genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  190  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58789215--58789379	86	1.9	86	92	2	280	39	7	13	38	1.74
58789866--58789964	21	4.8	21	77	2	83	20	21	17	41	1.90
58790757--58790815	25	2.3	27	80	16	72	28	23	1	45	1.63
58792287--58792326	14	3.0	14	82	10	57	0	25	0	75	0.81
58797058--58797146	44	2.0	44	93	0	151	31	7	25	34	1.85
58804237--58804318	22	3.6	22	84	11	78	37	23	3	35	1.72
58804249--58804318	22	3.2	21	86	9	88	32	25	4	37	1.76
58804258--58804319	22	2.8	23	90	4	92	35	24	3	37	1.72
58804290--58804348	30	2.0	30	89	0	91	33	32	0	33	1.58
58806767--58806807	18	2.3	18	95	0	73	48	21	0	29	1.50
58806784--58807258	28	17.6	28	82	12	595	47	19	0	33	1.53
58806737--58807243	51	9.7	51	83	12	586	47	19	0	33	1.53
58807157--58807217	23	2.8	20	82	14	59	52	13	0	34	1.40
58810451--58810717	125	2.1	124	90	2	419	31	22	16	30	1.95
58825312--58825371	30	2.0	31	86	3	86	40	0	38	21	1.54
58825583--58825618	9	4.0	9	92	0	63	33	8	11	47	1.69
58825672--58825702	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
58825913--58825964	23	2.3	23	96	0	95	32	25	19	23	1.97
58827484--58827578	25	4.0	25	90	4	126	18	23	18	38	1.93
58828069--58828108	13	3.1	13	96	0	71	25	7	27	40	1.82
58836486--58836538	23	2.2	24	83	9	65	50	7	5	35	1.54
58837664--58837791	51	2.5	51	81	0	139	23	27	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58840801--58840825	4	6.2	4	100	0	50	24	0	28	48	1.52
58841639--58841690	23	2.2	25	86	6	72	38	3	7	50	1.50
58842246--58842287	20	2.1	20	100	0	84	35	14	14	35	1.86
58851470--58852107	44	14.5	45	68	9	197	29	19	23	27	1.98
58851467--58852039	132	4.3	132	94	0	968	29	18	23	28	1.98
58851881--58852164	88	3.2	88	71	7	299	30	19	23	26	1.98
58852012--58852379	42	8.7	43	72	13	239	30	21	22	25	1.99
58851875--58852255	174	2.2	174	99	0	744	32	19	22	25	1.98
58851587--58852251	44	15.2	44	67	9	146	30	18	23	27	1.98
58852012--58852489	42	11.3	43	70	10	229	31	21	20	25	1.98
58852186--58852489	127	2.4	123	84	5	369	30	23	20	25	1.98
58857063--58857096	15	2.2	16	89	5	52	67	0	0	32	0.91
58860070--58860099	5	6.0	5	100	0	60	20	0	0	80	0.72
58868401--58868449	19	2.6	19	90	6	73	44	0	0	55	0.99
58868401--58868446	13	3.5	13	85	14	60	45	0	0	54	0.99
58868401--58868439	12	3.2	12	86	13	53	46	0	0	53	1.00
58868401--58868460	31	1.9	32	86	3	86	45	1	1	51	1.21
58883216--58883265	22	2.3	22	80	13	59	26	4	6	64	1.35
58890513--58890538	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
58891835--58891864	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
58896767--58896933	83	2.0	83	95	0	298	29	12	19	38	1.89
58897410--58897468	31	1.9	31	92	0	100	49	6	8	35	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58898735--58898835	31	3.3	31	81	0	103	31	14	13	39	1.86
58899713--58899768	28	2.0	28	100	0	112	42	14	10	32	1.80
58903480--58903518	20	2.0	20	95	5	71	71	0	0	28	0.86
58908127--58908182	29	1.9	29	85	0	76	37	7	14	41	1.73
58908396--58908435	16	2.5	17	84	11	50	55	35	5	5	1.44
58921909--58922235	44	7.5	44	71	11	162	31	21	21	25	1.98
58921993--58922325	174	1.9	170	84	6	438	31	19	21	27	1.97
58922758--58922797	16	2.5	17	84	11	50	55	35	5	5	1.44
58924198--58924236	11	3.7	10	86	10	51	35	0	5	58	1.20
58924250--58924291	22	2.0	22	85	4	59	19	16	14	50	1.79
58930460--58930678	108	2.0	108	85	5	291	37	15	28	17	1.91
58939239--58939275	19	1.9	19	100	0	74	27	18	10	43	1.83
58940331--58940393	30	2.1	30	93	0	108	23	3	17	55	1.56
58940771--58940855	16	5.4	16	70	14	54	31	1	2	64	1.13
58940832--58941034	97	2.1	98	86	5	277	46	3	1	48	1.30
58940956--58940999	19	2.3	19	88	7	63	63	0	0	36	0.95
