genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  57  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17232110--17232216	56	1.9	56	84	5	144	18	24	14	42	1.87
17232141--17232216	29	2.7	28	86	10	111	17	23	13	46	1.83
17232111--17232419	30	10.4	30	72	10	188	25	22	11	39	1.88
17232167--17232389	120	1.9	120	90	0	358	26	23	10	39	1.88
17234604--17234795	40	4.8	40	92	1	314	29	20	25	24	1.99
17234565--17234830	120	2.2	121	82	7	346	27	21	25	25	1.99
17234565--17234802	40	5.9	40	85	6	297	28	21	25	25	1.99
17234565--17234795	80	2.9	80	88	3	333	28	21	25	24	1.99
17239615--17239655	16	2.6	16	100	0	82	36	9	14	39	1.79
17241282--17241354	37	2.0	37	100	0	146	45	16	8	30	1.76
17242072--17242121	26	2.0	26	84	4	66	38	14	16	32	1.88
17245040--17245168	61	2.1	61	97	0	240	39	8	22	29	1.84
17249319--17249556	50	4.6	50	81	5	228	28	21	28	22	1.99
17249315--17249556	100	2.3	103	80	5	258	28	21	27	22	1.99
17254120--17254174	27	2.0	27	96	0	101	29	9	20	41	1.82
17254360--17254392	14	2.3	15	89	5	50	27	12	33	27	1.92
17254475--17254507	5	6.8	5	93	3	50	84	12	0	3	0.72
17255748--17256064	88	3.6	88	90	0	483	29	27	23	18	1.98
17255894--17256037	44	3.3	43	66	7	110	25	28	24	21	1.99
17255910--17256050	44	3.2	44	66	8	115	29	28	24	17	1.97
17256072--17256668	44	13.7	44	69	15	259	27	20	23	28	1.99
17256201--17256581	173	2.2	173	77	7	373	28	20	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17256287--17256706	89	4.8	87	74	9	318	27	20	23	28	1.99
17256062--17256535	217	2.2	217	92	0	786	27	21	22	28	1.99
17256636--17256734	44	2.2	44	77	10	103	31	19	18	31	1.95
17258343--17258386	19	2.2	20	84	8	63	27	2	4	65	1.23
17258508--17258557	20	2.5	20	87	3	66	32	4	6	58	1.41
17259143--17259172	15	2.0	15	100	0	60	40	0	13	46	1.43
17270586--17270633	14	3.6	14	72	11	55	31	16	14	37	1.89
17270576--17270631	26	2.2	26	100	0	112	26	16	19	37	1.92
17276323--17276353	14	2.2	14	94	0	53	45	0	12	41	1.42
17278251--17278282	14	2.1	16	88	11	50	68	18	3	9	1.30
17278304--17278390	27	3.2	27	90	7	133	29	20	31	18	1.96
17279066--17279128	19	3.3	19	68	0	63	41	9	3	46	1.52
17279163--17279197	17	2.0	17	88	5	52	48	0	17	34	1.47
17279557--17279616	27	2.2	27	100	0	120	16	33	21	28	1.95
17279680--17279731	28	1.9	26	88	7	77	57	0	5	36	1.23
17279682--17279741	24	2.3	26	83	11	70	51	1	8	38	1.42
17288380--17288410	15	2.1	15	93	0	53	58	19	6	16	1.59
17288813--17288880	29	2.5	28	86	9	95	63	2	4	29	1.29
17290724--17290831	44	2.5	44	83	3	128	30	18	20	30	1.96
17290849--17291039	100	1.9	100	84	2	258	25	22	23	29	1.99
17290873--17291060	100	1.9	100	79	2	216	25	23	21	29	1.99
17291348--17291454	50	2.1	48	81	9	133	27	25	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17301755--17301786	15	2.1	15	94	0	55	65	15	0	18	1.27
17302144--17302187	8	5.6	8	78	5	54	68	0	2	29	1.02
17302146--17302196	16	3.2	16	97	2	95	68	0	3	27	1.07
17302146--17302220	33	2.3	32	84	8	91	65	1	5	28	1.22
17317291--17317323	15	2.1	17	88	11	52	39	0	3	57	1.14
17318980--17319056	22	3.6	21	85	5	100	32	24	1	41	1.63
17319028--17319087	30	2.0	30	90	0	93	33	33	0	33	1.58
17319058--17319099	22	1.9	22	95	0	75	35	33	0	30	1.58
17319297--17319330	15	2.3	15	90	5	52	23	2	5	67	1.26
17321465--17321665	29	6.9	29	88	5	298	42	25	0	30	1.62
17321476--17321666	57	3.3	57	92	4	303	42	27	0	29	1.56
17322649--17323032	127	3.1	127	92	1	605	33	22	15	28	1.95
17325288--17325403	32	3.6	32	90	0	169	42	9	8	39	1.68
17327744--17327773	11	2.7	11	94	0	51	23	0	26	50	1.50
17328191--17328237	19	2.5	19	86	6	60	29	0	4	65	1.11
17330230--17330309	28	2.7	29	84	7	108	45	3	0	51	1.19
17330537--17330577	14	2.6	16	81	18	50	56	0	4	39	1.21
