genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7599491--7599904	125	3.3	125	85	0	585	33	17	19	29	1.95
7602967--7603096	49	2.6	49	95	1	224	46	9	2	42	1.48
7603508--7603550	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
7605352--7605451	51	2.0	51	88	4	148	45	2	27	26	1.65
7605411--7605462	11	4.7	12	77	13	58	44	1	28	25	1.65
7605413--7605466	22	2.5	22	87	3	83	46	1	27	24	1.63
7606859--7606914	28	2.0	28	89	0	85	44	17	16	21	1.86
7618560--7618594	5	7.0	5	86	0	52	0	17	57	25	1.40
7618955--7618989	18	2.0	17	88	5	52	42	8	0	48	1.33
7618945--7619417	251	1.9	246	81	9	569	44	6	9	39	1.63
7621862--7621944	41	2.0	42	86	6	116	27	24	2	45	1.65
7623229--7623293	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
7628811--7628930	45	2.7	43	87	8	188	8	16	10	64	1.49
7629457--7629521	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
7632812--7633104	104	2.7	106	77	12	267	29	19	19	32	1.96
7635768--7635913	77	1.9	78	97	1	276	45	2	6	44	1.44
7636263--7636305	11	3.9	11	82	11	61	20	20	0	58	1.40
7636260--7636305	5	8.6	5	83	9	56	19	19	0	60	1.36
7636249--7636305	21	2.7	21	88	2	78	19	17	0	63	1.32
7636321--7636365	18	2.5	19	82	10	58	22	13	4	60	1.51
7636390--7636472	5	15.6	5	73	20	53	30	19	0	50	1.48
7636411--7636460	11	4.5	11	80	9	66	30	18	0	52	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7636465--7636504	19	2.2	19	91	8	66	22	7	0	70	1.12
7636863--7636919	17	3.5	17	83	9	66	15	19	1	63	1.40
7636906--7637030	22	5.1	27	66	24	96	22	14	0	63	1.30
7636915--7637052	21	6.0	21	67	23	64	24	12	0	63	1.29
7636906--7637091	95	2.0	94	92	4	311	23	12	0	62	1.33
7636944--7637064	23	5.2	21	67	23	73	23	11	0	64	1.26
7636906--7637091	48	3.9	48	87	2	268	23	12	0	62	1.33
7636938--7637111	95	1.8	93	88	3	242	24	11	1	62	1.35
7640987--7641041	20	2.8	19	75	20	60	14	3	36	45	1.63
7641073--7641110	20	1.9	20	84	10	51	7	2	50	39	1.46
7642722--7642985	110	2.4	109	82	4	291	30	21	19	28	1.97
7648728--7649135	216	1.9	216	97	0	771	42	30	6	20	1.78
7663549--7663683	67	2.0	67	100	0	270	29	20	25	23	1.99
7666627--7666670	17	2.6	17	85	0	52	70	13	13	2	1.26
7668310--7668427	3	37.7	3	69	21	50	27	3	6	62	1.36
7668373--7668453	17	4.7	18	74	21	66	28	7	1	62	1.29
7668334--7668430	18	5.2	17	68	21	61	28	3	5	62	1.31
7669987--7670034	17	2.6	19	80	12	64	60	4	0	35	1.16
7672582--7672616	18	2.0	18	94	5	63	60	5	11	22	1.52
7677703--7677748	23	2.0	23	83	8	58	60	0	4	34	1.16
7679337--7679375	19	2.1	19	85	9	53	43	12	12	30	1.81
7680423--7680543	58	2.1	58	84	0	161	44	12	10	32	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7684167--7684538	105	3.5	105	83	0	447	34	15	18	31	1.92
7687788--7687822	9	3.9	9	100	0	70	45	11	8	34	1.71
7698598--7698624	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
7699663--7699736	17	4.3	17	70	12	53	47	5	0	47	1.25
7700148--7700278	10	13.0	10	71	17	51	38	2	0	59	1.10
7700145--7700278	11	13.2	11	71	23	89	38	2	0	59	1.10
7700137--7700278	40	3.5	42	79	12	145	36	2	0	61	1.08
7700130--7700202	20	3.6	20	67	22	53	32	2	0	64	1.08
7700145--7700277	51	2.7	49	84	12	166	37	2	0	60	1.10
7700223--7700255	16	2.0	17	94	5	59	39	0	0	60	0.97
7700628--7700681	24	2.3	23	81	12	65	53	3	3	38	1.36
7705055--7705234	85	2.1	86	97	2	346	40	3	7	47	1.51
7705301--7705403	51	2.0	50	92	5	172	46	18	6	28	1.74
7705350--7705458	33	3.3	33	80	12	127	42	17	8	32	1.79
7708572--7708606	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
7708693--7708727	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
7708481--7708864	120	3.2	120	96	2	725	44	2	5	48	1.39
