genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22809277--22809880	300	2.0	300	99	0	1199	37	8	19	33	1.83
22813144--22813170	11	2.5	11	100	0	54	44	7	22	25	1.79
22816753--22816875	40	3.1	40	77	4	106	39	13	26	21	1.90
22816778--22816948	40	4.3	40	82	1	164	37	16	28	17	1.92
22816867--22816924	20	2.9	20	70	10	55	37	22	27	12	1.89
22816778--22816948	80	2.1	80	82	0	198	37	16	28	17	1.92
22823462--22823502	20	2.1	20	90	4	66	39	7	4	48	1.52
22828503--22828537	16	2.2	16	94	0	61	25	17	17	40	1.90
22830799--22830865	33	2.0	33	100	0	134	29	14	20	34	1.93
22845308--22845359	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
22850210--22850257	19	2.6	18	78	12	53	58	2	2	37	1.22
22858637--22858706	25	2.8	25	93	0	113	28	18	18	34	1.95
22861108--22861155	23	2.1	23	84	0	60	60	10	6	22	1.52
22865597--22865666	31	2.3	31	90	5	106	44	8	25	21	1.80
22865765--22865825	22	2.8	21	80	11	70	11	13	8	67	1.42
22876630--22876676	19	2.5	19	82	6	60	44	17	2	36	1.60
22883661--22883707	23	2.0	25	91	8	80	40	0	0	59	0.97
22885041--22885077	20	2.0	19	85	15	51	67	8	10	13	1.41
22889644--22889683	17	2.4	17	95	0	71	50	5	0	45	1.23
22890022--22890069	17	2.7	18	87	12	64	62	4	2	31	1.26
22892081--22892263	82	2.2	82	90	1	278	49	17	6	26	1.71
22892161--22892186	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22892243--22892282	13	3.2	13	89	3	64	52	22	0	25	1.47
22894849--22894957	54	2.0	54	89	0	164	27	43	2	26	1.69
22895013--22895105	39	2.6	33	75	18	105	26	47	4	21	1.69
22895019--22895100	39	2.1	39	90	0	128	26	47	4	20	1.70
22896854--22896892	2	20.0	2	89	5	62	2	48	0	48	1.15
22897550--22897583	9	3.7	9	88	4	50	23	2	5	67	1.26
22898840--22898882	22	2.0	22	85	0	59	13	18	23	44	1.86
22898954--22899203	43	5.8	43	88	0	374	26	32	20	20	1.97
22899809--22900395	23	25.7	23	76	10	490	39	23	6	30	1.80
22899814--22900404	160	3.7	160	87	6	772	39	23	6	30	1.80
22899807--22900395	137	4.3	139	84	5	655	39	23	6	30	1.80
22902406--22902445	17	2.4	17	95	0	71	15	22	15	47	1.82
22903523--22903562	21	1.9	21	85	10	55	32	55	0	12	1.38
22903521--22903565	14	3.1	15	87	9	67	33	48	0	17	1.48
22904515--22904832	41	7.7	41	84	5	390	29	27	20	22	1.99
22904510--22904832	123	2.6	121	85	3	439	29	26	20	23	1.99
22904898--22905015	40	3.0	39	76	14	125	22	18	20	38	1.93
22904898--22905030	40	3.4	39	77	13	112	23	20	19	36	1.95
22905192--22905277	43	2.0	43	84	4	111	24	9	16	50	1.74
22905630--22905655	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
22906905--22906960	29	2.0	29	89	3	87	35	5	1	57	1.32
22908418--22908471	28	2.0	27	85	3	72	18	3	16	61	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22913590--22913619	14	2.1	14	100	0	60	33	13	33	20	1.91
22914270--22914310	21	2.0	21	90	0	64	56	12	12	19	1.67
22921909--22921938	13	2.2	14	94	5	53	56	0	36	6	1.26
22930186--22930293	55	2.0	55	83	3	137	25	31	24	18	1.97
22959075--22959156	25	3.3	25	84	6	105	29	25	23	21	1.99
22964860--22964904	22	2.0	22	82	0	54	60	2	8	28	1.39
22968527--22968606	17	4.9	16	72	17	74	30	1	0	68	0.97
22968526--22968606	33	2.5	33	90	9	130	29	1	0	69	0.97
22968515--22968606	8	10.9	8	69	22	55	29	1	0	69	0.95
22970435--22971527	4	272.8	4	91	1	1578	25	3	25	45	1.69
22972967--22973032	34	1.9	34	93	0	114	60	1	0	37	1.06
22973248--22973282	16	2.2	16	94	0	61	25	31	5	37	1.80
22975112--22975166	24	2.3	24	84	3	67	23	7	5	63	1.41
22979895--22979955	28	2.2	26	80	11	68	31	4	3	60	1.34
22980978--22981167	9	20.4	9	65	18	52	60	2	5	32	1.31
22981020--22981168	65	2.3	64	77	16	157	60	2	6	31	1.32
22981449--22981486	20	2.0	20	89	5	60	23	2	5	68	1.23
