genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  45  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13299909--13299962	23	2.3	23	83	3	63	38	20	14	25	1.91
13299503--13300070	277	2.1	277	97	0	1073	32	22	17	26	1.97
13303475--13303556	42	2.0	42	90	4	130	20	23	35	20	1.96
13307557--13307603	20	2.3	20	85	3	58	14	6	10	68	1.38
13309191--13309227	17	2.2	17	95	0	65	48	0	2	48	1.15
13309198--13309233	17	2.1	17	89	0	54	50	2	5	41	1.40
13317820--13317871	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
13317905--13317941	16	2.3	16	86	13	58	40	2	0	56	1.13
13320555--13320580	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
13320936--13320992	27	2.3	25	78	21	66	66	0	1	31	1.02
13324104--13324154	21	2.4	21	76	3	57	37	9	5	47	1.61
13324425--13324460	9	4.0	9	86	13	56	36	0	0	63	0.94
13326939--13326975	3	12.3	3	88	0	56	29	0	5	64	1.15
13329130--13329154	13	1.9	13	100	0	50	56	28	0	16	1.41
13329148--13329276	57	2.2	57	84	4	170	50	17	4	27	1.66
13329291--13329364	27	2.8	26	76	13	80	58	17	1	22	1.47
13329295--13329513	37	5.8	36	75	18	162	57	16	1	24	1.50
13329295--13329575	12	21.6	14	67	22	91	56	17	2	23	1.54
13329289--13329497	65	3.2	65	80	7	198	57	16	1	23	1.49
13329359--13329512	65	2.3	68	84	9	201	57	16	1	23	1.49
13329313--13329601	9	32.1	9	70	19	119	56	16	2	24	1.53
13329515--13329601	35	2.5	33	80	12	95	55	17	3	24	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13329690--13329748	30	2.0	29	83	6	75	59	8	10	22	1.56
13343109--13343224	25	4.6	25	73	8	101	33	23	19	23	1.97
13343109--13343228	50	2.4	50	80	5	127	34	23	19	23	1.97
13351361--13351465	41	2.5	42	78	4	113	14	20	24	40	1.90
13351926--13351996	28	2.5	28	79	2	79	39	14	16	29	1.88
13354846--13354970	48	2.6	47	79	9	146	16	27	8	48	1.75
13358428--13358483	20	2.5	22	83	11	62	58	3	0	37	1.15
13358845--13358916	9	8.2	9	81	9	69	45	22	0	31	1.52
13374131--13374249	43	2.8	43	88	0	175	21	16	30	31	1.96
13377490--13377514	11	2.3	11	100	0	50	28	0	8	64	1.22
13392982--13393060	25	3.0	26	77	19	85	21	5	0	73	1.02
13392981--13393052	4	17.5	4	73	18	51	20	4	0	75	0.97
13392980--13393052	17	4.1	17	75	15	76	20	4	0	75	0.97
13403477--13403563	35	2.4	36	83	7	106	42	31	13	12	1.82
13407343--13407368	7	3.7	7	100	0	52	46	11	11	30	1.76
13418271--13418564	51	5.8	51	77	7	301	27	15	27	29	1.96
13418271--13418552	102	2.8	102	91	0	431	28	15	27	29	1.96
13418278--13418597	102	3.1	102	87	1	293	29	14	27	29	1.95
13420558--13420602	15	3.1	14	81	9	54	71	4	22	2	1.15
13420775--13420819	18	2.5	19	75	13	51	22	40	0	37	1.54
13426784--13426816	17	2.1	16	88	11	50	57	15	6	21	1.59
13432246--13432300	20	2.8	20	86	2	67	41	0	5	52	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13433110--13433161	16	3.2	16	72	0	50	57	3	23	15	1.54
13433294--13433332	20	2.0	20	100	0	78	46	7	15	30	1.74
13436078--13436131	26	2.0	27	85	3	74	51	1	11	35	1.48
13437861--13438093	128	1.8	126	79	6	272	27	20	22	29	1.98
13438102--13438261	50	3.2	50	72	5	171	24	23	22	29	1.99
13438102--13438309	100	2.1	100	88	5	305	25	24	21	29	1.99
13438513--13438681	88	1.9	88	91	0	275	26	25	20	27	1.99
13442751--13442798	10	4.8	10	78	0	51	39	2	33	25	1.67
13442751--13442794	15	2.9	15	93	0	70	38	2	34	25	1.68
13453392--13453445	26	2.0	27	85	3	74	51	1	11	35	1.48
13460160--13460341	50	3.7	49	77	3	168	26	21	29	21	1.99
13464271--13464779	111	4.7	110	89	5	736	59	13	0	25	1.40
13464271--13464779	221	2.3	215	89	4	758	59	13	0	25	1.40
13464825--13464889	26	2.4	26	87	10	87	50	13	0	35	1.42
13464825--13464886	27	2.3	27	81	10	74	51	14	0	33	1.43
13464904--13464963	14	4.3	14	78	0	66	0	28	0	71	0.86
