genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  50  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14946698--14947486	133	5.9	134	69	10	419	32	14	22	30	1.94
14946534--14947109	315	1.8	314	86	1	839	32	15	21	30	1.95
14947044--14947141	45	2.2	45	84	0	133	33	14	19	32	1.92
14947055--14947157	45	2.3	45	82	0	125	35	9	22	32	1.87
14946875--14947335	226	2.0	227	86	2	642	32	15	21	30	1.94
14947487--14947541	23	2.4	23	96	0	101	30	27	9	32	1.88
14950094--14950922	44	18.5	44	71	14	439	32	19	20	27	1.97
14950231--14950432	41	4.7	42	75	9	149	31	18	20	29	1.96
14950135--14950475	87	3.8	87	81	7	312	31	19	20	28	1.97
14953606--14953721	44	2.6	44	86	0	151	26	19	21	31	1.97
14955602--14955634	5	6.6	5	100	0	66	18	0	0	81	0.68
14959884--14959921	20	1.9	20	88	0	58	50	5	2	42	1.39
14961438--14961574	34	4.1	34	75	9	136	30	13	13	42	1.83
14961623--14961850	94	2.4	96	81	2	264	28	20	16	34	1.94
14961711--14962667	320	3.0	320	89	0	1524	31	15	19	33	1.93
14963088--14963123	2	18.0	2	94	0	63	47	0	0	52	1.00
14977179--14977342	34	4.8	34	85	0	220	32	18	17	31	1.94
14983522--14983625	43	2.5	43	82	6	124	32	28	15	23	1.95
14987623--14987651	14	2.0	15	93	6	51	34	34	0	31	1.58
14987708--14987756	21	2.3	20	80	19	64	48	16	2	32	1.57
14992415--14992534	43	2.8	43	75	12	115	35	26	17	20	1.94
14993530--14993697	91	1.9	90	85	1	237	45	21	5	27	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14996061--14996248	47	4.0	47	85	2	155	22	18	17	41	1.90
14996071--14996224	70	2.2	70	92	0	254	22	18	16	42	1.89
14996061--14996455	117	3.4	116	80	6	411	25	15	17	41	1.89
14996141--14996309	47	3.6	47	91	1	241	24	17	17	41	1.90
14996071--14996248	70	2.5	70	88	0	221	23	18	16	41	1.90
14996235--14996514	70	4.0	70	91	1	420	27	13	17	41	1.87
14996141--14996455	47	6.7	47	78	6	221	26	16	17	40	1.90
14996071--14996481	23	17.6	23	73	6	243	25	15	17	41	1.89
14997666--14997695	14	2.1	14	100	0	60	43	13	0	43	1.43
15001848--15001977	50	2.6	50	85	7	158	32	13	13	40	1.85
15004085--15004302	40	5.5	40	83	2	244	43	28	15	13	1.84
15012263--15012302	10	3.9	10	90	6	62	87	0	12	0	0.54
15012264--15012302	11	3.6	11	93	3	62	89	0	10	0	0.48
15012312--15012364	26	2.0	26	96	0	97	9	3	39	47	1.54
15032158--15032210	18	2.9	18	75	13	56	30	0	1	67	1.01
15033909--15033945	18	2.1	18	94	0	65	40	18	10	29	1.85
15045147--15045187	19	2.2	19	86	0	55	36	7	9	46	1.65
15048063--15048301	85	2.8	85	85	1	311	33	23	17	25	1.96
15050463--15050514	26	2.0	26	96	0	95	57	3	9	28	1.48
15052920--15053676	251	3.0	251	98	0	1460	29	8	21	40	1.82
15056703--15056759	20	2.8	20	89	0	78	22	29	0	47	1.52
15061853--15061898	20	2.3	20	80	0	56	50	2	6	41	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15061986--15062025	20	2.0	20	100	0	80	45	15	10	30	1.78
15061976--15062039	34	1.9	32	87	12	94	42	15	7	34	1.76
15062009--15062046	14	2.7	14	88	8	51	39	15	5	39	1.70
15063134--15063210	27	2.9	27	78	0	73	33	19	27	19	1.96
15063759--15063816	22	2.6	22	81	10	57	29	0	20	50	1.49
15063782--15063840	10	5.7	10	79	15	66	27	0	18	54	1.44
15063780--15063851	22	3.4	20	80	17	76	29	0	18	52	1.45
15066925--15066979	20	2.8	20	85	0	74	41	21	27	9	1.83
15075053--15075231	40	4.5	40	81	6	204	25	22	27	24	2.00
15075055--15075231	79	2.2	80	81	7	200	25	22	28	24	1.99
15075106--15075270	79	2.1	79	79	6	174	26	20	27	26	1.99
15084820--15084940	43	2.8	44	78	13	142	20	18	29	31	1.96
15086872--15086909	20	1.9	20	94	0	67	13	31	15	39	1.86
15089737--15089801	22	3.0	22	81	0	76	46	18	18	16	1.85
15089793--15089963	32	5.4	32	84	0	209	38	18	20	22	1.94
15089790--15089963	64	2.7	63	86	3	233	37	18	20	22	1.94
15090007--15090066	27	2.2	27	82	11	70	33	21	25	20	1.97
