genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  69  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21259395--21259689	49	6.1	48	92	2	452	28	30	8	31	1.87
21259395--21259689	96	3.1	97	91	4	465	28	30	8	31	1.87
21267183--21267283	49	2.1	49	86	3	141	50	9	7	31	1.64
21270851--21270879	15	2.0	15	93	6	51	34	20	0	44	1.52
21272833--21273048	27	8.1	26	86	4	234	19	18	20	41	1.91
21272819--21273314	54	8.9	53	73	13	275	19	18	20	41	1.91
21273057--21273314	27	9.3	27	75	8	196	18	19	20	41	1.90
21273057--21273314	53	4.7	53	72	16	200	18	19	20	41	1.90
21272915--21273191	143	1.9	143	85	4	380	17	19	21	41	1.90
21273443--21274195	304	2.5	302	87	1	1049	22	30	21	25	1.99
21273443--21274195	152	5.0	152	81	0	844	22	30	21	25	1.99
21274823--21274856	15	2.3	15	94	0	59	50	17	8	23	1.74
21275000--21275281	27	10.4	27	80	3	280	21	20	20	38	1.94
21275597--21275631	18	1.9	18	94	0	61	20	37	31	11	1.88
21281228--21281469	50	4.7	50	79	4	191	27	21	26	25	1.99
21294668--21294774	20	5.3	20	75	7	101	11	28	19	40	1.86
21304777--21304858	20	4.1	20	67	0	56	23	19	19	37	1.94
21304744--21304842	40	2.5	40	89	0	144	22	24	20	33	1.97
21304777--21304941	60	2.8	60	82	0	215	23	20	20	36	1.95
21305283--21305446	27	6.2	26	81	7	163	45	18	17	18	1.86
21305334--21305446	50	2.2	54	85	6	153	43	18	17	20	1.88
21306624--21306750	27	4.7	26	77	8	121	42	18	7	31	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21306594--21306750	53	2.9	54	81	2	192	41	19	7	31	1.79
21306454--21306723	27	10.0	27	81	7	262	38	18	10	33	1.84
21306598--21306763	54	3.1	53	78	9	176	42	17	8	31	1.79
21308497--21308537	20	2.0	20	86	9	57	48	12	4	34	1.62
21309121--21309176	27	2.1	27	93	0	94	33	25	23	17	1.96
21309628--21309769	27	5.3	27	73	11	103	30	13	16	38	1.88
21309623--21309732	54	2.0	54	85	0	148	29	14	18	38	1.90
21309628--21309769	54	2.6	54	79	2	133	30	13	16	38	1.88
21309628--21309776	81	1.8	81	81	8	187	31	14	17	36	1.89
21309755--21309832	27	2.9	27	80	0	84	42	8	11	37	1.73
21309628--21309823	81	2.4	81	77	8	184	34	12	15	37	1.85
21312028--21312068	20	2.0	20	86	9	57	48	12	4	34	1.62
21312654--21312705	27	1.9	27	92	0	86	34	25	21	19	1.96
21313173--21313322	27	5.6	27	74	6	97	29	8	20	42	1.80
21313304--21313358	27	2.0	27	100	0	110	34	7	18	40	1.78
21313180--21313349	54	3.1	54	79	0	160	30	7	20	41	1.80
21315410--21315625	27	8.0	27	82	4	193	37	18	12	30	1.89
21315588--21315641	27	2.0	27	85	7	74	40	14	12	31	1.84
21315840--21315907	26	2.6	26	79	6	66	19	22	19	39	1.92
21315865--21315916	26	2.0	25	88	3	77	21	19	17	42	1.89
21316068--21316123	27	2.1	27	89	0	85	17	23	23	35	1.95
21316849--21316962	27	4.2	27	87	2	158	41	21	18	19	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21316849--21316962	54	2.1	54	90	0	174	41	21	18	19	1.91
21316946--21316980	18	1.9	18	100	0	70	34	28	20	17	1.95
21318761--21318875	57	2.0	57	100	0	230	31	10	16	41	1.82
21319162--21319186	13	1.9	13	100	0	50	24	16	8	52	1.70
21338182--21338598	27	15.5	26	85	3	395	18	21	17	42	1.89
21338182--21338598	54	7.7	53	85	3	451	18	21	17	42	1.89
21338198--21338591	81	4.9	81	83	3	479	18	21	18	41	1.90
21344045--21344076	3	10.7	3	93	0	55	65	0	31	3	1.08
21359447--21359484	19	2.0	19	85	10	51	18	42	0	39	1.50
21366864--21367090	50	4.5	50	88	1	321	20	31	22	25	1.98
21369644--21369689	19	2.4	19	82	13	58	4	15	4	76	1.11
21370635--21370660	9	2.9	9	100	0	52	11	0	11	76	1.01
21375866--21375922	23	2.4	25	80	14	66	29	3	12	54	1.54
21376711--21376741	3	10.3	3	100	0	62	67	32	0	0	0.91
21379455--21379800	51	6.8	50	83	3	347	30	25	15	28	1.96
21379466--21379753	102	2.8	102	88	0	407	30	25	15	28	1.96
21379459--21379800	153	2.2	152	84	2	427	31	25	15	27	1.95
