genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  58  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17556228--17556506	119	2.3	119	85	4	366	40	13	22	22	1.90
17556258--17556506	89	2.8	89	80	3	295	40	14	23	22	1.90
17563137--17563271	40	3.4	40	86	2	191	27	17	20	34	1.95
17563677--17563750	31	2.4	31	90	0	112	25	12	18	43	1.85
17566230--17566305	26	3.0	26	90	1	109	38	6	18	36	1.77
17571649--17572136	243	2.0	243	96	0	904	31	7	15	44	1.75
17580338--17580375	5	7.4	5	91	5	58	18	0	44	36	1.50
17580338--17580374	16	2.4	16	95	4	67	18	0	45	35	1.50
17580888--17580968	5	16.6	5	82	14	107	41	0	0	58	0.98
17586123--17586160	19	2.0	19	85	10	51	42	0	15	42	1.47
17586296--17586352	20	2.6	22	75	13	64	43	0	0	56	0.99
17586309--17586349	20	2.0	22	90	9	68	46	0	0	53	1.00
17586300--17586356	30	2.0	28	89	6	87	45	0	0	54	0.99
17587489--17587526	13	2.8	13	85	14	51	60	0	10	28	1.30
17587667--17587701	17	1.9	19	88	11	56	45	0	25	28	1.54
17587786--17587840	23	2.4	23	90	0	83	21	20	20	38	1.94
17587822--17587882	21	2.8	22	87	9	90	14	18	27	39	1.90
17588187--17588224	18	2.1	18	85	9	51	50	2	10	36	1.51
17591201--17591448	43	5.8	43	81	1	273	24	27	20	27	1.99
17591197--17591444	86	2.9	86	83	2	302	25	27	20	27	1.99
17591197--17591448	129	2.0	129	82	0	315	25	27	19	27	1.99
17591537--17591570	16	2.1	16	88	0	50	55	8	0	35	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17596286--17596339	21	2.8	18	83	10	63	53	16	16	12	1.73
17596492--17596543	7	7.3	7	78	8	52	46	36	0	17	1.48
17596493--17596714	14	15.3	14	69	14	101	46	31	0	21	1.57
17596492--17596543	15	3.6	14	75	12	52	46	36	0	17	1.48
17596579--17596714	7	18.6	7	69	13	69	48	29	0	21	1.55
17596591--17596634	15	3.0	15	83	3	54	47	31	0	20	1.50
17596941--17597066	40	3.1	40	80	8	139	31	27	19	21	1.97
17597134--17597212	41	1.9	42	89	2	124	26	27	15	30	1.96
17601858--17602001	50	2.9	50	82	4	182	21	31	20	26	1.98
17601858--17602053	50	3.8	50	81	6	169	22	29	19	28	1.98
17609336--17609726	50	7.7	50	77	6	326	22	27	21	28	1.99
17609336--17609728	99	3.9	98	74	7	317	22	27	21	28	1.99
17609336--17609670	149	2.2	149	97	0	625	21	26	22	29	1.99
17619373--17619414	12	3.5	12	77	9	50	21	26	7	45	1.77
17624409--17624454	24	1.9	24	81	0	56	50	10	15	23	1.75
17625876--17625901	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
17625987--17626052	26	2.5	26	82	4	80	34	0	3	62	1.11
17626010--17626050	7	6.1	7	77	11	50	31	0	2	65	1.05
17626017--17626057	19	2.3	19	87	8	59	36	0	2	60	1.10
17626325--17626358	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
17628284--17628338	23	2.3	24	81	12	69	30	0	1	67	1.01
17629429--17629460	14	2.1	16	88	11	50	68	3	3	25	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17632614--17632643	11	2.9	10	90	9	51	40	43	0	16	1.48
17635101--17635134	17	2.0	17	100	0	68	52	5	17	23	1.66
17636303--17636451	35	4.1	35	73	10	129	23	21	22	32	1.98
17636301--17636537	109	2.2	109	83	3	325	22	22	22	32	1.98
17636311--17636568	109	2.4	109	83	5	290	22	21	22	32	1.98
17643093--17643129	18	2.1	18	100	0	74	40	27	16	16	1.89
17646704--17646755	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
17646626--17646991	103	3.6	104	94	2	609	19	20	29	30	1.97
17653770--17653821	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
17653692--17654056	103	3.6	103	93	3	605	19	20	29	30	1.97
17653974--17654025	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
17661338--17661516	40	4.5	40	79	14	190	26	20	28	25	1.99
17661332--17661516	79	2.3	80	82	8	225	25	21	28	24	1.99
17665422--17665492	33	2.0	36	84	10	94	61	0	33	4	1.15
17668062--17668159	40	2.5	40	83	5	126	22	22	31	23	1.98
17668062--17668198	39	3.5	38	81	8	125	22	20	31	25	1.98
