genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  80  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24811622--24811659	17	2.2	17	100	0	76	31	42	10	15	1.81
24812014--24812292	30	9.4	30	77	5	237	20	24	13	41	1.88
24812008--24812292	119	2.4	119	81	5	335	20	24	13	41	1.89
24812014--24812292	149	1.9	149	88	1	425	20	24	13	41	1.88
24816342--24816399	3	19.3	3	89	0	89	37	0	62	0	0.96
24819680--24820116	47	8.9	47	89	6	631	29	30	8	31	1.87
24819680--24820116	96	4.5	96	93	3	671	29	30	8	31	1.87
24819996--24820113	58	2.0	58	96	0	218	30	30	9	29	1.88
24831826--24831865	20	2.0	20	85	5	53	50	12	7	30	1.68
24833593--24833648	21	2.7	21	78	10	62	28	25	21	25	1.99
24833754--24833981	122	1.9	122	83	3	298	29	28	15	25	1.96
24837804--24837868	33	1.9	34	90	3	105	29	7	21	41	1.81
24841000--24841094	47	2.0	47	95	0	172	35	10	23	30	1.88
24842479--24842519	21	2.0	21	85	0	55	17	7	24	51	1.70
24852298--24852412	61	1.9	61	90	3	187	41	20	10	27	1.84
24855522--24855579	20	2.9	20	81	0	62	36	22	32	8	1.85
24861279--24861394	44	2.7	43	78	4	128	26	25	21	26	1.99
24861483--24861869	50	7.8	50	78	2	375	26	20	20	31	1.98
24861484--24861872	100	3.9	100	89	1	548	26	20	20	31	1.98
24861484--24861886	150	2.7	150	76	1	416	26	20	20	31	1.98
24862505--24862577	38	1.9	37	91	2	119	47	13	12	26	1.78
24873508--24873807	141	2.1	139	95	3	532	64	6	5	24	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24876299--24876530	40	5.8	41	85	4	303	24	21	28	25	1.99
24876299--24876550	120	2.1	120	91	2	418	23	21	28	26	1.99
24876299--24876530	80	2.9	80	88	1	340	24	21	28	25	1.99
24877949--24877999	14	3.4	14	76	12	57	0	11	9	78	0.97
24877948--24877997	19	2.6	20	78	9	59	0	12	10	78	0.98
24879170--24879253	41	2.0	41	93	0	141	34	33	19	13	1.90
24885390--24885631	50	4.7	51	80	7	233	24	26	21	27	1.99
24889744--24889816	22	3.4	21	77	19	64	36	24	6	31	1.82
24895724--24895758	18	1.9	18	100	0	70	40	5	22	31	1.78
24896750--24896800	24	2.1	24	100	0	102	15	37	19	27	1.92
24900517--24900572	20	2.9	19	71	7	51	44	14	8	32	1.76
24899754--24901398	822	2.0	820	98	0	3211	39	15	11	33	1.84
24902546--24902612	20	3.4	19	70	14	55	46	16	8	28	1.77
24903761--24903827	20	3.4	19	70	14	55	46	16	8	28	1.77
24904976--24905042	20	3.4	19	70	14	55	46	16	8	28	1.77
24906190--24906256	20	3.4	19	70	14	55	46	16	8	28	1.77
24907405--24907471	20	3.4	19	70	14	55	46	16	8	28	1.77
24908618--24908684	20	3.4	19	70	14	55	46	16	8	28	1.77
24909831--24909897	20	3.4	19	70	14	55	46	16	8	28	1.77
24911043--24911108	20	3.3	19	69	14	53	46	15	9	28	1.76
24912256--24912322	20	3.4	19	70	14	55	46	16	8	28	1.77
24917377--24917804	47	8.9	49	93	2	696	29	29	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24917377--24917804	96	4.5	96	94	2	720	29	29	8	32	1.87
24920578--24920607	11	2.9	10	90	9	51	70	13	6	10	1.34
24922635--24922671	18	2.1	18	89	0	56	70	16	0	13	1.17
24927788--24928196	204	2.0	204	96	0	755	23	17	22	36	1.94
24932497--24932547	23	2.2	23	92	0	84	27	9	21	41	1.84
24935575--24935816	51	4.8	50	77	7	231	29	28	16	25	1.97
24935569--24935809	101	2.4	101	86	5	337	29	27	16	25	1.97
24936009--24936092	39	2.2	39	95	0	150	34	26	5	33	1.81
24936648--24936674	9	3.0	9	100	0	54	22	33	0	44	1.53
24937303--24937632	50	6.6	50	83	7	388	21	29	21	27	1.99
24937267--24937632	142	2.5	145	82	6	398	22	28	20	28	1.98
24940503--24940569	29	2.2	31	84	5	84	25	17	7	49	1.73
24940718--24940770	23	2.3	23	93	0	88	26	9	22	41	1.84
24942836--24942879	20	2.2	20	84	8	54	29	2	4	63	1.26
24946050--24946337	120	2.4	118	80	5	310	36	18	14	30	1.91
24948052--24948088	19	1.9	19	100	0	74	0	27	18	54	1.44
24948449--24948481	14	2.4	14	94	0	57	18	15	15	51	1.77
