genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  90  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28010018--28010050	15	2.2	15	94	0	57	63	12	0	24	1.28
28010214--28010296	39	2.1	39	86	4	123	51	6	6	36	1.51
28012010--28012269	43	6.1	43	89	2	389	29	31	18	20	1.96
28012022--28012271	128	1.9	128	91	2	403	29	32	18	20	1.96
28013650--28013705	27	2.1	27	100	0	112	35	3	12	48	1.58
28015106--28015135	16	1.9	16	93	6	53	63	6	10	20	1.47
28016223--28016379	73	2.2	72	88	1	224	26	21	25	26	1.99
28016292--28016789	114	4.4	114	91	0	798	27	19	26	26	1.99
28016292--28016789	229	2.2	228	92	0	816	27	19	26	26	1.99
28017142--28017175	17	2.1	17	94	5	61	17	0	35	47	1.48
28017801--28017827	14	1.9	14	100	0	54	51	0	3	44	1.19
28020206--28020241	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
28021568--28021772	43	4.8	43	85	1	277	22	17	27	33	1.96
28021914--28022130	116	1.9	117	87	5	323	33	13	13	38	1.85
28022617--28022679	14	4.4	14	78	4	63	36	41	0	22	1.54
28022625--28022678	21	2.5	20	82	11	63	35	42	0	22	1.54
28028428--28028475	3	16.0	3	82	8	53	64	0	6	29	1.18
28030221--28030518	131	2.3	131	91	1	463	24	22	21	31	1.98
28030516--28030901	84	4.5	86	87	2	510	24	23	23	29	1.99
28030515--28030892	171	2.2	168	86	3	506	25	23	23	28	1.99
28032106--28032143	7	5.4	7	87	9	51	13	18	0	68	1.21
28032096--28032138	20	2.2	20	91	8	70	16	20	0	62	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28041708--28041847	7	19.6	7	70	15	56	44	31	0	23	1.59
28041708--28041847	14	9.8	14	71	17	74	44	31	0	23	1.59
28041708--28041810	21	4.8	21	73	14	77	43	31	0	24	1.61
28042072--28042962	114	7.8	114	88	0	1318	26	25	21	26	2.00
28043046--28043071	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
28049934--28049991	18	3.2	18	75	2	62	79	5	0	15	0.90
28058974--28059091	40	2.7	44	76	15	127	45	10	11	32	1.74
28058998--28059080	40	2.1	40	93	0	139	43	13	10	32	1.78
28059881--28059935	21	2.6	21	94	5	94	21	21	23	32	1.98
28065785--28065879	46	2.1	46	83	0	118	33	24	13	28	1.93
28065817--28065947	46	2.8	46	87	0	181	26	22	19	32	1.97
28075473--28075532	30	2.0	30	86	0	84	18	15	45	21	1.86
28078325--28078509	51	3.7	50	80	5	203	25	18	25	30	1.98
28081538--28081575	20	1.9	20	88	0	58	34	18	10	36	1.85
28081870--28081909	14	2.9	14	84	0	53	35	7	15	42	1.75
28081893--28081932	20	2.0	20	90	0	62	30	10	10	50	1.69
28081878--28081944	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
28085050--28085104	16	3.3	16	78	9	65	27	10	14	47	1.78
28085060--28085117	18	3.3	18	73	9	66	24	15	10	50	1.75
28085050--28085117	34	2.0	34	94	0	118	26	13	13	47	1.79
28085280--28085334	20	2.8	19	78	8	65	29	1	0	69	0.99
28085440--28085665	93	2.5	89	78	7	240	37	9	15	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28085440--28085665	89	2.5	93	78	6	248	37	9	15	37	1.80
28086231--28086271	20	2.1	19	86	13	57	41	2	0	56	1.13
28089235--28089262	14	2.0	14	100	0	56	7	28	0	64	1.20
28089215--28089259	19	2.5	18	83	16	58	6	26	0	66	1.16
28092055--28092159	44	2.5	40	76	18	106	33	30	4	31	1.78
28092065--28092161	45	2.2	45	88	5	144	34	29	5	30	1.79
28092141--28092193	16	3.3	16	94	0	97	20	33	5	39	1.76
28099086--28099144	30	1.9	31	86	3	84	62	3	0	33	1.12
28101809--28101876	34	2.0	34	82	5	84	30	22	26	20	1.98
28104534--28104566	17	1.9	17	93	0	57	42	6	0	51	1.26
28104470--28104974	138	3.7	138	90	1	791	40	8	6	45	1.59
28104470--28104974	273	1.8	273	90	0	823	40	8	6	45	1.59
28121999--28122264	103	2.6	104	90	3	419	19	20	29	29	1.97
28129443--28129705	101	2.6	104	87	5	392	19	20	29	29	1.97
28134740--28134781	19	2.2	19	86	0	57	38	0	47	14	1.44
28134746--28134792	15	3.1	16	82	17	64	36	0	46	17	1.48
28139513--28139612	36	2.7	37	84	9	123	26	22	25	27	2.00
