genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21852854--21853031	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
21852855--21853010	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
21852851--21853031	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
21854808--21854863	26	2.2	26	96	0	103	28	7	28	35	1.84
21856464--21856622	27	5.9	27	84	10	193	19	24	21	34	1.96
21856462--21856621	54	3.0	54	91	2	243	19	25	20	35	1.96
21856464--21856622	81	2.0	80	85	8	216	19	24	21	34	1.96
21964693--21964818	28	4.5	28	94	1	209	26	12	27	33	1.93
21972783--21972933	28	5.4	28	92	1	223	25	11	28	33	1.92
21980059--21980444	192	2.0	194	89	2	598	33	19	9	37	1.84
21981289--21981318	7	4.4	7	95	4	53	73	0	13	13	1.10
21992162--21992455	39	7.5	39	80	5	254	43	21	5	29	1.74
21992201--21992453	117	2.2	116	83	6	339	43	19	5	30	1.74
21992201--21992455	78	3.3	78	85	1	332	43	20	5	30	1.74
21993509--21993555	21	2.2	21	92	0	76	31	14	17	36	1.90
22007746--22008123	79	4.8	79	88	0	456	42	22	5	30	1.75
22007783--22008123	39	8.7	39	83	3	416	43	21	4	29	1.74
22008005--22008077	22	3.5	22	67	25	59	43	21	4	30	1.71
22018022--22018059	19	2.0	19	85	10	51	39	0	5	55	1.23
22029705--22029762	27	2.1	27	81	6	64	43	3	1	51	1.28
22037676--22037757	41	2.0	41	97	0	155	34	13	34	18	1.90
22040699--22040738	19	2.2	18	86	13	55	37	0	15	47	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22040691--22040730	18	2.3	19	87	12	59	40	0	15	45	1.46
22044084--22044165	43	1.9	43	87	0	119	23	28	28	20	1.99
22049515--22049840	48	6.6	48	82	5	229	23	30	19	26	1.98
22049520--22049840	96	3.3	96	82	6	372	23	29	19	26	1.98
22049582--22049829	48	4.9	52	81	12	286	23	28	20	27	1.99
22055448--22055704	48	5.4	48	85	1	282	25	27	19	27	1.99
22058354--22058423	30	2.3	30	77	0	77	24	34	11	30	1.90
22058471--22058634	30	5.4	30	78	5	168	23	24	12	39	1.90
22058442--22058635	91	2.1	90	87	0	271	22	24	12	41	1.88
22058471--22058637	31	5.5	31	78	6	171	24	23	12	38	1.90
22064461--22064505	25	1.9	23	82	13	56	40	24	0	35	1.56
22064684--22064874	51	3.8	51	80	8	230	29	27	16	26	1.97
22064676--22064900	101	2.2	102	83	5	287	29	26	16	26	1.97
22071033--22071257	40	5.7	40	84	7	255	24	21	27	25	1.99
22071088--22071290	80	2.6	79	85	4	241	26	20	27	25	1.99
22071033--22071263	119	1.9	119	81	6	279	25	21	27	25	1.99
22073581--22073769	51	3.7	50	78	6	211	31	25	18	24	1.98
22073571--22073797	101	2.2	102	78	6	248	29	27	17	25	1.97
22083287--22083315	13	2.2	13	100	0	58	75	0	0	24	0.80
22085696--22085938	50	4.7	50	80	5	227	24	27	20	27	1.99
22085704--22085938	100	2.3	105	82	4	282	24	27	20	27	1.99
22085745--22085945	50	3.9	52	84	5	232	22	30	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22090805--22090842	18	2.1	18	95	0	67	44	10	28	15	1.80
22090831--22090995	30	5.5	29	75	11	147	37	11	24	26	1.89
22090831--22091007	61	2.9	58	77	14	198	38	12	23	25	1.90
22090856--22091049	30	6.4	29	74	11	99	41	11	22	24	1.87
22090831--22091101	120	2.3	119	85	5	350	39	12	22	25	1.90
22091041--22091099	30	2.0	30	89	0	91	37	13	23	25	1.92
22094143--22094212	28	2.4	29	76	4	79	38	12	24	24	1.90
22094242--22094407	91	1.8	91	81	5	210	39	15	20	24	1.91
22094278--22094445	91	1.8	91	84	2	230	40	13	20	25	1.89
22095943--22096004	27	2.3	27	91	0	97	22	22	12	41	1.88
22099901--22100198	50	5.9	50	81	6	280	29	21	26	22	1.99
22102960--22103145	51	3.7	50	75	4	176	24	17	26	31	1.97
22105482--22105572	45	2.0	45	93	4	157	30	16	21	30	1.96
22108133--22108239	37	2.9	36	86	9	153	25	16	16	41	1.89
22111644--22111679	14	2.6	14	95	0	63	8	5	27	58	1.50
22113667--22113715	20	2.4	20	80	10	55	42	0	14	42	1.45
