genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  47  of  211  ( 25274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14033180--14033404	40	5.7	40	81	6	224	24	28	21	25	1.99
14033147--14033404	40	6.5	38	78	9	200	24	27	21	26	1.99
14033336--14033413	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
14044414--14044625	68	3.1	68	83	8	277	36	19	19	23	1.95
14044566--14044683	59	2.0	60	88	5	177	33	22	19	25	1.97
14046496--14046520	12	2.1	12	100	0	50	60	0	8	32	1.26
14047200--14047244	22	2.0	22	87	8	65	51	20	2	26	1.59
14048924--14048964	20	2.0	20	90	0	64	26	21	14	36	1.93
14061954--14062126	39	4.4	39	82	2	195	17	32	17	31	1.94
14061995--14062098	20	5.3	19	66	18	61	18	36	18	26	1.94
14061958--14062109	78	1.9	78	88	2	225	16	33	19	30	1.94
14065953--14066006	25	2.2	25	86	0	72	22	7	50	20	1.73
14072011--14072045	17	2.0	18	88	5	54	14	28	42	14	1.84
14079997--14080273	43	6.4	43	81	1	322	32	24	17	25	1.97
14079993--14080273	86	3.3	85	83	3	357	32	25	17	24	1.97
14079993--14080273	129	2.2	129	84	1	384	32	25	17	24	1.97
14095849--14095909	28	2.2	28	90	0	95	32	16	26	24	1.96
14098402--14098480	9	9.0	9	72	15	67	32	0	20	46	1.51
14098684--14099330	120	5.4	120	93	2	1113	44	2	7	45	1.46
14098679--14099330	241	2.7	241	93	2	1118	44	2	7	45	1.46
14099227--14099273	23	2.0	23	87	0	67	44	8	8	38	1.65
14101166--14101266	28	3.6	28	84	4	125	48	33	0	17	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14101165--14101266	7	14.7	7	75	6	82	48	34	0	17	1.48
14101432--14101472	14	2.9	14	81	0	55	48	29	0	21	1.50
14101440--14101479	21	1.9	21	89	0	62	50	30	0	20	1.49
14101439--14101484	14	3.3	14	84	6	58	47	30	0	21	1.51
14101627--14101663	18	2.1	18	100	0	74	32	29	5	32	1.80
14101588--14101704	59	2.0	59	100	0	234	28	27	13	30	1.94
14101685--14101994	115	2.7	113	79	8	326	29	23	17	30	1.97
14101804--14102026	114	1.9	115	85	4	308	30	21	17	31	1.96
14102048--14102151	40	2.6	40	81	6	113	31	20	19	28	1.97
14102245--14102384	40	3.5	40	75	11	117	26	20	18	34	1.96
14105483--14105533	25	2.0	25	81	7	59	56	1	31	9	1.43
14105957--14106250	113	2.6	114	83	3	371	34	19	18	28	1.95
14106597--14106664	7	9.7	7	81	0	55	22	1	32	44	1.62
14109757--14110187	48	8.8	48	76	14	332	45	13	2	38	1.56
14109909--14110194	64	4.4	64	92	3	466	45	13	1	38	1.55
14109909--14110188	130	2.2	130	95	0	499	45	13	1	39	1.55
14109691--14110114	217	2.0	217	89	2	656	45	13	1	39	1.54
14116355--14117086	27	27.2	27	81	7	749	41	20	17	20	1.90
14117067--14117122	27	2.1	27	82	0	67	42	16	10	30	1.82
14117535--14117580	22	2.1	22	100	0	92	26	15	13	45	1.82
14134586--14134622	17	2.1	18	90	5	58	10	29	32	27	1.90
14140265--14140316	28	1.9	27	88	7	79	15	36	25	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14141241--14141287	23	2.1	23	84	4	60	72	17	0	10	1.12
14145638--14145741	20	5.3	20	71	9	79	19	36	16	27	1.93
14145635--14145761	39	3.3	39	80	2	148	21	33	14	30	1.94
14146789--14146833	20	2.3	20	96	3	83	40	8	4	46	1.55
14147351--14147394	22	2.0	22	86	0	61	47	20	4	27	1.69
14151349--14151421	29	2.5	29	82	17	98	28	15	28	27	1.96
14151379--14151706	174	1.9	175	92	1	561	30	14	24	31	1.94
14158353--14158394	22	1.9	22	85	0	57	14	21	21	42	1.88
14158488--14158673	43	4.3	43	81	2	167	31	23	19	24	1.98
14161817--14161876	31	1.9	31	83	6	77	28	3	3	65	1.25
14162094--14162249	7	22.1	7	74	11	113	44	36	1	17	1.58
14162119--14162208	29	3.1	29	83	1	110	40	38	2	18	1.63
14162652--14162742	40	2.3	40	84	3	112	19	23	25	31	1.98
14164293--14164325	17	1.9	17	88	11	50	45	3	3	48	1.33
14167008--14167047	20	2.0	20	95	0	71	25	7	30	37	1.83
14167987--14168029	21	2.1	21	86	4	61	44	11	9	34	1.73