7708813--7708847	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
7709012--7709102	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
7709083--7709151	16	4.2	16	88	3	111	36	36	1	26	1.66
7709083--7709151	33	2.1	32	91	2	111	36	36	1	26	1.66
7711368--7711444	28	2.7	27	80	11	75	57	5	3	33	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7711602--7711645	17	2.6	17	85	3	63	47	0	11	40	1.39
7711764--7711797	12	2.8	12	90	0	50	61	5	2	29	1.34
7711779--7711838	21	2.9	20	74	16	59	65	6	1	26	1.27
7711950--7712008	29	2.0	29	100	0	118	42	6	20	30	1.78
7712161--7712216	19	2.8	19	89	5	76	39	14	8	37	1.77
7712654--7712771	44	2.7	44	81	2	139	31	21	17	29	1.96
7712964--7713081	50	2.4	50	80	5	139	27	24	23	24	2.00
7713223--7714140	88	10.4	88	89	0	1343	21	23	26	28	1.99
7713421--7713564	44	3.3	43	68	11	112	23	23	25	27	2.00
7713466--7713607	44	3.2	44	72	4	133	21	21	30	26	1.98
7719353--7719419	29	2.3	29	84	7	91	59	2	2	34	1.28
7719581--7719624	17	2.6	17	85	3	63	47	0	11	40	1.39
7719751--7719786	3	12.0	3	87	0	54	63	2	2	30	1.22
7720100--7720178	21	3.7	21	89	6	106	43	15	7	34	1.75
7724682--7724708	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
7735517--7735541	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
7741502--7741536	3	11.7	3	93	0	61	71	0	28	0	0.86
7761992--7762033	18	2.2	20	87	8	61	52	16	7	23	1.68
7766949--7767054	49	2.1	51	80	13	123	37	19	25	16	1.93
7766886--7767061	25	7.1	25	73	15	116	35	19	26	18	1.95
7769895--7769933	18	2.2	17	86	13	53	35	0	20	43	1.52
7770151--7770226	23	3.3	23	88	0	116	22	18	25	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7776735--7776787	18	2.9	17	78	10	61	41	1	16	39	1.60
7782627--7782663	19	2.1	19	85	10	51	35	5	13	45	1.66
7789569--7789625	28	2.0	28	89	0	87	38	14	5	42	1.68
7789758--7789956	101	2.0	101	90	0	317	29	23	16	31	1.96
7789764--7789924	33	4.8	33	69	7	83	30	22	15	31	1.95
7797209--7797403	72	2.7	72	85	3	248	36	11	11	40	1.79
7803767--7803913	33	4.4	32	67	9	105	27	24	17	30	1.97
7803741--7803980	101	2.4	101	88	1	356	29	24	14	32	1.94
7804687--7804712	13	2.0	13	100	0	52	30	23	0	46	1.53
7808702--7808868	85	2.0	86	85	3	230	40	6	5	46	1.54
7810201--7810242	19	2.3	18	80	19	52	66	0	0	33	0.92
7812259--7812286	14	2.0	14	100	0	56	21	14	0	64	1.29
7814132--7814172	13	3.1	14	86	6	50	21	7	24	46	1.77
7814229--7814280	25	2.0	26	85	3	70	25	1	21	51	1.57
7814344--7814398	7	8.0	7	77	4	58	16	0	40	43	1.48
7815598--7815629	16	2.0	16	100	0	64	56	6	12	25	1.59
7816474--7816513	12	3.3	12	85	0	53	27	5	12	55	1.58
7817695--7817736	22	1.9	22	95	0	75	47	14	0	38	1.44
7817723--7817942	9	26.2	9	68	24	92	45	15	0	39	1.49
7817713--7817843	34	3.9	34	97	0	244	48	10	0	41	1.38
7817732--7817840	25	4.6	24	66	30	74	49	10	0	40	1.36
7817847--7817875	14	2.1	14	93	6	51	41	17	0	41	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7817846--7817948	23	5.0	22	68	21	78	43	16	0	38	1.55
7817757--7817949	41	4.7	40	71	19	114	45	15	0	38	1.50
7817980--7818044	15	4.0	17	79	16	52	47	15	3	33	1.61
7818062--7818117	9	6.8	9	71	19	50	46	16	0	37	1.47
7817979--7818137	34	5.1	30	71	21	105	45	13	3	37	1.60
7818029--7818117	40	2.1	43	83	6	112	46	12	2	39	1.54
7817976--7818236	93	2.8	92	87	4	373	44	13	3	38	1.61
7818071--7818120	16	3.2	16	91	2	75	48	16	0	36	1.46
7822984--7823154	88	1.9	88	100	0	342	40	16	21	21	1.91
7823799--7823963	66	2.5	66	85	3	199	39	19	27	13	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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