genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.136.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  136  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43056517--43056600	7	12.1	7	83	2	71	5	0	54	39	1.25
43056514--43056556	20	2.2	20	95	0	77	6	0	44	48	1.29
43057137--43057368	73	3.2	72	67	15	195	24	14	24	37	1.92
43057062--43057388	147	2.2	147	95	0	582	25	14	22	37	1.93
43057062--43057456	147	2.7	145	87	3	551	26	15	21	37	1.93
43058945--43058973	10	2.9	10	100	0	58	31	0	0	68	0.89
43058936--43058973	20	1.9	20	88	0	58	36	0	0	63	0.95
43059015--43059051	16	2.3	16	85	0	56	27	10	8	54	1.63
43059110--43059248	67	2.1	67	97	0	260	37	4	12	45	1.63
43059502--43059560	13	4.5	13	87	8	75	40	10	1	47	1.47
43059678--43059799	52	2.4	49	77	16	124	39	4	1	54	1.32
43060215--43060445	9	26.4	9	70	14	153	46	20	1	30	1.61
43060150--43060241	39	2.4	38	85	5	114	48	15	2	33	1.57
43060227--43060349	43	2.8	45	79	10	121	48	22	0	27	1.56
43060257--43060307	25	2.0	25	84	0	66	52	21	0	25	1.47
43060261--43060446	34	5.7	33	71	19	131	46	20	1	30	1.60
43065970--43066019	21	2.4	21	86	0	73	40	18	40	2	1.62
43066428--43066585	42	3.8	42	88	1	246	25	19	20	34	1.96
43066395--43066579	84	2.2	84	83	1	219	26	20	21	31	1.98
43068153--43068187	10	3.5	10	92	0	52	8	60	31	0	1.27
43068147--43068186	15	2.6	15	92	4	62	7	60	32	0	1.25
43068197--43068240	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43068337--43068364	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
43068307--43068516	68	3.1	68	96	1	379	45	8	5	40	1.57
43068405--43068432	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
43068505--43068546	16	2.6	16	88	0	66	42	7	0	50	1.30
43068307--43068540	68	3.6	65	87	9	300	45	8	4	41	1.55
43068523--43068580	22	2.6	22	86	0	80	50	1	0	48	1.11
43068868--43069389	114	4.6	114	88	1	735	25	22	24	27	2.00
43069306--43069481	92	1.9	92	87	3	257	24	26	23	26	2.00
43069487--43069565	41	1.9	41	92	0	131	21	20	26	31	1.98
43069874--43069923	7	7.0	7	82	11	57	16	0	36	48	1.46
43070028--43070113	21	4.0	22	79	8	79	20	0	44	34	1.52
43070055--43070113	7	8.1	7	75	5	55	20	0	47	32	1.50
43070060--43070113	14	3.8	14	80	2	63	22	0	44	33	1.53
43070050--43070114	22	3.0	22	82	11	80	21	0	44	33	1.53
43070066--43070121	29	2.0	28	82	3	67	26	1	39	32	1.67
43070081--43070125	22	2.0	22	83	8	56	28	2	35	33	1.70
43070432--43070485	19	2.8	18	78	10	54	70	5	3	20	1.23
43070854--43070892	16	2.6	15	88	8	53	17	35	0	46	1.49
43075275--43075426	45	3.0	53	77	18	178	21	15	27	35	1.94
43075328--43075428	45	2.3	44	96	3	186	20	14	27	36	1.92
43075403--43075495	43	2.2	43	88	0	132	32	25	18	23	1.97
43079732--43079757	8	3.2	8	100	0	52	76	0	0	23	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43087684--43087723	20	2.0	21	85	5	55	15	10	12	62	1.54
43092552--43092722	85	2.0	85	100	0	342	38	8	26	26	1.84
43093998--43094819	47	17.6	47	89	5	1043	33	9	29	28	1.88
43093998--43094819	143	5.9	141	88	6	1022	33	9	29	28	1.88
43094517--43094586	35	2.0	35	88	0	104	32	7	31	28	1.84
43104855--43105283	132	3.2	132	96	0	786	29	21	26	22	1.99
43105043--43105503	220	2.1	220	96	0	841	29	21	26	22	1.99
43105175--43105371	88	2.2	88	97	0	367	28	23	25	21	1.99
43105263--43106393	132	8.8	132	87	5	1657	30	19	25	23	1.98
43105131--43106392	264	4.9	266	88	5	1125	30	19	25	23	1.98
43105175--43105397	88	2.5	88	91	2	297	29	21	25	22	1.99
43104911--43105635	352	2.1	352	97	0	1378	29	20	26	23	1.99
43105998--43106205	44	4.7	43	67	13	120	30	19	26	23	1.98
43105718--43106393	251	2.7	251	96	0	1226	31	19	25	23	1.98
43105857--43106336	119	3.9	119	85	6	663	31	20	25	22	1.98
43106643--43106687	17	2.4	20	89	10	69	44	28	17	8	1.79
