genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   

This is table  72  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22348700--22348744	22	2.0	22	95	0	81	37	11	13	37	1.80
22352060--22352101	21	2.0	21	86	9	59	61	4	9	23	1.45
22355591--22355656	28	2.4	28	87	7	91	21	31	15	31	1.94
22355663--22355761	28	3.5	28	84	2	128	17	22	22	38	1.93
22356239--22356355	35	3.3	34	83	4	144	27	23	17	31	1.97
22356846--22356882	19	1.9	19	89	10	58	40	32	10	16	1.83
22359752--22359884	69	1.9	70	90	1	214	32	14	16	36	1.89
22361662--22361900	48	5.0	48	93	1	397	34	6	28	30	1.82
22361662--22361893	97	2.4	97	93	0	394	34	6	28	29	1.82
22362036--22362150	37	3.1	37	91	2	169	27	18	27	26	1.98
22363437--22363668	40	5.8	40	90	4	346	21	21	30	26	1.98
22365965--22366097	69	1.9	70	90	1	214	32	14	16	36	1.89
22367882--22368121	48	5.0	48	92	2	390	35	6	28	30	1.82
22367882--22368121	98	2.5	96	90	2	390	35	6	28	30	1.82
22368257--22368371	37	3.1	37	92	2	178	26	18	28	26	1.98
22373538--22373584	23	2.1	22	84	11	60	36	0	0	63	0.94
22375916--22375990	38	1.9	38	83	5	96	34	18	5	41	1.73
22378097--22378473	50	7.5	50	70	5	251	23	19	22	35	1.96
22378095--22378594	100	5.1	99	78	6	457	23	19	23	33	1.97
22378090--22378523	200	2.2	201	82	4	520	23	18	22	34	1.96
22378620--22379266	44	13.9	43	68	20	220	27	20	18	33	1.96
22378614--22379408	142	5.6	141	93	1	1279	27	20	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22378614--22379408	424	1.9	424	92	0	1331	27	20	18	33	1.96
22379321--22379434	44	2.6	45	79	8	119	26	21	21	29	1.99
22381723--22381830	6	17.7	6	76	10	58	11	7	11	70	1.34
22381742--22381811	28	2.6	27	83	2	95	7	7	11	74	1.22
22381765--22381823	18	3.1	18	81	11	64	8	5	13	72	1.24
22381761--22381802	21	2.0	22	90	4	68	4	9	11	73	1.22
22386456--22386486	15	2.1	15	100	0	62	61	6	0	32	1.21
22400822--22400962	50	2.8	50	88	5	212	31	29	15	24	1.96
22402852--22402941	25	3.6	25	83	5	119	23	18	26	31	1.98
22411322--22411346	11	2.3	11	100	0	50	28	12	0	60	1.32
22414269--22414353	38	2.2	40	87	4	129	45	14	9	30	1.76
22414316--22414419	38	2.7	39	81	3	120	42	13	9	34	1.77
22421834--22421873	6	6.7	6	91	0	62	75	15	0	10	1.05
22421827--22421873	12	4.0	12	91	2	78	74	14	0	10	1.07
22421827--22421874	18	2.7	18	87	3	71	75	14	0	10	1.06
22421828--22421874	6	8.0	6	85	4	51	76	14	0	8	1.01
22421906--22421960	28	2.0	28	85	7	76	69	1	27	1	1.09
22422813--22422843	7	4.4	7	91	0	53	70	0	12	16	1.16
22424085--22424560	50	9.5	50	67	4	287	33	24	19	22	1.97
22424077--22424563	200	2.4	200	87	2	690	33	24	19	21	1.97
22424077--22424562	100	4.9	100	82	4	561	33	24	19	21	1.97
22426284--22426312	15	2.0	15	93	6	51	20	3	0	75	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22429135--22429510	45	8.3	45	76	9	212	21	20	14	43	1.87
22429158--22429466	46	6.8	45	78	6	216	21	21	13	43	1.87
22433546--22433584	20	1.9	19	90	10	60	35	7	10	46	1.67
22436256--22436300	21	2.2	21	88	4	65	68	6	4	20	1.29
22436255--22436308	20	2.6	22	80	11	60	68	5	3	22	1.26
22436416--22436482	9	7.2	9	71	6	53	32	1	2	62	1.19
22436581--22436637	8	6.6	8	77	16	53	35	1	0	63	1.05
22436578--22436636	27	2.2	26	77	11	66	35	1	0	62	1.05
22436581--22436637	17	3.3	17	77	17	55	35	1	0	63	1.05
22443718--22443793	31	2.5	31	91	0	116	43	11	17	27	1.84
22444321--22444384	30	2.3	29	82	12	82	67	4	0	28	1.11
22445509--22445553	23	1.9	23	86	4	63	60	11	11	17	1.59
22446217--22446249	15	2.3	15	89	5	50	72	3	3	21	1.11
22446221--22446258	16	2.4	16	82	8	51	73	2	2	21	1.07
22446287--22446363	23	3.2	23	74	13	64	50	3	6	38	1.47
22467518--22467555	18	2.1	18	90	9	60	60	2	10	26	1.43
