genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  61  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18615819--18615876	29	2.0	29	96	0	107	17	22	6	53	1.67
18616681--18616725	20	2.2	20	92	0	72	48	17	20	13	1.80
18621951--18622027	38	2.0	38	94	0	136	22	16	16	44	1.87
18625853--18626064	106	2.0	106	100	0	424	44	16	15	23	1.86
18637739--18637788	25	2.0	25	92	0	82	10	38	30	22	1.86
18638648--18638799	35	4.3	35	85	0	151	45	29	9	15	1.78
18638643--18638799	70	2.2	70	85	3	199	45	29	9	14	1.77
18641904--18641938	16	2.1	17	89	5	54	62	20	5	11	1.48
18642252--18642337	1	86.0	1	71	0	64	13	0	0	86	0.58
18642252--18642337	7	12.6	7	95	4	158	13	0	0	86	0.58
18642253--18642337	27	3.1	27	93	6	136	14	0	0	85	0.59
18642252--18642337	20	4.2	21	96	3	158	13	0	0	86	0.58
18643240--18643289	26	1.9	26	87	0	73	40	6	2	52	1.38
18643724--18643862	71	1.9	72	92	1	235	28	16	20	34	1.94
18646999--18647134	46	3.0	44	75	11	123	43	17	22	16	1.88
18647228--18647346	42	2.8	41	81	5	139	31	11	25	31	1.91
18648115--18648170	24	2.3	24	93	0	94	35	12	23	28	1.91
18648678--18649140	123	3.6	123	75	12	407	30	14	26	28	1.95
18648809--18648905	51	1.9	51	89	0	149	31	17	22	27	1.97
18648643--18649157	261	2.0	261	86	3	714	30	15	25	28	1.96
18648778--18649027	138	1.8	139	85	0	358	28	15	26	30	1.96
18649220--18649457	132	1.8	132	87	3	345	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18649400--18650014	88	7.0	88	85	2	696	29	20	23	26	1.99
18649600--18649738	44	3.1	44	66	20	108	28	21	25	24	1.99
18649406--18650149	353	2.1	353	79	4	752	30	20	22	26	1.98
18650112--18650236	45	2.8	45	75	8	112	29	19	24	26	1.98
18650042--18650672	44	14.3	43	73	10	305	31	18	22	27	1.97
18650252--18650407	40	3.8	39	78	8	123	30	18	21	30	1.97
18650042--18650676	353	1.8	351	83	6	856	32	18	22	27	1.97
18651521--18651545	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
18652445--18652494	26	1.9	26	87	0	73	40	6	2	52	1.38
18652927--18653065	71	1.9	72	92	1	235	28	18	19	33	1.96
18660126--18660207	26	3.1	25	75	18	76	52	1	6	40	1.34
18660587--18660626	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
18660595--18660661	35	1.9	35	87	3	100	31	10	13	44	1.77
18660610--18660649	20	2.0	20	85	0	53	27	12	12	47	1.77
18662006--18662075	27	2.6	27	80	8	79	51	20	2	25	1.61
18663802--18663878	40	1.9	40	97	0	145	38	7	10	42	1.68
18667100--18667136	19	1.9	19	88	0	56	37	8	8	45	1.63
18667105--18667179	21	3.7	21	77	8	75	37	6	10	45	1.65
18669377--18669429	20	2.7	20	75	0	61	30	7	15	47	1.73
18672136--18672170	17	1.9	19	88	11	56	65	11	2	20	1.37
18672677--18672782	51	2.1	52	80	5	117	45	15	1	37	1.57
18672801--18672859	20	2.7	23	87	12	81	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18673497--18673536	18	2.2	18	86	8	55	37	0	0	62	0.95
18673481--18673536	19	3.0	18	82	10	60	35	0	0	64	0.94
18673504--18673553	19	2.7	19	78	12	50	38	0	2	60	1.09
18675439--18675473	17	2.1	17	100	0	70	54	11	5	28	1.59
18680770--18680834	19	3.4	19	76	6	69	35	3	9	52	1.49
18681511--18681548	19	2.0	19	90	10	60	55	0	0	44	0.99
18682165--18682195	16	1.9	16	93	0	53	22	0	0	77	0.77
18682539--18682595	19	2.9	19	84	7	62	45	15	1	36	1.57
18682605--18682646	19	2.2	19	86	4	57	47	14	11	26	1.78
18682692--18682731	19	2.2	19	86	4	55	47	10	5	37	1.59
18683793--18683818	13	2.0	13	100	0	52	15	23	7	53	1.67
18706650--18706701	26	2.0	27	85	11	72	30	5	0	63	1.18
18707062--18707107	13	3.5	13	79	8	58	39	8	15	36	1.78
18707060--18707125	26	2.5	26	78	9	71	36	9	19	34	1.84
18716686--18716737	23	2.3	23	86	0	77	42	0	7	50	1.31
18722073--18722124	23	2.3	23	93	0	86	42	0	9	48	1.36
18742771--18743010	119	2.0	119	96	0	444	27	22	23	26	2.00