22118661--22118692	16	2.0	16	100	0	64	25	18	31	25	1.98
22119556--22119660	43	2.4	43	82	0	120	30	30	14	24	1.94
22130448--22130502	23	2.4	23	96	3	103	50	10	3	34	1.55
22158646--22158840	50	3.9	50	81	2	187	21	27	22	28	1.99
22172285--22172352	36	1.9	36	84	3	93	32	8	19	39	1.82
22177985--22178299	47	6.6	49	93	3	511	29	29	8	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22177985--22178299	96	3.3	95	93	2	508	29	29	8	32	1.86
22182279--22182529	42	5.9	41	85	9	285	36	22	16	24	1.94
22182278--22182565	128	2.2	127	79	8	316	36	22	16	24	1.94
22209766--22209828	26	2.4	26	78	5	74	38	22	3	36	1.70
22209766--22209831	13	5.1	13	76	7	53	39	22	3	34	1.70
22218836--22218972	50	2.7	51	82	4	161	27	17	24	30	1.97
22218982--22219069	45	2.0	45	88	0	131	27	18	21	32	1.96
22224525--22224652	51	2.5	51	80	2	150	27	17	22	32	1.96
22224656--22224750	45	2.1	45	88	0	136	27	17	23	31	1.97
22251168--22251241	35	2.1	35	87	5	105	29	9	13	47	1.74
22251219--22251256	20	1.9	20	88	0	58	34	7	13	44	1.72
22254120--22254242	55	2.2	56	88	2	176	26	12	28	33	1.92
22254120--22254242	28	4.4	28	90	2	176	26	12	28	33	1.92
22254145--22254255	28	4.0	27	90	3	116	28	11	26	33	1.91
22256438--22256619	41	4.4	41	83	1	213	24	29	13	32	1.93
22256535--22256600	20	3.2	20	67	12	53	19	33	12	34	1.89
22256436--22256624	82	2.3	82	84	0	254	24	28	13	34	1.93
22260324--22260382	29	2.0	30	90	3	93	57	10	1	30	1.42
22260550--22260606	28	2.0	28	96	0	105	38	17	21	22	1.93
22262673--22262697	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
22271897--22272143	50	4.8	50	79	3	217	23	28	19	28	1.98
22278554--22278745	50	3.8	49	81	7	181	23	26	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22281436--22281465	6	5.0	6	91	0	51	80	3	0	16	0.85
22282045--22282408	50	7.3	50	73	3	158	21	19	25	33	1.97
22282031--22282437	100	4.1	100	84	1	503	22	19	24	32	1.97
22282183--22282437	50	5.1	49	69	7	154	22	19	24	33	1.97
22284064--22284101	7	5.4	7	87	12	60	13	15	0	71	1.16
22291833--22292101	45	6.0	45	90	1	414	28	16	24	30	1.96
22292296--22292512	44	4.8	44	73	9	159	32	19	21	26	1.97
22292677--22292779	45	2.3	45	88	3	145	32	21	20	26	1.98
22293574--22293838	45	6.0	44	74	8	162	28	20	19	31	1.97
22293579--22293734	44	3.5	44	84	0	168	28	19	21	30	1.98
22293978--22294130	81	1.9	81	86	0	216	23	29	16	30	1.96
22294147--22294734	45	13.2	45	75	5	451	28	23	17	30	1.97
22293977--22294284	88	3.6	88	76	5	251	24	25	18	30	1.98
22294375--22294578	86	2.3	87	88	2	311	26	25	20	28	1.99
22294109--22294743	309	2.0	310	90	0	1002	27	24	18	29	1.98
22302666--22302962	50	5.8	50	79	5	249	25	27	19	27	1.99
22302722--22302954	100	2.3	102	82	5	274	25	28	18	27	1.98
22302764--22302967	50	3.9	52	85	8	265	23	30	19	26	1.98
22304327--22304525	101	2.0	101	100	0	398	41	16	18	24	1.90
22305048--22305125	41	2.0	38	87	7	111	56	1	6	35	1.33
22311936--22311980	21	2.1	21	87	0	63	33	37	20	8	1.83
22316286--22316317	5	6.4	5	100	0	64	18	0	0	81	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22318219--22318263	18	2.5	18	92	0	72	26	24	31	17	1.97
22321374--22321402	11	2.5	12	88	11	51	68	6	0	24	1.13
22322735--22322832	6	16.2	6	79	2	70	21	5	3	70	1.21
22322789--22322832	19	2.4	18	84	3	52	25	2	4	68	1.20
22328362--22328492	28	4.6	28	80	0	136	24	24	16	34	1.96
22330874--22331018	50	2.9	49	81	5	166	22	29	20	26	1.99
22330895--22331070	50	3.4	49	78	12	140	21	28	22	27	1.99
22336415--22336620	103	2.0	103	94	1	360	36	13	18	31	1.89
22339204--22339349	65	2.2	65	92	0	238	17	9	26	46	1.79
22344337--22344377	15	2.7	15	96	0	73	60	4	14	19	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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