genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  92  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28727925--28728081	55	3.0	55	85	10	208	28	26	8	37	1.85
28727813--28728081	102	2.7	100	84	6	336	28	28	7	35	1.85
28731966--28732015	25	2.0	24	88	3	73	30	34	8	28	1.86
28732174--28732383	40	5.2	40	90	0	312	26	27	21	24	1.99
28733804--28734110	47	6.6	47	92	1	485	28	29	8	32	1.86
28740387--28740477	34	2.6	35	91	5	141	31	6	16	45	1.73
28756612--28756656	24	1.9	23	86	4	63	31	6	15	46	1.72
28759171--28759269	41	2.4	41	98	0	189	29	21	21	28	1.98
28767448--28767492	22	2.0	22	87	8	65	57	0	2	40	1.11
28767452--28767499	16	2.9	17	78	15	55	54	2	2	41	1.24
28782306--28782849	47	11.6	47	93	1	903	28	29	8	33	1.87
28787655--28787695	10	3.9	10	84	12	55	60	4	0	34	1.18
28804648--28804782	68	2.0	68	94	0	234	33	23	14	28	1.94
28805987--28806028	17	2.5	17	84	0	57	33	33	14	19	1.91
28818433--28818582	41	3.7	41	81	3	140	18	23	26	32	1.97
28818433--28818583	82	1.8	82	81	2	187	19	23	25	31	1.98
28843850--28843890	21	2.0	21	85	9	57	0	24	9	65	1.22
28845320--28845384	28	2.3	28	86	0	94	23	20	18	38	1.93
28850651--28850705	28	1.9	29	88	3	85	50	12	7	29	1.67
28862425--28862456	7	4.6	7	96	0	55	12	21	18	46	1.82
28868733--28868963	40	5.8	40	84	4	288	25	28	21	24	1.99
28868704--28868962	120	2.2	119	88	2	387	27	27	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28871760--28871942	39	4.6	40	82	10	207	24	22	27	25	2.00
28871812--28871975	79	2.1	78	85	5	215	26	21	26	25	1.99
28879132--28879248	37	3.3	37	68	22	122	27	15	24	32	1.95
28879131--28879269	70	2.0	69	98	1	269	27	15	25	31	1.96
28879820--28879943	40	3.2	39	88	5	180	24	20	28	27	1.99
28879820--28879966	78	1.9	78	83	8	192	25	19	27	27	1.99
28883159--28883343	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
28883160--28883343	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
28883212--28883376	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
28886107--28886133	7	3.9	7	100	0	54	0	25	0	74	0.83
28887593--28887640	23	2.2	22	88	7	71	37	12	22	27	1.90
28889221--28889260	20	2.0	20	100	0	80	5	25	30	40	1.77
28889228--28889273	20	2.3	20	84	0	56	8	30	23	36	1.85
28894070--28894107	11	3.5	11	82	3	51	44	0	0	55	0.99
28894044--28894107	24	2.7	24	79	11	60	42	1	0	56	1.09
28900826--28900878	25	2.1	25	100	0	106	35	7	11	45	1.69
28903448--28903510	28	2.2	28	91	0	108	25	25	14	34	1.94
28904642--28904698	15	3.7	15	76	4	69	45	10	10	33	1.73
28904643--28904700	31	1.9	30	92	3	98	44	10	12	32	1.75
28904651--28904714	31	2.1	30	88	2	92	48	10	10	29	1.73
28907884--28907922	20	2.0	20	85	10	53	28	2	2	66	1.18
28913048--28913125	7	10.6	7	74	24	63	83	1	11	3	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28913057--28913125	6	11.7	6	77	14	63	82	1	11	4	0.87
28913045--28913125	13	6.6	12	76	11	67	83	1	11	3	0.82
28915209--28915648	128	3.4	128	90	0	655	30	18	24	26	1.98
28916039--28916544	50	10.1	50	74	4	421	33	22	18	25	1.97
28916028--28916433	100	4.1	100	90	0	625	31	23	19	25	1.98
28916038--28916509	100	4.7	99	86	4	520	34	22	18	24	1.96
28916059--28916494	200	2.2	200	86	0	604	33	23	17	25	1.96
28931774--28931807	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
28937646--28937733	36	2.5	35	86	1	122	25	21	14	38	1.92
28937841--28937932	43	2.2	42	86	3	130	29	18	14	38	1.90
28939527--28939625	20	4.9	20	68	0	81	35	22	24	18	1.96
28939527--28939675	80	1.9	80	88	0	226	36	20	22	20	1.95
28939520--28939673	40	3.8	40	83	0	191	35	19	24	20	1.96
28942736--28942802	13	5.2	13	75	0	62	40	0	20	38	1.53
28942767--28942809	13	3.3	13	80	0	50	32	0	20	46	1.51
28946029--28946156	49	2.6	50	82	6	154	30	17	27	25	1.97