17331632--17331662	16	2.0	15	93	6	53	35	6	6	51	1.53
17340655--17340736	36	2.3	36	93	0	137	34	34	17	14	1.90
17348845--17348921	38	2.0	38	97	0	145	27	12	27	32	1.93
17351583--17351907	161	2.0	161	92	2	539	41	19	8	31	1.80
17364277--17364529	41	6.2	41	86	1	348	34	16	28	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17364317--17364462	21	7.1	21	66	13	70	34	17	28	19	1.94
17364281--17364529	123	2.0	123	91	1	401	35	16	27	20	1.94
17368263--17368322	31	1.9	31	93	0	102	26	1	0	71	0.95
17374818--17374869	24	2.2	24	96	0	95	25	21	15	38	1.92
17376552--17376598	25	2.0	25	83	8	62	21	19	14	44	1.86
17379769--17379798	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
17389386--17389454	30	2.3	30	89	0	111	42	17	17	23	1.89
17390091--17390192	47	2.1	48	83	1	134	47	27	8	16	1.76
17397250--17397353	41	2.5	41	90	0	163	25	29	18	26	1.98
17397821--17398064	114	2.1	113	90	3	391	40	14	3	42	1.62
17399039--17399063	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
17405148--17405408	79	3.3	80	82	6	300	39	21	19	19	1.93
17405148--17405397	106	2.4	107	83	9	309	40	20	20	19	1.92
17405148--17405397	27	9.4	27	83	6	291	40	20	20	19	1.92
17408527--17408578	25	2.1	25	81	0	59	32	17	21	28	1.96
17410801--17410922	41	3.0	41	79	11	133	32	20	23	22	1.98
17410814--17410923	41	2.7	41	82	2	141	31	20	25	22	1.98
17415699--17415870	50	3.3	50	79	4	182	23	27	21	27	1.99
17417311--17417347	20	1.9	18	89	10	56	54	5	2	37	1.38
17417573--17417597	10	2.5	10	100	0	50	60	8	24	8	1.52
17425210--17425326	48	2.4	48	94	5	200	27	20	14	37	1.92
17427190--17427214	10	2.5	10	100	0	50	60	8	24	8	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17436845--17436879	18	1.9	18	100	0	70	37	28	5	28	1.80
17443685--17443850	10	16.9	10	64	21	50	57	3	3	36	1.29
17443794--17443849	19	3.0	19	77	15	71	55	3	0	41	1.17
17443792--17443857	19	3.6	18	75	15	64	54	4	0	40	1.21
17446014--17446103	33	2.7	33	85	0	117	20	10	28	41	1.84
17453967--17454135	27	6.3	27	79	6	182	44	20	14	19	1.86
17453967--17454134	80	2.1	81	87	3	241	45	20	14	19	1.85
17454300--17454375	26	2.9	26	92	0	125	17	25	21	36	1.94
17455000--17455042	20	2.2	20	91	0	68	46	13	16	23	1.83
17467202--17467240	19	2.1	19	100	0	78	35	15	15	33	1.89
17477881--17478002	20	6.1	20	73	7	86	35	23	25	15	1.94
17488693--17488743	20	2.5	20	90	0	75	39	23	9	27	1.86
17490789--17490873	36	2.4	36	84	9	104	35	2	5	56	1.36
17496033--17496087	20	2.8	20	80	0	56	12	34	18	34	1.89
17497776--17497819	20	2.2	20	91	0	70	22	22	18	36	1.95
17505212--17505310	39	2.5	39	91	0	153	44	22	5	28	1.74
17506176--17506442	131	2.0	132	92	0	446	40	14	11	33	1.83
17515043--17515170	61	2.1	61	82	7	161	42	2	11	43	1.54
17517259--17517296	20	1.9	20	89	10	60	42	0	0	57	0.98
17517263--17517326	16	4.1	16	70	22	55	39	0	0	60	0.97
17517365--17517398	17	2.0	17	88	11	52	35	0	5	58	1.22
17520881--17520920	17	2.4	17	95	0	71	15	32	27	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17526020--17526076	30	1.9	30	82	7	71	33	15	24	26	1.95
17526031--17526304	30	9.1	31	76	7	153	39	13	23	23	1.90
17526028--17526312	60	4.7	60	72	15	221	39	12	24	23	1.90
17526050--17526278	119	1.9	120	89	2	354	40	12	24	23	1.89
17529351--17529565	29	7.4	28	78	11	175	37	10	26	24	1.88
17529342--17529580	87	2.7	86	80	7	259	37	12	25	24	1.91
17533078--17533102	9	2.8	9	100	0	50	68	0	24	8	1.16
17535101--17535159	26	2.3	26	90	0	91	37	11	13	37	1.82
17546525--17546587	31	2.0	31	100	0	126	44	19	12	23	1.85
17556229--17556506	30	9.3	30	76	7	217	40	14	23	22	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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