genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  63  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19295779--19295827	20	2.5	20	93	6	82	55	2	20	22	1.54
19300098--19300136	12	3.2	12	85	0	51	17	20	7	53	1.68
19300328--19300561	50	4.6	50	77	9	183	23	26	22	28	1.99
19307661--19307699	12	3.2	12	85	0	51	17	20	7	53	1.68
19315445--19315493	24	2.0	24	100	0	98	28	4	20	46	1.68
19318390--19318415	12	2.2	12	100	0	52	0	26	0	73	0.84
19335020--19335046	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
19343371--19343427	23	2.5	23	97	2	107	15	17	3	63	1.45
19345847--19345904	28	2.1	28	96	0	107	46	18	18	15	1.84
19347825--19347943	23	5.2	23	85	8	161	34	26	18	21	1.96
19363130--19364185	47	21.9	48	90	5	1584	32	8	29	29	1.87
19363134--19364185	96	10.9	94	91	5	1624	32	8	29	29	1.87
19363134--19364196	145	7.4	143	93	3	1687	32	8	29	29	1.87
19364315--19364393	37	2.1	37	88	0	113	24	20	30	25	1.98
19365819--19365865	22	2.1	22	96	0	85	25	34	0	40	1.56
19365819--19365917	52	1.9	52	95	0	180	29	32	0	38	1.58
19365870--19365920	22	2.3	22	90	6	77	31	33	0	35	1.58
19365954--19366018	30	2.2	30	94	0	112	32	1	1	64	1.12
19368676--19368718	23	2.0	20	95	4	59	48	20	0	30	1.50
19369419--19369475	23	2.9	18	75	22	60	47	22	0	29	1.52
19368346--19369540	29	42.2	29	88	3	1712	43	26	0	30	1.57
19369588--19369712	56	2.2	56	88	2	180	36	13	7	42	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19376359--19376536	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
19376380--19376535	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
19378544--19378595	3	17.3	3	100	0	104	32	32	0	34	1.58
19378594--19378618	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
19379029--19379055	8	3.4	8	100	0	54	11	0	0	88	0.50
19383709--19383736	6	4.7	6	100	0	56	71	14	0	14	1.15
19383715--19383793	28	3.0	25	73	15	70	74	8	7	8	1.22
19383727--19383793	21	3.1	21	78	18	59	76	7	8	7	1.17
19383707--19383803	13	7.2	13	67	19	56	74	8	7	10	1.23
19385975--19386126	45	3.4	45	65	13	116	23	24	25	26	2.00
19385917--19386355	88	5.0	88	85	1	373	26	23	25	24	2.00
19385937--19386155	44	5.0	44	67	12	135	27	22	25	24	2.00
19385997--19386357	88	4.1	88	87	0	483	25	23	27	23	2.00
19386277--19386431	74	2.1	74	92	0	256	23	26	27	22	1.99
19386351--19386564	88	2.4	88	89	0	329	24	23	27	24	2.00
19386402--19386540	44	3.2	44	70	8	138	21	22	28	28	1.99
19386189--19386519	162	2.0	162	91	0	536	23	25	27	23	2.00
19386107--19386564	250	1.8	250	91	0	756	24	24	26	24	2.00
19387987--19388035	3	16.0	3	78	4	53	26	2	6	65	1.27
19388048--19388088	22	1.9	21	90	5	64	29	7	4	58	1.46
19388439--19388470	14	2.1	16	88	11	50	15	9	0	75	1.05
19391444--19391503	2	30.0	2	96	0	111	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19395346--19395423	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
19395376--19395702	173	1.9	174	93	0	566	29	14	24	31	1.94
19403508--19403585	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
19403538--19403860	173	1.9	174	92	0	540	30	14	24	30	1.95
19407732--19407762	16	1.9	16	93	0	53	35	35	0	29	1.58
19416361--19416415	28	2.0	28	82	7	67	72	1	5	20	1.13
19421065--19421139	19	3.8	19	91	6	123	37	9	16	37	1.80
19421066--19421128	21	3.1	21	95	4	112	38	9	14	38	1.78
19421078--19421162	21	4.0	22	79	14	81	37	7	16	38	1.76
19421128--19421172	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
19421361--19421409	23	2.1	23	84	0	62	18	0	18	63	1.32
19421696--19421773	38	2.0	39	82	7	97	35	8	2	52	1.47
19421848--19421900	23	2.2	23	83	6	61	30	9	3	56	1.49
19422083--19422108	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
19431421--19431480	2	30.0	2	100	0	120	0	50	0	50	1.00