22981601--22981697	32	2.9	33	80	7	90	29	1	3	65	1.14
22981650--22981707	27	2.1	27	84	12	75	25	0	5	68	1.10
22981631--22981693	19	3.5	19	74	23	57	30	1	4	63	1.24
22981687--22981729	10	4.3	10	80	11	52	23	4	0	72	1.04
22981687--22981746	30	2.0	30	90	0	93	21	8	0	70	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22981689--22981727	20	2.0	20	94	0	69	25	5	0	69	1.09
22986297--22986321	8	3.1	8	100	0	50	48	0	0	52	1.00
22991941--22991999	25	2.3	27	88	5	86	61	1	3	33	1.23
22996864--22996955	38	2.4	37	84	13	116	42	1	4	52	1.28
22996881--22997016	69	2.0	69	87	7	197	40	2	5	51	1.39
22997865--22997908	23	2.0	21	86	8	61	68	18	0	13	1.22
22997898--22997951	17	3.1	17	71	10	54	61	16	9	12	1.56
23004924--23004976	26	2.0	26	96	0	97	28	22	20	28	1.99
23005936--23005986	21	2.4	21	96	0	93	23	23	31	21	1.98
23007754--23007796	16	2.7	16	85	0	50	51	18	0	30	1.47
23050779--23050818	21	1.9	20	85	10	53	67	10	2	20	1.31
23052066--23052261	61	3.1	61	83	11	284	38	10	15	35	1.83
23060461--23060699	99	2.4	99	84	0	307	34	18	12	34	1.88
23066492--23066542	16	3.2	16	85	0	66	43	3	25	27	1.72
23070771--23070911	71	2.0	71	100	0	282	26	11	26	34	1.91
23082652--23082735	40	2.1	40	93	0	141	25	25	27	22	2.00
23082515--23083003	152	3.2	151	82	5	554	28	19	23	28	1.98
23083338--23083510	7	24.7	7	69	6	82	21	0	30	46	1.56
23083409--23083469	20	3.0	21	82	4	79	18	1	31	49	1.57
23083687--23084216	195	2.8	185	86	3	630	28	14	18	39	1.90
23083747--23084216	195	2.4	195	90	0	724	28	14	18	38	1.90
23084132--23084306	83	2.1	83	93	0	305	22	17	22	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23084379--23084428	23	2.2	23	88	0	73	14	36	8	42	1.74
23088354--23088505	44	3.5	43	83	7	175	30	18	24	26	1.98
23088379--23088499	44	2.8	43	90	5	190	27	17	25	29	1.97
23103107--23103218	55	2.0	55	98	0	215	30	13	15	41	1.85
23110844--23110920	36	2.1	36	95	0	136	37	12	12	36	1.83
23112678--23112744	29	2.4	27	78	14	64	46	10	4	38	1.59
23112704--23112806	43	2.4	43	85	1	125	45	15	5	33	1.70
23113166--23113219	27	2.0	27	85	0	72	31	18	22	27	1.97
23115362--23115510	76	2.0	75	81	5	174	23	20	21	34	1.96
23116620--23116675	16	3.5	16	87	0	85	37	7	25	30	1.82
23116657--23116749	44	2.1	44	90	6	143	34	4	24	36	1.75
23116901--23116935	17	2.1	17	100	0	70	65	0	0	34	0.93
23143490--23143679	27	7.1	27	81	3	215	20	18	21	39	1.93
23150362--23150403	22	2.1	19	86	13	57	50	0	4	45	1.23
23162105--23162167	31	2.0	31	84	0	81	44	28	7	19	1.78
23163274--23163350	30	2.6	30	85	2	102	19	18	23	38	1.93
23169617--23169665	24	2.0	24	84	7	64	51	2	2	44	1.24
23170591--23170664	38	1.9	38	100	0	148	16	5	32	45	1.70
23177168--23177205	11	3.5	11	78	7	51	39	2	5	52	1.38
23177164--23177205	21	2.0	21	95	0	75	40	2	4	52	1.35
23188189--23188291	36	2.8	36	75	14	111	11	4	23	60	1.50
23189735--23189770	13	2.8	13	95	0	63	16	16	0	66	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23194654--23194687	17	2.0	17	88	0	50	50	5	29	14	1.67
23197064--23197119	25	2.2	25	93	0	94	25	26	12	35	1.91
23199096--23199128	16	2.1	16	100	0	66	45	6	18	30	1.73
23200014--23200057	16	2.8	16	86	6	63	27	0	25	47	1.52
23232828--23232862	14	2.5	14	85	0	52	65	5	2	25	1.28
23233494--23233556	22	2.8	22	75	2	72	25	0	4	69	1.07
23246893--23246942	23	2.2	23	82	3	57	8	14	20	58	1.61
23260935--23260979	22	2.0	22	95	0	81	28	0	31	40	1.57
23262230--23262288	27	2.2	27	93	0	100	22	23	11	42	1.86
23262978--23263008	7	4.4	7	100	0	62	74	0	25	0	0.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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