genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  79  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24497849--24497874	11	2.4	11	100	0	52	0	42	7	50	1.31
24503611--24503662	26	2.0	26	100	0	104	42	19	7	30	1.79
24504012--24504049	14	2.5	16	83	12	53	44	2	2	50	1.30
24504039--24504093	24	2.3	24	100	0	110	29	3	12	54	1.55
24507927--24507982	13	4.3	13	83	0	67	26	7	14	51	1.67
24508004--24508052	14	3.6	13	81	8	53	34	4	14	46	1.63
24525192--24525328	43	3.2	43	66	17	120	23	21	25	29	1.99
24525120--24525427	87	3.5	87	88	0	420	24	23	23	28	1.99
24525144--24525285	45	3.2	43	67	18	112	25	23	26	24	2.00
24526642--24526675	13	2.5	14	90	4	52	14	14	0	70	1.17
24527518--24527593	28	2.7	27	82	8	89	11	9	9	69	1.36
24527580--24527618	17	2.2	17	90	4	60	12	0	12	74	1.08
24527586--24527623	12	3.2	12	85	7	51	10	0	10	78	0.95
24527586--24527630	11	4.1	11	91	5	65	8	0	11	80	0.92
24527580--24527618	6	6.7	6	88	5	62	12	0	12	74	1.08
24535532--24535564	12	2.8	12	95	0	57	3	45	24	27	1.68
24541404--24541446	20	2.1	21	82	4	52	53	9	23	13	1.69
24547879--24547927	26	2.0	24	84	8	62	46	16	12	24	1.81
24549829--24549873	18	2.3	20	81	14	58	66	0	6	26	1.16
24556515--24556545	7	4.4	7	100	0	62	41	0	12	45	1.42
24564146--24564192	15	2.9	16	78	9	51	51	0	0	48	1.00
24565779--24565812	9	3.7	9	96	4	59	58	0	2	38	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24568407--24568798	198	2.0	197	93	0	667	36	17	11	34	1.86
24570556--24570741	73	2.5	73	84	1	230	61	2	8	27	1.35
24570622--24570666	11	3.8	12	85	8	56	68	0	8	22	1.16
24572467--24572677	44	4.8	43	77	9	174	28	24	15	31	1.95
24572440--24572677	89	2.7	88	77	5	232	28	23	15	31	1.95
24572612--24572874	96	2.8	95	81	5	316	25	21	18	34	1.96
24575254--24575438	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
24575255--24575438	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
24575307--24575471	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
24583113--24583297	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
24583114--24583297	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
24583166--24583330	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
24589547--24589579	14	2.4	14	100	0	66	39	42	0	18	1.50
24592367--24592416	26	2.0	25	88	11	75	2	10	12	76	1.11
24592369--24592425	26	2.2	25	81	12	62	1	10	14	73	1.17
24607327--24607370	22	2.0	23	86	4	63	47	9	6	36	1.62
24607293--24607367	28	2.6	29	80	6	80	48	5	8	38	1.56
24607405--24607441	19	1.9	19	88	0	56	59	5	2	32	1.34
24608519--24608569	23	2.3	22	82	3	57	13	3	21	60	1.49
24611139--24611388	73	3.5	70	79	8	195	61	2	6	29	1.35
24611290--24611322	4	8.0	4	93	6	57	72	0	3	24	0.98
24611217--24611396	73	2.5	73	84	0	236	62	1	7	28	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24615032--24615107	28	2.8	27	78	9	84	59	1	1	38	1.14
24626139--24626166	5	5.6	5	100	0	56	78	0	0	21	0.75
24630003--24630046	22	2.0	22	95	0	79	34	4	36	25	1.76
24634125--24634165	22	1.9	22	85	5	57	48	2	2	46	1.28
24634118--24634176	26	2.3	26	82	8	68	47	1	6	44	1.39
24634655--24634695	19	2.2	19	91	4	66	51	0	14	34	1.43
24646066--24646141	35	2.1	36	90	2	118	28	3	15	51	1.62
24648228--24648276	21	2.3	21	92	0	80	18	26	14	40	1.89
24652645--24652736	38	2.4	38	85	1	121	33	9	13	43	1.76
24652645--24652789	39	3.8	38	77	10	134	33	9	12	44	1.75
24652645--24652789	78	1.9	77	80	12	172	33	9	12	44	1.75
24663674--24663700	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
24666788--24666877	38	2.3	39	86	1	128	35	10	11	43	1.74
24666862--24666936	39	1.9	39	86	5	107	33	9	10	46	1.71
24666903--24666965	26	2.4	25	82	12	65	33	14	11	41	1.81
24673725--24673797	31	2.4	31	83	0	83	42	8	17	31	1.79