22478031--22478140	54	2.0	54	98	0	211	40	15	7	36	1.75
22481101--22481150	24	2.1	24	85	7	66	44	12	12	32	1.78
22485603--22485635	7	5.0	7	96	3	52	39	0	0	60	0.97
22489684--22489763	30	2.7	28	74	12	79	68	1	2	27	1.10
22489747--22489771	13	1.9	13	100	0	50	72	0	0	28	0.86
22493529--22493554	5	5.2	5	100	0	52	61	19	0	19	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22495744--22495812	5	14.4	5	73	24	60	40	0	1	57	1.07
22495744--22495808	20	3.2	20	81	18	82	40	0	1	58	1.07
22496403--22496447	23	1.9	24	86	4	65	57	2	20	20	1.51
22496879--22496967	40	2.2	39	82	4	97	32	21	26	19	1.97
22496959--22497229	113	2.4	113	90	0	416	26	23	23	26	2.00
22497211--22497256	22	2.1	22	100	0	92	50	28	8	13	1.70
22497285--22497619	114	2.9	114	92	0	571	24	20	25	29	1.99
22498295--22498528	96	2.5	88	78	15	265	29	1	26	43	1.63
22498339--22498527	96	2.0	96	88	1	279	28	1	28	41	1.65
22498554--22498607	21	2.6	21	72	21	51	50	1	5	42	1.36
22498602--22498658	9	6.4	9	90	8	82	59	0	8	31	1.28
22498597--22498648	8	6.2	8	85	14	70	55	0	9	34	1.32
22498610--22498664	26	2.1	26	83	6	67	63	0	7	29	1.21
22498654--22498705	19	2.7	20	79	11	63	76	3	1	17	1.02
22498692--22498787	46	2.1	47	88	2	140	44	9	1	44	1.43
22500033--22500079	21	2.2	21	84	0	58	40	12	0	46	1.42
22501034--22501064	8	3.9	8	95	0	53	3	22	25	48	1.66
22501333--22501474	32	4.7	29	70	22	112	47	16	0	34	1.52
22501425--22501508	8	10.5	8	73	14	59	48	16	0	34	1.47
22501425--22501508	17	4.7	17	70	21	64	48	16	0	34	1.47
22501452--22501508	9	6.8	8	80	7	60	49	17	0	33	1.47
22501456--22501505	25	2.0	26	88	4	75	48	20	0	32	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22501425--22501508	34	2.3	36	88	8	118	48	16	0	34	1.47
22501452--22501508	17	3.4	17	78	9	71	49	17	0	33	1.47
22501604--22501675	17	4.2	17	72	13	58	44	13	1	40	1.53
22501612--22501675	25	2.5	26	87	2	94	43	14	1	40	1.54
22501747--22501827	28	2.9	28	96	0	144	20	11	11	56	1.64
22502209--22502322	43	2.6	43	85	1	156	28	20	28	21	1.98
22509454--22509478	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
22509480--22509567	31	2.6	34	79	17	94	51	4	4	39	1.43
22509873--22509897	13	1.9	13	100	0	50	32	16	8	44	1.76
22509949--22509985	14	2.6	15	83	16	60	35	0	0	64	0.94
22512762--22512786	11	2.3	11	100	0	50	24	0	0	76	0.80
22513273--22513307	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
22518526--22518659	51	2.6	51	83	2	171	23	17	26	32	1.97
22518671--22518756	45	1.9	45	92	0	145	25	17	22	34	1.95
22523235--22523318	10	8.0	10	70	17	55	16	3	1	78	0.95
22523238--22523318	17	5.1	15	76	13	65	17	3	1	77	0.97
22523238--22523311	5	14.4	5	80	10	69	16	4	1	78	0.97
22523280--22523326	12	3.9	12	76	17	53	23	6	0	70	1.10
22523472--22523530	21	2.7	22	89	2	84	23	50	10	15	1.74
22524650--22524689	18	2.3	18	95	4	73	77	0	5	17	0.94
22528458--22528638	21	8.6	21	77	2	148	46	15	20	17	1.84
22528458--22528638	42	4.3	42	78	2	175	46	15	20	17	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22529105--22529139	17	1.9	18	88	11	54	42	8	0	48	1.33
22538353--22538433	37	2.2	36	80	12	94	56	4	3	34	1.38
22539065--22539095	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
22539556--22539721	91	1.9	88	79	6	190	40	18	8	33	1.80
22540228--22540272	11	3.9	11	77	11	54	35	2	2	60	1.22
22542615--22542661	21	2.2	22	81	11	62	61	0	0	38	0.96
22542603--22542675	20	3.7	20	78	8	69	60	0	2	36	1.11
22542633--22542810	10	18.1	10	66	13	59	60	1	6	32	1.29
22542594--22542675	9	8.6	9	78	15	58	59	0	3	36	1.15
22542623--22542810	19	9.6	19	69	13	87	60	1	5	32	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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