genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.194.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  194  of  211  ( 25274 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59925250--59925278	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
59925365--59925440	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
59931934--59931968	18	1.9	18	88	0	52	34	8	2	54	1.46
59935120--59935170	22	2.3	22	86	0	75	27	19	21	31	1.97
59936750--59936810	22	2.8	21	75	7	59	31	14	13	40	1.84
59944095--59944156	24	2.6	24	92	0	97	20	48	4	25	1.70
59946793--59946836	3	14.7	3	100	0	88	0	0	31	68	0.90
59947563--59947596	17	2.0	17	100	0	68	35	11	17	35	1.87
59952120--59952217	25	4.0	25	78	1	99	36	20	23	19	1.95
59952274--59952321	23	2.1	23	84	7	62	31	22	27	18	1.97
59952314--59952373	26	2.3	27	82	5	79	38	21	21	18	1.94
59952328--59952388	26	2.3	26	83	10	72	36	24	24	14	1.93
59956909--59957001	25	3.6	26	81	5	91	21	23	22	32	1.98
59969407--59969432	9	2.9	9	100	0	52	30	11	34	23	1.90
59974186--59974228	4	10.8	4	94	0	77	48	0	25	25	1.51
59974372--59974614	120	2.0	120	98	0	468	39	20	11	27	1.88
59975510--59975544	14	2.5	14	95	0	61	28	0	0	71	0.86
59981685--59981717	16	2.1	16	100	0	66	51	6	24	18	1.68
59986816--59986845	3	10.0	3	92	0	51	33	3	0	63	1.11
59991195--59991515	158	2.0	159	94	1	563	31	13	21	34	1.91
59992749--59992801	18	3.0	17	91	5	79	39	1	1	56	1.21
59992949--59993054	44	2.5	41	77	18	126	34	31	3	30	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59992962--59993054	44	2.1	46	91	4	154	36	30	4	29	1.77
59993044--59993089	16	2.9	16	93	0	74	26	32	0	41	1.56
59997827--59997851	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
60000637--60000827	97	2.0	98	81	5	226	35	21	11	31	1.89
60007236--60007299	19	3.5	18	81	14	78	71	3	0	25	1.00
60007240--60007295	27	2.2	25	90	6	85	71	3	0	25	1.02
60007233--60007301	10	7.6	9	72	18	54	71	2	0	26	1.00
60007233--60007299	18	3.7	17	77	18	73	71	2	0	25	1.00
60007914--60007971	26	2.3	26	85	8	75	63	6	0	29	1.20
60008058--60008115	27	2.1	27	83	0	71	62	6	1	29	1.31
60008138--60008187	22	2.3	22	82	0	64	42	0	32	26	1.56
60011348--60011401	17	3.5	17	70	29	57	18	40	31	9	1.82
60011336--60011411	30	2.6	30	95	2	136	17	39	32	10	1.83
60013587--60013651	26	2.8	22	78	17	76	33	21	3	41	1.69
60013586--60013656	22	3.0	22	73	15	70	30	21	2	45	1.66
60016817--60016877	31	1.9	33	83	6	81	36	8	11	44	1.71
60018260--60018330	29	2.5	28	77	11	72	71	4	7	16	1.24
60029291--60029438	4	37.0	4	100	0	296	25	0	25	50	1.50
60029807--60029905	3	33.3	3	67	13	53	62	4	6	27	1.37
60029812--60029867	12	4.7	12	79	16	62	62	5	3	28	1.34
60029860--60029917	18	3.1	18	72	13	55	65	0	10	24	1.23
60035116--60035277	41	4.0	41	84	7	168	33	26	18	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60035119--60035273	82	1.9	82	84	5	206	33	25	19	21	1.97
60040319--60040517	44	4.8	41	86	8	246	59	0	3	37	1.13
60040368--60040519	41	3.7	38	87	8	169	62	0	3	34	1.12
60040319--60040467	11	13.9	11	71	18	102	58	0	2	38	1.12
60048148--60048181	6	5.7	6	89	10	52	14	0	0	85	0.60
60048148--60048181	11	2.9	11	91	8	50	14	0	0	85	0.60
60048148--60048185	19	2.0	19	90	10	60	15	0	0	84	0.63
60048148--60048185	12	3.1	13	81	11	53	15	0	0	84	0.63
60048195--60048378	92	2.0	92	93	4	318	24	20	7	48	1.74
60048888--60049396	253	2.0	251	94	0	892	27	17	14	40	1.89
60060354--60060399	24	1.9	24	81	0	56	50	10	4	34	1.57
60060421--60060456	12	3.0	12	83	0	54	44	19	16	19	1.87
60061026--60061088	32	2.0	32	84	6	83	20	19	12	47	1.81
60061255--60061293	20	2.0	20	84	0	51	35	2	17	43	1.63
60061159--60061405	136	1.8	133	80	11	290	36	5	8	48	1.58
