genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9445933--9446148	45	4.8	45	92	0	342	35	16	21	27	1.94
9445891--9446195	90	3.4	89	80	3	218	39	17	19	24	1.92
9445936--9446180	45	5.4	45	86	4	226	37	16	20	26	1.93
9445933--9446179	135	1.8	135	86	0	359	37	15	20	25	1.93
9446116--9446235	46	2.6	46	84	1	143	44	18	20	16	1.87
9452331--9452624	51	5.8	51	76	7	283	28	14	26	30	1.95
9452331--9452618	102	2.8	102	89	1	409	28	14	26	30	1.95
9452338--9452657	102	3.1	102	85	2	268	30	13	26	30	1.94
9458819--9458854	15	2.5	15	90	4	56	19	5	2	72	1.17
9459294--9459322	8	3.8	8	90	9	51	13	0	0	86	0.58
9459311--9459376	30	2.1	32	83	8	82	30	1	1	66	1.10
9469135--9469193	31	1.9	31	86	6	84	23	15	13	47	1.81
9469263--9469377	60	1.9	60	82	7	144	39	20	15	25	1.91
9472718--9472893	41	4.3	41	91	0	289	24	27	18	28	1.98
9478187--9478233	23	2.1	22	84	11	60	57	6	6	29	1.49
9478897--9478944	24	2.0	23	84	15	62	29	0	8	62	1.24
9479288--9479487	44	4.7	42	71	11	149	30	22	19	29	1.97
9479288--9479538	129	1.9	129	91	1	414	28	21	19	30	1.97
9479288--9479524	44	5.5	43	69	11	128	28	21	18	30	1.97
9480876--9481004	49	2.7	48	79	2	134	13	27	20	38	1.90
9492141--9492187	23	2.1	22	84	11	60	57	6	6	29	1.49
9493615--9493662	24	2.0	24	88	8	71	27	0	10	62	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9496578--9496613	17	2.1	18	89	5	56	63	8	2	25	1.36
9498381--9498499	59	2.1	58	87	3	177	42	5	9	42	1.61
9498565--9498609	24	1.9	23	90	4	72	62	0	0	37	0.96
9506812--9506840	6	4.8	6	100	0	58	17	82	0	0	0.66
9513797--9513870	26	2.8	26	79	4	78	50	10	10	28	1.71
9515268--9515336	30	2.3	29	82	7	93	18	4	26	50	1.65
9516702--9516744	22	2.0	22	81	9	52	32	32	20	13	1.92
9516572--9516768	38	5.2	38	81	2	216	34	27	21	17	1.95
9522331--9522490	88	1.8	87	86	5	234	47	13	5	34	1.64
9523055--9523093	18	2.2	18	86	9	53	71	0	0	28	0.86
9526876--9526981	41	2.6	41	93	1	185	49	15	8	27	1.73
9529464--9529557	47	2.0	47	100	0	188	12	10	23	53	1.70
9531676--9531767	39	2.5	36	82	8	96	59	5	0	34	1.20
9532017--9532043	14	1.9	14	100	0	54	51	0	0	48	1.00
9532867--9532934	31	2.2	32	81	7	77	23	17	10	48	1.78
9534333--9534368	12	2.8	12	91	8	54	13	8	0	77	0.98
9534387--9534434	22	2.2	22	81	7	53	14	2	4	79	0.98
9534401--9534433	13	2.6	13	90	4	50	15	0	6	78	0.93
9534450--9534511	23	2.8	21	74	11	61	43	0	6	50	1.28
9534450--9534579	22	6.2	21	70	22	69	43	0	4	50	1.28
9534477--9534552	36	2.1	37	82	9	93	39	1	1	57	1.15
9534533--9534644	36	3.2	34	77	11	102	52	0	0	45	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9534532--9534580	22	2.1	23	88	7	73	53	0	2	44	1.12
9534563--9534599	15	2.3	17	86	13	60	56	0	0	43	0.99
9534604--9534650	21	2.2	22	88	3	69	51	2	2	44	1.25
9534619--9534703	36	2.4	35	84	5	118	42	1	2	54	1.21
9534686--9534736	19	2.7	19	85	11	70	39	0	0	60	0.97
9534684--9534734	20	2.5	20	87	6	68	39	0	0	60	0.97
9534697--9534721	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
9534682--9534741	21	3.0	20	81	13	70	41	0	0	58	0.98
9534927--9534953	12	2.2	12	100	0	54	14	0	0	85	0.61
9535273--9535301	13	2.1	14	93	6	51	20	3	0	75	0.94
9535348--9535418	20	3.8	20	69	27	66	38	1	0	60	1.06
9535339--9535385	22	2.1	23	96	4	87	38	0	0	61	0.96
9535351--9535451	33	3.0	33	87	8	141	39	0	0	58	1.11
9535414--9535479	22	3.1	22	78	8	75	53	0	1	45	1.09
9535412--9535474	20	3.0	21	76	15	69	47	0	1	50	1.10
9535533--9535636	24	4.3	24	79	15	99	36	0	4	58	1.19
9535566--9535615	14	3.8	13	75	24	52	36	0	6	58	1.23
9535518--9535599	34	2.4	32	75	16	78	34	0	6	59	1.22
