genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  18  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5782925--5783007	30	2.8	29	80	7	96	67	1	1	30	1.06
5782925--5783016	10	9.4	10	81	10	84	65	1	1	32	1.07
5782925--5783016	20	4.7	20	76	14	93	65	1	1	32	1.07
5783237--5783277	21	2.0	21	90	0	64	21	7	4	65	1.37
5783238--5783283	21	2.2	21	84	0	56	23	4	4	67	1.27
5783268--5783308	21	2.0	21	85	0	55	36	2	0	60	1.10
5783248--5783310	31	2.0	31	81	6	74	34	3	1	60	1.22
5783475--5783670	93	2.1	93	82	6	229	32	7	17	42	1.77
5785227--5785303	14	5.0	15	70	20	52	42	15	7	33	1.76
5785243--5785282	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
5785231--5785297	34	1.9	35	90	3	109	46	14	7	31	1.73
5786351--5786388	12	3.0	13	76	7	51	26	2	7	63	1.35
5786345--5786407	25	2.6	25	82	2	83	28	7	6	57	1.52
5796639--5796801	26	6.6	24	69	12	64	32	20	26	20	1.97
5801215--5801312	48	2.0	48	96	0	178	34	24	15	25	1.94
5811489--5811768	124	2.2	125	87	8	401	29	16	22	31	1.96
5815000--5815086	29	2.9	32	77	20	116	26	0	25	48	1.52
5815000--5815086	28	3.1	28	95	3	156	26	0	25	48	1.52
5817004--5817037	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
5817135--5817192	29	2.0	29	90	9	93	58	1	0	39	1.08
5817226--5817274	22	2.2	21	80	16	55	30	0	32	36	1.58
5817229--5817328	52	1.9	52	89	0	155	36	0	31	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5817281--5817349	22	3.1	22	91	0	111	40	0	27	31	1.57
5823730--5823754	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
5827766--5827956	46	4.2	46	94	3	332	29	23	14	32	1.94
5832268--5832372	51	2.1	51	92	1	176	34	11	3	50	1.56
5833215--5833466	91	2.8	91	85	2	344	39	15	14	29	1.88
5833316--5833457	29	4.8	29	71	13	108	40	17	12	29	1.87
5840105--5840148	21	2.1	21	86	0	61	47	0	0	52	1.00
5843764--5843789	3	8.7	3	100	0	52	34	0	65	0	0.93
5847842--5847875	14	2.4	14	90	0	50	5	11	0	82	0.83
5857285--5857392	53	2.0	53	94	0	189	38	25	17	17	1.92
5862335--5862492	20	8.0	20	72	10	128	67	0	31	0	1.00
5862367--5862467	31	3.3	30	78	6	105	71	0	26	0	0.99
5862368--5862465	41	2.4	41	91	3	153	71	1	26	1	0.99
5862342--5862494	41	3.9	39	80	10	145	68	0	30	0	0.99
5862368--5862493	10	12.2	10	70	12	76	70	0	27	0	0.98
5862368--5862495	44	3.0	44	82	8	133	71	0	27	0	0.97
5862825--5864036	316	3.9	317	88	4	1681	51	7	10	31	1.63
5868084--5868206	39	3.1	37	77	13	122	47	13	4	33	1.64
5874753--5874795	18	2.5	17	85	7	52	6	11	2	79	1.02
5881886--5881915	13	2.3	13	94	0	51	33	3	13	50	1.58
5890805--5890858	26	2.1	26	89	3	83	55	1	5	37	1.34
5891077--5891122	22	2.1	22	88	8	67	63	0	2	34	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5891789--5891827	3	13.0	3	94	0	69	0	33	2	64	1.08
5897503--5897530	14	2.0	14	100	0	56	71	0	0	28	0.86
5906654--5906679	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
5906892--5906920	15	1.9	15	100	0	58	31	0	0	68	0.89
5910176--5910455	46	6.6	45	78	16	312	35	14	21	28	1.93
5910212--5910366	36	4.0	36	79	15	184	36	14	20	28	1.92
5910176--5910412	82	2.9	82	96	0	420	35	13	21	29	1.92
5912445--5912483	21	1.9	20	89	5	60	43	7	20	28	1.79
5912692--5912737	19	2.6	17	83	12	65	28	2	0	69	1.00
5912715--5912788	26	2.8	26	72	13	71	40	0	1	58	1.07
5912726--5912768	18	2.4	18	80	3	52	46	0	0	53	1.00
5912759--5912795	19	2.0	19	89	5	58	40	0	5	54	1.24
5914906--5915245	167	2.0	167	87	2	486	26	16	20	36	1.93
5916319--5916373	28	1.9	29	85	10	78	41	1	1	54	1.21
5917651--5917869	109	2.0	109	93	0	375	23	18	15	42	1.88
5917927--5918002	29	2.6	29	78	14	75	15	23	34	26	1.95
