genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  75  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23264230--23264271	21	2.0	21	95	0	75	35	9	16	38	1.81
23264822--23264872	24	2.1	24	88	0	75	33	15	15	35	1.90
23267792--23267904	9	11.9	9	74	10	82	23	7	15	54	1.64
23267784--23268094	38	8.1	37	75	17	219	24	4	18	53	1.63
23267913--23268094	4	44.2	4	73	20	119	24	2	19	53	1.56
23267784--23268095	18	16.3	18	72	17	174	24	4	17	53	1.62
23267993--23268144	29	5.3	29	72	14	118	27	3	15	53	1.59
23267920--23268091	59	3.0	59	82	9	196	25	2	19	53	1.57
23268034--23268107	9	7.9	9	77	10	60	22	2	16	58	1.51
23267979--23268119	59	2.4	59	85	4	160	25	3	16	54	1.58
23275128--23275173	21	2.3	20	78	14	51	45	17	6	30	1.73
23275410--23275445	18	1.9	19	94	5	65	55	2	36	5	1.38
23278598--23278658	24	2.5	24	83	0	68	16	39	18	26	1.91
23279121--23279255	67	2.0	67	91	0	216	22	4	22	49	1.68
23279221--23279268	14	3.5	13	77	5	51	14	2	25	58	1.48
23280089--23280196	51	2.2	49	85	11	141	51	6	31	10	1.61
23294932--23294973	17	2.7	15	86	13	59	45	9	2	42	1.49
23298882--23298987	41	2.6	41	93	0	176	21	20	25	32	1.98
23302798--23302846	23	2.1	23	100	0	98	57	18	12	12	1.65
23303042--23303144	44	2.4	44	95	1	181	45	28	6	19	1.75
23303697--23303741	7	6.7	7	92	7	76	62	13	0	24	1.31
23303697--23303741	13	3.4	13	93	3	72	62	13	0	24	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23303691--23303741	20	2.6	20	85	14	79	62	13	0	23	1.31
23313537--23313574	18	2.1	18	85	9	51	47	2	0	50	1.15
23319238--23319295	14	4.1	14	70	16	57	25	13	6	53	1.65
23319253--23319319	28	2.4	28	79	2	71	26	19	5	47	1.72
23322285--23322316	16	2.0	16	100	0	64	50	18	6	25	1.70
23323413--23323626	24	8.6	26	65	18	89	38	20	23	17	1.93
23327983--23328029	23	2.0	23	91	0	76	44	6	8	40	1.60
23329159--23329227	22	3.1	22	78	12	70	43	14	20	21	1.87
23337904--23337943	13	3.1	14	76	23	52	25	0	0	75	0.81
23337919--23337971	23	2.4	21	82	17	72	24	3	0	71	1.02
23343514--23343629	60	1.9	60	94	0	205	30	20	14	34	1.93
23352599--23352666	33	2.1	33	100	0	136	39	14	19	26	1.90
23356644--23357149	252	2.0	252	89	1	764	26	25	18	28	1.98
23360560--23360809	47	5.2	48	89	1	315	24	28	19	27	1.99
23366213--23366256	21	2.1	21	95	0	79	43	22	13	20	1.87
23378825--23378872	25	1.9	25	82	0	60	20	4	2	72	1.11
23382572--23382614	8	4.9	9	88	8	54	18	2	0	79	0.85
23382750--23382801	20	2.5	21	76	17	56	23	7	3	65	1.35
23384880--23385064	101	1.8	101	87	3	273	24	17	26	31	1.97
23384880--23385064	51	3.6	51	75	8	162	24	17	26	31	1.97
23385073--23385158	45	1.9	45	95	0	154	25	16	24	33	1.95
23397701--23397796	48	2.0	48	93	0	165	37	19	16	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23404167--23404225	30	2.0	30	83	6	75	32	11	5	50	1.61
23405969--23406236	95	2.8	95	80	8	310	38	2	16	41	1.64
23406281--23406697	126	3.3	126	91	0	690	32	18	23	26	1.97
23407490--23407559	34	2.0	35	91	2	115	47	8	2	41	1.49
23408527--23408594	27	2.5	27	78	0	73	27	17	33	20	1.95
23414338--23414372	18	1.9	18	94	0	61	45	11	14	28	1.79
23416615--23416713	31	3.2	31	95	0	180	34	24	9	32	1.87
23416578--23416713	62	2.1	65	87	8	197	34	25	8	30	1.87
23416922--23417033	41	2.7	43	89	6	169	29	20	20	29	1.98
23424455--23424552	31	3.2	31	95	0	178	34	22	9	33	1.86
23424762--23424868	41	2.6	41	88	5	137	29	21	20	28	1.98
23425065--23425097	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
23431668--23431747	6	13.3	6	97	0	151	67	0	31	1	0.99
23432482--23432533	20	2.6	20	90	6	79	53	0	23	23	1.46
23437621--23437683	27	2.3	27	81	5	74	22	25	31	20	1.98
23438463--23438522	30	2.0	30	93	0	102	35	6	21	36	1.80