19433815--19433861	24	2.0	24	87	8	69	10	10	4	74	1.20
19437540--19437582	22	2.0	22	90	0	68	65	4	2	27	1.25
19437610--19437650	21	2.0	21	85	0	55	56	4	7	31	1.48
19438218--19438294	19	3.8	19	86	6	82	38	15	7	37	1.77
19438740--19438846	44	2.4	44	85	3	144	29	19	22	28	1.98
19451239--19451279	21	2.0	21	85	0	55	53	4	9	31	1.55
19451835--19451911	19	3.8	19	86	6	82	38	15	7	37	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19451869--19451921	19	2.9	18	88	5	54	35	16	11	35	1.85
19454364--19454439	37	2.1	37	97	0	143	34	39	3	22	1.73
19459603--19459649	21	2.3	21	85	3	60	27	38	4	29	1.76
19459569--19459644	32	2.3	33	86	6	102	26	38	3	31	1.75
19460841--19460891	20	2.5	22	81	15	72	52	1	0	45	1.12
19460833--19460905	29	2.4	32	77	18	77	49	1	0	49	1.09
19464960--19464984	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
19468121--19468152	10	3.2	10	90	0	55	68	0	0	31	0.90
19471633--19471707	37	2.0	37	86	0	105	30	8	8	53	1.59
19474936--19474985	24	2.2	23	82	7	57	36	4	30	30	1.76
19477286--19477357	33	2.2	33	87	0	99	20	15	12	51	1.75
19481477--19481528	2	26.0	2	100	0	104	50	50	0	0	1.00
19503838--19503918	25	3.2	25	80	7	92	30	8	17	43	1.79
19512155--19512500	128	2.7	128	86	3	471	25	23	18	32	1.97
19513873--19513949	7	11.0	7	82	10	86	12	11	3	71	1.27
19520077--19520175	25	4.0	25	82	5	103	30	21	20	28	1.98
19523858--19523969	42	2.7	41	81	2	134	33	17	31	16	1.93
19523858--19523980	41	3.0	41	80	2	147	34	17	30	17	1.94
19533631--19533782	25	6.2	25	74	7	87	16	30	19	33	1.94
19533702--19533782	24	3.3	24	77	8	74	17	30	20	30	1.96
19533653--19533782	49	2.6	49	80	6	138	16	30	20	32	1.95
19533746--19533802	25	2.3	25	78	6	62	22	28	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19537182--19537214	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
19540550--19540581	16	2.0	16	93	0	55	53	0	0	46	1.00
19540550--19540584	17	2.1	16	89	5	52	54	0	0	45	0.99
19540603--19540686	28	3.1	28	72	16	77	50	0	1	48	1.08
19543193--19543263	32	2.2	32	82	5	81	39	12	11	36	1.79
19547485--19547629	73	2.0	73	98	0	281	30	19	13	37	1.90
19551195--19551249	29	1.9	28	85	3	74	20	21	34	23	1.97
19551830--19551883	24	2.2	24	86	0	72	20	16	20	42	1.89
19557695--19557802	44	2.5	44	82	14	143	23	19	29	27	1.98
19558590--19558933	23	14.7	23	76	3	319	25	14	18	41	1.88
19558590--19558933	47	7.4	47	77	3	327	25	14	18	41	1.88
19558592--19558933	70	4.9	70	93	0	531	26	14	17	41	1.88
19561230--19561254	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
19562661--19562703	18	2.4	19	81	14	56	48	0	30	20	1.50
19563492--19563558	29	2.3	29	89	2	109	20	0	25	53	1.46
19579664--19579702	20	2.0	20	90	5	62	41	10	10	38	1.73
19582492--19582549	29	2.0	29	83	12	75	34	13	20	31	1.92
19582833--19582945	45	2.5	45	79	9	124	30	12	24	32	1.92
19585392--19585523	27	4.9	28	80	12	134	25	18	16	40	1.91
19586493--19586544	26	2.0	26	88	3	79	44	15	30	9	1.78
19586962--19587015	25	2.2	25	86	6	74	18	44	12	24	1.85
19586968--19587021	25	2.3	23	78	15	58	18	44	12	24	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19587869--19587941	36	2.0	36	100	0	146	36	8	16	38	1.79
19591175--19591207	17	2.0	17	88	5	50	48	27	6	18	1.71
19597046--19597116	27	2.6	27	93	0	124	21	18	29	30	1.97
19600762--19600800	18	2.2	18	86	13	55	51	5	30	12	1.62
19601522--19601563	19	2.2	19	86	0	57	42	14	2	40	1.58
19610493--19610593	27	3.7	27	87	1	130	34	11	24	28	1.91
19614848--19614973	43	2.9	42	81	12	148	20	19	29	30	1.97
19615622--19615651	14	2.1	15	93	6	53	30	0	16	53	1.44
19615770--19615795	11	2.4	11	100	0	52	34	0	11	53	1.37
19615905--19616321	47	8.9	47	96	0	753	33	11	15	39	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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