5918914--5919346	17	24.5	17	67	14	137	48	10	11	29	1.73
5918937--5919250	35	9.0	35	73	9	171	49	11	11	28	1.72
5919303--5919350	18	2.6	19	83	12	64	43	12	12	31	1.80
5919799--5919859	10	5.9	10	75	7	50	60	0	3	36	1.13
5919832--5919856	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
5920016--5920072	15	3.8	15	80	15	55	0	17	0	82	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5920015--5920066	15	3.0	18	81	18	74	0	17	0	82	0.66
5920020--5920068	25	2.0	24	88	11	73	0	14	0	85	0.59
5920015--5920067	19	3.0	18	78	21	67	0	16	0	83	0.66
5920313--5920403	10	8.0	11	75	20	73	2	26	0	71	0.97
5920313--5920399	25	3.6	25	83	6	108	2	25	0	72	0.96
5920686--5920722	18	2.1	18	100	0	74	32	0	10	56	1.34
5921572--5922682	75	14.6	74	82	8	991	34	18	15	30	1.93
5921807--5922682	75	11.6	75	86	3	1091	34	18	15	31	1.93
5921645--5922682	227	4.5	224	84	5	1167	34	18	16	30	1.93
5921572--5922674	302	3.6	303	84	5	1268	34	18	16	30	1.93
5923561--5923617	17	3.4	16	82	4	69	1	3	12	82	0.87
5927540--5927564	4	6.2	4	100	0	50	52	0	24	24	1.48
5929140--5929591	35	12.9	34	72	15	198	46	10	12	29	1.76
5929120--5929596	17	27.2	18	70	15	204	46	10	12	29	1.76
5929787--5929854	11	5.5	13	75	18	58	0	29	0	70	0.87
5929783--5929854	36	2.0	36	86	5	101	0	29	0	70	0.87
5929773--5929850	25	3.2	24	78	8	88	0	25	0	74	0.82
5930821--5930886	34	1.9	35	87	3	98	43	10	10	34	1.74
5937452--5937492	20	2.0	21	85	4	57	53	4	4	36	1.44
5940880--5940904	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
5941001--5941094	9	10.4	9	81	4	118	25	11	22	40	1.88
5942521--5942743	111	2.0	111	100	0	446	27	24	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5948468--5948506	17	2.4	17	83	8	55	58	0	2	38	1.12
5956553--5956592	20	2.0	20	90	4	64	50	5	10	35	1.58
5956553--5956601	19	2.5	20	87	6	66	46	4	10	38	1.57
5956563--5956601	20	2.0	20	90	5	62	48	2	7	41	1.45
5956713--5956746	16	2.2	15	94	5	59	76	0	23	0	0.79
5959746--5959817	33	2.2	33	92	2	117	38	0	26	34	1.57
5959871--5959954	29	2.9	29	78	7	89	40	7	15	36	1.75
5961829--5961890	31	2.0	30	81	9	72	46	4	0	48	1.23
5963210--5963239	9	3.2	9	95	4	51	36	0	3	60	1.14
5968656--5968689	18	1.9	17	88	5	50	55	0	0	44	0.99
5968650--5968715	23	2.9	22	78	14	64	57	0	1	40	1.08
5971605--5971660	9	6.6	8	75	17	51	67	5	1	25	1.21
5971605--5971660	21	2.6	22	78	13	64	67	5	1	25	1.21
5971605--5971660	4	13.2	4	75	17	51	67	5	1	25	1.21
5975245--5975275	8	3.9	8	91	0	53	41	0	0	58	0.98
5975244--5975278	16	2.2	16	100	0	70	45	0	0	54	0.99
5982515--5982565	20	2.7	19	81	6	59	78	7	7	5	1.09
5983667--5983703	17	2.2	18	85	9	51	29	2	0	67	1.04
5983869--5983920	19	2.7	19	71	14	52	69	0	1	28	0.99
5983901--5983937	18	2.2	18	85	9	51	59	0	2	37	1.12
5983909--5983955	17	2.7	18	78	18	55	51	0	6	42	1.27
5986919--5986983	29	2.2	28	79	12	78	52	9	13	24	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5993595--5993629	18	1.9	18	94	0	61	31	2	8	57	1.44
5994277--5994336	29	2.2	27	82	8	68	26	11	15	46	1.79
5994554--5994835	125	2.3	125	89	4	435	30	15	21	32	1.94
5998028--5998902	29	30.5	29	82	5	1014	31	0	22	45	1.56
5998635--5998797	23	6.4	22	73	21	83	29	0	22	48	1.51
5999080--5999125	21	2.2	21	84	0	56	2	23	32	41	1.67
6001053--6001086	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
6001184--6001240	29	2.0	28	90	10	89	56	1	0	42	1.10
6001276--6001326	22	2.3	21	83	9	66	35	0	31	33	1.58
6001279--6001378	52	1.9	52	89	0	155	39	0	31	30	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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