18745281--18745349	25	2.7	26	79	2	86	34	24	23	17	1.96
18745281--18745355	26	2.9	26	80	2	89	33	25	22	18	1.97
18752079--18752167	44	2.0	44	100	0	178	48	31	4	15	1.65
18753050--18753154	25	4.2	24	72	10	79	37	23	22	16	1.94
18755897--18755952	27	2.0	28	89	3	87	44	17	16	21	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18760053--18760208	37	4.2	37	86	0	197	37	31	12	19	1.88
18760145--18760204	17	3.4	17	76	13	66	36	31	11	20	1.88
18760742--18760806	16	4.1	16	95	0	103	32	0	36	30	1.58
18760785--18760894	45	2.6	41	77	9	116	34	5	29	30	1.80
18761005--18761070	25	2.6	24	80	9	69	51	3	0	45	1.16
18761243--18761303	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
18761243--18761386	44	3.2	43	69	21	123	48	2	2	46	1.28
18761209--18761426	92	2.4	91	86	3	303	46	4	3	45	1.38
18765831--18765873	19	2.2	20	83	12	61	27	9	11	51	1.69
18765836--18765873	19	2.0	19	94	0	67	28	10	10	50	1.70
18770530--18770655	37	3.4	37	85	3	166	36	30	14	19	1.91
18772507--18772622	39	2.9	39	76	3	117	40	18	6	34	1.76
18777625--18777656	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
18777884--18778074	51	3.8	51	76	10	212	30	28	16	24	1.97
18777882--18778066	101	1.8	102	89	5	295	30	27	17	24	1.97
18777877--18778100	101	2.2	102	81	7	260	29	28	16	25	1.96
18782826--18782864	21	1.9	20	94	5	69	25	12	5	56	1.57
18783592--18783789	98	2.0	98	94	0	342	36	23	10	29	1.88
18785700--18785818	45	2.6	45	73	15	111	26	27	18	27	1.98
18785786--18786034	128	1.9	128	86	1	356	29	21	18	30	1.97
18785790--18786076	128	2.2	127	82	3	353	29	21	18	29	1.97
18785914--18786307	218	1.8	218	90	0	644	28	22	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18790348--18790425	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
18790378--18790703	173	1.9	173	92	1	555	30	14	24	30	1.95
18801083--18801280	98	2.0	98	92	0	324	37	23	9	29	1.86
18805015--18805100	43	2.0	43	95	0	154	25	16	15	43	1.87
18816691--18816762	37	1.9	37	100	0	144	30	20	15	33	1.94
18821223--18821258	19	1.9	19	88	5	56	22	8	0	69	1.15
18821972--18822025	13	4.1	13	81	9	56	1	25	0	72	0.95
18825369--18825421	27	2.0	27	85	7	72	58	13	0	28	1.35
18826771--18826846	13	5.8	13	81	9	75	26	11	26	35	1.91
18826770--18826846	26	3.0	25	80	14	93	25	11	25	36	1.90
18833539--18833572	14	2.3	15	85	10	52	32	0	2	64	1.08
18836924--18836949	6	4.3	6	100	0	52	50	0	0	50	1.00
18838647--18838705	30	2.0	30	83	6	75	30	25	15	28	1.96
18838979--18839045	31	2.1	32	81	13	77	26	11	29	31	1.92
18840192--18840227	10	3.7	10	88	3	56	80	5	5	8	1.01
18840192--18840237	19	2.3	20	89	10	69	80	6	6	6	1.02
18842490--18842519	15	2.1	15	93	6	53	73	0	20	6	1.05
18853828--18853877	24	2.2	23	89	7	75	34	2	6	58	1.34
18857602--18857652	21	2.4	21	90	0	75	31	7	29	31	1.86
18859378--18859968	69	8.6	69	85	1	720	31	25	17	25	1.97
18861482--18861516	14	2.5	15	90	9	56	62	14	2	20	1.43
18862631--18862657	4	6.8	4	100	0	54	74	0	0	25	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18866925--18866970	22	2.0	22	83	4	56	15	4	4	76	1.11
18867113--18867146	15	2.3	15	94	0	59	17	0	17	64	1.29
18873511--18873548	15	2.7	14	84	8	51	73	0	18	7	1.06
18874825--18874960	44	3.1	44	67	12	116	28	19	25	27	1.98
18874824--18874993	88	1.9	88	92	0	286	29	20	24	26	1.99
18875025--18875830	267	3.0	267	86	3	1146	27	20	25	26	1.99
18875030--18875816	260	3.0	260	88	2	1103	26	20	25	27	1.99
18875959--18876248	44	6.6	44	71	12	179	27	20	24	27	1.99
18877661--18877694	16	2.1	16	94	0	59	32	0	8	58	1.29
18882503--18882559	25	2.2	26	90	3	89	29	15	12	42	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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