13472300--13472338	14	2.7	14	88	4	60	66	2	30	0	1.05
13489559--13489602	23	1.9	23	95	0	79	31	4	20	43	1.72
13490940--13491010	35	2.0	35	97	0	133	23	19	11	45	1.83
13491094--13491323	49	4.7	48	74	8	176	23	29	20	26	1.99
13491094--13491423	50	6.6	50	79	9	289	23	29	20	26	1.99
13491141--13491377	99	2.3	102	84	6	293	23	29	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13491746--13491770	13	1.9	13	100	0	50	32	20	0	48	1.50
13494459--13494509	23	2.2	23	92	0	84	27	9	21	41	1.84
13502698--13502730	9	3.7	9	91	0	57	45	0	3	51	1.16
13505516--13505605	39	2.3	40	83	9	114	26	2	20	51	1.59
13505651--13505703	8	7.0	8	79	12	58	16	0	43	39	1.49
13505916--13505958	21	2.0	22	90	4	70	23	0	39	37	1.55
13508620--13508653	17	1.9	18	88	5	52	38	5	0	55	1.24
13508775--13509382	9	69.2	9	76	12	559	48	19	0	31	1.54
13514834--13514901	21	3.2	21	87	0	82	35	16	42	5	1.72
13514868--13514907	21	1.9	21	94	0	71	37	10	40	12	1.77
13515333--13515583	42	6.0	41	83	4	288	27	20	19	31	1.97
13515649--13515708	21	2.9	21	92	0	93	45	28	15	11	1.81
13521357--13521403	18	2.8	17	90	6	69	76	8	4	10	1.13
13521372--13521416	19	2.4	18	81	3	54	77	13	2	6	1.05
13523568--13523619	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
13525542--13525593	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
13532655--13532908	103	2.4	103	94	3	438	36	17	17	28	1.93
13532956--13533300	104	3.3	106	93	2	563	28	15	15	40	1.88
13533306--13533337	16	2.0	16	93	0	55	0	15	3	81	0.82
13533303--13533337	17	2.1	17	89	5	54	0	17	2	80	0.84
13534084--13534122	13	3.2	13	85	7	55	53	0	0	46	1.00
13537066--13537316	88	2.8	88	80	3	200	30	22	15	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13537127--13537275	44	3.4	44	74	3	147	27	24	14	33	1.94
13537486--13537744	89	2.9	90	85	4	321	27	24	19	28	1.98
13537526--13537744	44	4.9	44	71	6	172	26	24	19	30	1.98
13537019--13537651	133	4.8	134	68	9	389	29	23	17	28	1.97
13550498--13550544	25	1.9	24	83	12	60	80	6	8	4	1.00
13552129--13552173	22	2.0	24	86	8	67	53	4	2	40	1.33
13552163--13552219	26	2.2	26	80	0	69	49	0	3	47	1.18
13552226--13552250	7	3.6	7	100	0	50	32	0	16	52	1.44
13558122--13558187	31	2.2	30	86	2	87	42	12	12	33	1.79
13561667--13561706	21	1.9	21	94	0	71	55	0	7	37	1.29
13578491--13578687	25	8.2	25	77	12	173	21	24	16	37	1.94
13582755--13582846	47	2.0	47	86	0	130	21	15	27	35	1.93
13585363--13585387	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
13585551--13585626	9	8.4	9	88	0	107	44	25	7	22	1.79
13588512--13588541	6	5.0	6	100	0	60	33	16	0	50	1.46
13594519--13594551	17	2.0	17	94	5	59	36	39	0	24	1.56
13613984--13614035	25	2.1	24	92	3	86	32	11	21	34	1.89
13620748--13620810	20	3.1	20	79	6	65	39	0	1	58	1.07
13624982--13625021	18	2.3	18	86	4	55	67	0	2	30	1.04
13625012--13625044	15	2.2	15	89	10	50	60	3	0	36	1.12
13638209--13638239	13	2.4	13	100	0	62	48	22	12	16	1.80
13651304--13651354	26	2.0	26	88	0	75	33	7	17	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13664230--13664261	15	2.1	15	94	5	55	28	6	0	65	1.16
13665384--13665408	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
13666605--13666637	12	2.8	12	90	4	50	36	3	9	51	1.49
13666388--13666818	114	3.8	114	94	0	733	41	4	14	39	1.66
13666719--13666751	12	2.8	12	90	4	50	36	3	9	51	1.49
13667119--13667307	41	4.6	42	82	6	187	27	19	26	26	1.99
13667156--13667305	41	3.7	41	88	0	228	28	18	28	25	1.98
13668229--13668257	15	1.9	15	100	0	58	62	0	3	34	1.12
13670866--13670982	61	1.9	61	91	0	189	39	17	25	17	1.91
13670901--13670948	20	2.4	20	86	6	62	41	25	27	6	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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