14180284--14180356	14	5.4	12	73	20	56	24	2	1	71	1.07
14180288--14180361	17	4.6	17	71	21	54	24	2	1	71	1.07
14180297--14180379	34	2.3	37	83	10	100	22	4	2	69	1.19
14180277--14180353	29	2.8	29	83	13	99	23	2	2	71	1.11
14180310--14180352	22	1.9	23	90	4	70	25	2	2	69	1.12
14183849--14183955	7	14.6	7	76	19	87	81	0	18	0	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14183836--14183955	12	10.0	12	73	9	93	81	1	16	0	0.77
14183848--14183955	18	5.6	19	75	16	98	81	0	18	0	0.69
14183849--14183955	11	9.3	12	77	12	93	81	0	18	0	0.69
14185190--14185775	88	6.7	88	93	0	958	26	25	24	23	2.00
14187674--14187746	14	5.4	12	73	20	56	24	4	1	69	1.13
14187674--14187743	29	2.5	29	82	13	85	24	4	1	70	1.14
14187700--14187742	22	1.9	23	90	4	70	25	4	2	67	1.22
14187696--14187747	22	2.5	20	82	14	68	25	3	1	69	1.16
14188662--14188705	21	2.1	21	86	0	61	70	0	4	25	1.06
14190086--14190450	195	1.9	195	91	0	595	34	20	16	27	1.95
14190501--14190559	24	2.5	24	94	0	100	35	5	0	59	1.20
14195455--14195845	131	3.0	132	87	2	556	26	24	19	29	1.98
14195838--14196002	89	1.9	89	83	5	217	24	24	25	26	2.00
14196107--14196221	44	2.6	44	80	0	131	28	20	21	28	1.98
14196421--14196580	51	3.3	51	66	13	154	27	21	18	32	1.97
14196421--14196635	96	2.2	96	91	0	358	27	20	20	30	1.98
14218495--14218544	21	2.4	21	89	0	73	18	8	20	54	1.68
14221688--14222113	47	9.1	47	92	1	649	32	9	30	27	1.88
14221821--14221896	24	3.2	24	62	23	61	30	10	32	26	1.90
14222232--14222310	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
14224163--14224265	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
14224247--14224320	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14228168--14228548	47	8.1	47	93	1	602	30	9	30	29	1.88
14228667--14228745	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
14253382--14253555	41	4.3	41	83	0	197	33	14	27	24	1.95
14253413--14253517	21	5.1	21	65	13	65	29	15	32	22	1.95
14253390--14253555	82	2.0	82	91	2	271	34	15	27	22	1.94
14256189--14256242	9	5.4	9	79	12	54	72	3	1	22	1.10
14261826--14261898	22	3.5	21	78	15	73	54	4	15	26	1.58
14261830--14261897	20	3.2	22	78	16	72	55	2	16	25	1.54
14262359--14262406	20	2.4	20	82	0	60	68	6	8	16	1.35
14262484--14262553	21	3.4	21	80	9	65	60	2	11	25	1.45
14262504--14262613	38	2.8	40	81	10	95	60	6	11	21	1.54
14262538--14262613	38	2.0	39	87	7	111	59	7	13	19	1.58
14262610--14262648	21	1.9	20	84	5	51	46	12	23	17	1.83
14265367--14265402	16	2.2	17	90	9	58	50	0	0	50	1.00
14265682--14265772	48	2.1	42	80	15	96	51	7	0	40	1.30
14268367--14268416	24	2.1	24	100	0	100	34	16	22	28	1.95
14272797--14272845	3	16.3	3	86	0	71	30	2	4	63	1.24
14272897--14272970	33	2.2	33	86	9	98	31	4	1	63	1.21
14279636--14279670	16	2.1	17	89	5	54	51	28	5	14	1.65
14282462--14282486	11	2.3	11	100	0	50	60	0	8	32	1.26
14285972--14286919	44	21.9	44	69	12	455	31	19	19	28	1.97
14285976--14286692	172	4.2	171	84	3	875	31	19	19	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14286016--14286729	344	2.1	345	89	1	1085	31	19	19	29	1.97
14286662--14286788	45	2.8	45	72	13	109	31	18	21	29	1.96
14288278--14288333	3	18.3	3	85	3	76	30	0	3	66	1.09
14291071--14291138	18	3.6	18	78	11	73	41	1	1	55	1.18
14292147--14292205	22	2.6	22	76	15	57	59	3	1	35	1.24
14292480--14292540	20	2.8	23	78	19	76	57	1	3	37	1.25
14294207--14295001	73	10.5	72	72	13	420	33	19	16	30	1.94
14294626--14294987	73	4.9	73	88	1	490	31	20	17	30	1.96
14294464--14295005	232	2.4	218	80	7	613	34	19	17	28	1.95
14294626--14295005	147	2.6	146	86	2	539	33	19	17	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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