genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  39  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11596326--11596369	23	1.9	23	86	9	63	63	15	0	20	1.31
11599115--11599157	3	14.3	3	90	0	68	72	0	0	27	0.85
11613704--11613734	15	2.0	16	93	6	55	61	0	19	19	1.35
11614199--11614228	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
11618378--11618526	40	3.8	40	80	4	140	35	16	26	21	1.94
11635350--11635409	29	2.1	29	100	0	120	21	13	20	45	1.85
11643135--11643239	41	2.6	41	89	0	156	32	27	22	17	1.96
11646587--11646637	21	2.4	21	96	0	93	19	27	11	41	1.86
11650665--11650807	41	3.5	41	80	3	153	32	25	22	19	1.97
11650747--11650778	16	2.0	16	93	0	55	28	25	28	18	1.98
11652086--11652148	22	2.9	21	73	15	56	9	23	23	42	1.83
11655748--11655806	30	2.0	30	100	0	118	16	33	23	25	1.96
11659965--11660007	14	3.1	14	96	0	77	46	18	13	20	1.83
11660241--11660706	40	11.8	40	81	1	510	33	17	28	19	1.95
11660367--11660432	20	3.3	20	70	8	62	24	18	36	21	1.95
11660241--11660692	199	2.3	199	85	1	584	34	17	29	18	1.94
11660298--11660706	159	2.6	159	84	1	507	32	17	29	20	1.95
11664682--11664745	33	1.9	33	90	6	103	37	6	25	31	1.81
11665084--11665124	21	1.9	22	90	5	66	41	12	12	34	1.80
11665728--11665793	33	2.1	32	81	10	75	40	1	21	36	1.62
11665874--11665917	22	1.9	24	86	9	65	43	2	13	40	1.57
11666112--11666152	21	1.9	22	85	5	57	41	14	9	34	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11666310--11666343	18	2.0	17	88	11	52	38	23	8	29	1.85
11666753--11666819	33	2.0	33	86	11	93	40	4	22	32	1.74
11666846--11666920	37	2.0	37	92	5	125	30	9	26	33	1.88
11666938--11666983	22	2.0	23	84	12	60	39	4	15	41	1.67
11673880--11673999	54	2.2	53	84	10	147	47	16	20	15	1.83
11673880--11674003	27	4.7	26	80	6	133	46	18	19	15	1.84
11674168--11674270	26	4.0	26	83	2	109	17	25	21	35	1.95
11674375--11674463	30	3.0	30	85	6	112	26	25	20	26	1.99
11675273--11675314	17	2.5	17	84	0	57	47	11	23	16	1.80
11676695--11676765	26	2.7	26	88	0	97	16	22	21	39	1.92
11676881--11676966	28	3.0	28	86	6	118	25	26	20	26	1.99
11676877--11676995	30	3.9	30	84	6	134	25	26	22	26	2.00
11676877--11677001	33	4.0	32	78	15	111	25	25	23	25	2.00
11682167--11682351	51	3.7	50	80	9	180	24	17	26	31	1.97
11682167--11682351	101	1.8	102	87	5	277	24	17	26	31	1.97
11682355--11682453	46	2.2	43	82	12	119	23	19	25	32	1.97
11682577--11682608	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
11688371--11688555	101	1.8	102	91	5	313	23	17	28	30	1.97
11688368--11688563	51	3.9	49	81	4	223	22	17	29	30	1.97
11688477--11688557	26	3.2	26	65	28	73	22	14	29	33	1.94
11688373--11688563	102	1.9	100	90	5	278	23	17	28	29	1.97
11692503--11692549	16	3.1	15	85	8	60	36	0	48	14	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11692507--11692549	7	5.9	7	81	10	50	34	0	48	16	1.46
11699543--11699910	102	3.6	103	91	4	593	30	29	20	20	1.97
11700240--11700303	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
11700247--11700303	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
11710101--11710152	26	2.0	26	88	0	77	30	32	21	15	1.94
11710070--11710438	104	3.6	103	90	2	553	31	29	19	19	1.97
11710767--11710830	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
11710774--11710830	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
11711780--11711981	27	7.5	27	80	3	174	35	20	20	24	1.96
11711783--11711977	54	3.6	53	82	2	194	35	20	18	25	1.95
11711810--11711963	81	1.9	81	86	0	218	35	21	18	24	1.95
11711781--11711981	81	2.5	81	80	4	208	35	20	19	24	1.96
11711957--11711995	18	2.2	18	86	9	53	33	17	25	23	1.96
11711930--11712024	45	2.1	45	82	3	111	35	18	22	23	1.96
11711980--11712053	27	2.7	28	83	10	91	39	18	20	21	1.93
