genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16668286--16668367	26	3.2	26	82	1	103	43	23	15	17	1.87
16668545--16668736	27	7.1	27	83	8	221	18	19	19	42	1.90
16675790--16675839	17	2.8	18	85	8	59	74	2	4	20	1.08
16703751--16703809	29	2.0	29	100	0	118	33	18	13	33	1.90
16706080--16706334	80	3.1	81	77	6	219	44	11	13	30	1.79
16706215--16706379	85	2.0	84	81	3	197	46	11	12	29	1.77
16706597--16706659	32	2.0	32	100	0	126	28	14	6	50	1.67
16706588--16706654	32	2.2	29	84	10	89	28	14	7	49	1.71
16707428--16707478	23	2.2	23	92	0	84	41	21	9	27	1.84
16710172--16710196	13	1.9	13	100	0	50	56	0	12	32	1.36
16710522--16710889	50	7.2	50	87	6	476	26	20	29	23	1.99
16710522--16710889	100	3.6	100	90	3	524	26	20	29	23	1.99
16710522--16710910	150	2.5	151	88	3	530	27	20	29	23	1.99
16712429--16712479	23	2.2	23	89	0	75	41	19	9	29	1.84
16716167--16716263	48	2.0	48	100	0	194	31	14	12	41	1.83
16720465--16720516	23	2.2	25	86	6	72	61	5	0	32	1.20
16725179--16725231	22	2.4	20	77	20	52	28	1	11	58	1.43
16725173--16725229	23	2.4	25	80	14	66	31	1	10	56	1.44
16732893--16732937	20	2.2	20	84	0	63	55	6	8	28	1.56
16735593--16735638	4	11.5	4	100	0	92	23	0	26	50	1.50
16742881--16742923	21	2.0	20	83	16	52	13	4	4	76	1.10
16751362--16751400	20	2.0	20	84	0	51	61	20	15	2	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16753840--16753891	10	5.0	10	80	17	52	55	5	1	36	1.35
16771351--16771444	9	10.4	9	79	4	100	42	22	9	25	1.83
16771357--16771446	36	2.5	36	89	3	137	41	23	11	24	1.87
16771484--16771512	6	4.8	6	100	0	58	17	0	17	65	1.27
16771468--16771525	18	3.0	20	82	12	66	22	3	12	62	1.45
16774778--16774826	20	2.5	20	78	15	57	10	24	8	57	1.59
16775029--16775174	50	2.9	50	82	8	188	22	30	21	25	1.99
16777907--16777975	36	1.9	35	85	2	93	37	26	7	28	1.83
16782642--16782713	36	2.0	35	82	12	85	37	23	8	30	1.84
16784406--16784458	18	2.9	18	80	2	61	41	45	1	11	1.51
16786903--16787069	41	4.1	41	85	0	217	20	28	15	34	1.94
16800891--16800953	19	3.3	18	77	14	65	57	7	1	33	1.37
16800890--16800960	20	3.6	19	80	14	74	57	8	1	32	1.37
16801111--16801167	19	2.9	19	77	12	62	54	3	1	40	1.28
16800800--16801206	213	1.9	208	89	4	629	48	12	5	34	1.63
16801103--16801174	20	3.7	19	74	10	65	55	6	2	34	1.41
16801317--16801347	16	1.9	16	93	0	53	35	6	9	48	1.62
16803344--16803402	20	3.0	20	75	12	59	59	1	0	38	1.08
16803586--16803644	29	2.1	28	90	3	91	50	1	0	47	1.11
16804846--16804918	34	2.1	34	82	0	83	27	9	10	52	1.68
16814327--16814535	92	2.3	91	85	6	262	45	3	4	45	1.41
16814463--16814510	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16814589--16814799	66	3.4	63	69	21	192	41	3	6	48	1.44
16814551--16814843	120	2.4	120	94	3	502	42	2	4	49	1.38
16814676--16814727	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
16814805--16814846	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
16814796--16814837	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
16814780--16815095	156	2.0	157	95	0	571	47	4	3	44	1.41
16814948--16814982	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
16815219--16815254	16	2.2	16	90	0	54	41	30	0	27	1.56
16817545--16817813	35	8.0	34	82	8	309	18	23	17	40	1.91
16817540--16817803	67	3.9	66	85	6	309	18	23	17	40	1.91
16817540--16817803	102	2.6	102	91	1	408	18	23	17	40	1.91
16820612--16820655	20	2.1	22	84	16	58	13	9	9	68	1.40
16827184--16827225	13	2.9	14	80	13	50	52	2	0	45	1.13
16827189--16827218	15	1.9	16	93	6	53	60	0	0	40	0.97
16827246--16827323	34	2.4	33	79	10	81	46	3	3	46	1.39
16828277--16828318	19	2.2	19	87	8	59	54	2	0	42	1.13
