genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  89  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27634913--27634990	25	3.1	25	88	0	111	25	26	20	26	1.99
27649929--27649958	13	2.2	14	94	5	53	13	0	13	73	1.10
27650112--27650215	43	2.5	41	87	6	138	25	30	15	27	1.96
27650682--27650901	88	2.5	88	87	1	298	28	25	18	27	1.98
27650676--27650923	88	2.8	88	83	1	291	27	25	19	27	1.99
27650676--27651037	88	4.1	87	76	6	264	27	24	19	27	1.99
27650988--27651312	89	3.7	89	83	0	373	25	21	23	29	1.99
27654101--27654183	27	3.3	27	60	16	68	33	3	27	34	1.75
27654092--27654327	47	4.9	49	88	4	331	32	8	29	30	1.86
27655709--27656211	40	12.6	40	93	1	758	24	21	27	26	1.99
27659857--27660092	47	4.9	49	91	3	358	32	8	30	29	1.86
27662033--27662140	54	2.0	53	87	5	155	11	21	17	50	1.77
27668091--27668125	18	1.9	18	94	0	61	74	0	17	8	1.06
27668660--27668763	43	2.5	41	87	3	136	24	32	15	27	1.95
27668984--27669013	13	2.2	14	94	5	53	13	0	13	73	1.10
27672187--27672362	49	3.6	48	77	5	199	23	25	18	32	1.97
27672184--27672519	50	6.6	50	77	5	275	22	26	20	30	1.98
27672184--27672399	99	2.2	99	95	0	387	23	25	19	31	1.98
27676508--27676684	45	4.0	44	82	5	207	20	15	28	35	1.93
27676508--27676680	89	1.9	89	85	2	240	20	13	29	36	1.91
27681683--27681723	16	2.5	17	88	4	57	17	43	14	24	1.86
27695973--27696020	21	2.3	20	82	10	60	37	4	31	27	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27697488--27697711	40	5.6	40	80	9	226	25	27	21	25	1.99
27697488--27697712	80	2.8	79	82	6	258	26	27	21	25	1.99
27705762--27705985	40	5.7	40	86	6	278	25	27	22	24	2.00
27705764--27705985	118	1.9	119	84	6	299	25	27	22	24	2.00
27713959--27714216	40	6.5	40	83	4	256	25	27	21	25	1.99
27713992--27714216	80	2.8	80	84	6	287	25	28	21	24	1.99
27713994--27714216	119	1.9	120	83	6	292	25	27	21	24	1.99
27720713--27720752	18	2.2	18	86	0	53	65	2	25	7	1.32
27724522--27724561	18	2.2	18	86	0	53	65	2	25	7	1.32
27732106--27732148	18	2.5	17	88	3	68	25	11	18	44	1.84
27735475--27735684	43	4.9	43	81	8	214	34	24	19	21	1.96
27735491--27735684	87	2.2	86	83	8	225	34	24	19	22	1.97
27738317--27738360	22	2.0	22	100	0	88	31	31	22	13	1.93
27739273--27739308	14	2.5	15	86	13	58	41	33	0	25	1.55
27739515--27739556	7	5.9	7	88	5	66	33	52	0	14	1.42
27739500--27739558	22	2.7	22	89	5	75	35	47	0	16	1.47
27739490--27739559	15	4.7	15	82	7	63	35	45	0	18	1.50
27739966--27740079	41	2.8	40	90	2	174	30	28	20	20	1.97
27740117--27740193	39	1.9	39	86	2	109	28	19	15	36	1.92
27740137--27740255	40	3.0	39	72	11	116	24	21	18	36	1.95
27768810--27768980	50	3.3	50	80	6	155	23	29	21	25	1.99
27779417--27780396	500	2.0	499	95	0	1744	32	17	13	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27780427--27780611	50	3.6	50	81	4	163	24	28	21	26	1.99
27784167--27784312	37	4.0	36	83	4	150	39	28	14	17	1.88
27784167--27784312	74	2.0	73	80	1	166	39	28	14	17	1.88
27791391--27791430	20	2.0	20	100	0	80	35	25	10	30	1.88
27799398--27799927	44	12.0	44	74	7	421	30	18	24	26	1.98
27799385--27799815	88	4.9	87	83	4	477	30	17	25	26	1.97
27799407--27799933	133	4.0	133	79	4	555	30	18	24	26	1.98
27800061--27800150	45	2.0	44	89	2	135	34	16	24	24	1.95
27800061--27800167	44	2.4	45	85	1	126	30	17	24	27	1.97
27802175--27802217	6	7.2	6	97	0	77	48	13	0	37	1.43
27805341--27805375	9	3.9	9	92	0	61	25	11	22	40	1.88
27805339--27805376	18	2.1	18	100	0	76	31	10	21	36	1.87
27805649--27805709	30	2.0	31	87	3	88	22	37	0	39	1.55
27814484--27814537	20	2.7	20	71	11	56	38	5	9	46	1.59
27829421--27829499	38	2.1	38	92	0	131	16	18	26	37	1.92
27833413--27833442	14	2.1	14	93	0	51	30	0	3	66	1.07