24674734--24674850	27	4.1	29	79	5	91	22	20	10	47	1.80
24674776--24674848	27	2.7	27	86	0	101	20	16	12	50	1.77
24674906--24674986	25	3.2	25	66	19	67	28	25	13	32	1.94
24677736--24677779	23	1.9	23	90	0	70	45	25	2	27	1.65
24680250--24680290	22	1.9	21	85	5	55	34	2	4	58	1.32
24686989--24687065	37	2.1	37	92	0	127	31	6	2	59	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24689173--24689241	29	2.4	29	79	11	79	43	8	20	27	1.81
24690680--24690812	70	1.9	70	87	0	194	21	21	26	30	1.98
24698101--24698241	70	2.0	70	84	0	183	23	19	24	32	1.97
24698908--24698942	18	1.9	18	88	11	54	17	0	28	54	1.43
24698977--24699014	11	3.5	11	79	13	51	15	5	26	52	1.64
24698973--24699014	22	1.9	22	100	0	84	16	4	26	52	1.63
24699653--24699708	28	2.0	29	96	3	105	46	8	19	25	1.79
24700159--24700193	18	2.0	18	88	5	54	25	5	8	60	1.49
24701691--24701715	12	2.1	12	100	0	50	44	24	8	24	1.80
24709818--24709896	29	2.7	30	68	18	76	31	10	13	44	1.78
24712538--24712644	43	2.7	40	78	15	112	52	1	21	24	1.57
24712555--24712649	43	2.2	43	86	0	136	49	2	24	24	1.61
24712567--24712661	43	2.2	43	84	3	120	45	3	26	25	1.68
24718609--24718677	34	2.0	34	91	0	111	42	11	11	34	1.78
24719246--24719300	27	2.0	27	85	0	74	30	23	14	30	1.94
24719255--24719306	27	1.9	27	92	0	86	28	23	17	30	1.97
24719256--24719318	27	2.3	27	86	0	81	31	23	17	26	1.97
24730194--24730218	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
24730453--24730484	15	2.1	15	94	0	55	78	0	0	21	0.76
24730694--24730745	27	1.9	27	100	0	104	28	21	19	30	1.97
24733382--24733428	22	2.1	23	92	4	78	31	0	2	65	1.04
24733382--24733428	10	4.2	12	82	17	57	31	0	2	65	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24737651--24737927	139	2.0	139	91	1	448	32	19	14	33	1.92
24741337--24741469	69	1.9	70	90	1	214	32	14	16	36	1.89
24742853--24743070	47	4.6	47	94	0	364	33	7	30	28	1.85
24744923--24744955	13	2.4	14	90	5	50	63	0	27	9	1.24
24746875--24746909	17	2.1	17	89	10	54	37	2	0	60	1.12
24751091--24751120	6	5.0	6	100	0	60	16	33	16	33	1.92
24751946--24751971	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
24752554--24752607	24	2.2	24	90	0	90	44	7	9	38	1.65
24759100--24759163	27	2.4	27	89	2	94	34	12	10	42	1.78
24759304--24759339	18	2.0	18	88	0	54	16	22	0	61	1.35
24760815--24760862	25	2.0	24	87	4	69	41	4	8	45	1.53
24761039--24761096	31	1.9	29	86	13	82	51	5	3	39	1.41
24761390--24762223	415	2.0	415	94	0	1472	33	22	13	31	1.92
24767403--24767903	47	10.6	47	91	2	772	32	7	29	29	1.86
24767403--24767903	96	5.3	96	91	4	777	32	7	29	29	1.86
24767403--24767903	143	3.5	143	93	2	812	32	7	29	29	1.86
24769724--24769771	24	2.0	24	91	0	78	20	14	29	35	1.93
24777930--24778004	18	4.3	18	74	6	82	50	4	12	33	1.58
24777925--24778061	52	2.7	49	80	14	159	54	3	9	32	1.50
24777924--24778080	52	3.1	51	77	16	148	54	3	8	33	1.46
24778047--24778088	20	2.1	20	91	8	68	66	0	0	33	0.92
24780720--24780755	15	2.5	14	91	8	63	44	5	0	50	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24781320--24781367	17	2.9	16	79	11	53	20	0	6	72	1.05
24782402--24782474	6	11.0	7	77	20	52	73	0	5	20	1.02
24782416--24782472	17	3.4	16	79	9	62	77	0	5	17	0.95
24782409--24782473	20	3.7	17	71	24	55	76	0	4	18	0.95
24787508--24787732	40	5.7	40	81	6	233	25	28	20	25	1.99
24791854--24791889	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
24796605--24796671	34	1.9	35	84	3	91	44	11	10	32	1.75
24796640--24796679	14	2.9	14	84	0	53	42	15	7	35	1.75
24797797--24797859	29	2.2	29	80	11	67	33	1	1	63	1.13
24808644--24808740	49	2.0	49	84	8	126	47	10	13	28	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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