23438700--23438734	18	1.9	18	88	0	52	22	17	5	54	1.64
23439698--23439827	66	2.0	66	96	0	242	40	17	10	31	1.83
23447157--23447263	37	2.9	37	95	0	196	43	28	4	22	1.73
23462659--23462728	34	2.1	34	100	0	140	30	28	8	32	1.87
23472943--23473122	51	3.5	51	80	3	168	23	17	26	31	1.97
23473131--23473218	45	2.0	45	90	0	140	27	17	21	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23477678--23477726	20	2.5	20	96	0	89	44	22	24	8	1.79
23478531--23478574	18	2.4	18	84	3	52	47	13	6	31	1.69
23478975--23479292	159	2.0	159	91	1	521	39	17	18	24	1.91
23479416--23479442	6	4.5	6	100	0	54	0	18	14	66	1.25
23482259--23482291	15	2.1	16	94	5	59	6	9	12	72	1.26
23484659--23484701	22	1.9	23	85	4	61	39	0	16	44	1.48
23495614--23495791	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
23503570--23503594	13	1.9	13	100	0	50	24	24	0	52	1.48
23510901--23511058	27	5.8	27	82	4	165	20	15	21	41	1.90
23514891--23514935	21	2.1	21	83	0	54	28	33	17	20	1.95
23515087--23515121	17	1.9	17	88	11	52	40	17	0	42	1.49
23520785--23520836	25	2.1	25	96	0	95	32	15	19	32	1.93
23523119--23523415	50	5.8	50	81	3	256	27	19	27	24	1.99
23526313--23526343	16	1.9	16	93	0	53	58	0	6	35	1.24
23529413--23529443	9	3.4	9	95	0	53	41	22	9	25	1.84
23530247--23530351	42	2.6	41	87	4	149	34	18	19	28	1.95
23531037--23531105	22	3.1	22	85	0	84	10	18	40	30	1.84
23532260--23532382	17	7.1	17	70	13	72	54	1	1	42	1.20
23532259--23532331	16	4.5	16	68	21	53	57	2	0	39	1.13
23532259--23532331	34	2.2	32	79	9	85	57	2	0	39	1.13
23532234--23532377	57	2.6	56	82	8	179	54	1	2	41	1.20
23532300--23532386	29	3.2	26	82	10	95	55	1	2	41	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23540205--23540257	20	2.6	20	93	3	88	35	7	3	52	1.48
23540208--23540275	20	3.2	21	87	8	86	35	7	4	52	1.49
23541844--23541924	42	1.9	42	87	0	117	46	18	7	27	1.75
23555589--23555628	12	3.1	14	79	17	50	25	12	10	52	1.70
23555599--23555635	12	3.1	12	96	0	65	29	10	10	48	1.72
23557167--23557210	20	2.1	22	87	8	65	43	6	9	40	1.63
23557781--23557826	20	2.4	19	85	10	58	39	4	10	45	1.59
23557953--23558016	20	3.2	20	80	4	76	42	7	14	35	1.74
23557959--23558023	20	3.2	20	78	4	69	40	6	16	36	1.74
23557989--23558075	20	4.3	20	71	8	77	34	3	14	47	1.62
23558339--23558436	20	4.9	20	71	13	76	34	7	10	47	1.65
23558345--23558436	40	2.3	40	81	3	105	36	7	8	46	1.63
23558694--23558747	19	2.8	20	72	13	58	50	20	1	27	1.59
23558839--23558921	19	4.2	20	78	7	75	48	18	3	30	1.65
23558839--23558967	20	6.6	19	75	6	105	46	17	3	33	1.63
23561474--23561516	22	2.0	22	85	0	59	37	9	0	53	1.33
23561477--23561808	146	2.3	144	88	7	474	45	9	3	41	1.53
23569877--23569971	35	2.6	35	80	8	100	18	17	25	37	1.93
23570420--23570561	71	2.0	71	93	2	241	28	9	18	43	1.80
23577526--23577573	25	1.9	25	100	0	96	37	18	22	20	1.94
23578478--23578810	50	6.6	50	81	7	282	24	28	19	27	1.99
23578736--23578830	48	2.0	48	87	0	136	27	29	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23585485--23585518	6	5.5	6	96	3	59	52	14	0	32	1.42
23586408--23586443	18	2.0	18	89	10	56	50	0	2	47	1.15
23588000--23588051	25	2.0	26	85	10	72	57	11	15	15	1.65
23612889--23612937	24	2.1	22	81	7	53	48	2	38	10	1.48
23613362--23613390	6	4.8	6	100	0	58	65	0	0	34	0.93
23617765--23617827	18	3.4	18	80	2	72	28	20	20	30	1.98
23617743--23617827	37	2.3	37	82	8	93	27	20	18	34	1.96
23620815--23620861	23	2.0	24	91	4	78	76	2	6	14	1.08
23620815--23620861	12	4.0	12	88	5	78	76	2	6	14	1.08
23623043--23623088	17	2.7	18	81	15	53	67	2	19	10	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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