genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  49  of  211  ( 25274 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14672471--14672529	3	19.7	3	100	0	118	67	0	0	32	0.91
14677400--14677429	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
14677596--14677638	12	3.5	12	78	6	50	55	4	2	37	1.33
14679013--14679070	29	2.0	29	86	3	80	55	3	1	39	1.27
14680007--14680046	16	2.5	16	87	0	53	2	12	2	82	0.87
14681396--14681476	40	2.0	41	85	7	112	23	19	25	30	1.98
14685064--14685110	17	2.8	17	78	9	51	19	25	0	55	1.43
14685799--14685978	53	3.3	54	64	24	135	35	21	4	38	1.73
14685776--14685995	109	2.0	109	99	0	431	35	22	5	36	1.77
14685835--14685998	53	3.1	49	63	25	118	34	21	5	39	1.76
14694819--14694854	18	2.1	18	89	5	56	38	5	19	36	1.75
14695825--14696030	43	4.8	43	82	7	224	27	17	26	29	1.98
14699920--14699966	24	2.0	24	87	4	69	36	0	0	63	0.94
14701253--14701300	19	2.5	18	83	12	60	16	12	12	58	1.63
14702236--14702289	24	2.2	25	86	3	74	25	22	7	44	1.79
14707863--14707887	10	2.5	10	100	0	50	8	20	20	52	1.71
14712922--14712956	15	2.3	15	95	0	61	40	14	8	37	1.76
14715788--14716166	105	3.6	105	85	2	528	31	17	13	37	1.88
14719758--14719865	37	2.9	38	76	17	104	41	3	3	50	1.37
14721892--14722027	63	2.2	62	83	7	161	40	6	16	36	1.75
14722311--14722392	31	2.6	30	83	7	92	28	20	9	41	1.84
14722577--14722629	24	2.1	25	86	6	72	30	0	3	66	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14722723--14722915	59	3.2	58	77	10	169	44	11	18	25	1.84
14729102--14729163	29	2.2	28	82	5	81	25	16	16	41	1.88
14730026--14730088	29	2.1	29	82	8	74	36	22	17	23	1.95
14730213--14730280	23	3.0	23	72	8	66	42	2	0	54	1.15
14732131--14732179	24	2.0	24	100	0	98	28	20	32	18	1.96
14733327--14733415	40	2.3	39	85	12	130	28	24	2	44	1.65
14736640--14736742	46	2.3	44	85	9	136	2	22	8	66	1.33
14738968--14739026	29	2.0	29	100	0	118	38	16	20	23	1.92
14741607--14741717	39	2.8	41	78	5	113	40	21	17	20	1.91
14741775--14741856	41	2.0	41	95	0	146	18	21	31	28	1.97
14741778--14741889	41	2.7	41	87	2	145	20	21	26	31	1.98
14742572--14742620	15	3.3	15	82	8	64	22	0	30	46	1.52
14743293--14743321	15	1.9	15	100	0	58	20	0	34	44	1.52
14743328--14743367	21	1.9	21	84	0	53	15	2	42	40	1.60
14743339--14743386	17	3.1	16	85	8	64	20	0	43	35	1.52
14743685--14744110	211	2.0	211	100	0	852	40	7	8	43	1.61
14746565--14746597	17	1.9	17	93	0	57	18	0	24	57	1.40
14748807--14749055	43	5.8	43	85	2	277	22	14	30	31	1.94
14749098--14749140	22	2.0	22	85	0	59	44	25	18	11	1.84
14760202--14760247	20	2.3	20	88	0	65	39	21	15	23	1.92
14761275--14761330	28	2.0	28	89	0	85	25	8	28	37	1.86
14763666--14763703	16	2.6	16	84	16	55	23	7	0	68	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14763842--14763866	10	2.5	10	100	0	50	24	0	12	64	1.27
14765871--14765911	17	2.4	17	87	4	55	56	0	0	43	0.99
14769432--14769467	7	5.1	7	86	0	54	13	0	41	44	1.44
14769431--14769484	21	2.7	19	80	8	63	16	0	42	40	1.48
14769668--14769955	125	2.3	125	91	1	461	33	20	19	27	1.96
14774080--14774122	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
14774718--14774763	21	2.2	21	88	7	67	58	15	0	26	1.37
14774718--14774763	7	6.6	7	81	18	51	58	15	0	26	1.37
14774718--14774756	14	2.8	14	96	0	69	58	15	0	25	1.37
14775942--14775989	11	4.4	11	80	17	55	45	0	33	20	1.52
14775933--14775989	22	2.6	22	81	13	64	45	0	31	22	1.53
14775950--14775992	11	4.0	10	85	14	59	48	0	30	20	1.50
14777393--14777497	40	2.6	41	86	5	144	33	6	4	55	1.47
14780937--14780976	21	1.9	21	85	10	55	37	2	32	27	1.70
14789590--14789634	21	2.0	22	91	8	74	60	2	4	33	1.29