28953102--28953343	50	4.8	50	79	8	224	28	20	28	23	1.99
28953115--28953301	100	1.8	103	83	6	254	26	19	29	24	1.99
28965091--28965254	27	6.0	27	74	4	114	36	17	18	27	1.93
28967518--28967611	28	3.3	27	76	8	89	29	22	18	29	1.97
28967767--28967919	53	2.9	53	86	3	227	28	26	13	32	1.93
28971927--28971951	11	2.3	11	100	0	50	44	20	0	36	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28981855--28981885	16	1.9	16	100	0	62	35	19	19	25	1.95
28982487--28982519	16	2.1	16	100	0	66	36	12	9	42	1.74
28982642--28982678	17	2.1	18	85	14	51	56	5	2	35	1.36
28982797--28982843	26	1.9	23	87	12	67	34	2	10	53	1.48
28984265--28984314	24	2.1	24	81	7	57	24	10	14	52	1.71
28994754--28994831	37	2.1	37	88	2	113	25	30	19	24	1.98
28994948--28995195	47	5.3	47	92	1	383	28	30	8	32	1.87
28996082--28996284	61	3.3	61	86	1	264	28	25	14	32	1.94
28996115--28996213	29	3.3	29	67	22	78	30	28	15	26	1.96
28996458--28996489	16	2.0	16	93	0	55	40	21	12	25	1.88
28999715--28999839	28	4.6	27	94	2	198	26	12	28	32	1.93
28999715--28999839	55	2.3	54	91	4	198	26	12	28	32	1.93
29007799--29007924	28	4.5	28	93	1	200	25	13	28	32	1.94
29010440--29010860	27	15.6	27	88	2	560	42	20	19	16	1.88
29010440--29010910	54	8.6	54	85	5	524	42	21	19	16	1.89
29010830--29010895	34	1.9	34	93	0	114	39	27	16	16	1.90
29011135--29011266	28	4.7	28	88	1	167	28	20	23	28	1.99
29021423--29021465	20	2.2	20	86	0	59	53	2	30	13	1.53
29026259--29026301	20	2.2	20	86	0	59	53	2	30	13	1.53
29031098--29031140	20	2.2	20	86	0	59	53	2	30	13	1.53
29034193--29034246	22	2.5	22	93	0	90	35	12	20	31	1.90
29045861--29046481	47	13.1	47	92	2	972	32	9	29	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29045861--29046481	143	4.4	141	94	1	972	32	9	29	28	1.88
29045861--29046481	190	3.3	190	94	1	1061	32	9	29	28	1.88
29046600--29046678	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
29048211--29048248	19	2.0	19	100	0	76	31	26	10	31	1.90
29055343--29055448	50	2.1	50	100	0	212	33	9	31	26	1.88
29059356--29059407	25	2.1	25	100	0	104	38	25	7	28	1.83
29074958--29075011	29	2.0	26	82	10	63	42	1	0	55	1.10
29074963--29075011	14	3.5	13	86	13	62	46	2	0	51	1.12
29075990--29076032	19	2.2	20	83	4	52	23	0	4	72	1.04
29078161--29078192	14	2.1	16	88	11	50	18	12	6	62	1.50
29081553--29081582	16	1.9	16	93	6	53	60	0	0	40	0.97
29082154--29082237	42	2.0	42	100	0	168	35	14	16	33	1.89
29085702--29085773	35	2.1	35	91	0	117	33	22	13	30	1.93
29113342--29113409	26	2.6	26	85	0	91	30	23	22	23	1.99
29119503--29119590	28	3.2	28	93	1	151	32	36	5	25	1.79
29119503--29119577	14	5.4	14	68	13	57	32	40	4	24	1.73
29122083--29122389	40	7.7	39	84	3	346	38	16	26	18	1.92
29122162--29122223	20	3.1	20	70	9	63	40	16	24	19	1.91
29122070--29122389	80	4.0	80	84	4	385	38	16	26	18	1.92
29122081--29122389	120	2.6	119	88	2	449	38	16	26	18	1.92
29131475--29131560	26	3.3	26	88	4	120	23	13	16	46	1.83
29133793--29133821	10	2.7	11	89	10	51	6	55	37	0	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29133837--29133981	20	7.3	20	73	14	131	33	1	2	62	1.18
29133837--29134020	59	3.1	59	94	1	307	34	1	2	61	1.17
29133958--29134044	39	2.2	39	95	2	156	35	3	1	59	1.22
29133978--29134031	28	1.9	28	85	7	74	37	3	0	59	1.15
29134613--29134670	28	2.1	28	86	0	80	24	29	18	27	1.98
29137428--29137469	20	2.1	20	82	8	50	61	21	0	16	1.34
29137479--29137528	22	2.2	23	85	3	66	52	26	2	20	1.57
29140796--29140957	46	3.6	45	88	5	231	33	15	24	27	1.95
29143525--29143574	27	2.0	27	84	11	70	46	2	2	50	1.24
29143590--29143646	19	2.8	21	79	17	66	52	1	1	43	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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