genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  43  of  211  ( 25274 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12715828--12716540	22	33.0	22	85	2	896	26	0	28	45	1.56
12717772--12717814	7	6.1	7	94	0	68	53	18	0	27	1.45
12717766--12717815	21	2.4	20	83	9	64	52	18	0	30	1.46
12717975--12718018	20	2.1	21	84	12	56	50	6	0	43	1.29
12718955--12719043	40	2.2	40	82	7	101	44	2	25	26	1.66
12719024--12719079	22	2.5	23	91	5	96	46	1	28	23	1.62
12719024--12719078	11	4.8	12	80	13	71	45	1	29	23	1.63
12727644--12727672	14	2.0	15	93	6	51	48	20	3	27	1.66
12727863--12727994	40	3.3	40	78	9	146	33	25	16	24	1.96
12727871--12727994	37	3.2	40	77	10	121	33	25	16	25	1.96
12734740--12734787	5	9.6	5	100	0	96	60	0	0	39	0.97
12735385--12735417	17	1.9	17	88	11	50	36	0	0	63	0.95
12738423--12738546	27	4.6	27	79	7	117	38	9	21	29	1.86
12747497--12747691	105	1.9	101	85	4	264	33	14	23	28	1.94
12747497--12747713	105	2.1	101	82	5	256	34	15	23	27	1.94
12747635--12747711	33	2.3	32	80	6	82	33	18	22	25	1.96
12747530--12747726	105	1.9	105	83	2	261	33	15	23	26	1.95
12749859--12749961	48	2.1	48	96	0	188	33	16	13	35	1.88
12754217--12754251	14	2.5	14	100	0	70	34	5	0	60	1.21
12754199--12754328	62	2.1	61	92	5	215	36	2	0	61	1.09
12754218--12754364	32	4.7	30	69	16	70	38	2	0	59	1.12
12754252--12754349	42	2.3	42	92	3	162	35	2	0	62	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12754270--12754365	42	2.3	42	89	3	140	41	2	0	56	1.11
12754231--12754365	31	4.4	31	78	10	136	38	2	0	59	1.10
12756657--12756711	18	3.0	19	76	7	60	29	3	0	67	1.08
12762857--12762913	18	3.2	18	82	0	78	35	17	21	26	1.95
12768817--12768866	17	2.9	17	93	3	82	30	26	12	32	1.92
12768814--12768866	18	3.0	18	91	2	90	28	24	15	32	1.95
12774242--12774343	50	2.0	50	94	0	177	31	14	8	45	1.76
12781793--12781948	62	2.5	62	90	0	249	37	2	6	53	1.40
12783162--12783192	14	2.2	14	100	0	62	32	6	19	41	1.77
12783176--12783221	19	2.3	20	92	7	85	26	10	15	47	1.78
12785239--12785348	57	1.9	57	98	1	213	56	5	7	30	1.49
12787162--12787305	66	2.2	66	100	0	288	36	12	15	36	1.85
12789938--12790138	60	3.1	60	64	19	143	42	10	7	38	1.69
12789891--12790156	133	2.0	133	96	0	496	43	12	6	37	1.68
12797068--12797109	20	2.1	20	100	0	84	30	9	33	26	1.88
12797324--12797368	17	2.6	17	92	0	72	28	24	22	24	1.99
12801834--12801885	26	2.0	26	96	0	95	36	0	21	42	1.53
12802347--12802609	105	2.6	104	82	7	301	32	16	24	26	1.96
12802485--12802561	33	2.3	32	80	6	82	33	18	22	25	1.96
12804593--12804677	43	2.0	43	92	0	143	32	12	27	27	1.93
12817796--12818058	105	2.6	100	82	8	298	31	16	25	25	1.96
12817934--12818058	33	3.8	32	72	8	108	30	17	27	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12817934--12818059	66	1.9	66	80	6	148	30	18	26	24	1.98
12826815--12827076	72	3.6	71	74	8	206	38	14	19	27	1.91
12826863--12826923	24	2.5	24	86	0	77	37	13	22	26	1.91
12826855--12826939	24	3.5	23	74	15	64	38	12	22	25	1.90
12826863--12827065	48	4.2	48	71	8	133	37	14	20	27	1.91
12826975--12827118	24	6.0	24	72	9	87	37	15	19	27	1.92
12826989--12827136	48	3.1	47	78	5	145	37	14	18	29	1.91
12828431--12828579	43	3.5	43	80	5	142	28	16	22	32	1.95
12829223--12829314	26	3.7	23	76	16	78	22	23	19	33	1.97
12830526--12830740	59	3.6	59	85	1	270	36	11	20	31	1.88
12830703--12830829	54	2.4	54	81	5	157	37	13	22	25	1.91
12833964--12834092	60	2.2	60	100	0	258	41	25	20	13	1.88
12836518--12836578	30	2.0	30	84	6	79	29	27	22	19	1.98
12836865--12836914	5	10.0	5	75	16	50	24	0	2	74	0.93
12836865--12836940	20	3.6	20	79	10	80	25	2	1	71	1.07
12837975--12838010	13	2.8	13	91	0	54	75	2	2	19	1.06
