	48	2.1	51	87	8	153	31	6	11	50	1.64
8311705--8311949	126	2.0	124	88	1	364	35	20	12	31	1.90
8311968--8312029	32	1.9	32	96	0	115	53	30	6	9	1.59
8313312--8313345	13	2.7	13	86	4	52	32	0	0	67	0.91
8313570--8313708	66	2.1	67	82	9	167	46	7	7	38	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8315691--8315990	126	2.4	125	84	3	406	32	19	20	27	1.97
8319303--8319342	21	1.9	21	84	0	53	7	17	42	32	1.77
8321491--8321543	11	4.7	12	81	6	58	47	1	28	22	1.62
8321493--8321545	22	2.5	21	85	11	72	49	1	28	20	1.60
8324968--8325012	25	1.9	23	86	13	65	46	4	13	35	1.63
8330884--8330979	48	2.0	48	97	0	183	27	28	14	30	1.95
8333401--8333449	11	4.5	11	82	14	57	46	6	0	46	1.27
8333401--8333459	21	2.8	20	79	20	66	47	6	0	45	1.29
8337225--8337300	25	3.0	26	84	3	93	21	28	17	32	1.95
8345203--8345263	14	4.4	14	70	15	54	27	9	21	40	1.85
8345204--8345268	21	3.2	19	66	29	53	29	9	21	40	1.84
8349255--8349315	3	20.3	3	93	0	104	68	0	29	1	0.99
8350033--8350095	30	2.1	31	85	5	85	46	9	14	30	1.76
8354396--8354584	76	2.5	76	84	1	236	25	21	20	32	1.98
8375740--8375793	19	2.8	19	73	15	58	40	18	3	37	1.69
8376681--8376741	23	2.5	26	79	15	76	31	22	24	21	1.98
8377972--8378047	11	6.8	11	70	24	52	55	1	1	42	1.16
8392702--8392886	46	4.0	46	92	0	298	28	28	9	34	1.88
8394109--8394158	17	2.9	17	85	5	57	50	18	2	30	1.58
8399531--8399563	17	2.0	17	88	5	50	27	6	3	63	1.32
8403025--8403078	27	2.0	27	92	0	90	38	35	3	22	1.72
8403230--8403282	19	3.0	17	73	10	52	35	9	20	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8403254--8403311	22	2.7	21	84	7	71	36	1	18	43	1.61
8409832--8409944	50	2.3	50	78	9	122	23	28	20	28	1.99
8410290--8410347	30	1.9	30	85	0	80	29	25	5	39	1.77
8412015--8412072	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
8412284--8412315	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
8412410--8412651	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
8412410--8412659	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
8419607--8419664	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
8419876--8419907	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
8420002--8420243	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
8420002--8420251	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
8433575--8433629	23	2.4	23	77	17	60	47	3	0	49	1.19
8435404--8435437	18	1.9	17	88	5	50	67	2	2	26	1.19
8445809--8445875	32	2.0	32	88	5	91	14	25	11	47	1.79
8453407--8453471	25	2.6	25	87	0	85	30	15	16	36	1.90
8454141--8454207	31	2.1	32	91	2	109	28	8	22	40	1.84
8455279--8455580	66	4.6	66	86	2	410	28	24	18	28	1.98
8455279--8455580	132	2.3	132	90	1	462	28	24	18	28	1.98
8456600--8456710	54	2.1	54	98	0	213	21	20	16	41	1.90
8457946--8457978	14	2.2	16	89	10	52	18	0	36	45	1.49
8459403--8459458	21	2.7	21	80	0	67	16	30	30	23	1.96
8461670--8461694	13	1.9	13	100	0	50	40	12	8	40	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8462109--8462150	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
8463484--8463522	19	2.0	19	85	5	51	25	2	5	66	1.25
8470371--8470416	15	3.1	15	81	9	51	43	6	2	47	1.41
8473580--8473691	54	2.1	54	83	3	136	21	27	25	25	1.99
8479152--8479362	40	5.5	40	65	11	127	24	20	18	36	1.95
8479097--8479416	75	4.3	75	83	4	315	23	22	18	34	1.96
8482485--8482519	16	2.2	16	90	10	54	28	17	2	51	1.59
8484960--8485002	21	2.0	21	95	0	77	34	20	30	13	1.92
8487523--8487565	16	2.6	16	85	7	50	58	20	0	20	1.40
8492357--8492431	30	2.5	30	82	4	89	45	8	17	29	1.77
8499831--8499868	13	3.0	13	84	3	51	73	0	2	23	0.95
8499831--8499881	22	2.4	22	86	3	68	70	1	3	23	1.14
8504318--8504356	20	2.0	20	89	0	60	46	0	15	38	1.46
8504402--8504561	47	3.4	47	88	0	239	28	13	21	36	1.91
8506435--8506475	21	2.0	21	85	9	57	60	9	7	21	1.52
8507367--8507402	16	2.2	16	100	0	72	33	27	11	27	1.91
8513744--8513787	16	2.7	16	85	3	61	31	2	18	47	1.61
8513936--8513996	32	1.9	32	86	6	88	31	16	16	36	1.91
8522934--8523005	26	2.8	26	74	15	69	19	20	20	38	1.93
8525246--8525276	15	2.1	15	93	0	53	32	29	19	19	1.96
8526447--8526495	23	2.1	23	84	0	62	24	8	0	67	1.18
8526926--8526953	14	2.0	14	100	0	56	21	0	7	71	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8532790--8533971	88	13.7	87	75	10	725	29	14	25	30	1.95
8532897--8533082	37	4.6	37	69	20	113	25	16	25	32	1.96
8532808--8533316	126	4.0	126	93	0	847	27	15	25	30	1.96
8532878--8533531	82	7.7	82	70	14	425	28	15	25	30	1.96
8533130--8533636	171	2.9	171	87	4	637	29	15	24	30	1.96
8532934--8533972	297	3.4	300	80	7	915	29	14	24	30	1.95
8532808--8533423	126	4.9	120	86	6	662	27	15	25	31	1.96
8533384--8533973	44	13.4	44	80	6	597	32	13	24	30	1.93
8533976--8534097	44	2.8	44	82	2	138	29	18	21	31	1.96
8534474--8534504	15	2.1	15	93	0	53	32	29	19	19	1.96

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