genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  56  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16951724--16951785	4	17.8	4	70	26	52	77	0	22	0	0.77
16951719--16951778	10	6.2	10	77	14	72	76	0	23	0	0.78
16951719--16951785	14	4.4	16	80	16	79	77	0	22	0	0.77
16951719--16951778	24	2.5	24	94	0	102	76	0	23	0	0.78
16958715--16958759	18	2.5	18	82	7	56	37	4	17	40	1.70
16964149--16965553	74	18.9	73	86	3	1738	28	18	20	32	1.96
16965818--16965914	14	6.9	14	70	17	58	37	41	15	6	1.72
16965818--16965935	28	4.3	27	75	13	87	36	41	16	5	1.72
16967235--16967306	25	2.9	25	93	0	117	30	19	15	34	1.93
16989137--16989165	6	5.0	6	95	4	51	0	0	13	86	0.58
16992801--16992841	20	2.0	20	85	0	55	29	12	26	31	1.92
16995271--16995319	21	2.2	23	85	7	66	42	0	2	55	1.11
16995271--16995310	20	2.0	21	85	5	55	42	0	0	57	0.98
16998339--16998388	18	2.8	18	84	0	73	14	38	8	40	1.75
16999634--16999680	20	2.4	19	80	16	51	8	6	0	85	0.75
17004429--17004547	57	2.1	58	88	6	179	46	6	20	26	1.75
17008734--17008787	23	2.3	23	96	0	99	24	12	24	38	1.90
17014355--17014397	17	2.6	17	88	3	61	34	6	13	44	1.72
17024769--17024799	15	2.1	15	93	0	53	38	6	9	45	1.63
17025919--17025944	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
17025902--17026052	40	3.7	40	80	17	170	33	2	1	62	1.18
17026335--17026379	20	2.2	21	84	7	58	60	6	13	20	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17026652--17026699	8	6.4	7	92	7	69	50	0	0	50	1.00
17026651--17026700	7	6.5	8	88	11	70	52	0	0	48	1.00
17026787--17026842	20	2.8	21	88	2	71	55	1	0	42	1.10
17026799--17026842	20	2.2	20	95	0	79	61	2	0	36	1.09
17027989--17028034	20	2.4	19	85	3	56	65	2	0	32	1.05
17027993--17028034	18	2.3	19	87	4	59	66	2	0	30	1.04
17027993--17028039	18	2.5	18	86	6	58	63	2	2	31	1.18
17033563--17033679	59	2.0	59	91	0	189	18	24	15	41	1.89
17037637--17037787	74	2.0	74	85	0	203	26	10	16	46	1.79
17041464--17041539	38	2.0	38	94	0	134	44	10	13	31	1.77
17045132--17045193	30	2.1	30	84	6	81	3	8	50	38	1.48
17050277--17050355	25	3.2	25	83	7	81	37	17	20	24	1.93
17055279--17055353	29	2.6	29	70	8	71	16	12	42	29	1.83
17060577--17060662	42	2.0	43	84	2	111	26	16	23	33	1.95
17066240--17066351	54	2.1	54	89	3	172	33	16	25	24	1.95
17066469--17066506	18	2.0	20	90	10	62	57	2	34	5	1.35
17069319--17069839	49	11.0	42	95	2	439	30	28	8	32	1.87
17069252--17069839	47	12.3	49	94	2	961	29	29	8	32	1.87
17074246--17074304	22	2.6	22	86	5	82	27	30	20	22	1.98
17082854--17082911	30	1.9	30	92	0	98	44	17	18	18	1.87
17084733--17084827	46	2.1	46	93	0	163	41	17	7	33	1.78
17086996--17087349	43	8.3	43	76	3	288	30	26	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17086997--17087311	85	3.7	83	76	7	267	29	26	17	26	1.97
17087616--17087672	25	2.3	25	84	0	69	49	12	1	36	1.51
17088403--17088465	23	2.7	23	100	0	126	31	15	7	44	1.76
17092572--17092614	21	2.0	21	86	8	61	32	41	0	25	1.56
17092577--17092619	14	3.1	14	82	0	59	27	46	0	25	1.53
17092577--17092619	7	6.1	7	80	0	50	27	46	0	25	1.53
17092807--17092866	7	8.7	7	79	3	59	38	41	1	18	1.60
17092968--17093000	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
17093396--17093631	41	5.8	40	85	3	283	29	26	20	23	1.99
17093396--17093631	82	2.9	81	87	2	328	29	26	20	23	1.99
17093396--17093631	123	1.9	123	88	1	357	29	26	20	23	1.99
17093927--17094046	60	2.0	60	83	3	152	23	22	25	29	1.99
17093937--17094046	30	3.7	30	73	0	103	24	21	25	28	1.99
17098160--17098500	51	6.7	51	75	5	271	31	26	16	25	1.97
17098162--17098346	101	1.8	101	83	3	246	31	24	17	26	1.97
17098266--17098494	101	2.3	101	83	4	275	32	27	14	25	1.95
17098160--17098500	152	2.2	152	91	1	540	31	26	16	25	1.97