16828276--16828319	20	2.3	19	84	4	61	56	2	0	40	1.11
16828272--16828329	20	2.8	20	71	2	53	62	1	0	36	1.06
16828309--16828355	25	1.9	24	87	12	69	68	0	0	31	0.90
16835971--16836355	192	2.0	192	100	0	770	35	15	21	27	1.94
16836433--16836484	20	2.6	21	78	6	54	36	5	5	51	1.50
16838278--16838336	15	3.6	17	75	25	56	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16838278--16838316	19	2.1	19	85	9	53	51	0	0	48	1.00
16842490--16842527	18	2.1	18	95	0	67	7	15	23	52	1.69
16845811--16845900	44	2.0	47	86	6	132	38	2	3	55	1.29
16849102--16849253	53	2.9	53	88	1	207	23	36	18	21	1.95
16851703--16851788	22	3.6	22	74	16	66	20	5	8	65	1.41
16852703--16852737	3	11.7	3	100	0	70	68	0	31	0	0.90
16853078--16853102	13	1.9	13	100	0	50	16	8	36	40	1.77
16854229--16854275	20	2.3	20	82	7	51	38	6	6	48	1.54
16856326--16856370	22	2.1	21	87	4	63	66	4	0	28	1.11
16856791--16856837	20	2.3	20	85	0	58	51	10	6	31	1.62
16861376--16861429	14	3.5	15	79	16	58	81	0	11	7	0.87
16862355--16862489	73	1.9	71	86	6	191	53	13	23	9	1.69
16863734--16864544	45	18.0	45	84	0	987	29	15	23	30	1.95
16864114--16864200	44	2.2	37	71	24	93	27	16	26	29	1.96
16865081--16866372	45	29.2	45	82	4	1448	28	16	23	31	1.96
16865743--16865817	35	2.1	35	97	0	141	25	20	25	29	1.99
16866230--16866295	35	1.9	35	90	3	107	27	21	21	30	1.98
16866372--16866680	132	2.3	132	86	2	424	29	19	25	25	1.99
16866762--16866855	44	2.1	45	84	2	118	28	17	24	29	1.97
16867760--16867840	36	2.2	37	82	8	94	39	9	0	50	1.36
16869504--16869756	30	8.4	30	77	3	222	37	12	23	25	1.90
16869528--16869769	60	4.0	60	86	1	288	38	13	22	24	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16871455--16871501	23	2.0	23	100	0	94	36	12	21	29	1.91
16872166--16872314	81	1.9	80	90	4	237	18	30	14	35	1.91
16872166--16872314	40	3.7	40	87	1	217	18	30	14	35	1.91
16873842--16873931	35	2.6	35	92	0	153	30	25	26	17	1.98
16876730--16876769	21	1.9	21	100	0	80	47	22	0	30	1.52
16887258--16887400	4	36.2	4	74	20	58	68	0	31	0	0.90
16887271--16887399	34	3.7	34	81	10	154	68	0	31	0	0.89
16887267--16887399	38	3.6	38	78	14	138	69	0	30	0	0.89
16887731--16888528	159	5.1	153	74	12	704	50	7	10	30	1.66
16887731--16888540	319	2.5	317	91	2	1304	50	7	10	30	1.66
16888519--16888561	21	2.0	21	100	0	86	51	4	4	39	1.44
16888430--16888647	118	1.9	117	82	8	282	46	6	14	32	1.70
16893961--16894061	37	2.7	37	76	15	102	51	11	3	32	1.57
16894012--16894092	42	1.9	42	85	9	112	48	9	4	37	1.58
16894255--16894294	11	3.5	11	90	6	62	0	22	0	77	0.77
16894259--16894295	10	3.6	10	92	3	56	0	24	0	75	0.80
16894256--16894284	13	2.3	13	94	5	51	0	17	0	82	0.66
16913090--16913119	14	2.1	14	100	0	60	36	0	33	30	1.58
16920089--16920133	12	3.6	12	82	11	63	33	0	0	66	0.92
16920091--16920134	13	3.4	13	87	0	70	31	0	0	68	0.90
16921050--16921123	31	2.4	31	86	4	96	35	6	6	51	1.55
16923811--16923851	21	2.0	21	90	0	64	26	17	26	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16928567--16928594	14	2.0	14	100	0	56	14	0	14	71	1.15
16929582--16929985	88	4.6	88	85	0	511	24	25	22	27	2.00
16929628--16929850	44	5.1	43	67	12	121	24	26	21	27	1.99
16932105--16932155	24	2.0	24	85	7	66	7	7	7	76	1.16
16938947--16938976	15	2.0	15	100	0	60	40	0	6	53	1.27
16940180--16940218	6	6.5	6	84	0	51	58	0	23	17	1.38
16940187--16940218	12	2.7	12	100	0	64	59	0	21	18	1.38
16940361--16940434	26	2.8	26	85	4	96	47	12	10	29	1.75
16951032--16951131	30	3.4	29	87	2	110	29	22	5	44	1.74
16951053--16951156	29	3.4	29	85	6	127	30	21	2	45	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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