14790930--14791040	30	3.6	30	90	4	152	16	0	26	57	1.39
14790958--14791039	16	5.4	16	74	14	84	15	0	26	57	1.39
14790974--14791023	14	3.4	14	78	10	64	14	0	28	58	1.37
14798346--14798518	43	4.0	43	74	11	165	23	16	27	32	1.96
14802169--14802218	12	4.0	13	79	7	59	64	2	0	34	1.05
14802187--14802215	11	2.5	12	94	5	51	72	0	0	27	0.85
14803467--14803512	23	2.0	24	82	4	58	39	2	4	54	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14803522--14803569	10	4.8	10	77	10	53	25	10	0	64	1.25
14805435--14805478	21	2.2	20	83	4	52	63	0	0	36	0.95
14805446--14805503	7	8.3	7	81	11	57	60	0	0	39	0.97
14805725--14805788	19	3.4	18	74	8	56	59	6	4	29	1.42
14805951--14805998	17	2.9	16	84	12	53	37	0	2	60	1.09
14806663--14806714	24	2.2	24	85	0	68	50	9	5	34	1.59
14811071--14811122	24	2.2	24	92	0	86	48	9	7	34	1.65
14813782--14813894	57	2.0	58	91	1	183	48	7	17	25	1.74
14814930--14815064	72	1.9	72	87	3	200	35	22	17	23	1.95
14814929--14815093	72	2.3	72	80	2	179	34	22	17	25	1.96
14823252--14823306	27	2.0	27	92	0	92	27	21	18	32	1.96
14836273--14836372	47	2.1	47	86	0	137	32	21	21	26	1.98
14841373--14841425	9	5.5	10	86	10	67	62	1	0	35	1.06
14841370--14841425	19	2.9	19	87	7	78	60	1	0	37	1.07
14841903--14841935	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
14841935--14841961	3	9.0	3	100	0	54	33	0	66	0	0.92
14842202--14842295	39	2.4	39	80	7	102	36	22	20	21	1.95
14842329--14842603	41	6.8	41	86	3	353	19	18	29	32	1.96
14842961--14843093	7	18.7	7	71	11	65	19	0	34	45	1.56
14844171--14844213	21	2.0	21	86	0	59	27	41	4	25	1.75
14848472--14848677	43	4.8	43	89	0	304	20	18	33	27	1.96
14858072--14858118	23	2.0	23	87	0	67	42	21	17	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14860683--14860738	17	2.8	21	76	23	75	64	0	17	17	1.30
14861082--14861131	21	2.4	21	100	0	100	26	22	18	34	1.96
14863571--14863619	24	2.0	25	84	4	64	69	6	6	18	1.31
14865285--14865327	18	2.5	17	76	3	50	30	0	6	62	1.21
14869630--14869676	11	4.3	11	77	20	53	36	0	0	63	0.94
14873347--14873378	15	2.1	15	100	0	64	40	6	18	34	1.76
14884309--14884552	46	5.6	45	82	10	285	34	14	22	29	1.94
14884345--14884463	36	3.0	36	74	21	121	34	14	21	30	1.93
14884309--14884552	82	2.8	86	82	10	304	34	14	22	29	1.94
14885442--14885494	19	2.7	21	74	14	58	66	3	5	24	1.31
14888642--14888734	30	3.1	30	93	0	159	25	22	6	45	1.76
14888648--14888728	15	5.4	15	68	11	67	24	20	7	46	1.76
14893305--14893361	30	1.9	30	96	0	105	22	19	7	50	1.71
14893307--14893357	15	3.4	15	68	10	50	23	19	7	49	1.74
14897734--14897776	17	2.5	18	92	7	72	51	11	0	37	1.39
14897945--14898555	305	2.0	306	97	0	1161	36	15	15	32	1.89
14901847--14902042	106	1.8	107	82	10	258	39	5	10	44	1.62
14918710--14918774	32	2.1	32	97	2	123	30	9	12	47	1.72
14919325--14919410	21	4.5	19	71	21	65	74	11	12	1	1.13
14919336--14919409	34	2.2	34	87	2	114	74	12	12	1	1.14
14922523--14922587	32	2.1	32	97	2	123	30	9	12	47	1.72
14922885--14922930	4	11.8	4	95	4	85	26	0	0	73	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14924370--14924426	29	2.1	27	83	9	71	40	14	17	28	1.88
14931640--14931682	11	3.8	11	78	6	50	60	4	0	34	1.17
14938283--14938352	20	3.6	19	78	1	68	48	12	4	34	1.61
14938274--14938351	40	2.0	39	87	2	111	48	12	6	32	1.67
14938267--14938361	40	2.3	40	78	5	102	49	11	6	32	1.64
14940183--14940228	12	3.8	12	83	11	58	36	6	0	56	1.25
14941439--14941488	20	2.6	18	78	12	55	16	18	12	54	1.72
14946268--14946299	17	1.9	17	93	6	57	50	15	6	28	1.68
14946464--14946577	44	2.5	45	80	11	108	28	15	26	29	1.96
14946493--14947358	181	4.8	180	71	12	546	33	15	20	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211