genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65987480

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59159686--59160518	170	4.8	170	92	2	1319	30	19	21	28	1.97
59160368--59160647	129	2.2	129	95	0	497	30	19	21	28	1.98
59160671--59160918	44	5.7	44	75	9	197	30	24	22	22	1.99
59160669--59160944	131	2.1	131	93	1	473	30	23	22	23	1.99
59160669--59160944	44	6.3	44	72	9	190	30	23	22	23	1.99
59164179--59164234	16	3.5	16	69	9	51	55	32	3	8	1.48
59171623--59171667	20	2.1	22	84	12	58	13	11	8	66	1.44
59175742--59175786	21	2.1	22	84	12	58	66	8	11	13	1.44
59178523--59178719	35	5.7	34	83	4	250	37	17	25	19	1.93
59178523--59178719	70	2.8	69	89	2	295	37	17	25	19	1.93
59179008--59179045	14	2.8	13	88	7	58	36	13	5	44	1.66
59182556--59182603	21	2.3	20	82	10	53	18	56	18	6	1.62
59183668--59183693	7	3.7	7	100	0	52	76	11	0	11	1.01
59183695--59183767	29	2.5	29	86	8	112	27	23	8	41	1.82
59184023--59184067	10	4.6	10	77	5	56	66	0	33	0	0.92
59184030--59184072	14	2.9	15	83	16	54	62	0	37	0	0.95
59184252--59184302	20	2.5	20	81	6	59	72	9	15	1	1.19
59184446--59184517	13	5.5	12	82	11	72	83	0	16	0	0.65
59184449--59184516	10	6.7	10	77	17	61	82	0	17	0	0.67
59184446--59184517	25	2.7	25	83	16	92	83	0	16	0	0.65
59184458--59184505	8	6.1	8	85	4	71	85	0	14	0	0.60
59184880--59184922	21	2.1	21	91	4	70	32	13	9	44	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59185027--59185207	17	10.3	18	74	14	137	33	13	10	43	1.78
59185027--59185207	18	10.3	17	72	17	113	33	13	10	43	1.78
59185037--59185207	35	4.8	36	78	11	158	31	13	10	44	1.78
59185034--59185208	53	3.3	55	80	11	179	31	13	10	44	1.79
59188727--59188778	15	3.5	15	75	19	54	25	19	5	50	1.69
59188739--59188782	4	11.5	4	85	9	65	25	20	2	52	1.58
59188719--59188782	30	2.1	30	94	0	110	25	20	6	48	1.72
59196190--59196227	17	2.3	17	86	4	51	84	2	10	2	0.83
59197081--59197605	75	6.9	75	90	5	792	27	15	20	37	1.92
59197081--59197605	154	3.4	149	90	6	795	27	15	20	37	1.92
59197801--59197826	7	3.7	7	100	0	52	76	11	0	11	1.01
59197848--59197895	13	3.5	13	73	15	51	31	14	8	45	1.74
59197828--59197900	29	2.5	29	90	0	119	27	23	8	41	1.82
59198271--59198299	12	2.5	12	94	5	51	58	0	41	0	0.98
59198329--59198356	5	5.6	5	100	0	56	21	57	21	0	1.41
59198387--59198426	20	2.1	19	85	4	53	72	7	20	0	1.08
59198581--59198660	13	6.5	12	71	21	67	82	1	16	0	0.73
59198581--59198660	15	5.3	15	75	20	69	82	1	16	0	0.73
59198584--59198660	11	7.6	10	76	19	63	81	1	16	0	0.75
59198593--59198648	8	7.1	8	79	4	69	82	1	16	0	0.76
59198583--59198661	7	11.0	7	73	17	65	81	1	17	0	0.77
59198593--59198661	10	7.2	10	75	21	60	81	1	17	0	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59199013--59199055	21	2.1	21	91	4	70	37	13	9	39	1.78
59199009--59199056	21	2.6	18	75	18	53	33	14	8	43	1.75
59199171--59199324	18	8.7	18	79	11	138	33	16	8	42	1.78
59199160--59199324	35	4.6	36	77	7	167	33	15	8	42	1.78
59199156--59199325	54	3.2	53	85	7	209	33	15	8	41	1.79
59199327--59199390	32	2.0	33	84	9	87	25	10	7	56	1.60
59200666--59200738	3	24.7	3	76	13	62	27	4	2	65	1.24
59200786--59200812	11	2.5	11	100	0	54	33	0	0	66	0.92
59203511--59203610	38	2.6	39	82	3	112	40	11	11	38	1.76
59203552--59203611	18	3.0	20	75	22	63	31	10	11	46	1.73
59203569--59203616	17	2.7	18	87	6	71	35	8	10	45	1.68
59203938--59203972	14	2.6	14	91	8	56	74	2	0	22	0.95
59204105--59204162	15	3.8	16	78	15	68	1	18	0	79	0.82
59204105--59204163	31	1.9	30	89	3	91	1	18	0	79	0.81
59204106--59204163	17	3.6	17	80	15	70	1	17	0	81	0.78
59204119--59204162	6	7.2	6	82	10	54	2	18	0	79	0.83