17678770--17678895	38	3.4	37	80	10	116	25	22	29	23	1.99
17678797--17678930	38	3.5	38	82	5	137	26	22	26	24	2.00
17698139--17698182	23	1.9	22	82	17	54	38	22	0	38	1.55
17698252--17698493	45	5.2	45	80	9	227	33	26	17	23	1.96
17702549--17702621	38	1.9	37	86	8	103	31	20	1	46	1.59
17702730--17702911	45	4.1	45	87	1	233	34	27	17	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17706022--17706273	27	9.4	27	79	5	197	21	15	18	44	1.87
17706024--17706273	54	4.7	53	82	4	254	22	15	18	44	1.87
17706039--17706276	81	3.0	81	83	1	264	21	15	18	44	1.86
17730110--17730138	12	2.3	13	94	5	51	82	3	0	13	0.79
17736852--17736904	21	2.5	22	78	9	65	60	0	1	37	1.08
17741905--17741972	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
17741793--17742121	174	1.9	175	92	1	554	31	23	14	30	1.94
17742074--17742152	29	2.7	30	78	13	101	29	29	16	25	1.97
17747962--17747995	15	2.3	15	100	0	68	41	32	0	26	1.56
17759335--17759626	50	5.8	50	80	6	225	27	21	28	22	1.99
17759390--17759633	50	4.9	50	84	1	231	26	22	29	22	1.99
17759335--17759584	100	2.4	104	78	5	251	26	21	29	23	1.99
17759834--17759882	20	2.5	20	81	15	66	57	6	24	12	1.58
17770374--17770443	28	2.4	30	88	4	99	30	27	22	20	1.98
17770374--17770451	30	2.7	28	88	4	102	30	24	23	21	1.99
17770558--17770627	26	2.7	25	78	6	77	38	20	24	17	1.93
17770808--17771164	27	13.3	27	77	6	235	17	18	18	45	1.86
17770808--17771164	81	4.4	79	82	4	410	17	18	18	45	1.86
17770808--17771164	54	6.6	53	78	7	380	17	18	18	45	1.86
17778468--17778805	27	12.6	27	80	8	359	18	18	17	46	1.85
17778468--17778805	134	2.5	135	83	5	434	18	18	17	46	1.85
17782359--17782396	16	2.4	16	90	0	58	28	5	26	39	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17784669--17784741	36	2.0	36	91	0	119	47	9	12	30	1.73
17788882--17788906	13	1.9	13	100	0	50	40	8	0	52	1.31
17793028--17793170	74	2.0	71	87	4	205	26	18	20	34	1.95
17807279--17807476	29	6.8	28	81	10	204	22	29	14	34	1.93
17813280--17813369	29	3.1	29	87	6	137	20	26	12	41	1.87
17820321--17820371	26	2.0	26	88	7	77	17	25	23	33	1.96
17827356--17827409	26	2.1	26	82	6	65	74	1	1	22	1.02
17832095--17832207	20	5.7	20	75	4	111	32	20	34	12	1.90
17832958--17833013	28	1.9	29	82	13	71	42	21	3	32	1.70
17833665--17833691	14	1.9	14	100	0	54	48	0	7	44	1.31
17839028--17839065	20	1.9	20	88	0	58	63	18	5	13	1.48
17840448--17840507	25	2.4	25	82	0	75	28	26	16	28	1.97
17844368--17844418	23	2.2	24	96	3	95	39	7	5	47	1.57
17845687--17846029	44	7.5	44	66	18	153	28	19	17	34	1.94
17845693--17846183	94	5.2	94	82	3	528	28	20	17	32	1.96
17845680--17846183	188	2.7	189	84	4	596	28	21	17	33	1.95
17862645--17862672	4	7.0	4	100	0	56	25	25	0	50	1.50
17864016--17864078	31	2.0	31	84	0	81	15	7	17	58	1.60
17864409--17864463	19	2.8	19	71	17	51	49	0	0	50	1.00
17866455--17866499	21	2.1	22	83	4	56	53	4	4	37	1.41
17870510--17870600	31	2.9	31	80	3	94	20	20	15	42	1.88
17872607--17872679	27	2.7	27	84	0	92	36	10	23	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17878079--17878183	52	2.0	52	98	0	201	26	20	5	47	1.72
17881618--17881744	63	2.0	63	90	0	200	25	19	15	38	1.92
17882131--17882358	113	2.0	114	93	0	395	27	19	28	25	1.99
17890413--17890451	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
17890703--17890937	50	4.6	50	81	6	249	23	28	20	27	1.99
17890715--17890937	99	2.2	99	82	7	250	23	28	21	27	1.99
17892292--17892333	20	2.1	20	100	0	84	38	33	0	28	1.58
17893327--17893361	17	1.9	18	88	11	54	45	8	22	22	1.79
17893659--17893716	25	2.3	24	82	8	71	24	22	22	31	1.99
17895523--17895657	68	2.0	68	94	0	234	21	22	34	22	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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