58944094--58944156	25	2.4	25	79	12	65	30	3	4	61	1.32
58954318--58954367	25	2.1	25	85	7	68	46	2	6	46	1.39
58956181--58956230	21	2.4	22	76	10	59	12	28	0	60	1.32
58960323--58960350	14	2.0	14	100	0	56	28	21	14	35	1.92
58971728--58971783	19	2.9	19	82	12	69	60	5	5	28	1.41
58971800--58971959	20	7.7	20	67	21	64	59	3	2	35	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58971805--58971921	22	5.4	22	69	19	68	58	2	1	36	1.22
58971914--58971967	19	2.9	18	76	15	56	62	1	3	31	1.23
58971914--58971968	9	5.9	9	75	8	56	63	1	3	30	1.22
58971805--58971979	10	16.9	10	64	19	56	60	2	2	34	1.24
58972228--58972287	21	3.0	21	76	14	63	33	5	1	60	1.29
58977161--58977203	19	2.3	19	84	8	52	41	9	6	41	1.64
58977433--58977499	31	2.3	29	78	14	75	37	10	10	41	1.74
58983758--58983795	10	3.5	11	82	10	51	34	0	2	63	1.09
58989089--58989123	16	2.2	16	89	0	52	14	2	14	68	1.32
58989274--58989358	25	3.2	25	64	15	62	34	22	9	34	1.86
58989274--58989381	55	2.0	55	96	0	198	32	25	8	33	1.86
58993439--58993497	31	1.9	31	89	0	91	35	8	10	45	1.68
58995917--58995959	18	2.4	18	84	7	52	55	0	2	41	1.12
58996049--58996115	34	1.9	35	87	3	100	44	14	8	31	1.76
59000986--59001023	19	2.0	19	100	0	76	42	26	5	26	1.76
59001970--59002012	19	2.3	19	87	0	68	44	11	0	44	1.40
59006608--59006647	20	2.0	20	95	0	71	45	12	25	17	1.83
59014216--59014249	16	2.1	16	100	0	68	41	17	5	35	1.74
59023960--59024189	116	2.0	116	100	0	460	42	16	19	21	1.89
59024579--59025114	266	2.0	266	99	0	1054	33	18	17	31	1.94
59035903--59035936	13	2.5	14	95	4	61	5	5	8	79	1.05
59046172--59046218	22	2.1	23	92	4	78	40	0	2	57	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59055676--59055784	48	2.2	49	80	9	125	33	19	29	18	1.95
59055814--59055878	26	2.5	26	87	2	94	40	20	20	20	1.92
59055814--59055887	26	2.8	25	82	8	85	36	21	22	18	1.95
59057582--59057674	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
59058030--59058077	3	16.0	3	82	0	60	58	6	0	35	1.23
59058031--59058079	18	2.7	18	93	0	80	55	8	0	36	1.30
59058030--59058077	12	4.0	12	91	0	69	58	6	0	35	1.23
59058730--59058755	11	2.4	11	100	0	52	0	42	7	50	1.31
59059113--59059155	21	2.0	21	81	0	50	58	6	0	34	1.25
59066674--59066781	35	3.1	35	87	0	162	28	12	16	42	1.84
59075209--59075245	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
59077361--59077416	29	2.0	29	85	3	78	58	1	14	25	1.45
59080384--59080417	4	8.2	4	87	6	50	70	5	0	23	1.09
59082431--59082456	6	4.3	6	100	0	52	69	0	0	30	0.89
59083068--59083120	22	2.4	23	71	9	56	35	0	1	62	1.06
59099649--59099694	22	2.1	22	84	8	58	67	4	0	28	1.10
59103022--59103051	3	10.3	3	92	7	53	63	0	0	36	0.95
59106251--59106322	31	2.3	32	85	7	94	18	13	11	56	1.66
59134593--59134618	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
59136596--59136638	22	2.0	22	85	0	59	39	9	13	37	1.78
59137556--59137583	8	3.5	8	100	0	56	21	0	0	78	0.75
59141335--59141385	17	2.8	18	80	14	52	52	1	3	41	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59154519--59154615	46	2.1	48	82	9	128	75	5	10	9	1.19
59154520--59154602	24	3.6	23	73	15	64	75	6	7	10	1.17
59154484--59154602	12	10.3	12	69	12	54	73	6	8	11	1.26
59156494--59156742	50	4.8	50	82	4	248	21	29	23	25	1.99
59156493--59156742	100	2.4	103	84	7	312	22	29	23	25	1.99
59156837--59156868	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
59157080--59157137	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
59158308--59158344	13	2.9	13	88	4	58	67	0	16	16	1.23
59159548--59160662	44	25.9	43	71	12	524	30	19	21	28	1.97
59159730--59160128	39	9.5	39	67	20	164	30	19	21	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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