43107996--43108033	20	1.9	20	88	0	58	18	7	5	68	1.34
43109144--43109177	3	11.0	3	87	6	50	61	0	2	35	1.11
43109136--43109177	22	1.9	22	85	9	59	64	2	2	30	1.19
43109876--43109926	12	4.2	12	78	7	50	72	11	13	1	1.20
43110960--43111380	87	4.8	87	89	1	639	24	24	23	27	2.00
43112604--43112639	13	2.6	14	91	8	56	13	16	0	69	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43112604--43112636	7	4.9	7	92	7	59	15	15	0	69	1.19
43112604--43112646	20	2.2	20	87	8	61	11	18	0	69	1.17
43115591--43115634	20	2.1	21	83	4	54	11	22	11	54	1.68
43119822--43119873	25	2.0	26	82	10	63	38	13	9	38	1.77
43121859--43121885	13	2.1	13	100	0	54	40	37	14	7	1.74
43122673--43122720	20	2.5	20	93	3	80	54	12	6	27	1.61
43126610--43126654	21	2.2	20	84	4	54	26	11	26	35	1.90
43128272--43128413	50	2.8	50	95	0	248	20	32	23	23	1.98
43128509--43128539	13	2.4	13	94	0	53	54	12	0	32	1.38
43132264--43132439	39	4.5	39	79	4	185	43	18	3	34	1.69
43132264--43132443	78	2.3	78	83	3	220	42	19	3	33	1.69
43135892--43135925	16	2.1	16	89	10	52	76	0	0	23	0.79
43139226--43139356	3	43.3	3	68	10	52	27	9	1	61	1.35
43139714--43139767	22	2.6	19	76	18	54	38	5	0	55	1.23
43143623--43143672	24	2.2	22	89	7	73	78	4	18	0	0.91
43143621--43143656	17	2.1	17	94	0	63	80	2	16	0	0.83
43144663--43144757	44	2.2	44	78	0	100	28	20	24	27	1.99
43145059--43145453	50	7.9	50	82	2	380	33	20	18	28	1.96
43145060--43145455	150	2.6	150	84	3	510	33	20	18	28	1.96
43145270--43145485	100	2.2	100	83	1	272	35	19	18	27	1.95
43145750--43145800	22	2.4	22	80	3	59	47	31	9	11	1.73
43146117--43146146	8	3.8	8	90	0	51	10	3	0	86	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43147030--43147079	26	1.9	26	83	0	64	32	4	8	56	1.47
43157930--43158142	46	4.7	45	79	7	146	46	13	18	22	1.83
43157837--43158147	45	6.9	46	75	12	198	44	15	19	20	1.86
43157981--43158170	91	2.1	91	81	7	217	45	13	18	22	1.85
43173605--43173679	37	2.1	37	89	2	116	42	26	13	17	1.86
43174768--43174864	48	2.0	48	97	0	185	34	20	9	36	1.85
43181431--43181482	20	2.5	20	79	17	61	9	28	5	55	1.55
43184832--43184861	14	2.1	14	93	0	51	40	0	43	16	1.48
43195742--43195969	112	2.0	112	93	1	386	32	12	26	28	1.92
43199050--43199134	43	2.0	42	93	2	143	17	5	27	49	1.69
43199504--43199588	42	2.0	42	81	4	100	27	25	29	17	1.98
43204947--43205009	25	2.7	23	78	9	72	58	12	0	28	1.35
43204950--43204996	6	7.7	6	85	4	58	57	12	0	29	1.36
43204947--43205014	11	5.8	11	77	13	64	57	13	0	29	1.37
43207859--43208136	149	1.8	151	90	3	454	39	4	10	44	1.60
43208678--43208724	24	1.9	24	83	12	60	31	6	6	55	1.51
43220052--43220306	42	6.1	42	85	0	312	22	18	22	35	1.96
43220052--43220306	84	3.0	84	85	0	348	22	18	22	35	1.96
43220052--43220279	126	1.8	126	89	1	359	23	18	22	35	1.96
43220052--43220306	126	2.0	126	86	3	352	22	18	22	35	1.96
43221058--43221544	148	3.3	147	79	11	478	41	4	9	43	1.58
43222954--43223085	19	6.8	19	89	3	210	37	10	14	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43222954--43223092	59	2.4	57	88	6	210	38	10	14	37	1.80
43224561--43224755	98	2.0	98	95	0	354	27	10	25	36	1.89
43230113--43230320	44	4.7	44	67	11	138	28	20	27	23	1.99
43230038--43230427	132	3.0	132	95	0	692	28	21	25	23	1.99
43230419--43230798	44	8.8	42	71	14	206	29	20	22	27	1.98
43230969--43231100	19	6.8	19	89	3	210	37	10	14	37	1.81
43230969--43231107	59	2.4	57	88	6	210	38	10	14	37	1.80
43231864--43231915	25	2.1	24	82	3	59	30	7	3	57	1.45
43232578--43232772	98	2.0	98	95	0	354	27	10	25	36	1.89
43244761--43244864	45	2.3	45	81	6	122	41	13	24	21	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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