genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.175.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  175  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54436522--54436623	53	1.9	53	86	6	143	28	10	6	53	1.61
54436430--54436610	71	2.5	70	78	7	186	32	12	6	49	1.66
54436641--54436677	16	2.3	16	90	0	56	29	8	10	51	1.65
54436657--54436828	52	3.3	50	82	11	170	30	15	7	45	1.74
54436635--54436768	16	8.0	16	70	19	53	29	14	9	45	1.77
54436874--54436921	18	2.7	18	87	6	62	39	14	6	39	1.71
54436987--54437061	21	3.7	20	81	16	84	41	8	10	40	1.69
54437042--54437072	16	1.9	16	93	0	53	25	12	12	48	1.77
54448739--54449357	193	3.2	192	95	1	1094	30	13	21	35	1.91
54449376--54449409	16	2.1	17	88	5	52	17	11	5	64	1.45
54449315--54449573	91	2.9	88	82	10	309	26	18	18	37	1.93
54449671--54449836	54	3.1	54	90	4	255	28	16	17	37	1.92
54450109--54450210	30	3.4	30	82	5	118	30	21	3	44	1.70
54450109--54450225	30	4.0	28	74	12	92	30	21	3	44	1.69
54450755--54450808	23	2.3	24	93	6	101	64	9	25	0	1.23
54450929--54450990	10	6.7	9	77	18	65	83	1	14	0	0.71
54450927--54450978	19	2.5	21	81	12	63	84	0	15	0	0.62
54450925--54450989	34	1.9	34	87	6	96	83	1	15	0	0.73
54451140--54451182	5	8.6	5	92	0	50	30	2	0	67	1.03
54451349--54451390	21	2.0	20	90	4	66	35	14	9	40	1.78
54451349--54451390	20	2.1	19	86	8	57	35	14	9	40	1.78
54451495--54451911	17	23.3	18	71	11	239	32	12	7	47	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54451509--54451601	38	2.5	36	85	11	118	30	11	6	51	1.63
54451589--54451897	54	5.8	53	75	11	148	32	13	7	46	1.71
54451587--54451752	57	3.0	55	80	8	160	33	10	7	48	1.64
54451495--54451895	35	11.2	34	71	14	186	32	12	7	47	1.70
54451780--54451838	16	3.5	16	76	15	57	33	15	8	42	1.77
54451944--54451991	18	2.7	18	87	6	62	39	14	6	39	1.71
54452060--54452099	20	2.0	20	95	0	71	42	10	10	37	1.72
54452060--54452111	21	2.5	22	84	9	65	38	11	11	38	1.78
54452585--54452796	40	5.3	40	78	2	230	25	20	26	27	1.99
54452592--54452805	80	2.7	79	86	3	286	25	20	27	27	1.99
54458820--54458939	38	3.0	39	75	11	125	30	18	18	32	1.95
54458858--54458978	49	2.6	47	83	6	149	31	20	17	30	1.96
54459133--54459383	44	5.6	44	68	19	133	31	23	15	29	1.95
54458939--54459397	181	2.5	181	86	2	616	31	20	15	32	1.94
54459089--54459383	89	3.3	89	73	13	296	31	23	15	30	1.95
54471151--54471571	44	9.6	44	86	3	569	29	21	28	20	1.98
54471151--54471571	132	3.2	132	90	0	637	29	21	28	20	1.98
54471592--54471935	88	3.9	88	91	0	517	26	22	25	25	2.00
54471768--54471904	44	3.1	44	64	12	109	23	22	28	25	1.99
54477553--54477597	23	2.0	23	95	0	81	46	6	13	33	1.69
54478758--54478821	26	2.5	26	78	0	74	37	15	14	32	1.87
54486143--54486246	28	3.8	28	84	3	131	43	21	10	25	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54486371--54486479	26	4.1	26	85	4	139	19	20	22	37	1.94
54486371--54486479	55	2.1	51	84	6	137	19	20	22	37	1.94
54489728--54489912	101	1.8	102	94	3	329	23	17	27	31	1.97
54489724--54489910	51	3.7	51	82	4	236	24	17	27	31	1.97
54489834--54489914	26	3.2	26	62	28	64	23	14	28	33	1.94
54490085--54490157	37	1.9	37	84	13	96	42	1	23	32	1.63
54495910--54496029	47	2.5	48	81	8	120	20	28	15	35	1.94
54496219--54496338	39	3.3	37	74	15	117	38	1	0	59	1.13
54496233--54496306	32	2.4	31	82	6	87	35	2	1	60	1.19
54496311--54496345	11	3.3	11	96	4	63	40	0	0	60	0.97
54496283--54496338	28	2.0	27	83	13	69	37	1	1	58	1.19
54496216--54496370	71	2.2	72	82	6	199	38	1	1	59	1.14
54501252--54501309	20	2.9	19	82	14	73	58	0	0	41	0.98
54501944--54502042	31	3.3	29	77	11	76	49	12	6	32	1.64
54501962--54502042	29	2.7	30	79	9	85	50	12	3	33	1.57
54502870--54502930	11	5.5	11	82	3	70	24	29	1	44	1.63