17098314--17098498	101	1.8	101	88	3	282	31	27	16	24	1.96
17103976--17104314	51	6.7	51	74	10	286	30	25	17	25	1.97
17103976--17104314	151	2.2	152	89	3	524	30	25	17	25	1.97
17104082--17104312	101	2.3	101	82	6	274	30	24	17	26	1.97
17108029--17108092	30	2.1	30	88	5	94	31	26	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17108029--17108102	30	2.5	30	84	8	80	31	27	18	22	1.98
17112227--17112323	25	3.8	25	80	10	115	29	22	24	22	1.99
17114488--17114547	28	2.1	28	90	0	93	30	8	31	30	1.87
17118062--17118107	17	2.7	17	84	15	60	21	6	0	71	1.08
17118069--17118116	16	2.9	16	81	9	53	20	4	2	72	1.11
17118927--17118972	21	2.2	21	84	0	56	21	32	19	26	1.97
17124053--17124673	95	6.5	93	94	3	992	31	9	29	29	1.88
17124053--17124675	144	4.4	143	93	4	1005	31	9	29	29	1.88
17124055--17124675	239	2.6	237	95	2	1086	31	9	29	28	1.88
17126727--17126872	43	3.4	43	98	0	283	22	15	35	26	1.94
17126854--17126927	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
17127236--17127537	40	7.6	40	82	5	278	24	21	28	25	1.99
17130817--17131445	47	13.1	47	93	3	1042	32	8	29	29	1.87
17130817--17131445	98	6.5	94	95	2	1042	32	8	29	29	1.87
17130817--17131445	145	4.4	144	94	4	1049	32	8	29	29	1.87
17131564--17131642	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
17146208--17146275	30	2.2	31	84	2	84	48	7	17	26	1.73
17150458--17150503	17	2.7	17	89	0	74	47	0	6	45	1.28
17152319--17152353	17	2.0	18	88	5	54	65	11	0	22	1.24
17160346--17160868	87	6.0	87	92	0	796	28	22	24	24	2.00
17161005--17161118	44	2.6	44	80	2	131	29	21	23	24	1.99
17162107--17162148	21	2.0	22	85	4	59	11	4	11	71	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17164835--17165032	104	1.9	102	91	2	324	21	20	27	30	1.98
17164974--17165148	42	4.4	41	80	11	222	24	18	26	30	1.98
17165058--17165180	33	3.5	33	70	20	104	21	19	27	31	1.97
17165016--17165180	74	2.2	75	95	1	296	22	19	27	30	1.98
17171328--17171638	33	8.7	33	66	23	123	22	20	25	30	1.99
17171326--17171520	104	1.9	102	89	4	302	22	20	26	30	1.98
17171428--17171629	75	2.7	75	88	0	316	23	18	26	31	1.98
17185082--17185112	7	4.4	7	91	0	53	32	0	51	16	1.44
17185072--17185112	14	2.9	14	88	3	55	34	0	48	17	1.47
17187054--17187088	6	5.8	6	93	0	61	31	31	0	37	1.58
17193499--17193568	22	3.2	22	75	0	68	45	17	20	17	1.85
17193559--17193759	32	6.3	32	82	2	226	39	20	18	21	1.93
17193573--17193759	64	2.9	64	87	1	250	38	20	18	21	1.93
17193559--17193759	96	2.1	95	85	0	267	39	20	18	21	1.93
17193753--17193818	26	2.5	26	85	0	87	36	27	19	16	1.93
17193934--17194017	24	3.5	24	75	6	80	40	25	8	26	1.83
17194025--17194211	27	6.9	27	77	6	146	29	19	19	30	1.97
17194025--17194183	54	2.9	54	80	7	180	30	19	20	29	1.97
17194036--17194211	54	3.3	52	79	10	176	28	21	18	31	1.97
17194036--17194211	81	2.2	80	81	7	212	28	21	18	31	1.97
17194170--17194413	27	9.0	27	80	4	235	23	19	17	39	1.92
17194171--17194414	81	3.0	82	79	7	291	23	19	17	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17198369--17198428	20	3.0	20	80	9	77	46	20	23	10	1.80
17201856--17202245	51	7.7	51	79	6	339	28	15	25	30	1.96
17201856--17202244	102	3.8	101	86	4	419	28	15	25	30	1.96
17201857--17202242	153	2.5	151	81	7	415	28	15	25	30	1.96
17202064--17202281	101	2.1	102	85	5	282	31	14	25	28	1.95
17205159--17205189	16	1.9	16	93	0	53	29	12	0	58	1.35
17216776--17216830	25	2.2	25	100	0	110	29	9	21	40	1.84
17218420--17218661	50	4.7	50	76	6	175	22	26	22	28	1.99
17224671--17224719	25	2.0	25	87	0	71	24	24	24	26	2.00
17225701--17225727	9	3.0	9	100	0	54	55	11	0	33	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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