28139513--28139637	39	3.3	38	76	14	118	25	21	25	27	1.99
28141297--28141348	21	2.5	20	82	17	61	55	3	9	30	1.50
28145619--28145742	39	3.3	39	84	8	141	25	20	27	26	1.99
28153494--28153678	79	2.3	81	82	7	218	25	22	27	24	2.00
28153494--28153678	40	4.7	40	82	6	216	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28153547--28153711	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
28164608--28164804	98	2.0	98	93	0	340	38	23	9	28	1.86
28174318--28174358	12	3.4	12	86	0	55	39	7	12	41	1.70
28179315--28179818	47	10.7	47	96	1	888	32	8	30	29	1.87
28179937--28180015	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
28181229--28181458	40	5.8	40	89	3	338	23	21	28	25	1.99
28184947--28185216	47	5.7	47	92	0	416	32	8	30	28	1.87
28185335--28185413	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
28197340--28197386	26	1.9	23	87	12	67	53	10	2	34	1.48
28197505--28197541	17	2.1	18	85	14	51	35	2	5	56	1.36
28197664--28197696	16	2.1	16	100	0	66	42	9	12	36	1.74
28198297--28198327	16	1.9	16	100	0	62	25	19	19	35	1.95
28200158--28200224	15	4.3	15	73	14	64	76	1	7	14	1.08
28205340--28205522	39	4.6	39	81	7	183	26	27	21	24	1.99
28205342--28205522	78	2.3	79	83	7	217	26	27	21	24	1.99
28206646--28206765	56	2.1	56	96	0	222	21	23	10	45	1.82
28208963--28208991	13	2.2	13	100	0	58	34	6	24	34	1.82
28211990--28212021	10	3.1	10	91	8	55	81	0	9	9	0.88
28211990--28212021	11	3.0	11	95	4	57	81	0	9	9	0.88
28214378--28214413	19	2.0	19	89	10	58	30	0	5	63	1.17
28216331--28216409	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
28216528--28217141	47	13.1	47	96	0	1032	29	30	8	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28223852--28224143	45	6.5	45	89	0	449	36	18	18	26	1.94
28225020--28225061	20	2.1	20	95	0	75	50	4	23	21	1.68
28226954--28227163	42	5.0	42	86	0	249	29	23	18	29	1.97
28238495--28238570	20	3.9	19	81	10	91	34	9	11	44	1.73
28238495--28238580	40	2.1	41	85	10	115	37	8	10	44	1.69
28240646--28240693	20	2.4	19	83	13	53	39	6	12	41	1.68
28257431--28257615	79	2.3	82	83	7	229	25	27	22	24	2.00
28257412--28257615	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	25	2.00
28268664--28268792	38	3.3	40	87	6	151	26	26	22	24	2.00
28268664--28268844	39	4.7	40	81	10	198	25	26	22	24	2.00
28272983--28273013	8	4.0	8	91	8	55	61	0	0	38	0.96
28275050--28275200	28	5.4	28	92	1	223	25	11	28	33	1.92
28283603--28283719	64	1.9	59	85	13	159	23	15	17	43	1.87
28302276--28302369	24	3.9	24	81	5	100	27	19	21	31	1.97
28302384--28302481	24	4.1	24	72	6	92	24	22	22	30	1.99
28302278--28302492	110	2.0	110	82	1	261	25	21	21	31	1.98
28305918--28305955	18	2.1	18	100	0	76	52	7	15	23	1.69
28317031--28317245	45	4.8	45	90	1	306	36	18	19	26	1.94
28317031--28317289	90	2.9	89	81	3	304	37	17	18	26	1.93
28317031--28317289	135	1.9	135	81	4	317	37	17	18	26	1.93
28320624--28320662	19	2.1	18	85	4	51	2	25	5	66	1.25
28320673--28320713	21	2.0	20	85	4	55	19	12	2	65	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28323241--28323534	50	5.9	50	83	2	324	22	29	20	27	1.99
28323240--28323577	100	3.3	100	80	3	329	24	28	19	27	1.99
28328321--28328521	51	4.0	51	77	8	212	29	30	17	22	1.97
28331147--28331198	25	2.1	25	100	0	104	40	17	0	42	1.49
28331307--28331393	42	2.1	42	86	4	122	32	26	12	28	1.93
28332342--28332485	61	2.4	61	82	4	157	26	22	14	36	1.93
28332564--28332741	94	1.9	94	89	0	275	30	23	10	34	1.89
28344243--28344435	50	3.7	50	82	6	208	26	20	27	24	1.99
28361800--28361859	14	4.2	14	76	16	52	48	1	0	50	1.11
28362845--28362891	13	3.6	13	80	8	51	19	2	4	74	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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