54502870--54502944	22	3.4	22	79	18	84	26	26	1	45	1.62
54502870--54502944	34	2.2	34	81	9	91	26	26	1	45	1.62
54504621--54504655	18	1.9	18	88	0	52	20	28	8	42	1.81
54505206--54505286	21	3.8	21	75	4	81	44	32	0	23	1.54
54505206--54505344	29	4.8	29	79	9	72	45	32	0	22	1.53
54505214--54505860	43	14.8	43	76	10	487	44	30	0	23	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54505214--54505860	65	9.9	65	78	10	656	44	30	0	23	1.58
54505217--54505286	21	3.3	21	82	4	95	44	32	0	22	1.53
54505253--54505341	22	4.2	20	80	12	88	44	34	0	20	1.51
54505249--54505372	29	4.3	29	88	9	143	45	32	0	21	1.52
54505328--54505860	22	24.1	22	79	8	503	45	29	0	24	1.59
54505249--54505366	7	16.3	7	72	12	87	45	33	0	21	1.52
54509031--54509592	126	4.5	124	83	3	687	31	22	16	29	1.96
54509031--54509590	250	2.2	250	86	2	777	31	22	16	29	1.96
54532048--54532222	62	2.9	57	79	11	147	47	4	10	38	1.56
54532048--54532230	30	5.9	31	67	10	97	46	3	11	37	1.58
54532119--54532235	61	1.9	61	82	6	148	44	3	12	39	1.60
54532152--54532238	29	3.0	28	71	15	68	50	2	11	35	1.51
54533391--54533422	16	2.0	17	88	11	50	21	6	37	34	1.79
54533583--54533622	12	3.4	12	83	16	57	40	7	25	27	1.82
54534942--54534981	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
54534950--54535016	35	1.9	35	87	3	100	31	10	13	44	1.77
54534965--54535004	20	2.0	20	85	0	53	27	12	12	47	1.77
54536363--54536432	27	2.6	27	80	8	79	51	20	2	25	1.61
54546844--54546875	16	2.0	17	88	11	50	21	6	37	34	1.79
54547035--54547074	12	3.4	12	83	16	57	40	7	25	27	1.82
54548010--54548072	30	2.1	30	100	0	126	19	6	26	47	1.73
54550728--54550766	20	1.9	21	89	5	62	51	7	5	35	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54551993--54552052	27	2.2	28	91	5	97	63	8	0	28	1.23
54558399--54558525	63	2.0	63	100	0	254	37	12	18	31	1.89
54561303--54561337	17	2.1	17	100	0	70	5	34	0	60	1.21
54569128--54569185	30	1.9	30	82	6	73	53	8	5	32	1.54
54569590--54569767	21	8.5	21	69	9	112	46	16	19	17	1.84
54569590--54569767	42	4.2	42	80	7	182	46	16	19	17	1.84
54569604--54569786	84	2.2	84	80	3	199	46	15	20	17	1.84
54572468--54572501	17	2.0	17	94	0	59	32	17	20	29	1.96
54573182--54573232	27	2.0	27	92	7	88	50	0	5	43	1.26
54574114--54574243	43	3.0	43	77	10	131	23	19	27	30	1.98
54578975--54579169	98	2.0	98	97	0	372	28	10	24	36	1.88
54584177--54584228	6	8.7	6	100	0	104	84	0	15	0	0.62
54585469--54585928	217	2.1	217	92	1	762	28	21	22	27	1.99
54585607--54585891	89	3.3	85	75	10	231	28	21	23	27	1.99
54585476--54585904	44	9.9	43	71	12	251	28	21	22	27	1.99
54587326--54587520	98	2.0	98	97	0	372	28	10	24	36	1.88
54589229--54589350	45	2.7	45	78	7	131	40	21	18	20	1.92
54590011--54590065	19	3.0	19	81	5	51	45	3	0	50	1.19
54590289--54590328	3	13.7	3	89	5	64	62	0	2	35	1.09
54590470--54590534	24	2.7	23	78	17	62	46	4	0	49	1.22
54591853--54591893	17	2.3	18	83	4	57	53	0	0	46	1.00
54592855--54592906	23	2.2	23	93	3	86	21	26	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54597059--54597092	17	1.9	17	88	5	50	11	0	8	79	0.94
54599302--54599362	26	2.3	27	94	5	108	40	8	0	50	1.32
54599410--54599467	27	2.1	27	96	0	107	27	31	29	12	1.92
54599623--54599702	9	8.8	9	80	13	56	10	0	25	65	1.24
54599662--54599702	3	13.7	3	100	0	82	0	0	31	68	0.90
54605519--54605574	27	2.1	27	89	0	85	8	33	16	41	1.79
54606274--54606341	29	2.3	30	82	12	79	2	29	0	67	1.05
54606304--54606391	38	2.2	41	84	11	121	1	27	1	70	1.01
54606348--54606404	18	3.1	19	72	20	50	0	35	0	64	0.93
54606299--54606404	38	2.9	36	76	18	103	0	31	0	66	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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