15090154--15090217	24	2.7	23	80	7	65	45	18	9	26	1.80
15090273--15090326	27	2.0	27	81	3	63	25	20	20	33	1.97
15100775--15100801	14	1.9	14	100	0	54	37	22	25	14	1.93
15102617--15102673	24	2.4	24	69	0	60	21	15	10	52	1.72
15103362--15103388	13	2.1	13	100	0	54	22	22	14	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15109217--15109249	15	2.1	17	88	11	52	51	21	0	27	1.48
15109216--15109307	39	2.4	39	88	3	132	44	22	4	28	1.72
15120299--15120740	50	8.9	50	88	2	606	21	30	21	26	1.98
15120299--15120829	150	3.5	150	86	3	644	22	29	21	27	1.99
15120751--15120891	42	3.1	47	79	13	141	24	24	21	28	1.99
15120795--15120915	42	2.9	42	93	1	199	26	23	21	28	1.99
15133254--15133350	37	2.6	36	85	4	140	41	28	11	18	1.85
15137400--15137426	14	1.9	14	100	0	54	51	7	11	29	1.64
15140351--15140447	39	2.5	39	81	0	113	40	20	9	29	1.84
15143808--15143843	18	2.0	18	88	0	54	22	0	2	75	0.94
15157241--15157274	15	2.2	16	89	5	52	44	23	0	32	1.54
15168036--15168069	18	1.9	18	94	5	61	8	41	26	23	1.83
15192971--15192997	14	1.9	14	100	0	54	51	11	7	29	1.64
15197573--15197625	23	2.3	23	93	0	88	32	9	16	41	1.81
15197585--15197638	23	2.3	23	83	0	63	31	14	12	40	1.84
15201717--15201742	3	8.7	3	100	0	52	34	0	34	30	1.58
15207052--15207091	17	2.5	15	84	15	53	82	2	7	7	0.92
15210318--15210464	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
15210364--15210544	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
15210361--15210544	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
15218132--15218353	40	5.7	40	81	7	215	25	28	20	25	1.99
15218132--15218351	78	2.8	78	78	6	228	25	28	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15218285--15218362	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
15220362--15220405	13	3.0	15	84	15	65	59	0	0	40	0.98
15220365--15220399	8	4.4	8	92	0	61	60	0	0	40	0.97
15221324--15221410	44	2.0	44	84	4	113	21	20	25	32	1.98
15230647--15230700	24	2.2	24	84	12	67	29	37	16	16	1.91
15238409--15238442	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
15239959--15240054	5	17.8	5	71	18	52	15	3	8	72	1.21
15243275--15243338	29	2.1	32	85	8	89	59	9	1	29	1.38
15243681--15243808	10	13.5	10	72	11	65	64	2	1	31	1.15
15243684--15243732	9	5.4	9	82	4	55	71	2	0	26	0.97
15243698--15243791	18	4.9	19	70	12	61	62	2	1	34	1.14
15243681--15243809	28	4.6	29	71	17	101	64	2	1	31	1.15
15243769--15243820	18	2.8	18	85	11	61	61	5	5	26	1.42
15243759--15243818	28	2.1	28	81	6	68	61	6	5	26	1.42
15243989--15244102	9	11.9	10	71	11	53	28	6	1	64	1.28
15244050--15244114	29	2.2	31	81	10	82	29	6	0	64	1.17
15244079--15244142	19	3.3	19	69	16	51	35	3	0	60	1.12
15245012--15245067	6	9.2	6	76	18	53	28	19	0	51	1.47
15245012--15245060	13	3.8	13	79	15	50	28	20	0	51	1.48
15245255--15245314	21	2.9	21	80	5	68	36	21	21	20	1.95
15245645--15245673	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
15246353--15246395	21	2.0	21	82	8	52	2	11	6	79	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15246419--15246450	3	10.7	3	100	0	64	68	31	0	0	0.90
15246453--15246482	5	5.8	5	96	4	51	63	0	0	36	0.95
15246885--15246933	5	10.0	5	82	4	64	55	2	0	42	1.11
15249326--15249367	13	3.2	13	81	18	59	35	4	2	57	1.33
15250057--15250101	22	2.0	22	82	8	54	33	4	2	60	1.29
15254974--15255028	21	2.6	21	100	0	110	29	34	0	36	1.58
15258283--15258391	50	2.2	50	88	3	157	25	11	20	42	1.86
15260192--15260239	24	2.0	24	83	0	60	58	4	6	31	1.42
15268288--15268792	46	10.9	47	89	7	759	31	8	30	29	1.87
15268281--15268795	187	2.8	187	92	5	841	31	8	30	29	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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