genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  81  of  211  ( 25274 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25133906--25134000	27	3.5	27	80	11	97	27	25	11	35	1.90
25133929--25134000	26	2.7	27	82	10	94	27	26	9	36	1.88
25137853--25137905	27	2.0	26	85	3	70	16	20	35	26	1.94
25137778--25137976	102	2.0	102	88	0	299	19	17	29	33	1.95
25144800--25144850	27	1.9	26	92	4	84	17	23	31	27	1.97
25144829--25145139	33	8.8	33	66	23	134	21	19	25	33	1.97
25144864--25144998	42	3.4	41	75	17	160	22	17	25	34	1.96
25144825--25144999	75	2.3	75	95	0	305	21	18	26	33	1.97
25144901--25145101	102	2.0	102	89	0	312	20	19	26	32	1.97
25144797--25145137	177	1.9	177	90	1	549	21	19	26	31	1.97
25146687--25146879	51	3.9	48	79	8	181	24	18	26	30	1.98
25151316--25151640	40	8.5	40	67	17	188	32	20	24	22	1.97
25151397--25151525	35	3.5	35	72	17	127	32	20	23	24	1.98
25151362--25151681	75	4.3	75	88	0	433	32	20	24	23	1.98
25155040--25155083	22	2.0	22	86	0	61	22	31	4	40	1.74
25159311--25159355	23	2.0	23	100	0	90	42	8	17	31	1.80
25159676--25159910	50	4.7	50	87	0	272	21	31	20	26	1.98
25159727--25159910	100	1.8	100	91	0	305	21	32	20	25	1.97
25167205--25167397	50	3.8	50	88	0	278	21	29	22	26	1.99
25172218--25172264	22	2.2	21	88	3	67	46	0	2	51	1.13
25179705--25179765	3	20.3	3	100	0	122	67	0	0	32	0.91
25180483--25180525	19	2.3	19	83	0	59	11	9	2	76	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25180613--25180663	23	2.2	23	89	6	77	50	0	0	49	1.00
25180607--25180682	39	1.9	39	81	5	91	47	0	1	51	1.09
25181106--25181161	20	2.8	20	78	8	69	58	1	5	33	1.31
25181447--25181509	20	3.2	20	74	17	76	33	6	3	57	1.40
25181445--25181529	40	2.1	41	88	2	127	34	7	4	54	1.49
25181453--25181540	40	2.2	40	81	4	97	35	6	4	53	1.48
25181589--25181738	70	2.1	70	88	3	230	49	3	4	43	1.37
25181721--25181749	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
25183930--25184036	30	3.6	30	87	0	124	30	27	16	25	1.97
25194452--25194515	28	2.3	27	81	5	65	50	14	9	26	1.73
25195294--25195394	47	2.1	48	90	1	159	41	14	20	22	1.89
25195847--25195941	29	3.2	30	70	17	90	47	12	9	30	1.73
25196741--25196834	46	2.0	46	93	0	161	24	19	21	35	1.96
25207212--25207236	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
25208390--25209513	89	12.6	89	85	1	1421	28	22	23	25	1.99
25208474--25209318	45	19.0	45	66	15	180	28	23	24	24	2.00
25208544--25209291	45	16.8	43	66	17	192	28	23	24	24	2.00
25209704--25209978	51	5.6	51	71	14	191	29	20	24	26	1.99
25209752--25209974	46	4.6	47	73	13	186	30	19	24	26	1.98
25209704--25209980	97	2.9	96	84	3	362	29	20	23	26	1.99
25211639--25211712	30	2.5	30	88	0	112	20	29	10	39	1.86
25211611--25211831	60	3.7	58	70	10	167	24	28	12	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25215423--25215598	56	3.1	56	95	0	325	45	9	22	23	1.80
25216723--25216947	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
25216723--25216980	119	2.2	119	81	6	292	25	21	27	25	1.99
25223413--25223582	56	3.1	56	97	1	317	45	8	22	23	1.80
25224708--25224931	79	2.8	80	84	6	278	25	22	27	25	2.00
25224708--25224931	40	5.7	40	85	6	278	25	22	27	25	2.00
25224747--25224964	79	2.8	78	84	5	253	27	21	26	25	1.99
25236817--25237058	45	5.4	45	93	0	394	37	16	19	26	1.93
25239844--25239926	36	2.3	37	76	15	86	69	1	21	7	1.19
25240954--25241008	24	2.3	24	75	6	58	45	9	7	38	1.64
25242818--25242888	7	10.3	7	71	24	53	29	4	1	64	1.20
25242829--25242889	24	2.4	26	79	15	74	31	3	1	63	1.20
25242829--25242894	3	21.0	3	74	20	55	31	3	1	63	1.19
25245338--25245429	25	3.7	25	74	0	76	28	20	20	30	1.98
25248606--25248649	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