11711903--11712051	72	2.1	72	81	9	171	37	18	20	22	1.94
11712123--11712180	24	2.4	25	88	5	84	22	5	25	46	1.72
11712296--11712349	26	2.1	26	89	0	81	16	20	25	37	1.93
11712306--11712361	26	2.2	26	83	0	67	12	21	32	33	1.91
11712352--11712586	32	7.4	32	79	2	240	20	21	21	37	1.95
11712349--11712585	64	3.7	64	81	3	282	20	21	21	36	1.95
11712349--11712586	96	2.5	94	81	3	278	20	21	21	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11714896--11714925	11	2.7	11	94	0	51	0	13	0	86	0.57
11714896--11714924	12	2.5	12	94	5	51	0	10	0	89	0.48
11728313--11728505	51	3.8	52	77	8	148	29	15	25	30	1.95
11732442--11732510	7	9.6	7	87	6	93	31	0	52	15	1.44
11757789--11757861	34	2.1	34	82	2	83	34	6	15	43	1.73
11757978--11758142	43	3.8	43	80	11	151	23	16	27	32	1.96
11758113--11758212	43	2.3	43	86	3	130	28	17	24	31	1.97
11763324--11763367	23	2.0	22	82	13	54	45	9	15	29	1.77
11772230--11772292	22	2.9	21	76	4	63	47	17	17	17	1.83
11772317--11772448	32	4.1	32	82	0	138	34	24	21	19	1.97
11772297--11772448	64	2.4	64	89	0	223	36	23	20	20	1.95
11772626--11772711	24	3.6	24	80	0	91	47	20	5	25	1.72
11772756--11772895	53	2.6	52	85	8	176	17	18	20	43	1.88
11772729--11772895	27	6.3	26	75	11	142	17	19	20	41	1.91
11773889--11773939	24	2.1	24	85	0	66	19	39	5	35	1.76
11776023--11776148	66	1.9	66	98	0	243	33	7	20	38	1.80
11776023--11776173	66	2.3	66	91	3	241	34	7	18	39	1.80
11786968--11786997	16	1.9	16	93	6	53	46	6	13	33	1.69
11792701--11792731	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
11796854--11797039	71	2.5	71	87	7	241	31	30	17	20	1.96
11797016--11797064	25	2.0	25	95	0	89	30	32	24	12	1.92
11796924--11797141	101	2.1	101	92	4	359	31	31	18	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11804302--11804525	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
11804854--11804917	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
11804861--11804917	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
11813294--11813324	16	1.9	16	100	0	62	38	12	0	48	1.42
11815366--11815476	57	1.9	57	88	0	168	48	19	15	16	1.81
11817881--11817952	24	2.9	25	82	8	76	69	4	2	23	1.19
11817917--11817958	15	2.8	15	80	19	52	76	2	2	19	1.01
11818875--11818911	14	2.5	16	87	12	53	64	2	0	32	1.07
11819221--11819385	88	1.9	87	86	7	235	44	5	7	42	1.55
11820639--11820692	20	2.8	18	76	15	54	42	18	0	38	1.50
11821359--11821458	41	2.4	41	81	0	101	34	22	18	26	1.96
11821393--11821532	41	3.4	41	80	6	158	32	18	17	31	1.94
11821722--11821869	65	2.3	61	78	8	154	40	15	10	33	1.81
11823401--11823449	20	2.5	20	90	6	75	34	12	16	36	1.86
11823972--11824032	30	2.0	30	90	0	95	22	31	31	14	1.94
11825778--11825812	14	2.5	14	95	0	61	20	22	22	34	1.97
11828681--11828740	20	2.9	21	69	14	61	23	30	16	30	1.96
11828681--11828763	41	2.0	41	88	4	123	20	28	16	33	1.95
11832535--11832734	103	1.9	103	88	4	305	20	27	17	35	1.95
11838221--11838437	45	4.8	45	89	1	301	23	19	18	37	1.94
11842535--11842568	11	3.0	11	91	4	50	70	0	0	29	0.87
11849000--11849135	41	3.3	41	89	3	186	38	11	23	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11851432--11851466	18	1.9	18	100	0	70	45	11	11	31	1.76
11857957--11857995	7	5.7	7	85	14	55	87	10	0	2	0.65
11857952--11858003	21	2.5	21	93	6	88	84	7	0	7	0.77
11857957--11857994	13	2.8	14	88	4	60	86	10	0	2	0.66
11861691--11861724	17	2.0	17	100	0	68	29	5	17	47	1.71
11862860--11863462	27	22.4	27	82	2	674	20	16	21	41	1.90
11868476--11868592	62	1.9	60	84	5	155	48	3	5	42	1.42
11870288--11870319	15	2.1	15	94	0	55	71	6	6	15	1.26
11876352--11876410	16	3.7	16	75	8	57	47	1	1	49	1.21
11886514--11886613	25	4.0	25	86	0	110	22	27	13	38	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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