60061387--60061431	24	1.9	23	86	4	63	48	6	11	33	1.65
60062871--60062920	25	2.0	25	100	0	100	44	24	8	24	1.80
60066662--60066725	30	2.1	31	94	2	112	39	6	28	26	1.80
60066660--60066710	15	3.3	16	72	10	61	43	5	25	25	1.77
60075069--60075138	30	2.4	30	95	4	126	40	17	5	37	1.73
60076054--60076214	84	1.9	85	85	2	225	19	36	24	19	1.95
60079284--60079340	27	2.1	27	83	6	71	33	1	1	63	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60094764--60094945	102	1.8	99	85	3	256	29	19	30	20	1.97
60105237--60105264	13	2.2	13	100	0	56	32	21	14	32	1.93
60115339--60115406	17	3.8	17	71	16	57	48	1	5	44	1.36
60115225--60116270	115	9.1	115	96	1	1886	43	7	8	40	1.63
60115454--60115521	17	3.8	17	71	16	57	48	1	5	44	1.36
60115566--60115634	17	3.9	17	71	15	59	49	1	5	43	1.35
60115225--60116270	343	3.0	344	95	1	1884	43	7	8	40	1.63
60116024--60116092	17	3.9	17	71	15	59	50	1	4	43	1.30
60115225--60116270	458	2.3	457	96	0	1912	43	7	8	40	1.63
60116275--60116522	23	11.2	23	87	6	291	25	0	24	49	1.53
60116295--60116522	67	3.4	67	87	4	302	25	0	25	48	1.55
60116275--60116512	90	2.7	89	89	5	353	25	0	24	50	1.53
60116567--60116603	9	4.2	9	96	3	67	59	10	0	29	1.31
60116606--60116722	25	4.9	25	71	16	104	46	12	0	41	1.42
60117848--60117872	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
60118043--60118080	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
60119281--60119372	42	2.2	42	94	0	157	10	35	29	23	1.89
60119462--60119504	18	2.4	19	80	11	54	34	0	0	65	0.93
60119659--60119683	8	3.1	8	100	0	50	28	0	0	72	0.86
60121163--60121187	13	1.9	13	100	0	50	40	16	8	36	1.77
60121500--60121549	25	2.1	22	85	10	64	40	2	8	50	1.43
60121726--60121769	18	2.6	16	80	13	52	38	2	2	56	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60122787--60122835	21	2.3	22	80	16	59	48	0	2	48	1.12
60124192--60124238	25	1.9	25	86	4	69	17	25	19	38	1.92
60124399--60124455	25	2.3	25	81	6	71	21	29	21	28	1.98
60130307--60130358	28	1.9	27	85	14	72	42	7	3	46	1.51
60131346--60131405	30	2.0	31	93	3	104	35	8	13	43	1.74
60134163--60134196	14	2.5	14	90	4	52	52	17	2	26	1.58
60134733--60134775	18	2.4	18	88	0	59	46	6	25	20	1.76
60136622--60136674	11	4.7	12	86	6	67	45	1	30	22	1.63
60136624--60136676	22	2.5	21	88	11	81	47	1	30	20	1.61
60154425--60154456	16	2.0	16	93	0	55	53	3	0	43	1.16
60167257--60167300	23	1.9	23	81	9	54	40	0	2	56	1.11
60173026--60173058	17	1.9	17	100	0	66	42	21	0	36	1.53
60173631--60173663	17	2.0	17	88	5	50	45	0	21	33	1.52
60174736--60174809	34	2.2	33	85	7	96	54	0	10	35	1.36
60174973--60175051	32	2.5	30	80	13	88	46	1	8	43	1.43
60177233--60177368	40	3.5	39	73	12	109	27	15	24	33	1.95
60181076--60181160	43	2.0	44	84	11	113	32	29	18	18	1.95
60182050--60182097	25	1.9	25	87	8	71	50	6	0	43	1.27
60184876--60184923	19	2.3	21	86	10	64	39	4	2	54	1.32
60186655--60186795	33	4.2	33	70	3	93	26	26	17	29	1.97
60186586--60186812	101	2.3	100	93	0	382	27	25	16	29	1.97
60186670--60186812	33	4.3	33	70	3	106	26	24	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60190215--60190247	17	1.9	17	100	0	66	48	0	9	42	1.35
60204705--60205384	89	7.6	89	91	1	995	30	18	23	27	1.98
60208693--60208726	15	2.3	15	94	0	59	64	17	0	17	1.29
60209110--60209163	29	1.9	27	85	7	72	61	3	5	29	1.36
60209154--60209210	20	2.8	20	89	2	78	66	5	0	28	1.13
60211011--60211068	30	1.9	30	82	6	73	53	0	3	43	1.17
60211125--60211194	19	3.8	19	75	7	56	70	7	21	1	1.20
60215880--60215954	3	23.0	3	83	12	87	30	5	1	62	1.25
60215923--60215965	21	2.0	21	86	8	61	27	9	2	60	1.40
60215988--60216026	20	2.0	20	100	0	78	41	15	2	41	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211