genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  84  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26001127--26001175	20	2.4	20	86	3	62	24	16	28	30	1.96
26001139--26001176	20	1.9	20	94	0	67	18	18	34	28	1.95
26002464--26002516	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
26016126--26016167	20	2.1	20	95	0	75	54	11	11	21	1.68
26017303--26017348	21	2.1	22	84	4	58	67	2	23	6	1.25
26018197--26018250	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
26018197--26018270	30	2.5	31	82	12	93	22	20	17	39	1.92
26018197--26018271	20	3.8	20	73	16	57	22	20	17	40	1.92
26024932--26025029	27	3.5	28	88	2	126	27	13	27	31	1.94
26028303--26028362	13	4.5	13	82	13	77	71	5	6	16	1.25
26029288--26029329	14	3.2	13	77	9	50	69	0	16	14	1.20
26037976--26038029	11	5.1	11	80	6	58	72	3	3	20	1.16
26037981--26038029	21	2.3	20	89	6	71	77	4	2	16	1.01
26040104--26040165	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
26040104--26040166	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
26047608--26047652	20	2.2	20	84	7	56	53	11	4	31	1.56
26068120--26068172	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
26070537--26070564	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
26072116--26072166	13	3.8	13	94	5	93	23	5	0	70	1.09
26072119--26072166	14	3.5	14	97	2	89	18	6	0	75	1.01
26077283--26077334	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
26081596--26081647	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26081605--26081659	12	4.6	12	73	15	51	12	23	0	63	1.29
26081641--26081678	17	2.2	18	85	4	51	10	23	2	63	1.39
26085454--26085488	9	3.8	9	92	3	52	22	17	28	31	1.96
26098617--26098651	18	2.0	18	94	5	63	68	0	14	17	1.21
26105750--26105797	21	2.4	21	86	10	66	72	2	18	6	1.15
26116298--26116337	18	2.2	18	86	0	53	7	12	7	72	1.27
26119146--26119249	33	3.1	32	78	6	100	13	24	4	57	1.55
26119201--26119265	18	3.8	18	74	11	57	10	24	1	63	1.36
26128928--26129002	33	2.2	34	90	2	116	45	12	4	38	1.60
26147553--26147603	21	2.4	22	83	6	61	7	21	1	68	1.25
26147565--26147615	24	2.3	23	83	16	63	7	19	0	72	1.08
26162070--26162398	166	2.0	166	81	5	389	19	18	19	43	1.88
26162545--26162594	18	2.8	17	81	6	55	64	8	12	16	1.49
26168008--26168096	46	1.9	46	95	0	160	34	20	20	24	1.96
26170610--26170679	35	2.0	35	94	0	122	17	40	8	34	1.80
26185960--26186138	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
26187403--26187947	47	11.6	47	92	2	807	33	9	29	27	1.88
26190373--26190447	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
26190500--26190897	40	10.1	40	90	1	588	25	21	27	25	1.99
26192153--26192314	84	1.9	83	91	8	267	38	8	25	27	1.85
26193558--26194088	47	11.6	47	87	8	638	33	8	29	28	1.87
26198872--26198946	33	2.2	34	92	2	125	42	13	6	37	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26200666--26200719	18	2.8	20	81	18	62	9	24	0	66	1.20
26204373--26204441	10	6.9	11	70	23	55	28	15	27	27	1.96
26204373--26204443	20	3.6	20	86	5	101	29	15	28	26	1.96
26208669--26208745	26	3.1	25	72	5	68	7	18	6	67	1.37
26220361--26220397	13	3.0	13	88	7	51	16	5	2	75	1.10
26220349--26220389	11	3.7	11	90	0	64	17	4	2	75	1.08
26225261--26225304	22	1.9	24	81	9	56	29	13	13	43	1.83
26228640--26228679	13	3.2	13	82	7	55	27	5	2	65	1.27
26240431--26240457	14	1.9	14	100	0	54	33	22	14	29	1.94
26241242--26241338	46	2.2	45	85	10	137	23	18	21	36	1.95
26241252--26241345	46	2.0	46	91	0	152	23	18	21	37	1.94
26241607--26241657	20	2.5	21	84	9	70	27	27	17	27	1.98
26242172--26242267	20	4.8	20	79	6	106	23	32	16	27	1.96
26242173--26242267	40	2.4	39	85	5	127	24	32	16	26	1.96
26242185--26242239	10	5.5	10	75	16	51	25	32	18	23	1.97