21381362--21381402	19	2.2	19	86	8	57	21	41	0	36	1.54
21386428--21386718	50	5.8	50	89	0	429	21	29	22	26	1.99
21386815--21386844	13	2.3	13	94	0	51	50	13	3	33	1.58
21399195--21399227	17	1.9	17	88	11	50	27	27	12	33	1.92
21402819--21403165	27	12.9	27	78	7	228	40	18	17	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21402877--21403165	81	3.6	82	78	7	288	41	18	15	24	1.90
21402812--21403170	54	6.7	54	80	8	297	40	18	17	23	1.91
21402917--21403197	81	3.5	81	81	6	234	40	17	16	25	1.90
21403401--21403454	26	2.1	26	82	0	63	22	24	20	33	1.97
21404113--21404148	17	2.1	17	89	0	54	44	5	16	33	1.71
21414519--21414570	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
21414528--21414583	12	4.7	12	74	14	53	12	23	0	64	1.27
21418357--21418386	14	2.1	15	93	6	53	66	0	26	6	1.16
21420088--21420133	11	4.3	11	78	10	51	26	6	8	58	1.52
21429047--21429152	35	3.1	35	75	10	110	21	13	30	34	1.92
21430563--21430595	16	2.1	16	94	5	59	6	48	30	15	1.69
21448637--21448718	43	1.9	43	89	0	128	46	14	20	18	1.84
21448641--21448733	43	2.1	43	84	2	114	48	12	19	19	1.81
21449980--21450196	44	5.0	44	89	0	301	32	17	23	25	1.97
21450282--21450452	89	1.9	89	86	0	243	26	24	25	23	2.00
21451933--21451975	22	1.9	23	85	4	61	37	6	2	53	1.41
21453527--21453832	153	2.0	153	97	0	576	34	20	11	33	1.88
21456890--21456943	13	4.2	13	90	0	90	50	16	11	22	1.77
21459515--21459614	48	2.1	48	81	3	112	27	20	30	23	1.98
21463104--21463326	40	5.6	40	83	3	227	26	27	20	25	1.99
21470991--21471213	40	5.6	40	84	3	236	26	28	20	24	1.99
21473246--21473360	47	2.4	47	75	13	110	28	14	25	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21474910--21475034	51	2.5	51	86	1	162	25	14	28	32	1.95
21479143--21479264	48	2.5	48	95	0	226	27	22	28	21	1.99
21479143--21479312	48	3.5	48	88	0	214	26	21	29	22	1.99
21481817--21481857	18	2.2	20	86	8	59	68	9	0	21	1.18
21481817--21481864	18	2.6	19	75	18	55	66	8	0	25	1.19
21482360--21482445	29	3.0	29	89	5	138	37	12	27	22	1.91
21483177--21483223	25	2.0	25	84	16	64	8	34	2	55	1.42
21487007--21487061	18	3.1	18	80	15	60	65	10	1	21	1.33
21487087--21487147	31	2.0	31	87	6	88	72	9	6	11	1.29
21487112--21487154	20	2.2	20	82	0	50	72	9	4	13	1.26
21489866--21489907	20	2.1	20	82	8	50	38	23	9	28	1.86
21514898--21515044	75	2.0	75	88	8	219	45	9	15	29	1.78
21515021--21515292	137	2.0	137	85	0	373	43	9	5	41	1.61
21515213--21515383	83	2.1	83	93	0	288	48	7	2	41	1.45
21515076--21515521	221	2.0	221	86	2	628	44	7	4	43	1.53
21515296--21515663	138	2.7	138	88	3	551	40	8	5	45	1.58
21528756--21528785	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
21531960--21532228	87	3.1	86	76	5	263	24	24	12	38	1.90
21531911--21532236	29	11.2	29	84	5	221	23	25	13	38	1.91
21537244--21537332	43	2.1	43	100	0	178	31	19	11	38	1.87
21537794--21537831	18	2.1	19	85	5	51	0	39	0	60	0.97
21540226--21540759	265	2.0	264	90	1	836	47	13	15	24	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21542137--21542161	13	1.9	13	100	0	50	32	24	24	20	1.98
21548265--21548298	18	2.0	16	88	11	50	47	5	0	47	1.26
21554642--21554670	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
21564679--21565010	53	6.2	52	73	11	262	44	15	19	20	1.87
21564679--21565013	54	6.3	54	75	8	303	43	16	19	20	1.87
21564679--21565013	27	12.5	27	78	9	271	43	16	19	20	1.87
21565862--21566196	53	6.3	54	77	9	314	44	16	18	20	1.86
21565862--21566196	27	12.5	27	78	11	266	44	16	18	20	1.86
21567080--21567358	81	3.5	80	83	5	316	43	17	19	18	1.88
21567080--21567360	27	10.5	27	77	10	258	43	17	19	19	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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