24950584--24950648	13	4.9	13	81	7	78	36	23	7	32	1.83
24957944--24958046	33	3.1	33	80	2	100	12	21	19	46	1.83
24958648--24958823	56	3.1	56	97	0	325	45	8	22	23	1.80
24959951--24960176	40	5.7	40	85	6	289	24	22	27	25	1.99
24966633--24966808	56	3.1	56	99	0	343	44	9	23	22	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24967937--24968159	78	2.8	79	82	8	274	24	21	28	25	1.99
24967937--24968159	40	5.7	40	85	6	278	24	21	28	25	1.99
24967937--24968192	118	2.2	118	81	5	286	25	21	27	25	1.99
24967937--24968192	40	6.5	40	80	8	222	25	21	27	25	1.99
24970260--24970302	14	3.1	14	96	0	77	51	0	18	30	1.47
24970301--24970716	135	3.0	136	89	3	631	39	7	6	46	1.58
24987741--24987785	19	2.3	20	81	11	58	53	0	2	44	1.13
24992293--24992317	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
24993102--24993295	89	2.2	88	88	6	293	33	10	23	32	1.88
24993747--24993812	33	2.0	33	87	0	96	28	15	21	34	1.93
24995431--24995655	51	4.4	50	75	3	173	30	28	16	24	1.97
25003090--25003314	51	4.4	51	76	4	222	29	27	18	24	1.98
25008621--25008645	12	2.1	12	100	0	50	0	52	0	48	1.00
25008811--25008855	8	5.6	8	91	0	63	0	2	13	84	0.72
25017782--25017907	27	4.7	27	77	7	112	38	12	19	29	1.88
25017782--25017934	54	2.8	53	77	9	157	38	12	20	28	1.89
25017809--25017935	54	2.4	54	86	5	168	38	11	21	28	1.88
25017809--25017944	27	5.0	27	71	8	89	38	12	21	27	1.89
25020251--25020367	48	2.4	48	84	2	137	40	23	16	20	1.91
25021217--25021253	12	3.2	12	92	3	58	5	10	0	83	0.79
25021217--25021254	11	3.4	11	86	13	51	5	13	0	81	0.85
25022648--25022705	31	1.9	29	83	13	73	18	8	18	53	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25023951--25024000	22	2.3	21	89	6	73	10	0	46	44	1.37
25027384--25027451	31	2.2	31	87	12	95	54	1	4	39	1.30
25027414--25027465	26	2.0	27	92	3	88	55	0	3	40	1.18
25029291--25029374	41	2.0	41	93	0	141	34	8	7	50	1.60
25032488--25032561	25	3.0	25	83	0	103	29	20	18	31	1.97
25041063--25041277	108	2.0	108	100	0	430	44	18	13	24	1.85
25043709--25043762	15	3.6	15	97	0	99	20	31	12	35	1.90
25050853--25050896	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
25051364--25051394	7	4.4	7	91	0	53	35	25	12	25	1.92
25056560--25056601	21	2.0	21	85	0	57	45	0	14	40	1.45
25059185--25059228	23	1.9	23	100	0	88	40	25	20	13	1.89
25062505--25062569	32	2.0	32	100	0	130	27	9	18	44	1.80
25064844--25064916	27	2.8	25	78	10	74	20	26	20	32	1.97
25064953--25065037	25	3.4	24	79	12	82	18	25	20	35	1.95
25073169--25073226	31	1.9	29	86	13	82	55	5	3	36	1.39
25073209--25073285	37	2.1	36	83	11	95	54	2	2	40	1.28
25073683--25073722	19	2.1	19	85	0	53	35	2	7	55	1.42
25076291--25076514	104	2.2	104	93	1	378	17	19	31	31	1.95
25076433--25076584	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
25080113--25080291	86	2.1	87	88	2	261	35	17	8	37	1.82
25090533--25090660	50	2.6	50	80	0	148	31	13	14	41	1.84
25091677--25091724	21	2.3	21	78	7	53	58	4	16	20	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25092667--25092727	21	3.0	20	73	7	59	72	0	19	8	1.10
25092723--25092763	15	2.5	17	80	11	59	53	0	31	14	1.41
25098027--25098060	16	2.1	16	94	0	59	32	8	11	47	1.71
25104892--25104932	21	2.0	21	85	9	57	34	12	0	53	1.38
25112539--25112592	27	2.0	27	85	0	72	27	18	33	20	1.96
25113027--25113215	94	2.0	94	98	0	369	39	11	20	29	1.87
25120005--25120047	21	2.0	21	100	0	86	53	4	18	23	1.63
25122472--25122520	25	1.9	26	87	4	73	20	4	6	69	1.27
25122649--25122682	14	2.5	14	95	4	61	50	35	0	14	1.44
25133772--25133829	27	2.1	27	93	0	98	20	25	10	43	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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