9535671--9535705	13	2.8	13	91	8	56	42	0	0	57	0.99
9535665--9535758	31	3.1	31	75	20	83	43	0	1	55	1.06
9542866--9543051	50	3.7	50	90	0	282	19	30	22	27	1.98
9542828--9543036	100	2.1	100	83	0	256	21	27	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9544618--9544965	123	2.8	123	92	0	563	30	14	20	33	1.93
9548075--9548099	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
9548083--9548208	55	2.3	55	97	0	234	45	3	11	38	1.60
9548203--9548477	29	9.3	29	90	4	442	28	0	27	44	1.54
9548455--9548490	18	2.1	18	89	5	56	30	2	16	50	1.60
9548489--9548640	71	2.1	71	92	1	250	45	13	4	36	1.65
9549727--9549751	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
9550832--9550897	31	2.2	31	89	8	100	65	0	0	34	0.93
9550941--9550966	12	2.2	12	100	0	52	38	0	30	30	1.58
9552394--9552534	71	2.0	71	92	0	237	43	4	3	48	1.42
9553467--9553527	21	2.7	23	80	14	67	63	4	0	31	1.15
9553511--9553536	9	2.9	9	100	0	52	69	0	0	30	0.89
9553572--9553641	21	3.1	22	82	11	72	55	1	1	41	1.17
9553608--9553649	21	2.0	20	90	4	66	61	2	0	35	1.09
9553603--9553672	33	2.1	34	89	5	108	61	1	0	37	1.05
9553714--9553747	13	2.5	14	90	4	52	73	2	0	23	0.97
9553736--9553813	19	4.0	18	70	18	50	76	1	7	14	1.05
9554206--9554258	23	2.4	22	90	6	81	11	1	20	66	1.33
9562086--9562118	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
9564409--9564460	23	2.4	21	78	15	61	17	1	21	59	1.47
9572450--9572545	28	3.4	28	92	0	156	32	12	25	30	1.92
9573143--9573343	23	8.6	23	71	11	149	24	15	16	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9573131--9573344	69	3.1	68	85	6	270	25	15	16	42	1.87
9573128--9573360	70	3.3	69	85	7	265	25	14	17	42	1.88
9580990--9581056	36	1.9	34	93	0	98	37	17	23	20	1.94
9585658--9585688	16	1.9	16	100	0	62	61	0	0	38	0.96
9592685--9592879	94	2.1	94	87	3	277	51	9	9	29	1.65
9596205--9596249	23	2.0	23	82	8	56	46	17	11	24	1.81
9612373--9612492	32	3.8	32	84	1	161	35	18	13	33	1.89
9618369--9618697	163	2.0	161	94	1	568	34	15	19	31	1.92
9622936--9623015	27	3.0	27	88	0	124	17	20	37	25	1.94
9623294--9623330	19	1.9	19	94	0	65	35	0	16	48	1.46
9623039--9623527	260	1.9	262	96	0	901	46	9	4	39	1.56
9623498--9623546	19	2.6	19	90	0	71	48	14	2	34	1.55
9623582--9623680	49	2.0	49	92	1	164	33	1	12	53	1.45
9623662--9623733	8	8.4	8	71	14	54	36	1	15	47	1.54
9623581--9623675	22	4.0	25	78	17	105	32	1	11	54	1.43
9623888--9623954	27	2.5	27	97	0	125	14	32	20	31	1.93
9626787--9626825	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
9641613--9641680	22	3.1	22	84	0	73	16	5	11	66	1.42
9641629--9641683	11	5.0	11	75	0	56	21	1	7	69	1.23
9641628--9641683	22	2.5	22	88	0	76	21	3	7	67	1.30
9641654--9641697	14	3.1	14	86	0	52	27	0	2	70	0.99
9641629--9641697	22	3.1	22	79	8	61	23	1	5	69	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9645344--9645407	26	2.5	26	76	0	65	37	17	6	39	1.75
9648569--9648608	18	2.2	18	86	0	53	42	2	0	55	1.13
9649193--9649246	20	2.7	20	75	11	56	27	3	0	68	1.06
9654837--9654902	29	2.4	29	87	7	93	27	16	19	36	1.93
9656702--9656726	12	2.1	12	100	0	50	16	24	0	60	1.36
9661320--9661351	15	2.1	16	94	5	57	87	0	12	0	0.54
9662693--9662868	44	4.0	44	90	1	255	28	16	23	31	1.96
9662916--9663254	167	2.0	167	83	2	421	29	18	24	27	1.98
9663343--9663504	51	3.2	51	66	5	148	33	20	20	24	1.97
9663180--9663590	101	4.1	100	88	1	563	31	20	21	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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