genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  77  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23924310--23924370	27	2.3	26	76	21	63	65	0	32	1	1.02
23924496--23924827	101	3.3	100	78	12	362	28	0	14	56	1.44
23924791--23924826	16	2.2	16	95	5	63	27	0	8	63	1.23
23926234--23926273	16	2.5	16	95	0	71	35	35	5	25	1.78
23926736--23926769	16	2.1	16	100	0	68	38	0	11	50	1.39
23927048--23927117	9	7.3	9	80	12	77	24	5	28	41	1.77
23927048--23927117	29	2.4	29	95	0	122	24	5	28	41	1.77
23927048--23927117	20	3.6	19	81	14	81	24	5	28	41	1.77
23927048--23927140	38	2.4	38	82	8	100	24	6	29	39	1.80
23927066--23927126	29	2.1	29	90	0	95	24	8	29	37	1.84
23927298--23927322	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
23927959--23927991	12	2.8	12	95	0	57	33	18	42	6	1.75
23928099--23928216	33	3.6	33	81	0	137	21	44	9	25	1.82
23928448--23928609	73	2.2	73	87	3	236	25	6	15	53	1.65
23931816--23931867	27	1.9	27	84	0	68	28	26	25	19	1.98
23931968--23932010	19	2.2	20	88	12	63	72	0	0	27	0.85
23932400--23932455	29	1.9	29	85	7	78	25	5	3	66	1.29
23934543--23934586	21	2.1	21	83	8	54	50	2	13	34	1.55
23936133--23937079	89	10.6	89	86	2	1258	20	23	26	29	1.99
23936258--23937021	45	17.2	45	71	8	452	20	24	26	28	1.99
23938371--23938449	42	1.9	42	86	2	115	18	26	15	39	1.91
23938896--23938946	20	2.6	19	81	9	57	1	3	11	82	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23938914--23938945	7	4.7	7	96	3	57	0	0	12	87	0.54
23939013--23939046	14	2.4	14	90	0	50	29	29	11	29	1.92
23945931--23946008	40	2.0	40	86	0	111	21	21	32	24	1.98
23946068--23946162	21	4.5	21	84	5	129	22	0	32	45	1.53
23946068--23946162	42	2.3	42	86	0	145	22	0	32	45	1.53
23947394--23947419	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
23948611--23948675	11	6.1	10	80	19	62	46	3	29	21	1.67
23948611--23948685	22	3.4	22	80	14	66	46	2	29	21	1.65
23948611--23948685	33	2.2	33	82	13	91	46	2	29	21	1.65
23950483--23950524	22	1.9	22	85	9	59	61	4	28	4	1.36
23959017--23959071	18	3.0	19	82	10	53	63	1	23	10	1.36
23959028--23959071	18	2.4	19	88	7	65	63	2	22	11	1.38
23959085--23959118	12	2.8	12	90	0	50	73	2	17	5	1.16
23962731--23962771	21	2.0	21	85	0	55	31	4	0	63	1.15
23963252--23963442	51	3.8	51	78	11	221	30	27	17	24	1.97
23967101--23967240	41	3.4	41	80	4	133	24	14	27	33	1.94
23979444--23979576	27	4.9	27	83	0	167	45	21	13	18	1.84
23979773--23979822	25	2.0	25	92	0	82	14	26	26	34	1.94
23979932--23980012	28	2.9	28	83	1	101	23	27	20	28	1.99
23979988--23980052	32	2.0	34	81	6	80	21	26	27	24	1.99
23987375--23987449	23	3.3	23	85	7	116	32	26	20	21	1.97
23988866--23988948	25	3.5	25	74	12	102	36	6	18	39	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23988867--23988956	46	1.9	47	97	2	173	34	5	20	40	1.75
23989419--23989505	27	3.2	27	80	3	86	43	16	17	22	1.87
23989700--23989754	26	2.1	26	82	0	65	23	20	21	34	1.97
23989861--23989941	28	2.9	28	87	1	119	23	28	20	27	1.99
23989917--23989981	32	2.0	34	81	6	80	21	26	27	24	1.99
24013247--24013302	20	2.8	20	88	2	76	32	5	12	50	1.63
24013246--24013316	20	3.5	19	77	11	70	32	5	15	46	1.69
24016360--24016457	25	3.9	25	82	0	88	19	26	18	35	1.95
24026622--24026646	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
24028130--24028307	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
24028151--24028306	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
24035251--24035428	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
24035272--24035427	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
24036219--24036339	45	2.7	44	80	11	131	42	16	18	23	1.89
24039435--24039464	15	2.0	15	93	0	51	56	0	6	36	1.26