59204438--59204496	7	8.3	7	72	23	52	0	18	0	81	0.69
59204442--59204509	32	2.1	31	89	10	102	0	23	0	76	0.79
59204456--59204523	7	10.1	7	76	12	54	0	27	1	70	0.96
59204717--59204769	20	2.7	20	96	0	97	5	11	56	26	1.56
59205034--59205161	30	4.3	30	76	5	116	41	4	19	34	1.72
59205034--59205163	31	4.3	31	74	4	115	41	4	19	34	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59208949--59209432	89	5.4	89	85	1	637	28	23	22	25	1.99
59208949--59209432	178	2.7	178	90	0	745	28	23	22	25	1.99
59209821--59210029	44	4.6	45	77	7	172	31	17	21	29	1.96
59212662--59212716	25	2.2	25	83	6	67	29	1	12	56	1.47
59227230--59227276	24	2.0	24	86	0	67	38	34	6	21	1.79
59228505--59228564	25	2.7	21	70	22	50	61	8	1	28	1.34
59229380--59229419	17	2.3	18	87	8	57	70	17	2	10	1.27
59232637--59232672	7	5.1	7	93	0	54	36	13	0	50	1.43
59234891--59235242	42	8.4	42	90	3	498	31	21	21	25	1.98
59235674--59235742	21	3.3	20	78	9	68	4	40	18	36	1.71
59241211--59241347	9	15.9	9	75	8	88	29	3	23	43	1.71
59241211--59241329	52	2.3	52	100	0	238	30	3	24	42	1.71
59241314--59241345	16	2.0	16	93	0	55	21	6	18	53	1.67
59241250--59241427	25	7.2	25	66	7	94	29	4	20	45	1.71
59242630--59242659	14	2.1	14	100	0	60	53	6	13	26	1.64
59242795--59242995	71	2.8	71	96	1	359	49	17	5	26	1.70
59242847--59242962	36	3.2	36	70	16	123	45	18	6	29	1.75
59243302--59243348	22	2.1	22	96	0	85	40	23	8	27	1.83
59244343--59244374	8	4.2	8	92	7	50	43	34	0	21	1.53
59244530--59244567	15	2.6	15	88	12	53	42	42	0	15	1.47
59244473--59244587	7	16.0	7	69	13	56	40	38	1	19	1.62
59244752--59245494	113	6.5	114	76	4	565	27	22	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59244738--59245388	228	2.9	227	78	4	533	27	22	19	31	1.98
59247586--59247662	30	2.6	30	81	2	102	29	20	5	44	1.73
59247586--59247722	30	4.6	31	72	11	99	31	21	6	40	1.79
59248249--59248302	7	8.1	7	87	8	78	77	0	22	0	0.76
59248248--59248324	10	8.0	9	78	21	68	77	1	20	0	0.83
59248249--59248333	37	2.2	39	83	10	104	80	1	17	1	0.85
59248262--59248334	17	4.2	16	72	11	56	82	1	15	1	0.81
59248249--59248334	9	9.0	9	79	11	82	80	1	17	1	0.84
59248581--59248621	10	3.9	11	78	9	50	82	0	17	0	0.66
59248582--59248622	16	2.7	15	88	7	64	82	0	17	0	0.66
59249100--59249162	18	3.6	18	72	12	58	39	11	7	41	1.70
59249112--59249157	17	2.6	18	80	16	60	32	13	8	45	1.73
59249216--59249363	18	8.3	18	75	7	115	32	13	10	43	1.79
59249214--59249363	17	8.4	17	76	9	138	32	13	10	44	1.78
59254927--59254965	18	2.2	18	100	0	78	43	17	10	28	1.82
59257664--59257697	15	2.2	16	89	5	52	70	17	0	11	1.16
59257807--59257849	12	3.6	12	77	0	50	23	58	4	13	1.55
59257809--59257861	24	2.2	24	82	0	70	24	60	3	11	1.47
59257872--59258017	27	5.4	27	90	0	193	21	47	13	17	1.82
59257860--59258017	81	2.0	81	87	0	226	22	48	13	16	1.80
59257872--59258017	54	2.7	54	91	0	229	21	47	13	17	1.82
59259006--59259063	15	4.0	15	74	14	50	31	0	1	67	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59261625--59261709	30	2.9	30	75	8	93	35	18	18	27	1.95
59262059--59262129	35	2.0	35	97	0	133	42	5	8	43	1.58
59265042--59265072	15	2.1	15	93	0	53	3	22	0	74	0.96
59265111--59265208	27	3.6	27	83	0	115	11	34	30	23	1.90
59265222--59265251	5	6.2	5	96	3	53	0	0	16	83	0.65
59265280--59265317	19	2.1	19	85	5	51	23	0	5	71	1.07
59270338--59270477	74	1.9	76	86	3	203	45	22	0	31	1.58
59270653--59270683	14	2.2	14	100	0	62	45	35	0	19	1.51
59270950--59270993	20	2.3	19	80	7	52	63	4	6	25	1.38
59270998--59271233	41	5.8	41	88	2	323	28	32	19	19	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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