12843466--12843537	33	2.2	33	82	7	85	33	2	9	54	1.48
12843932--12844014	24	3.3	26	64	16	66	40	4	6	48	1.49
12844007--12844043	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
12844051--12844111	20	3.0	20	79	9	59	49	1	0	49	1.10
12846946--12846981	19	1.9	19	88	5	56	27	11	2	58	1.46
12848384--12848439	20	2.8	21	78	13	55	25	1	10	62	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12848480--12848817	142	2.4	142	80	9	370	25	8	9	55	1.61
12848992--12849253	146	1.8	145	81	7	331	54	9	10	25	1.64
12851316--12851361	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
12852245--12852296	27	1.9	27	92	0	86	28	28	19	23	1.98
12855059--12855189	3	44.3	3	68	17	69	29	3	3	62	1.30
12855979--12856230	46	5.5	46	96	1	447	30	21	15	33	1.94
12858953--12858977	10	2.5	10	100	0	50	8	0	0	92	0.40
12859620--12859661	19	2.2	19	100	0	84	38	11	14	35	1.83
12862713--12862845	35	3.8	35	92	0	203	43	18	19	18	1.88
12863086--12863142	23	2.6	22	88	5	89	36	12	5	45	1.64
12863099--12863159	13	4.8	13	78	15	74	36	13	4	45	1.64
12865002--12865053	24	2.1	26	82	13	65	44	7	1	46	1.43
12878077--12878111	16	2.2	16	100	0	70	34	0	25	40	1.56
12879980--12880306	29	11.2	29	82	6	284	34	12	27	25	1.92
12880017--12880301	87	3.3	87	80	2	320	35	11	28	24	1.91
12883650--12883693	21	2.1	21	100	0	88	43	27	4	25	1.74
12886835--12886899	32	2.0	32	100	0	130	35	9	27	27	1.87
12893793--12893921	45	2.9	45	80	2	152	27	18	11	41	1.85
12896151--12896198	17	2.9	17	81	3	53	58	10	10	20	1.60
12896309--12896338	15	2.0	15	93	0	51	3	43	0	53	1.17
12896630--12896673	21	2.1	21	82	0	52	25	29	0	45	1.54
12896635--12896680	18	2.5	19	79	10	51	23	32	0	43	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12896644--12896706	21	3.2	20	76	10	67	30	34	3	31	1.74
12906877--12906925	23	2.1	23	96	0	89	46	20	12	20	1.82
12913603--12913719	43	2.7	43	98	0	225	28	19	31	20	1.97
12919939--12920047	25	4.4	25	85	0	137	26	23	15	33	1.95
12919920--12920050	50	2.6	50	80	2	145	28	23	15	32	1.95
12922602--12922783	28	6.6	28	73	5	100	32	21	15	30	1.94
12922658--12922832	27	6.3	27	70	7	109	33	20	15	30	1.94
12922609--12922752	55	2.6	56	79	6	157	32	22	15	29	1.95
12922642--12922811	83	2.0	82	81	6	191	34	20	14	31	1.92
12923070--12923215	53	2.8	53	84	2	186	29	25	10	34	1.89
12927252--12927313	28	2.2	28	82	2	81	33	22	20	22	1.97
12927666--12927817	27	5.6	26	83	5	99	20	15	23	41	1.89
12927666--12927817	54	2.8	53	84	4	162	20	15	23	41	1.89
12928062--12928104	20	2.2	20	95	0	77	18	39	25	16	1.91
12930399--12930424	11	2.4	11	100	0	52	38	38	0	23	1.55
12930812--12930941	40	3.2	40	76	2	136	34	16	25	23	1.95
12930873--12930948	39	1.9	39	86	2	107	35	15	25	23	1.94
12930982--12931100	40	2.9	40	87	7	175	20	17	32	29	1.95
12931419--12931449	15	2.1	15	93	0	53	16	0	51	32	1.44
12931461--12931549	37	2.4	36	81	9	92	28	1	35	34	1.65
12931722--12931752	15	2.1	15	93	0	53	19	0	45	35	1.51
12931725--12931764	14	2.7	15	88	3	55	25	0	37	37	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12931546--12932075	276	1.9	273	89	2	812	29	2	25	42	1.68
12932001--12932046	14	3.2	14	81	3	56	30	0	30	39	1.57
12932062--12932090	15	1.9	15	100	0	58	13	0	51	34	1.42
12932664--12932871	103	2.0	103	86	4	294	43	11	13	31	1.80
12932934--12933784	106	7.9	105	79	11	839	42	12	12	32	1.81
12932880--12933565	217	3.1	217	83	8	738	42	12	12	31	1.81
12932934--12933688	323	2.3	321	90	4	1163	42	12	12	32	1.81
12933258--12933784	219	2.4	216	88	5	794	43	13	11	31	1.80
12933996--12934035	21	1.9	21	90	10	64	25	45	0	30	1.54
12937261--12937588	43	7.6	43	83	2	399	23	14	27	34	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211