26243663--26243698	9	3.9	9	88	3	54	77	5	0	16	0.94
26244836--26244893	18	3.2	18	90	0	89	67	3	18	10	1.35
26244857--26244937	30	2.7	29	77	7	90	61	1	24	12	1.38
26244887--26244926	18	2.2	18	86	0	53	62	0	27	10	1.27
26246650--26246698	20	2.5	20	93	0	80	24	32	16	26	1.96
26246663--26246707	10	4.5	10	83	10	56	26	33	17	22	1.96
26246663--26246728	30	2.2	30	86	0	87	27	34	15	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26246836--26246901	28	2.4	28	78	12	73	34	4	9	51	1.54
26248371--26248418	21	2.3	21	82	7	53	33	4	16	45	1.67
26250794--26250839	22	2.3	22	78	14	55	13	10	4	71	1.27
26256892--26256931	12	3.3	12	82	0	53	15	22	2	60	1.47
26257026--26257070	15	2.9	16	87	6	58	8	17	0	73	1.08
26257005--26257089	21	4.1	21	79	8	86	10	22	0	67	1.21
26257930--26257959	14	2.2	13	94	5	51	0	10	0	90	0.47
26257929--26257959	11	2.8	11	95	0	53	0	12	0	87	0.55
26258000--26258038	13	2.9	13	92	3	60	20	7	2	69	1.26
26263500--26263546	25	1.9	24	82	4	58	53	10	17	19	1.72
26272814--26272938	42	3.0	41	94	2	214	36	8	20	33	1.84
26274833--26274885	25	2.1	25	92	0	88	43	16	22	16	1.88
26279435--26279476	12	3.7	12	81	18	54	11	16	2	69	1.29
26282973--26283027	20	2.8	20	80	0	65	52	10	5	30	1.59
26289426--26289480	20	2.8	20	80	0	65	52	10	5	30	1.59
26293033--26293088	30	1.9	28	82	13	69	60	10	12	16	1.58
26297327--26297454	64	2.0	64	92	3	213	28	14	17	39	1.89
26300286--26300323	20	1.9	19	85	15	51	13	18	28	39	1.88
26308315--26308358	10	4.3	10	85	5	52	65	4	9	20	1.38
26308320--26308356	11	3.5	11	88	7	58	75	5	8	10	1.17
26309249--26309314	20	3.2	20	79	12	71	66	1	24	7	1.26
26309264--26309320	22	2.4	24	78	21	66	71	1	21	5	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26309322--26309351	6	5.0	6	91	0	51	33	3	33	30	1.74
26311003--26311040	20	2.0	20	94	5	69	23	28	15	31	1.96
26313259--26313334	34	2.2	35	88	4	111	42	14	7	35	1.75
26315105--26315139	18	1.9	18	88	11	54	2	14	8	74	1.17
26317718--26317746	12	2.3	13	94	5	51	6	17	13	62	1.52
26323862--26323955	46	2.0	46	91	4	154	24	18	23	34	1.96
26331796--26331849	20	2.6	21	82	5	65	12	24	0	62	1.30
26342746--26342796	14	3.6	14	78	5	57	72	0	23	3	1.01
26342746--26342800	15	3.8	15	80	7	69	72	0	23	3	1.00
26344935--26344990	18	3.2	17	78	9	60	78	1	12	7	1.02
26344935--26344977	19	2.2	19	87	4	59	79	2	11	6	1.02
26344927--26344995	36	1.9	36	88	5	104	75	2	14	7	1.13
26349132--26349176	22	2.1	21	91	4	72	26	35	4	33	1.77
26351383--26351452	27	2.5	28	95	2	124	31	28	12	27	1.93
26351383--26351481	28	3.5	29	85	9	107	32	29	13	25	1.93
26359669--26359738	27	2.5	28	95	2	124	31	28	12	27	1.93
26367832--26367869	19	2.0	20	84	5	51	26	7	36	28	1.84
26371145--26371216	33	2.2	33	87	5	101	11	27	6	54	1.61
26371295--26371336	12	3.7	12	81	18	54	11	16	2	69	1.29
26372365--26372399	19	1.9	18	88	11	54	14	8	2	74	1.17
26372454--26372489	14	2.6	14	87	12	56	11	2	8	77	1.08
26373511--26374707	657	1.8	651	90	0	1813	27	20	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26378603--26378790	59	3.2	58	68	13	157	42	3	5	49	1.41
26378725--26378766	15	2.8	16	85	10	61	45	0	4	50	1.23
26378533--26378888	119	3.0	120	94	1	624	42	2	6	48	1.42
26379102--26379169	16	4.2	16	96	0	127	38	35	0	26	1.57
26382051--26382228	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
26382072--26382227	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
26390027--26390204	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
26390048--26390203	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
26393045--26393089	12	3.7	12	85	5	63	75	4	6	13	1.15
26394059--26394090	15	2.1	16	94	5	57	71	0	21	6	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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