25248697--25248782	45	1.9	45	92	0	145	36	23	15	25	1.94
25248789--25248927	51	2.7	52	79	11	162	33	26	16	23	1.96
25254254--25254404	28	5.4	28	91	0	221	25	23	11	38	1.89
25254253--25254466	56	3.9	56	83	6	244	27	23	11	38	1.88
25254251--25254464	28	7.8	27	83	6	120	27	23	11	38	1.88
25254394--25254464	26	2.7	26	80	8	90	30	23	11	33	1.90
25261176--25261254	27	2.9	27	78	0	77	26	8	25	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25267645--25267682	20	1.9	19	94	5	67	21	18	13	47	1.82
25267880--25267971	19	5.1	19	69	19	70	44	11	7	35	1.70
25267880--25267982	53	1.9	54	90	2	163	42	11	7	37	1.70
25267977--25268016	20	2.0	20	85	5	53	47	17	5	30	1.69
25274403--25274433	14	2.2	14	94	0	53	25	58	3	12	1.50
25276359--25276421	21	3.0	21	88	2	90	30	3	33	33	1.74
25277495--25277536	10	4.3	10	78	6	50	28	11	23	35	1.91
25282162--25282203	21	2.0	21	85	0	57	42	23	11	21	1.86
25284891--25284920	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
25291053--25291114	11	5.5	11	82	1	70	24	27	1	46	1.62
25291047--25291122	22	3.4	23	80	10	77	26	26	2	44	1.67
25291053--25291117	33	2.0	33	87	6	96	23	27	1	47	1.60
25291046--25291122	11	6.9	10	75	16	55	25	25	2	45	1.66
25292991--25293030	18	2.2	18	86	0	53	17	30	7	45	1.76
25294324--25295016	126	5.5	125	91	1	1052	29	22	17	30	1.97
25294324--25295016	251	2.8	251	90	2	1072	29	22	17	30	1.97
25297579--25297661	42	2.0	42	97	0	157	39	9	18	32	1.83
25298257--25298329	36	2.0	36	84	12	96	61	6	10	20	1.51
25304703--25304775	36	2.0	36	84	12	96	61	6	10	20	1.51
25312760--25312917	62	2.6	61	83	6	185	28	22	24	25	1.99
25314722--25314755	4	8.2	4	93	6	59	76	0	0	23	0.79
25315262--25315314	28	1.9	27	96	3	97	32	20	18	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25319864--25319906	15	2.8	15	85	3	59	79	2	18	0	0.85
25319865--25319920	21	2.6	22	81	13	64	76	1	17	3	1.01
25319989--25320070	30	2.7	31	79	9	89	67	1	20	10	1.28
25319994--25320040	24	2.0	24	83	4	60	65	2	21	10	1.33
25322942--25323038	30	3.2	31	75	5	101	27	27	15	28	1.96
25331534--25331576	21	2.0	21	95	0	77	37	4	32	25	1.77
25337328--25337390	33	1.9	33	84	12	85	12	25	6	55	1.60
25337387--25337525	12	10.5	13	68	16	56	9	18	3	68	1.32
25337404--25337505	18	5.6	18	72	22	79	6	18	3	70	1.25
25337393--25337509	6	18.2	6	69	15	65	5	18	4	70	1.24
25342116--25342156	17	2.4	18	80	8	50	14	24	4	56	1.58
25344392--25344426	12	2.7	13	91	8	54	17	5	0	77	0.96
25344388--25344426	14	2.9	13	85	7	60	20	7	0	71	1.10
25346569--25346605	10	3.8	10	92	7	67	0	10	0	89	0.49
25346571--25346605	9	3.8	9	96	3	61	0	8	0	91	0.42
25346616--25346649	18	1.9	17	100	0	59	14	5	8	70	1.31
25351792--25351835	22	2.0	22	100	0	88	31	4	36	27	1.77
25353016--25353083	31	2.2	31	82	10	77	30	10	23	35	1.88
25357836--25358098	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
25357875--25358133	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
25365777--25366039	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
25365816--25366074	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25367521--25367559	12	3.0	12	88	11	51	15	12	2	69	1.30
25367859--25367902	22	2.0	22	100	0	88	31	4	36	27	1.77
25371472--25371514	22	2.0	22	95	4	79	25	37	4	32	1.77
25374107--25374149	20	2.2	20	86	0	59	53	2	30	13	1.53
25376457--25376500	22	2.0	22	100	0	88	27	36	4	31	1.77
25381299--25381355	29	2.0	27	87	12	80	61	8	14	15	1.56
25385062--25385122	20	3.0	20	81	13	63	31	13	26	29	1.93
25386773--25386804	12	2.7	12	95	0	55	18	21	0	59	1.38
25386797--25386844	14	3.6	13	78	15	53	6	16	2	75	1.11
25386810--25386846	15	2.4	16	82	13	51	8	16	0	75	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211