24043939--24044350	205	2.0	206	99	0	808	23	13	23	39	1.90
24045883--24045938	25	2.2	25	100	0	112	23	0	7	69	1.12
24053991--24054203	93	2.3	93	90	1	338	16	23	15	45	1.84
24062826--24063333	277	1.8	277	81	2	626	35	21	19	23	1.96
24062826--24063421	69	8.6	69	79	1	505	35	22	19	22	1.96
24062826--24063421	138	4.3	138	79	1	575	35	22	19	22	1.96
24067167--24067198	9	3.4	10	83	16	50	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24067421--24067458	3	12.7	3	100	0	76	0	34	0	65	0.93
24067839--24067884	24	2.0	24	91	4	76	34	2	8	54	1.43
24074368--24074469	46	2.2	46	89	0	150	41	19	8	30	1.82
24074568--24074604	19	1.9	19	88	0	56	43	21	5	29	1.75
24075560--24075620	32	1.9	32	93	6	106	49	19	3	27	1.64
24075558--24075632	32	2.5	29	82	16	98	49	20	2	28	1.62
24075612--24075654	21	2.0	21	86	8	61	53	16	0	30	1.43
24084701--24084773	23	3.5	23	68	31	65	30	4	20	45	1.70
24084698--24084835	39	3.5	39	88	2	204	30	4	18	46	1.69
24096447--24096544	42	2.3	42	89	0	142	27	26	20	25	1.99
24098399--24098519	23	5.3	23	85	4	172	33	25	20	19	1.97
24117509--24117578	23	3.0	23	82	2	86	31	11	15	41	1.83
24122859--24122884	12	2.2	12	100	0	52	34	7	15	42	1.75
24127962--24128087	43	3.0	42	75	12	121	33	25	19	22	1.97
24149809--24149993	46	4.0	46	85	2	239	31	25	9	34	1.87
24149809--24149993	92	2.0	92	87	4	266	31	25	9	34	1.87
24151215--24151262	17	2.9	17	87	3	62	54	16	2	27	1.54
24158272--24158491	43	5.0	42	74	11	165	32	24	15	28	1.95
24166414--24166599	51	3.7	50	86	3	248	31	24	16	28	1.96
24166512--24166594	26	3.2	26	65	27	68	32	25	12	30	1.92
24166417--24166599	102	1.8	101	87	3	278	31	24	15	28	1.96
24174012--24174197	51	3.7	50	85	5	241	30	24	16	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24174110--24174192	26	3.2	26	65	27	68	32	25	12	30	1.92
24174015--24174197	102	1.8	101	87	3	278	30	24	15	28	1.96
24177996--24178094	42	2.4	42	81	3	119	22	32	21	24	1.98
24178670--24178764	38	2.5	38	86	3	129	33	27	22	16	1.95
24192112--24192170	17	3.5	17	82	11	68	76	8	1	13	1.09
24192130--24192159	11	2.6	11	94	5	51	73	10	0	16	1.09
24192112--24192177	17	3.9	16	80	5	60	77	7	3	12	1.09
24193841--24193907	15	4.5	15	74	22	70	74	0	2	22	0.95
24193841--24193912	28	2.7	26	76	16	76	75	0	4	20	0.97
24193842--24193912	20	3.4	20	78	7	70	74	0	4	21	0.98
24195631--24195720	38	2.4	38	83	3	101	35	42	10	12	1.76
24206919--24206953	18	1.9	18	88	0	52	34	22	5	37	1.78
24209057--24209139	41	2.0	41	95	0	148	28	18	21	31	1.97
24213201--24213237	9	4.1	9	85	0	56	43	13	13	29	1.82
24213296--24213358	30	2.1	30	82	11	76	22	50	0	26	1.49
24213456--24213515	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
24213595--24213652	19	3.2	17	79	16	64	24	31	0	44	1.54
24213601--24213631	16	1.9	16	93	0	53	25	35	0	38	1.56
24215906--24215940	17	2.1	17	89	10	54	48	0	5	45	1.26
24222254--24222423	89	1.9	90	82	9	213	40	20	8	30	1.83
24225308--24225362	30	2.0	26	82	13	65	23	5	0	70	1.07
24232918--24233575	50	13.2	50	71	4	432	32	22	20	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24232896--24233576	100	6.8	100	91	1	972	32	23	20	23	1.98
24234577--24234620	23	1.9	23	85	0	61	9	0	22	68	1.18
24236250--24236287	19	2.0	19	100	0	76	36	21	10	31	1.87
24236766--24236809	17	2.4	17	81	11	52	11	20	6	61	1.52
24236992--24237034	22	2.0	22	85	0	59	9	0	20	69	1.15
24248121--24248258	19	7.2	20	70	17	73	31	3	2	61	1.28
24248190--24248266	9	8.6	9	74	17	63	32	1	1	64	1.09
24248180--24248249	28	2.4	29	81	11	81	31	1	1	65	1.10
24248180--24248257	18	4.1	19	75	18	74	32	1	1	65	1.09
24248180--24248262	28	2.9	28	73	22	75	33	1	1	63	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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