27840358--27840487	59	2.2	59	86	5	174	45	2	4	47	1.36
27840394--27840460	34	1.9	35	82	8	84	44	0	2	52	1.16
27841460--27841580	35	3.5	35	89	0	179	26	8	36	28	1.85
27843803--27843961	35	4.5	35	77	4	149	28	5	33	32	1.79
27843785--27843959	35	5.0	36	75	8	128	30	5	32	31	1.80
27846875--27846899	10	2.5	10	100	0	50	48	20	12	20	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27855421--27855453	17	1.9	17	93	0	57	9	3	27	60	1.42
27886085--27886109	12	2.1	12	100	0	50	40	8	8	44	1.63
27888703--27888755	22	2.2	25	74	25	67	45	16	22	15	1.85
27888712--27888756	22	2.0	22	100	0	90	40	17	24	17	1.91
27889722--27889863	70	2.0	70	95	0	257	28	35	16	19	1.93
27893294--27893856	88	6.4	88	79	3	542	32	20	13	33	1.91
27893294--27893872	264	2.2	264	79	3	639	32	19	13	34	1.91
27896257--27896316	27	2.3	26	85	2	75	35	20	28	16	1.94
27896360--27896413	27	2.0	26	82	3	63	37	24	24	14	1.93
27896223--27896755	93	5.7	93	84	3	628	30	17	27	24	1.97
27900502--27900546	21	2.1	21	84	8	56	42	17	20	20	1.90
27902033--27902101	32	2.2	32	83	0	93	21	46	14	17	1.84
27904098--27904136	15	2.6	15	80	15	53	25	7	7	58	1.52
27912213--27912599	44	8.9	42	74	15	272	28	19	23	27	1.99
27912129--27912517	89	4.5	86	75	12	278	30	19	23	26	1.98
27912212--27912508	133	2.2	133	88	0	450	28	19	24	26	1.99
27912218--27912554	133	2.5	131	84	5	392	29	19	24	27	1.98
27914065--27914148	24	3.3	24	77	14	71	39	3	3	53	1.36
27914341--27914379	15	2.6	15	80	15	53	25	7	7	58	1.52
27918868--27918913	23	2.1	22	92	8	76	30	6	4	58	1.43
27919240--27919289	24	2.1	23	81	3	55	16	2	6	76	1.08
27919345--27919386	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27921226--27921304	37	2.1	37	85	0	104	26	30	17	25	1.97
27921422--27921892	47	9.9	47	93	2	768	29	29	8	32	1.87
27921422--27921892	95	5.0	93	92	4	764	29	29	8	32	1.87
27922339--27922378	20	2.0	20	85	5	53	40	10	2	47	1.50
27929916--27930365	47	9.6	47	91	1	672	32	10	30	26	1.89
27930216--27930337	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
27933066--27933114	16	3.1	16	93	0	89	36	4	36	22	1.73
27933093--27933183	45	2.0	44	87	6	130	31	5	28	34	1.80
27933328--27933369	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
27933387--27933585	66	3.2	65	69	19	215	48	6	3	41	1.45
27933326--27933623	120	2.5	121	95	2	530	49	4	3	42	1.39
27933444--27933489	16	2.9	16	78	12	51	52	2	0	45	1.13
27933444--27933498	15	3.7	15	79	13	53	52	1	0	45	1.11
27933424--27933612	59	3.2	58	69	19	172	50	4	3	41	1.39
27933959--27934019	30	2.0	30	100	0	122	47	22	9	19	1.79
27938941--27938978	17	2.2	18	85	4	51	63	2	23	10	1.39
27938960--27939014	12	4.6	12	73	15	51	63	0	23	12	1.29
27948066--27948119	24	2.3	23	78	9	63	44	5	1	48	1.37
27952980--27953702	44	16.6	44	72	13	412	26	23	20	28	1.99
27952980--27953709	217	3.4	217	91	1	1180	26	23	20	28	1.99
27952963--27953571	89	7.0	88	71	15	392	26	23	20	29	1.99
27955011--27955059	8	6.5	8	81	11	59	2	2	10	85	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27955011--27955059	22	2.2	22	89	10	73	2	2	10	85	0.76
27955778--27955834	25	2.3	25	78	6	62	57	7	12	22	1.58
27965737--27965783	20	2.2	21	82	17	62	38	2	0	59	1.09
27973590--27973663	31	2.4	32	90	4	109	35	12	16	36	1.86
27976920--27977057	42	3.3	42	81	2	161	36	18	21	24	1.95
27976990--27977113	42	3.0	42	82	7	135	41	20	12	24	1.87
27989347--27989373	12	2.2	12	100	0	54	25	0	7	66	1.17
27993219--27993253	17	2.0	18	94	5	63	51	5	25	17	1.67
28004448--28004486	20	1.9	20	84	5	51	23	15	0	61	1.33
28008523--28008570	20	2.4	20	86	6	62	22	6	6	64	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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